Výzkumný záměr - orion - Masarykova univerzita

Komentáře

Transkript

Výzkumný záměr - orion - Masarykova univerzita
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Výzkumný záměr
Název výzkumného záměru:
Vysoká škola:
Fakulta
Řešitel - příjmení
jméno:
titul před jm.
titul za jm.
telefon:
fax:
e-mail:
sídlo pracoviště řeš.-ulice
město
PSČ
Genomy a jejich funkce
Masarykova Univerzita
Přírodovědecká
Relichová
Jiřina
Prof. RNDr.
CSc.
05-41129548
05-41211214
[email protected]
Kotlářská 2
Brno
611 37
Seznam součástí výzkumného záměru
1.
obsah
Výzkumný záměr*) Genomy a jejich funkce
Počet stran
47
Povinné přílohy*) viz CEZ:J07/98:G100001
Statut vysoké školy **)
3.
Organizační schéma vysoké školy, popř.
4.
0
0
5.
Jmenovité složení řídících složek vysoké školy
- schéma s uvedením jmen, příjmení,
titulů před jm., titulů za jm. a funkce, včetně řídících složek fakulty - není-li již součástí statutu **)
0
Výroční zprávy vysoké školy.
pokud existují, za poslední 4 roky, které se vztahují
1995
1996
1997
1998
0
Výsledek hodnocení předloženého výzkumného záměru na úrovni vědecké
rady vysoké školy
0
Organizační řád, včetně všech součástí vysoké
školy, jejich vnitřního členění a složení jejich řídících složek - není-li již součástí statutu**).
6.
k předloženému výzkumnému záměru:
7.
Nepovinné přílohy - další podklady ke zdokumentování a potvrzení výkonů a kvality VaV příjemce
(doplňte název)
8.
9.
*) Jestliže vysoká škola podává několik výzkumných záměrů, stačí dodat poskytovateli danou přílohu
pouze v jednom exempláři - poznamenejte však číslo záměru, k němuž byla příloha fyzicky přiložena!
(Ne-)přítomnost přílohy stačí označit (0/1) v pravém sloupci.
**) Vysoké školy předkládají kopii nového návrhu Statutu vysoké školy, resp. organizačního schématu,
který již byl zpracován v souladu se zákonem č. 111/1998 Sb. Kopii jeho konečné verze zašle vysoká
škola odb. 31 MŠMT ihned po jeho schválení.
Tento výzkumný záměr byl schválen představiteli vysoké školy k předložení
Ministerstvu školství, mládeže a tělovýchovy.
Záměr schválen na zasedání VR MU dne 27.10.1998
....................................................................................
..
podpis předsedy vědecké rady vysoké školy
18.11.1998
datum
POHOVZ..doc - 7.11.2003
kulaté razítko vysoké školy
....................................................................................
...
podpis statutárního zástupce vysoké školy
1
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
I. Podrobný popis výzkumného záměru
1. Současný stav problematiky výzkumného záměru
(v ČR i v zahraničí, včetně komentáře k případnému překryvu s činností jiných pracovišť v ČR)
Systematické programy sekvencování genomů člověka i modelových a vybraných hospodářsky
významných organizmů posunují těžiště výzkumu v oblasti biologických věd od prosté identifikace
genů směrem ke zjišťování jejich funkcí. V současné době se podrobná analýza genomů zaměřuje na
modelové organizmy, u kterých je z různých důvodů zajištěna efektivnější analýza, například z důvodu
jednoduché organizace příslušného genomu, snadné manipulace s modelovým organizmem apod.
Takovéto modelové organizmy najdeme ve všech skupinách, u bakterií je to E. coli, Bacillus subtilis a
Staphylococcus aureus, u rostlin Arabidopsis thaliana, u živočichů pak mj. Drosophila melanogaster. V
návaznosti na tuto analýzu se získané poznatky a metodické postupy molekulární biologie využívají u
organizmů významných pro člověka, atˇ již z hlediska zdravotního nebo hospodářského. Význam
analýzy genomu jako zdroje informací pro následné přiřazování funkcí jednotlivým genům a
nekódujícím oblastem v genomu jen dokresluje náročný celosvětový projekt sekvencování genomu
člověka, jehož výsledky budou zdrojem informací pro biomedicínské obory příštího století.
Navrhovaný VZ sleduje tyto perspektivní trendy výzkumu v oblasti molekulární biologie a genetiky a
zaměřuje se na komplexní genetickou a molekulárně biologickou analýzu zástupců hlavních skupin
organizmů, od bakterií přes rostliny, až po člověka. Zvláštní pozornost je věnována výzkumu
nekódujících oblastí genomů. Poněvadž problematika molekulární analýzy genomů je velmi široká a u
různých zástupců organismů rozpracovaná do různé hloubky, bude dále současný stav problematiky i
další rozbor řešení výzkumného záměru konkretizován ve čtyřech směrech: analýza genomů u
zástupců (1) bakterií, (2) rostlin, (3) živočichů a (4) analýza nekódujících oblastí genomu.
Problematika 1: Pro léčbu a prevenci onemocnění způsobovaných bakteriálními patogeny má
prvořadý význam rychlá a spolehlivá identifikace a charakterizace původce nákazy a jeho odlišení od
nepatogenních kontaminujících kmenů. Zásadní průlom v diagnostice patogenních mikroorganismů
nastal po zavedení moderních molekulárně genetických metod, orientovaných na analýzu genomové
DNA. Oproti fenotypovým testům mají vyšší diskriminační schopnost, menší podíl netypovatelných
vzorků, vysokou reprodukovatelnost a citlivost. Jsou proto i nenahraditelným prostředkem v
epidemiologii pro zjišťování původu, způsobů přenosu a šíření bakteriálních kmenů způsobujících
nozokomiální infekce a podstatně přispívají ke zpřesnění jejich taxonomického zařazení. Nejčastější je
analýza celkové genomové DNA pomocí elektroforetických metod, zejména pulzní gelové
elektroforézy, jejichž cílem je detekce polymorfismů v sekvencích genomové DNA různých kmenů.
Techniky založené na polymerázové řetězové reakci (PCR) jsou používány k identifikaci kmenů
detekcí specifických úseků genů a sekvencí a s výhodou jsou využívány pro identifikaci obtížně
kultivovatelných druhů. Pro stanovení evoluční příbuznosti kmenů se využívá ribotypizace a analýza
16S-rRNA a 23S-rRNA. Analýza obsahu plazmidů a restrikční analýza plazmidové DNA mají význam
zejména pro typování multirezistentních klinických kmenů. Důležitým faktorem ovlivňujícím základní
biologické vlastnosti bakteriálních kmenů jsou bakteriofágy, z nichž některé se přímo podílejí na
virulenci kmenů a produkci toxinů. Očekává se, že získané výsledky povedou k upřesnění výskytu a
vzniku virulentních kmenů v přirozených populacích. Vzhledem k širokému rozmezí hostitele mají
praktický význam také bakteriofágy polyvalentní (Pantůček et al., 1998).
V molekulárně genetické analýze bakteriálního genomu navazujeme na naše předchozí práce, které
byly zaměřeny na studium genetické variability u rozsáhlého souboru sbírkových a terénních
stafylokokových kmenů (Pantůček et al., 1996), jehož výsledkem bylo podstatné zpřesnění
taxonomického postavení jednotlivých koaguláza-negativních druhů v rámci rodu Staphylococcus
(Snopková et al., 1994). Další studie se týkaly lokalizace profágů na genomu S. aureus (Borecká et al.,
1996) a sestavení genetické a fyzikální mapy S. carnosus (Wagner et al., 1998). Z epidemiologického
hlediska byly detekovány a charakterizovány fenotypové vlastnosti kmenů stafylokoků podílející se na
jejich patogenitě (Růžičková, 1994a, b).
Dalším zástupcem bakteriálních patogenů, jejichž molekulární charakterizace je důležitá z hlediska
zdravotní ochrany obyvatelstva, je spirocheta Borrelia burgdorferi, která je původcem onemocnění
Lymeskou borreliózou (LB). Výskyt tohoto onemocnění se v posledních letech dostal na jedno z
předních míst mezi sledovanými přenosnými nemocemi. Zdrojem nákazy v Evropě mohou být všechna
vývojová stádia klíštěte Ixodes ricinus - larva, nymfa a dospělec. V poslední době se studium problému
nemoci LB zaměřuje zejména na otázku možné infikace zvířat a hlavně člověka jinými hematofágními
členovci než klíšťaty. Využitím molekulámě genetických metod je možno účinněji identifikovat
patogenní borelie nacházející se u hematofágních členovců a další nové druhy patogenních spirochet
nacházející se u známých či potenciálních vektorů.
Stav vČR a v zahraničí: Molekulární diagnostikou a DNA-typizací stafylokoků se žádné z pracovišť v
POHOVZ..doc - 7.11.2003
2
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
ČR vyjma našeho v uvedené šíři nezabývá. Překryvy mohou být pouze v aplikaci jednotlivých metod.
