Úloha 2: Protein X 13 bodů

ViBuCh – Vzdělávací ikurz pro budoucí chemiky Úloha 2: Protein X 1.
13 bodů Otevřeným čtecím rámcem je +2 řetězce 5´3´. Délka předpokládaného proteinu je 351
aminokyselin.
>protein_X
MKGFAMLGINKVGWIEKERPAAGPYDAIVRPLAVSPCTSDIHTVFEGALGNRHNMILGHEAVGEIVEIGNEVKEF
KVGDRVIVPCTTPDWRSLEVQAGFQQHSNGMLAGWKFSNFKDGVFAEYFHVNDADMNLALLPSEISLESAVMITD
MMTTGFHGAELADIQMGSSVVVIGIGAVGLMGIAGAKLRGAGRIIGVGSRPICVETAKFYGATDIVNYKNGDIVK
QIMNLTNGKGVDRVIMAGGGPETLGQAISMLKPGGVVSNVNYHGSGDTLPVPRVDWGCGMAHKTIRGGLCPGGRL
RAEMLRDLVIYNRVDLSKLVTHVYNGFEHIEDALLLMKDKPKDFIKAVVIL
2 body
2.
Mutace se projeví posunem čtecího rámce a vznikem stop kodonu, který předčasně
ukončuje translaci. Výsledkem je zkrácení délky předpokládaného translačního produktu
na 45 aminokyselin a ztráta funkce genu.
>protein_X_mut
MKGFAMLGINKVGWIEKERPAAGPYDAICTSISCVTMYIRYSYCF
2 body
3.
Sekvence v celé své délce odpovídá NADP+-dependentní alkoholdehydrogenase
z bakterie Clostridium botulinum (kmen Eklund 17B). NADP+-dependentní
alkoholdehydrogenasa katalyzuje reakci:
primární alkohol + NADP+ → aldehyd + NADPH + H+.
2 body
4.
Molekulová hmotnost: 37,69 kDa, teoretické pI: 6,37, procentuální zastoupení tyrosinu:
2 %, teoretická hodnota extinkčního koeficientu při 280 nm za předpokladu, že žádné
cysteinové zbytky netvoří mezi sebou disulfidické vazby: 32430 M-1 cm-1
1 bod
5.
Predikce sekundární struktury obsahuje 15 β-řetězců a 9 α-helixů.
2 body
6.
CD spektrum pro základní typy sekundární struktury:
2 body
1 ViBuCh – Vzdělávací ikurz pro budoucí chemiky 7.
Procentuální zastoupení sekundárních struktur v „proteinu X“ (predikce programem
K2D2): α-helix 32,77 %, β-řetězce 24,49 %. Výsledky bioinformatické predikce
kvalitativně odpovídají výsledkům z CD spektroskopie.
Srovnání experimentálně získaného CD spektra a spektra predikovaného, které odpovídá
výše uvedenému procentuálnímu zastoupení sekundárních struktur.
2 body
2