Tento závěr z vychází ze skutečnosti, že v odborné literatuře týkající se dané problematiky nejsou
práce českých autorů (vyjma spoluřešitelů VZ). Na molekulární diagnostiku borelií se již některá
pracoviště zaměřila. V zahraničí, zejména v Německu a Francii, existují specializovaná pracoviště
zaměřená na molekulární diagnostiku a epidemiologii bakteriálních patogenů na národní úrovni.
Borecká P., Rosypal S., Pantůček R., Doškař J. (1996): Localization of prophages of serological group B and F on restriction
fragments defined in the restriction map of Staphylococcus aureus NCTC 8325. FEMS Microbiol. Lett. 143: 203-210.
Pantůček R., Götz F., Doškař J., Rosypal S. (1996): Genomic variability of Staphylococcus aureus and the other coagulasepositive Staphylococcus species estimated by macrorestriction analysis using pulsed-field gel electrophoresis. Int. J. Syst.
Bacteriol., 46: 216-222.
Pantůček R., Rosypalová A., Doškař J., Kailerová J., Růžičková V., Borecká P., Snopková Š., Horváth R., Götz F., Rosypal
S. (1998): The polyvalent staphylococcal phage φ812: Its host-range mutants and related phages. Virology 246: 41-252.
Růžičková, V. (1994a): Characteristics of strains of Staphylococcus aureus in dairy farms. Vet. Med. (Czech), 39: 37-44.
Růžičková, V. (1994b): A Rapid Method for the Differentiation of Staphylococcus aureus Hemolysins. Folia Microbiol. 39: 112114.
Snopková Š., Götz F., Doškař J., Rosypal S. (1994): Pulsed-field gel electrophoresis of the genomic restriction fragments of
coagulase-negative staphylococci. FEMS Microbiol. Lett. 124: 131-140.
Wagner E., Doškař J., Götz F. (1998): Physical and genetic map of the genome of Staphylococcus carnosus TM300.
Microbiology 144: 509-517.
Problematika 2: Nejvýznamnějším modelovým organizmem pro řešení funkční genomiky u rostlin se
stala Arabidopsis tahliana (A.t.). Základními faktory, které předurčily A.t. k této roli, byly (i) malý genom
(přibližně 20 000 genů rozložených na 5 chromozomech), (ii) dobře rozpracovaná genetika, (iii) krátký
životní cyklus a (iv) dobré možnosti studia všech základních biologických problémů. V posledních 10
letech vedlo soustředěné úsilí řady špičkových laboratoří k vytvoření základů pro detailní poznání
všech významných životních pochodů u této rostliny. Hlavními dosaženými výsledky jsou (i) poznání
sekvence více než čtvrtiny genomu (s perespektivou ukončení sekvencování genomu do konce roku
2000), (ii) saturace genomu inzerčními mutacemi (transpozony, T-DNA) umožňující snadnou izolaci
mutace v genu známé sekvence, (iii) zavádění systémů regulovatelné exprese transgenů a (iv)
rozpracování nových metodických přístupů pro studium transkripčních profilů genomu A.t. za
definovaných podmínek využívající nových technologií DNA čipů.
S využitím uvedeného metodického potenciálu A.t. byla dosažena řada zásadních poznatků jak v
oblasti základního tak aplikovaného výzkumu. Zásadních pokroků bylo u A.t. dosaženo mimo jiné v
oblasti studia regulace vývoje rostlin rostlinnými hormony. Studium signální dráhy hormonu etylénu
poskytlo první jednoznačný průkaz existence receptoru hormonů u rostlin (1). Byl osvětlen vztah mezi
bisyntézou a účinkem další skupiny hormonů - brasinosteroidů (2). Rozmanitost metabolických
transformací a komplexita účinku jedné z nejvýznamnějších skupin rostlinných hormonů, cytokininů
(CK), jsou příčinou poměrně nízké úrovně poznání jejich působení. V současné době jsou vytvářeny
předpoklady pro rychlý pokrok v poznání vztahů mezi metabolizmem a účinkem CK, detailní analýzu
signálních drah CK (3) a pochopení role CK v kontrole metabolizmu a dopovědi na stresové faktory
(4).
Stav v ČR: Pracoviště genetiky na Přf MU je (kromě Dr. Gichnera a Velemínského z AV ČR) jediné,
které rozvíjí genetiku Arabidopsis nepřetržitě od r. 1965 a má tudíž v této oblasti velké zkušenosti (viz
souhrn 7). Publikační analýza ukazuje, že se domácí pracoviště funkční analýzou exprimovaných
oblastí genomu A.t. pro objasnění molekulární podstaty kontroly vývoje rostlin nezabývají. V současné
době používají tuto modelovou rostlinu v ÚMBR v Českých Budějovicích, ovšem k řešení jiné
problematiky (geneticky modifikovaných rostlin). Předpoklady předkládaného VZ pro úspěšné řešení
vycházejí z výsledků dosažených v oblasti vztahu mezi metabolizmem a účinkem CK (5, 6), udělení a
úspěšného řešení stávajících grantových projektů se zahraničními pracovišti v oblastech příbuzných
VZ a dlouhodobým výzkumem v oblasti genetiky A.t.
Citovaná literatura:
1) Chang, C., et al., Science, 262, 539 (1993)
2) Li, J., et al., Science, 272, 398 (1996)
3) Kakimoto, T., Science, 274, 982 (1996)
4) Taniguchi, M. et al., FEBS Lett., 429, 259(1998)
5) Brzobohatý, B., et al., Science, 262, 1051 (1993)
6) Brzobohatý, B., et al., Plant. Mol. Biol., 26, 1483, (1994)
7) Relichová, J., Biologické Listy 55 (2):81-92, (1990)
Problematika 3: U živočichů se v poslední době intenzivně rozvíjí výzkum mechanizmů, které řídí
procesy buněčné proliferace, diferenciace a apoptózy. Správný vývoj a udržování tkání závisí na
rovnováze mezi rychlostí, s jakou buňky na jedné straně rostou a diferencují a s jakou na straně druhé
vznikají a zanikají. U poškozených tkání je tato rovnováha často porušena, což postiženému
organizmu zpravidla způsobuje vážné defekty. Mezi nejvážnější z nich patří takové poruchy, které
POHOVZ..doc - 7.11.2003
3
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
vedou ke vzniku maligních nádorů. Poznání podstaty maligní konverze zdravých buněk je jedním
zhlavních cílů současného biomedicínsky orientovaného výzkumu v celosvětovém měřítku a
představuje také stěžejní bod předloženého záměru. Strategie záměru vychází ze známého faktu, že
podstatou nádorotvorných procesů v buňce jsou genetické změny na úrovni genů i chromozomů, které
postihují funkce klíčových buněčných regulátorů. Tyto regulátory jsou napojeny na komplexní
buněčnou signální síť, která zdravým buňkám umožňuje smysluplně reagovat na měnící se podmínky
v extracelulárním prostoru. Selháním uvedených regulátorů buňka ztrácí kontrolu nad vlastním
chováním, nereaguje na běžné buněčné regulační signály, např. nepřiměřeně rychle proliferuje, je
postižena její schopnost diferenciace a apoptózy a stává se pro postižený organizmus velkou zátěží.
Je zřejmé, že poznání genetické podstaty buněčného signálního systému, který o zmíněných
procesech rozhoduje, je první podmínkou zavedení úspěšných protinádorových terapií.
Jedním ze způsobů, jak prozkoumat úlohu jednotlivých proteinů v nitrobuněčných signalizacích je
genetický přístup, založený na cíleném přenosu příslušných genů do modelových buněk, resp.
organizmů, indukci jejich exprese a studiu navozených fenotypových změn. V řešitelském kolektivu
jsou pracovníci, kteří mají velké zkušenosti s přenosem genů (resp. cDNA) do leukemických buněk
(Šmarda and Lipsick, 1993, Šmarda and Lipsick, 1994, Šmarda et al., 1995, Engelke, Šmarda, et al.
1995, Zemanová and Šmarda, 1998a, b,c) a do genomu Drosophila melanogaster (Chroust et al.
1997). Analýzou stabilních transfektantů monoblastů transformovaných onkogenem v-myb se např.
podařilo prokázat, že receptory pro kyselinu retinovou mají funkci nádorových supresorů, které
zastavují proliferaci těchto leukemických buněk ve fázi G1 buněčného cyklu a zároveň indukují jejich
diferenciaci do konečného diferenciačního stadia makrofágů (Šmarda et al., 1996). Podobnou funkci
mají také receptory pro retinoid X (Šmarda et al., in preparation). Konstrukce transgenních drozofil se
zase ukazuje jako významný způsob odhadu mutagenního rizika chemických látek. Na těchto
organizmech lze relativně jednoduše provádět testy genotoxicity, které mají velkou výpovědní hodnotu
ve vztahu k člověku.
Šmarda, J. and J.Lipsick (1993): Dicistronic selection for nuclear proteins in living animal cells. Gene
137: 145-149.
Šmarda, J. and J.Lipsick (1994): c-Myb prevents TPA-induced differentiation and cell death in v-Myb
transformed monoblasts. Oncogene 9: 237- 245.
Šmarda, J. et al. (1995): Retinoic acid receptor α suppresses transformation by v-myb. Mol. Cell. Biol. 15: 2474-2481
Engelke, U., Šmarda, J. (1995): By-pass of TPA-induced differentiation and cell cycle arrest by the c-Myb DNA-binding domain.
Oncogene 11: 735-741.
Zemanová K. and J. Šmarda (1998a): Oncoprotein v-Myb and retinoic acid receptor α are mutual
antagonists. Blood Cells, Molecules and Diseases 24 (11): 239-250.
Zemanová K. and J. Šmarda (1998b): A possible cross-talk of retinoic acid- and TPA-driven differentiation pathways. Folia
Biologica 44: 97-106.
Zemanová K. a J. Šmarda (1998c): Onkoprotein v-Myb zabraňuje apoptóze buněk HL-60 vyvolané
působením kyseliny retinové. Klinická biochemie a metabolismus, 6: 81.
Chroust, K., Kuglík, P., Relichová, J., et al. Drosophila melanogaster, Vicia faba and Arabidopsis thaliana short-term bioassays
in genotoxicity evaluation of air and soil samples from sites surrounding two industrial factories in the Czech Republic. - Folia
Biol. (Praha) 43, 71 - 78, 1997
Problematika 4: Telomery jsou nukleoproteinové struktury tvořící konce lineárních chromozomů a
chránící je před exonukleázovou degradací a fúzí. Při každé replikaci DNA dochází ke zkrácení
telomer v důsledku neúplné replikace 3' konců výchozích DNA, což nakonec vede až ke ztrátě
funkčních telomer, zastavení buněčného dělení, popř. ke vzniku chromozomálních aberací.
Nejznámějším mechanizmem stabilního udržování délky telomer je nukleoproteinový komplex zvaný
telomeráza. Jde o specializovanou reverzní transkriptázu, která syntetizuje telomerovou DNA podle
templátové sekvence své RNA složky. Např. u člověka je aktivita telomerázy omezena na buňky
zárodečné linie, kmenové buňky obnovujících se tkání a na buňky nádorové. Naproti tomu u rostlin
byla zjištěna aktivita telomerázy ve všech tkáních obsahujících dělící se buňky (Fitzgerald, McKnight
et al. 1996, Riha, Fajkus et al. 1998), což je v souladu s totipotentním charakterem rostlinných buněk.
Vzhledem k tomu, že rostlinné zárodečné buňky se diferencují z meristémů dospělých rostlin, vedla by
absence telomerázy a následné zkracování telomer při vývoji rostliny k postupnému vymizení telomer
během několika generací. Studium telomer, telomerázy a proteinů vážících se k telomeře je
rozpracováno u kvasinek, některých prvoků a u lidských buněk, a to především na pracovištích v USA,
Japonsku, Velké Británii a SRN. Podstatně méně je známo o struktuře telomer a telomerázy u rostlin.
Kromě našeho pracoviště se touto problematikou zabývají ještě dvě laboratoře v USA (s jednou z nich
začínáme spolupracovat na charakterizaci katalytické podjednotky telomerázy) a jedno pracoviště v
SRN (spolupráce na charakterizaci vazebných proteinů telomer).
Na našem pracovišti bylo studium rostlinných telomer zahájeno zkoumáním struktury telomerového
chromatinu a délky rostlinných telomer (Fajkus, Kovařík et al. 1995, Kovařík, Fajkus et al. 1996) a
charakterizací napojení telomery na subtelomeru (Fajkus, Královics et al. 1995). Naše laboratoř
POHOVZ..doc - 7.11.2003
4
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
získala v r. 1996 světovou prioritu v objevu rostlinné telomerázy (Fajkus, Kovařík et al. 1996).
Nezávisle byly vzápětí publikovány obdobné výsledky dvou laboratoří v USA (Fitzgerald, McKnight et
al. 1996, Heller, Kilian et al. 1996). V letošním roce byla ukončena první fáze studia vývojové regulace
telomerázy v rostlinných buňkách (Riha, Fajkus et al. 1998, Fajkus, Fulnečková et al. 1998) a na
základě získaných výsledků nám byly nabídnuty zmíněné spolupráce ze zahraničí.
Publikační databáze ukazují, že v rámci ČR se studiu struktury telomer a telomerázy dosud žádné
další pracoviště nevěnuje. Víme pouze o dvou klinických pracovištích, které by ve spolupráci s námi
měly zájem na zavedení metod analýzy telomer a exprese či aktivity telomerázy pro diagnostické
účely.
Fajkus, J., J. Fulnečková et al. (1998): Plant cells induce telomerase activity upon transfer to callus culture without extensively
changing telomere lengths. Mol. Gen. Genet., accepted for publication.
Fajkus, J., A. Kovařík et al. (1996): Telomerase activity in plant cells. FEBS Letters 391:307-309.
Fajkus, J., A. Kovařík et al. (1995): Organization of telomeric and subtelomeric chromatin in the higher plant Nicotiana tabacum.
Mol. Gen. Genet. 247:633-638.
Fajkus, J., R. Královics et al. (1995): The telomeric sequence is directly attached to the HRS60 subtelomeric tandem repeat in
tabacco chromosomes. FEBS Letters 364:33-35
Fitzgerald, M. S., T. D. McKnight et al. (1996): Characterization and developmental patterns of telomerase expression in plants.
Proc. Natl. Acad. Sci. 93:14422-14427.
Heller, K., A. Kilian et al. (1996): Telomerase activity in plant extracts. Mol. Gen. Genet. 252:342-345.
Kovařík, A., J. Fajkus et al. (1996): Species-specific evolution of telomeric and rDNA repeats in the tabacco composite genome.
Theor. Appl. Genet. 92:1108-1111.
Riha, K, J. Fajkus et al. (1998): Developmental control of telomere lengths and telomerase activity in plants. Plant Cell
10(10):1691-1698.
2. Cíle výzkumného záměru a strategie jejich dosažení
(Vymezte jednotlivé cíle VZ a jejich časové etapy. Vysvětlete vztah VZ k účelově financovaným
projektům fakulty, zejména těm, které navrhujete jako součást VZ. Popište návaznost VZ na již
dosažené výsledky fakulty. Je-li VZ podáván na velká nákladná či jinak unikátní experimentální
zařízení, popište jejich stávající využití jak v rámci vysoké školy, tak i pracovišti mimo ni; jeho další
rozvoj, návaznost na stávající úkoly a projekty, které se zde již řešily nebo řeší.)
Obecným cílem je studium struktury genomu ve vztahu k normální a patologické funkci genů a úloha
nekódujících oblastí genomu u zástupců hlavních skupin organizmů.
V části týkající se bakteriálního genomu budou studovány genomy patogenních druhů se záměrem
praktického využití jejich molekulární identifikace v diagnostice. U rostlin bude výzkum zaměřen na
přiřazování biologické funkce jednotlivým známým i nově izolovaným genům metodami funkční
genomiky včetně reverzní genetiky u modelové rostliny Arabidopsis thaliana. U živočichů a člověka jde
o analýzu funkce cizích genů a jejich regulačních mechanizmů v procesech maligního bujení na
buněčné úrovni, dále o funkce cizích částí genomů na organizmální úrovni po transgenozi u Drosophila
melanogaster a detekci patologických stavů vlivem chromozomových mutací u člověka. Výzkum
nekódujících oblastí genomu bude zaměřen na molekulární analýzu a význam důležité genomové
domény eukaryotických chromozomů – telomer.
Konkretizace cílů:
Problematika 1. Garant: doc. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
U bakterií bude výzkum orientován na zpřesnění identifikace patogenních a klinicky významných
druhů molekulární analýzou jejich DNA (především rod Staphylococcus a později i dalších bakteriálních
druhů). Výsledky tohoto studia budou využity při diagnostice patogenních druhů přípravou
molekulárních sond. Výzkum bude orientován zejména na rychlou a spolehlivou diagnostiku a typizaci
klinicky významných druhů r. Staphylococcus, zejména multirezistentních kmenů S. aureus, a dále na
koaguláza-negativní stafylokoky, které se vyskytují ve stále větší míře v humánním klinickém materiálu
jako infekční agens. Výsledky analýzy budou korelovány se standardními fenotypovými testy. Výsledky
výzkumu mají přímé praktické využití, např. identifikace původce stafylokokových nozokomiálních
infekcí přispěje k jejich léčbě a prevenci, neboť zejména mnohonásobně rezistentní kmeny podle
stávajících prognóz představují a budou i nadáte představovat v celosvětovém měřítku velmi závažný
zdravotnický problém. Podobně budou identifikovány pomocí druhově specifických primerů genomy
patogenních spirochet u zástupců hematofágních členovců na území ČR, především z čeledi Ixodidae,
Simuliidae, Ceratopogonidae a Culicidae. Monitorování výskytu a molekulární charakteristika této
skupiny patogenů přispěje ke zdravotní ochraně obyvatelstva.
Při řešení VZ se počítá s úzkou spoluprací jak s tuzemskými tak i zahraničními pracovišti (Česká sbírka
mikroorganismů PřF MU v Brně, Národní Referenční laboratoř pro stafylokoky v Praze, Univerzita v
Tübingenu, Univerzita ve Vídni aj.).
Časový postup:
POHOVZ..doc - 7.11.2003
5
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
1999-2000: Shromáždění a otestování souboru terénních a sbírkových kmenů jednotlivých druhů r.
Staphylococcus, stanovení jejich fenotypových charakteristik (biotypizace, fagotypizace). Postupný
odchyt hematofágních členovců na jednotlivých lokalitách ČR, izolace spirochet z různých vektorů a
srovnání jejich genomu pomocí PCR, analýza spirochetálních proteinů pomocí metody PAGE.
2000-2001: Analýza genomu vybraných kmenů reprezentujících jednotlivé druhy pomocí kvantitativní
restrikční analýzy a PCR. Analýza obsahu plazmidů u kmenů rezistentních k antibiotikům. Výsledkem
bude stanovení genotypové variability kmenů jednotlivých druhů a charakterizace faktorů, které ji
podmiňují.
Analýza genomu spirochet restrikční analýzou a stanovení jejich genetické příbuznosti, sledování
odlišnosti proteinů u jednotlivých pasáží izolovaných kmenů spirochet (studium antigenních změn).
2001-2002: Vyhledání sekvencí specifických pro jednotlivé druhy a jejich charakterizace. Příprava
molekulárních sond z těchto sekvencí a jejich využití k určení kmenů jednotlivých druhů. Identifikace
jednotlivých Ag struktur zodpovědných za patogenitu spirochet.
2002-2003: Vymezení a prověření metodických kriterií pro molekulární identifikaci klinicky významných
druhů bakterií (zejména stafylokoků). Určení jednotlivých druhů spirochet na základě detekce
specifických genů.
Vypracování metodických pokynů pro aplikaci molekulárně-biologických postupů pro monitorování
bakteriálních původců nozokomiálních infekcí a alimentárních intoxikací.
Vypracování podkladů pro zlepšení vzdělávacího procesu a provádění proškolení externích pracovníků
z klinických zařízení a výzkumných ústavů. Předpokládá se, že pracoviště katedry by mohlo plnit funkci
školícího centra v tomto oboru.
Do konce roku 1999 se řešená problematika částečně překrývá s projektem GAČR 301/97/1192.
Problematika 2. Garant: RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
U rostlin bude funkční analýza genomu zaměřena na identifikaci genů účastnících se klíčových
regulačních a metabolických procesů růstu a diferenciace rostlin analýzou příslušných sekvencí
genomu modelové rostliny Arabidopsis thaliana. Dlouhodobým cílem této oblasti výzkumného záměru
je přispět k porozumění molekulární podstaty kontroly růstových a diferenciačních procesů u rostlin na
komplexní úrovni propojující fyziologii a genetiku rostlin. Dosažení vytyčeného cíle bude zahrnovat (i)
vyhledávání genů kódujících proteiny se strukturními charakteristikami typickými pro regulační proteiny
a proteiny účastnící se klíčových metabolických procesů systematickou analýzou příslušných sekvencí
genomu Arabidopsis thaliana a dalších modelových organizmů, (ii) následnou molekulární
charakterizaci identifikovaných proteinů s cílem předpovědi jejich biologických funkcí a (iii) průkaz
předpovězených funkcí na organizmální úrovni přístupy reverzní i klasické genetiky. Bude k tomu
využito nejen kolekce mutantních genotypů získané v minulých letech na pracovišti genetiky PřF
klasickou mutagenezí, ale především bude využito možností, které se nabízejí u T-DNA inzerčních
mutantů, tj. lokalizace, izolace a charakterizace genů, zodpovědných za konkrétní funkce v rostlinách.
Získané poznatky budou sloužit jako základ pro experimentální vyhodnocení potenciálu kontrolované
ektopické exprese odpovídajících genů a jejich rekombinantních derivátů pro cílené modifikace
vlastností a reakcí rostlin.
Etapy:
Průběžně. Postupné vyhledávání genů kódujících proteiny se strukturními charakteristikami typickými
pro regulační proteiny a proteiny účastnící se klíčových metabolických procesů. Průběh této etapy
závisí na rychlosti uvolňování sekvencí získaných sekvencováním genomu Arabidopsis thaliana a
dalších organizmů do veřejně přístupných databází. Studium vztahu mezi strukturou a funkcí
vybraných klíčových proteinů metabolizmu a signálních drah u rostlin. Řešení navazuje a částečně se
překrývá s grantovými projekty ES, INCO-Copernicus, No. PL966135 a v r. 1999 GAČR 204/97/0154.
U ostatních řešených grantových projektů úkoly navazují na jejich výsledky.
Do r. 2000. studium vlivu řízené ektopické exprese vybraných genů kódujících proteiny klíčového
významu v metabolizmu a regulačních procesech rostlin na vývoj a fyziologické charakteristiky rostlin.
Lokalizace některých těchto genů na chromozomy A. thaliana metodami klasické a molekulární
rekombinační analýzy. Vytvoření předpokladů pro aplikaci funkční genomiky pro jednoznačné
přiřazování biologických funkcí vybraným regulačním genům..
Do r. 2003. Jednoznačné určení biologické funkce vybraných genů metodami funkční genomiky.
Studium možností využití regulovatelné ektopické exprese vybraných regulačních genů k cíleným
modifikacím vlastností rostlin.
Problematika 3. Garant: doc. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
U živočichů a člověka bude výzkum orientován na analýzu funkce cizorodých genů, jednak na
buněčné, jednak na organizmální úrovni a na detekci patologických stavů v genomu člověka. Smyslem
výzkumu na buněčné úrovni je získat původní poznatky o regulačních mechanizmech určujících
proliferaci, diferenciaci a smrt živočišných a lidských buněk. Exprese cizích genů na organizmální
POHOVZ..doc - 7.11.2003
6
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
úrovni bude studována u modelového organizmu Drosophila melanogaster po transgenozi. U člověka
je hlavním záměrem rozvoj nových metod detekce strukturních poruch genomu na úrovni sekvencí,
genů a chromozomů. Bude studována korelace mezi ztrátou, zmnožením a přemístěním genetického
materiálu a variabilitou fenotypových projevů specifických patologických stavů u člověka vedoucích ke
vzniku vrozených vývojových vad a nádorových onemocnění metodami molekulární cytogenetiky.
Tato část výzkumného záměru si klade za cíl prozkoumat funkci některých klíčových buněčných
regulačních proteinů v leukemických buněčných liniích a to především z hlediska jejich potenciálních
protinádorových účinků. Strategie je založena na přenosu relevantních genů (resp. cDNA) do
vybraných leukemických linií, jejich cílené expresi a analýze důsledků jejich přítomnosti na morfologii a
další znaky buněk. Sledována bude především proliferační aktivita, diferenciace a apoptóza. Mezi
regulátory, které chceme tímto způsobem prozkoumat patří např. regulační proteiny Fos, Jun, RAR,
RXR, Myb, Bcl-2, CBP, atd. Většina těchto faktorů realizuje svou funkci v buněčném jádře a jejich
propojení s mimobuněčným prostorem je zajištěno důležitými signálními kaskádami. V rámci tohoto
záměru chceme výzkum orientovat k bližšímu poznání těchto signálních drah. Konkrétně se budeme
zabývat úlohou vysoce nenasycených mastných kyselin (zejména kyseliny arachidonové a jejich
metabolitů - eikosanoidů) v přenosu signálů cytokinů TNF-α a TGFβ. Tato problematika navazuje a
dále rozvíjí grantové projekty GAČR, které v minulých letech byly a dosud jsou řešeny. Odlišuje se od
nich tím, že experimenty v rámci výzkumného záměru chceme realizovat na odlišném modelovém
systému, než který jsme používali dosud. Naším hlavním modelovým systémem se stanou lidské
leukemické buňky, především lidská leukemická linie HL-60. Naší snahou je dosáhnout takových
výsledků, které by byly relevantní pro lidskou medicínu. Zaměříme se též na použití metod molekulární
cytogenetiky pro studium přímé korelace mezi výskytem primárních chromozomálních změn a typem
nádorového onemocnění, které slouží ke zpřesnění diagnózy nádorového onemocnění, volbě
způsobu léčby i kontrole její účinnosti. Ve spolupráci s Oddělením lékařské genetiky FN v Brně se
zaměříme na detekci genetických změn na úrovni chromozomů v interfázních buňkách lidských
solidních nádorů. Budou rozpracovány nové techniky FISH, které umožňují pomocí DNA sond detekci
buněčných klonů obsahujících amplifikované onkogeny (např. N myc onkogen u neuroblastomu),
aneuploidní sestavy chromozomů či specifické delece a translokace chromozomů.
V rámci tohoto záměru budeme také rozvíjet program založený na využití transgenních organizmů. V
naší laboratoři již využíváme kmeny transgenních Drosophila melanogaster nesoucích některé lidské
geny pro metabolizační enzymy, k testům genotoxicity čistých chemických látek i vzorků prostředí.
Takovéto využití transgenních drozofil se ukázalo jako velmi slibné, neboť se tím zvýšila výpovědní
hodnota testování genotoxicity vzhledem k člověku. Proto byly tyto testy navrženy do nově se
formulující legislativy ČR v oblasti ekotoxikologie. Záměrem návrhu je průběžná molekulárně
genetická analýza lidských transgenů (CYP 2E1, CYP 2D6, glutathionS-transferáza) v hostitelském
organizmu Drosophila melanogaster na úrovni DNA a RNA. Výsledky posledních experimentů v naší
laboratoři naznačují, že při využívání transgenních kmenů drozofil po dobu přesahující pět roků došlo
v některých ojedinělých případech ke spontánní změně původní sekvence lidského genu. Vedle
průběžného sledování úrovně, příčin a časových závislostí možné změny struktury transgenu bude
sledován také vliv testovaných substancí (mutagenů) na možnou indukci mutací přímo v začleněném
transgenu. Vzhledem k tomu, že test na somatické mutace a rekombinace, který v naší laboratoři
používáme, odpovídá spíše chronickému působení mutagenu (expozice asi 72 hodin) a může tudíž
vyvolávat změny na úrovni transgenu, bude jako praktický výstup této částí problematiky stanovena
průměrná doba, po kterou je možné test na transgenních kmenech využívat, aniž by byla ovlivněna
aktivita enzymů exprimovaných lidských transgenů.
1999-2000: Příprava expresních vektorů pro nadprodukci studovaných proteinů v transfekovaných
leukemických buňkách. Konkrétně budou cDNA kódující proteiny c-Fos, c-Jun, v-Fos, v-Jun, Bcl-2,
RXRβ, CBP začleněny pod kontrolu inducibilního promotoru odvozeného od lidského genu pro
metallothionein v plazmidu pMT-IRES-CD4 a to v orientaci "sense” i "anti-sense”. Kontrola správnosti
provedených genových manipulací restrikční analýzou a testy inducibilní exprese daných genů v
přechodně transfekovaných fibroblastech.
Analýza spontánních mutací lidských transgenů (CYP 2E1, CYP 2D6, glutathion S-transferáza)
v hostitelském organizmu Drosophila melanogaster na úrovni DNA.
Rozpracování nových postupů techniky FISH umožňujících detekci genetických změn na úrovni
chromozomů v interfázních buňkách lidských solidních nádorů v závislosti na typu nádoru a způsobu
zpracování. Konkrétně budou ověřovány postupy vykazující vysokou účinnost hybridizace na
zamražených nádorech, formalínem fixovaných nádorech a parafínových řezech.
Jedná se o úkoly, které se částečně překrývají s cíli projektu GAČR 312/98/0679.
2000-2002: Transfekce buněk lidské leukemické linie HL-60 výše uvedenými plazmidy elektroporací
nebo lipofekcí, identifikace a selekce stabilních transfektantů a jejich klonování. Testy exprese
POHOVZ..doc - 7.11.2003
7
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
exogenních genů imunoblotingem a western blotingem.
Molekulárně cytogenetická detekce specifických genetických změn v solidních nádorech vztahujících
se k patogenezi nádorového onemocnění (amplifikované onkogeny, aneuploidní sestavy chromozomů
či specifické delece a translokace chromozomů), vyvození závěrů o možnosti zpřesnění diagnózy,
studium korelace mezi cytogenetickými nálezy a stádiem choroby, kontrola účinnosti léčby.
Jedná se o původní problematiku, která se nepřekrývá se žádným z dosud řešených grantových
projektů.
2002-2004: Charakterizace získaných stabilních transfektantů. Analýza důsledků nadprodukce
proteinů v-Fos, c-Fos, v-Jun, c-Jun, Bcl-2, RXRβ, CBP na diferenciaci, proliferaci a apoptózu buněk
HL-60. Paralelně budou studovány důsledky exprese obráceně orientovaných genů, které by tvorbou
anti-sense RNA měly blokovat tvorbu produktů endogenních genů fos, jun, bcl-2, RXRβ, CBP. Ze
srovnání fenotypových důsledků exprese zmíněných genů budou vyvozeny závěry o jejich funkcích. U
variant buněk HL-60 exprimujících v-fos, resp. c-fos a v-jun, resp. c-jun budou vyvozeny závěry o
funkčních odlišnostech virových a buněčných forem jejich produktů. U všech získaných variant linie HL60 bude studována úloha vysoce nenasycených mastných kyselin (především kyseliny arachidonové a
eikosanoidů) v přenosu signálů TNF-α a TNF-β. Ze srovnání informací získaných na jednotlivých
typech buněk budou vyvozeny závěry o způsobu propojení cytoplazmatických signálních drah s
jadernými.
Sledování indukovaných mutací transgenů při expozici jednotlivých genů drozofil testovaným
substancím a stanovení průměrné doby spolehlivého použití testu s ohledem na nestabiltu transgenů.
Získání nových typů DNA sond umožňujících detekci specifických genetických změn v nádorových
buňkách, detekce komplexních přestaveb chromozomů v nádorových buňkách, zavedení techniky
vícebarevné FISH (mFISH) s konkrétními dopady pro nádorovou cytogenetiku.
Jedná se o původní problematiku, která se nepřekrývá se žádným z dosud řešených grantových
projektů.
Problematika 4. Garant: RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Samostatnou část tvoří výzkum nekódujících oblastí genomů. Tyto sekvence tvoří zpravidla většinu
celkové délky eukaryotických genomů. Fakt, že nekódují sekvenci proteinů nebo RNA, přitom zdaleka
neznamená, že jde o oblasti málo významné z hlediska funkce genomu. Např. všechny tři základní
známé funkční elementy eukaryotických chromozomů - centromery, počátky replikace a telomery –
jsou tvořeny nukleoproteinovými komplexy, jejichž složkou DNA není kódující sekvence. Posledně
jmenovaná genomová doména, telomera a její metabolizmus, je dominantním objektem práce na této
části záměru. Bude provedena charakterizace nukleotidových sekvencí tvořících ve spojení se
specifickými proteiny telomery a subtelomery eukaryotických chromozomů a bude analyzována
mikrostruktura konců rostlinných telomer. Dále bude provedena charkterizace vlastností rostlinné
telomerázy, zjištěna její tkáňová specifita a závislost na diferenciačním stavu buňky. Předmětem zájmu
bude také podjednotkové složení komplexu telomerázy - nukleotidová sekvence RNA složky,
charakterizace proteinových podjednotek telomerázy a jejich interakce.
1999-2001. Charakterizace podjednotkového složení nukleoproteinového komplexu rostlinné
telomerázy: izolace RNA složky a stanovení její nukleotidové sekvence, izolace proteinové
podjednotky s aktivitou reverzní transkriptázy a příprava klonování její cDNA.
Jde o úkoly částečně se překrývající s cíli projektu MŠMT VS97032, v případě proteinové podjednotky
telomerázy se jedná o rozšíření původních cílů.
1999-2000. Stanovení mikrostruktury konců rostlinných chromozómů: určení délky a kvantitativního
zastoupení jednovláknových přesahů telomerové DNA, sekvenční charakterizace dalších spojovníků
mezi telomerou a centromerou (potenciální chromozom-specifické sondy).
Jedná se o cíle stanovené v rámci projektu MŠMT VS97032 specificky rozšířené o podrobnou analýzu
jednovláknových přesahů.
2000-2003. Izolace a charakterizace proteinů s vazebnou afinitou k telomerám v jejich specifických
strukturních stavech (jednovláknový G-řetězec a C-řetězec, dvojvláknová DNA, tetraplexní forma Gřetězce). Lokalizace nalezených proteinů in situ.
Původní cíl projektu VS97032 je v tomto bodě rozšířen o bližší charakterizaci vazebných proteinů,
přípravu specifických protilátek a jejich využití k imunocytochemické lokalizaci.
2001-2003. Exprese rekombinantní katalytické podjednotky telomerázy a její charakterizace.
Charakterizace expresního profilu této podjednotky a RNA podjednotky u modelové rostliny.
Není překryv s VS97032, pouze návaznost na dosažené výsledky.
Perspektivní získání knockout mutantů ve vztahu k telomerázovým podjednotkám a vazebným
proteinům, konstrukce transgenních rostlin exprimujících mutantní formy rekombinantních komponent
telomerázy, event. vazebných proteinů pro studium jejich funkce in vivo.
Úkol bude řešen ve spolupráci s LMFR od r. 2002, ale do r. 2003 zřejmě nebude ukončen, a proto
POHOVZ..doc - 7.11.2003
8
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
tento úkol není v pravém slova smyslu kontrolovanou etapou předkládaného záměru, ale spíše
naznačuje jeho další směřování.
Zabezpečení výzkumného záměru
3a) odborné (dlouhodobý “tradiční”rozvoj a sledovanost problematiky VZ v rámci fakulty; stěžejní a
k dané problematice v minulosti již vykazované vědecké výkony fakulty; vymezení VZ
z hlediska dlouhodobého rozvoje fakulty v návaznosti na statut VŠ, studijní obory,
výchovu doktorandů apod.)
Kořeny vzniku VZ na PřF MU: VZ "Genomy a jejich funkce" vychází z dlouholetých tradic výzkumu a
výuky v rámci experimentální biologie na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně. Z
tradičních oborů rozvíjených po dlouhá léta na biologických katedrách, jako je mikrobiologie, fyziologie
živočichů a rostlin, obecná genetika a molekulární biologie se v posledních letech, v reflexi na nové
trendy v biologii vyprofilovalo zaměření na molekulární a genetickou podstatu biologických funkcí. Z
této profilace vzešel i celý obor magisterského studia, Molekulární biologie a genetika, který má na
fakultě dvacetiletou tradici a neklesající vysoký zájem ze strany studentů i praxe. V návaznosti na
společenský zájem o tento obor úspěšně probíhá i výuka v bakalářském studiu oboru Buněčná a
molekulární diagnostika. Navrhovaný VZ je v působnosti tří oborových rad postgraduálního
doktorandského studia: Molekulární a buněčná biologie, Genetika a Fyziologie a vývojová biologie
živočichů. Předkládaný VZ má tedy bezprostřední návaznost na výzkumnou a pedagogickou profilaci
školy tak jako v minulých desetiletích, tak do budoucna, neboť se jedná o oblast velmi intenzívně
celosvětově rozvíjenou.
Perspektiva rozvoje výzkumu v oblasti studia molekulární biologie a genetiky byla v poslední době
podpořena projekty v rámci programu "Posílení výzkumu na vysokých školách", konkrétně projektem
"Laboratoř molekulární fyziologie rostlin", který vznikl na PřF MU v roce 1996 a "Laboratoř analýzy
biologicky významných molekulárních komplexů" z r. 1997. Vědecká erudice pracovníků zmíněných
laboratoří a moderní přístrojové vybavení umožňují výrazně zkvalitnit výzkum v dané oblasti.
Bylo proto účelné propojit výzkumné zaměření na stávajících katedrách a nově vzniklých výzkumných
laboratořích do komplexního výzkumného záměru Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity.
Propojení problematiky VZ s obory postgraduálního studia:
Navrhovaný VZ je spojen se třemi výše uvedenými obory postgraduálního studia na Přírodovědecké
fakultě MU. Předsedové všech tří oborových rad jsou členy kolektivu tohoto VZ (prof. S. Rosypal, prof.
J. Relichová, prof. V. Šimek). V současné době pracuje v kolektivu VZ celkem 21 diplomantů a 23
studentů PGS, z toho dva zahraniční. Do budoucna se počítá zhruba se stejným rozsahem počtu
studentů magisterského a postgraduálního studia.
Grantové projekty
Uvedeny jsou granty, které byly řešeny na zúčastněných pracovištích v roce 1995 a dalších a které se
týkaly problematiky VZ. (Hvězdičkou je označeno, že osoba uvedená ve VZ byla hlavním řešitelem).
Problematika 1.
GAČR:
301/93/2138*, 203/95/0497, 301/97/1192*,
Min.Zdrav:
Z 201/4*
Mezinárodní: CT 93-0145*, Action 12p6/1997*
MŠMT:
F274/1997*, F295/1997*, F2 0623/96*, F268/97*
Problematika 2.
GAČR:
204/93/2336, 204/93/0350*, 230/94/1256*, 204/96/1680, 204/97/0154,
Min.Zeměděl.: IE 0950975067*, EP7038*
Mezinárodní: Nat. Sci. Found. USA No. Int-9600462, The Royal Society UK r. 1997-1998,
INCO-COPERNICUS PL 966135, Action 12p6/1996*
MŠMT:
0601/96*, F 296/97, VS 96096*, KONTAKT ES 040*,
Jiné:
GA AV ČR A5004603*, Grant MU/96
Problematika 3.
GAČR:
505/93/2369*, 312/95/1212*, 301/96/K047, 302/96/1393*, 312/98/0679
Mezinárodní: R03 TW00291,
MŽP:
VaV340/1/96, VZ/5200/95,
MŠMT:
252/95*, 559/96*, 281/97*, 298/97*
Jiné:
Grant MU/95
Problematika 4.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
9
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
GAČR:
MŠMT:
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
24/93/0053, 521/96/1123*
VS 97032*
Závěr: Navrhovaný VZ vychází z celkem 43 grantových projektů řešených od roku 1995. Z tohoto
počtu bylo celkem 27 projektů vědeckovýzkumných, řešených převážně po tříleté období, dva z
programu MŠMT "Posílení výzkumu na VŠ" a 14 jednoletých vědecko-pedagogických projektů.
3b) personální (informace o řešitelském kolektivu, složení, kvalifikace, otázky zajištění dlouhodobé
stability výzkumného programu)
Jak vyplývá z přiloženého odborného životopisu, je vedoucí kolektivu, prof. J. Relichová zkušenou
odbornicí v oblasti vědecko-výzkumné i pedagogické práce na Přírodovědecké fakultě MU, s širokým
přehledem v oblasti genetiky.
Garanty jednotlivých zaměření jsou zkušení pracovníci, jejichž výzkumná problematika v posledních
pěti letech odpovídá navrhovaným směrům. Výsledky své vědecko-výzkumné práce pravidelně
publikují se svými spolupracovníky v zahraničních vědeckých časopisech s významným impakt
faktorem (viz seznam publikací):
IF za posledních pět let - doc.Doškař 11,098, dr. Brzobohatý 33,239, doc. Šmarda 28,365, dr. Fajkus
23,362 .
Dlouhodobá stabilita kolektivu je zajištěna především stálými zaměstnanci PřF MU, u pracovníků nově
vzniklých laboratoří "250" se počítá, že od roku 2001 budou jejich mzdové požadavky pokryty v rámci
navrhovaného VZ.
Jednotlivé problematiky VZ jsou rovnoměrně personálně zajištěny takto:
Problematika 1 - Genom bakterií
Garant: doc. RNDr. Jiří Doškař, CSc., Katedra genetiky a molekulární biologie PřF MU
Spolupracovníci: RNDr. Jana Kailerová, CSc., Mgr. Roman Pantůček, Dr., Prof. RNDr. Stanislav
Rosypal, DrSc., RNDr. Vladislava Růžičková, CSc., všichni Katedra genetiky a molekulární biologie,
Mgr. Omar Šerý, RNDr. Alena Žákovská, Dr., Katedra fyziologie živočichů
Problematika 2 - Genom rostlin
Garant: RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc., Laboratoř molekulární fyziologie rostlin, PřF MU
Spolupracovníci: Mgr. Jan Hejátko, RNDr. Jana Klánová, RNDr. Hana Konečná, RNDr. Alena
Kuderová, CSc., Ing. Matěj Lexa, RNDr. Petr Mlejnek, CSc., RNDr. Eliška Nejedlá, CSc., Mgr. Šárka
Šotková, Mgr. Jan Zouhar – všichni Laboratoř molekulární fyziol. rostlin, Mgr. Pavel Lízal, Prof. RNDr.
Jiřina Relichová, CSc., RNDr. Jana Řepková, CSc. – Katedra genetiky a mol. biologie, RNDr.
Jaroslava Dubová,CSc., ing. Klára Hermanová - katedra fyziologie a anatomie rostlin
Problematika 3 - Genom živočichů
Garant: doc. RNDr. Jan Šmarda, CSc., Katedra genetiky a mol. Biologie PřF MU
Spolupracovníci: RNDr. Ing. Karel Chroust, Dr., RNDr. Jana Kailerová, CSc., RNDr. Petr Kuglík, CSc.,
- všichni Katedra genetiky a molekulární biologie, Prof. RNDr. Vladimír Šimek, CSc. – Katedra
fyziologie živočichů
Problematika 4 - Nekódující oblasti genomu
Garant: RNDr. Jiří Fajkus, CSc., Laboratoř analýzy biologicky významných molekulárních komplexů
PřF MU
Spolupracovníci: RNDr. Lenka Fajkusová, Mgr. Jana Fulnečková, Mgr. Mirka Hulánová, Mgr. Lumír
Krejčí – všichni Laboratoř analýzy biologicky významných molekulárních komplexů.
Odborná Curricula vitae řešitele a garantů jednotlivých problematik.
Prof. RNDr. Jiřina Relichová, CSc.
Osobní údaje:
narozena: 22.dubna 1945 v Moravci
bydliště: Valouškova 17, 635 00 Brno
stav: vdaná, dvě děti
zaměstnání: od r. 1967 dosud na Přírodovědecké fakultě MU v Brně
Dosažené vzdělání:
1962 – 1967
1968
1968 – 1975
PřF UJEP Brno, odborná biologie, specializace genetika, promovaný biolog
Rigorozní zkouška, RNDr.
Vědecká příprava
POHOVZ..doc - 7.11.2003
10
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
1989
1992
1997
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Obhajoba disertační práce na KU v Praze
Habilitace na UKo v Bratislavě, docentka genetiky
Jmenování profesorkou genetiky
Současná pozice na PřF MU: vedoucí Katedry genetiky a molekulární biologie, vedoucí Katedry
mikrobiologie, členka Vědecké rady PřF MU
Pedagogické a vědecké zaměření:
Současné přednášky: Obecná genetika, Genetika II, Genetika rostlin, Genetika populací.
Vědecké zaměření: Genetická variabilita v přírodních populacích Arabidopsis thaliana, indukovaná
genetická variabilita, multimutace, genetické mapování u Arabidopsis, rostlinné testy genotoxicity,
transgenoze u A. thaliana.
V letech 1990 až 1998 byla hlavní řešitelkou 5 a spoluřešitelkou dalších 5 grantových projektů.
Celkem publikovala přes 50 původních vědeckých prací, 8 vysokoškolských učebních testů a
přednesla řadu přednášek na domácích i zahraničních fórech.
Členka POK GA ČR.
Pobyty v zahraničí (krátkodobé): 1969 Univ. Newcastle, U.K., 1991 Univ. Tennessee, USA, 1993 Max
Planck Inst. Kolín n. R., Germany.
Členství ve vědeckých společnostech:
Genetická společnost G. Mendela, tajemnice
Čs. biologická společnost
Doc. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
Narozen 11.8.1951 v Brně
1969-1974
Studium PřF UJEP, obecná biologie, special.mikrobiologie
1975
RNDr., UJEP v Brně
1975-1978
Odb. asistent na Biofyzikálním ústavu ČSAV v Brně
1978-1988
Vědeckovýzkumný pracovník , PřF UJEP
1987
CSc. v oboru mikrobiologie, PřF UJEP, odborný asistent
1995
Habilitace na PřF MU, docent oboru molekulární biologie
Přednáší: Molekulární biologie, Metody molekulární genetiky, Molekulární biologie prokaryot, Genové
inženýrství.
Odborné zaměření:
od 1975 Analýza genomu mykoplazmat a jejich virů
od 1978 Genetický základ rezistence stafylokoků k antibiotikům, transdukce plazmidů
od 1984 Fyzikální charakterizace genomu stafylokokových fágů
od 1989 Molekulární analýza genomu stafylokoků a jejich virů, studium jejich genetické příbuznosti,
molekulární diagnostika patogenních mikroorganismů
V letech 1990-1997 se podílel se na řešení 6 grantových projektů (3 GAČR, 2 MZČR, 1 ES),
zaměřených vesměs na molekulárně genetické studium stafylokoků a jejich virů. V současné době je
nositelem grantu GAČR "Molekulární identifikace a diagnostika klinicky významných stafylokoků" a
spoluřešitelem dvou dalších projektů.
Celkem publikoval jako autor nebo spoluautor 28 původních vědeckých prací a přednesl 29 přednášek
a posterových sdělení.
Zahraniční pobyty
1991 Institute of Molecular Pathology, Wien, 3 měsíce, Grant UNESCO
1991 Univerzita v Tübingenu, Mikrobielle Genetik, Německo, 3 měsíce, stipendium DAAD
1992 Univerzita ve Vídni, Lehrstuhl f. Mikrobiologie, 3 týdny, studijní pobyt
1994 Univerzita v Tübingenu, Německo, 2 měsíce, pracovní pobyt
V rámci studijních a pracovních pobytů řešil problematiku analýzy genomu stafylokoků a jejich virů.
Členství ve vědeckých společnostech
Genetická společnost Gregora Mendela (člen výboru)
Biologická společnost (člen výboru brněnské pobočky)
Čs. společnost mikrobiologická
POHOVZ..doc - 7.11.2003
11
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Datum narození:
Vzdělání:
1976-1981
1981
1981-1985
1986
Zaměstnání:
7/85-6/89
od 7/93
od 8/96
27. září 1957
biochemie, Univerzita J. E. Purkyně, Brno, ČSSR,
školitel: RNDr. Jan Kovář, CSc.
RNDr.
interní vědecká aspirantura, biochemie, Ústav fyziológie hospodárskych zvierat
SAV
Ivánka pri Dunaji a Univerzita J. E. Purkyně, Brno, ČSSR,
školitel: prof. RNDr. Ladislav Kováč, DrSc.
CSc.
vědecký pracovník, Biofyzikální ústav ČSAV, Královopolská 135,
612 65 Brno, ČSSR
vedoucí pracovní skupiny, Biofyzikální ústav AV ČR,
Královopolská 135, 612 65 Brno, ČR
vedoucí Laboratoře molekulární fyziologie rostlin Přírodovědecké fakulty MU,
Kotlářská 2, 611 37 Brno, ČR
Pedagogická činnost:
od 1995
přednášející na katedře genetiky a molekulární biologie a katedře biochemie, PřF
Masarykovy univerzity, Brno, výběrová přednáška "Proteinové inženýrství"
vedení diplomových a disertačních prací
Zahraniční studijní pobyty:
12/87-4/88
vývojová molekulární biologie, studijní pobyt v laboratoři dr. J.-A.Lepesanta, Institut
Jacques Monod, Universite Paris VII, Francie
7/89-12/94
molekulární biologie rostlin, studijní pobyt na Max-Planck-Institut für
Züchtungsforschung, Kolín n. R., SRN, ústav prof. J. Schella, laboratoř dr. K.
Palmeho
4-7/97 a 2-8/98
vývoj systémů regulovatelné exprese transgenů pro geny kódující klíčové enzymy
metabolizmu cytokininů, Department of Plant Sciences, University of Oxford,
Oxford, UK
9-12/97 a 9-12/98 přesměrování klíčových enzymů metabolizmu cytokininů mezi jednotlivými subbuněčnými kompartmenty, Plant Research Laboratory, Michigan State University,
East Lansing, MI, USA
Současné hlavní výzkumné zájmy
Studium molekulárních základů regulačních procesů rostlin se zaměřením na (i) porozumění vztahů
mezi metabolizmem a účinkem cytokininů, (ii) mechanizmus molekulárního rozpoznání cytokininů jako
signálních molekul a (iii) studium signálních drah této skupiny rostlinných hormonů.
Udělené granty:
Od r. 1992 byl řešitelem dvou zahraničních grantů a čtyř projektů GA ČR. Od r. 1996 je řešitelem
projektu v rámci programu “Posílení výzkumu na VŠ” s názvem Laboratoř molekulární fyziologie
rostlin.
Jako spoluřešitel se účastnil řešení dalších dvou mezinárodních projektů a jednoho domácího.
Klíčový grantový projekt, který vytváří základní předpoklady pro etablování přístupů funkční
genomiky ve skupině dr. Brzobohatého:
4/1997-4/2000 "The role of phytohormones in control of plant development and architecture" ES,
INCO-Copernicus, grant No. PL966135
(V rámci tohoto projektu dochází k vytvoření kontaktů a přenosu znalostí a biologického materiálu pro
rozvoj funkční genomiky; úzký kontakt s Max-Planck-Institute for Plant Breeding, Kolín n. R., SRN, je
zajištěn tím, že Mgr. Jan Hejátko vypracovává významnou část své disertační práci na tomto
partnerském pracovišti a současně zavádí nové přístupy v LMFR.)
Členství ve vědeckých společnostech:
Federation of European Societies of Plant Physiology, člen
POHOVZ..doc - 7.11.2003
12
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Společnost pro biochemii a molekulární biologii, člen výboru
Celkem publikoval 17 původních vědeckých prací.
Celkový citační ohlas: 101
Doc. RNDr. Jan Šmarda, CSc.
Datum narození: 11.1.1961 v Brně
Vzdělání
1984 RNDr. - Přírodovědecká fakulta UJEP Brno, obor Molekulární biologie
1989 CSc. - Ústav molekulární genetiky ČSAV Praha, obor genetika
1997 Doc. molekulární biologie – habilitace na Přírodovědecké fakultě MU Brno
Dosavadní výzkumná činnost
1984-1989 studijní pobyt / interní vědecká aspirantura v Ústavu mokekulární genetiky ČSAV Praha
1990-1993 postdoktorální pobyt v Dept. of Microbiology, State Univ. New York at Stony Brook, USA
1993-1997 odborný asistent, Katedra genetiky a molekulární biologie. Přírodovědecká fak. MU Brno
1997-dosud docent, Katedra genetiky a molekulární biologie. Přírodovědecká fak. MU Brno
Krátkodobé zahraniční pobyty a stáže
1987 Ústav jaderné fyziky AV SSSR, Leningrad, SSSR (1 měsíc)
1989 Universidad Autonoma, CSIC, Canto Blanco, Madrid, Španělsko (1 měsíc)
1994 Institute of Molecular Pathology, Vídeň, Rakousko (3 měsíce)
1994 Department of Pathology, Stanford Univ. School of Medicine, Stanford, CA, USA (1 měsíc)
1996 Department of Pathology, Stanford Univ. School of Medicine, Stanford, CA, USA (2 měsíce)
Členství ve vědeckých společnostech:
American Society for Microbiology, Československá společnost mikrobiologická, Genetická společnost
Gregora Mendela
Zahraniční ceny
Fogarty International Research Collaboration Award, NIH, 1993
Invention "Co-selection of Protein Production in Living Cells", NIH, 1993
FEMS fellowship, 1994
Fogarty International Research Collaboration Award, NIH, 1996
Odborná činnost:
Odborná činnost let 1984-1989, shrnutá v kandidátské disertační práci, se týkala skupiny malých
virulentních bakteriofágů Bacillus subtilis a vyústila do výzkumu obecných mechanizmů rekombinace
DNA. Během tříletého postdoktorálního pobytu v USA (1990-1993) byla vědecká činnost zaměřena na
výzkum úlohy onkogenu v-myb a jeho buněčného protějšku c-myb v myeloidní diferenciaci. Od nástupu
na Přírodovědeckou fakultu Masarykovy univerzity v Brně v roce 1993 je vědecká činnost zaměřena na
studium úlohy retinoidových receptorů v myeloidní diferenciaci a jejich interakce s onkoproteinem vMyb.
Od roku 1993 se podílel na řešení 10 grantových projektů (2 zahraniční, 3 GAČR, 2 IGA MZ, 2 FRVŠ,
1 interní MU). Aktivně se zúčastnil 28 konferencí, z toho 17 mezinárodních. Kromě toho přednesl 16
přednášek na různých tuzemských seminářích. Celkem publikoval 17 původních vědeckých prací.
Celkový citační ohlas – 25.
RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Narozen 8. 5. 1964 v Brně, vystudoval biochemii na Přírodovědecké fakultě UJEP (MU) v Brně (19821987), studia ukončil s vyznamenáním, dipl. práce "Purifikace a imunochemická charakterizace
sukcinátdehydrogenázy Paracoccus denitrificans, titul RNDr., Medaile J.E. Purkyně.
1987-1988 - odb. as. na katedře biochemie, Př. fak. MU Brno
1988-1989 - studijní pobyt na BFÚ AVČR Brno
1990-1992 - vědecký aspirant na BFÚ AVČR Brno, disertační práce Domény v eukaryotickém
genomu. Hodnost CSc.
Vsouč. době věd. prac. BFÚ AV ČR (ved. laboratoře) a ved. pracoviště "Analýza biologicky
POHOVZ..doc - 7.11.2003
13
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
významných molekulárních komplexů" na Přírodovědecké fakultě MU Brno.
Stáže a kursy: 1989 - Ústav obecné genetiky, Moskva (prof. Ananiev)
1989 - Humboldt Univ. Berlin (Škola mladých vědců)
1992 - ICGEB (UNIDO) Terst - kurs genet. inž. a biotechnologií, prof. Falaschi
1992-1993, 1995 - postdoktorální stáž na Laval Univ. Canc. Res. Ctr., Quebec (prof.
Hancock) Chromatin domains in the human HPRT gene region
1996 - Weizmann Institute of Science, Rehovot (prof. Trifonov) - studium sekvenční
determinace polohy nukleozómů na subtelomerických sekvencích
Vědecká práce: Studium repetitivních sekvencí tabáku, genetická analýza somaklonálních variant N.
tabacum, studium připojení smyček chromatinu k jaderné matrix, detekce změn chromatinové struktury
repetitivních sekvencí tabáku v důsledku jejich indukované hypomethylace ve tkáňové kultuře, studium
umístění nukleozomů na rostlinné centromerické sekvenci DNA, mapování koncových oblastí
chromozomů a detekce charakteristických rozdílů v chromatinové struktuře telomerových a
subtelomerových sekvencí, srovnání délky telomer u několika druhů rodu Nicotiana, objev rostlinné
telomerázy, použití chemických sond k detekci sekvenčně determinovaných lokálních nepravidelností
struktury DNA, indukce apoptózy v rostlinných buňkách pomocí chladového šoku, charakterizace
chromozom-specifické repetitivní sekvence, molekulární diagnostika DMD a CML, studium vývojové
regulace telomerázy a délky telomer u rostlin.
Publikace členů řešitelského kolektivu z let 1993 – 1998
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
Bartošová, L., Řepková, J.: Evaluation of suspension culture technique in the genus Trifolium. Scientific
Studies, VÚP Troubsko 14: 39 - 44, 1996
Borecká P., Rosypal S., Pantůček R., Doškař J. (1996): Localization of prophages of serological group B
and F on restriction fragments defined in the restriction map of Staphylococcus aureus NCTC 8325. FEMS
Microbiol. Lett. 143: 203-210.
Brzobohatý, B., Moore, I., Kristoffersen, P., Bako, L., Campos, N., Schell, J., and Palme, K.:Release of
active cytokinin by a beta-glucosidase localized to the maize root meristem. Science 262: 1051-1054, 1993
Brzobohatý, B., Moore, I., and Palme, K.:Cytokinin metabolism: implications for regulation of plant growth
and development.Plant Molecular Biology 26: 1483-1497, 1994
Campos, N., Bako, L., Brzobohatý, B., Feldwisch, J., Zettl, R., Boland, W., and Palme, K.:Identification and
characterization of a novel phytohormone conjugate specific beta-glucosidase activity from maize. In
Biochemistry and Molecular Biology of beta-Glucosidases (Esen, A.; Ed.), pp. 205-213, 1993
Doškař J., Rosypal S., Pantůček R. (1996): Restrikční analýza genomu bakteriálních virů s využitím
kapilární elektroforézy. Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela (ISSN 1210-6267), 17: 6.
Dubová, J.: The haploid embryoids development in anther culture of transformed tobacco (Nicotiana tabacum
L. SR1).- Acta Soc. Bot. Polon., Vol.65, 1-2 : 31 - 35, 1996.
Dubová, J., B. Brzobohatý, M. Hladilová: Transformed tobacco (Nicotiana tabacum L.) haploids regeneration
in anther culture.- Biológia, 1996.
Dubová J., E. Benková, B. Brzobohatý (1997): Histochemical localization of redirected cytokinin-glucosidespecific beta-glucosidase in transgenic tobacco plants.- Histochemical. J. 29, 1: 74 -75.
Engelke, U., Šmarda, J., Lipsick, J.: By-pass of TPA-induced differentiation and cell cycle arrest by the cMyb
DNA-binding domain. Oncogene 11: 735-741, 1995
Fajkus, J., Nicklas, J., and Hancock, R. (1994). "Mapping Sites of DNA cleavage in vivo by topoisomerase II
in the Human HPRT Gene Region." Cell Biol. Int., 18, 376. i.f. 1.042
Fajkus, J., Kovařík, A., Královics, R., and Bezděk, M. (1995a). "Organization of telomeric and subtelomeric
chromatin in the higher plant Nicotiana tabacum." Molecular and General Genetics, 247, 633-638. i.f.2.917
Fajkus, J., Královics, R., Kovařík, A., and Fajkusová, L. (1995b). "The telomeric sequence is directly attached
to the HRS60 subtelomeric tandem repeat in tobacco chromosomes." FEBS Letters, 364, 33-35. i.f. 3.600
Fajkus J., Fulnečková J., Hulánová M., Berková K., Říha K., and Matyášek R. (1998) "Plant cells induce
telomerase activity upon transfer to callus culture without extensively changing telomere lengths." Mol. Gen.
Genet., accepted. i.f. 2.917
Gazdová, B., Široký, J., Fajkus, J., Brzobohatý, B., Kenton, A., Parokonny, A., Heslop-Harrison, J. S.,
Palme, K., and Bezděk, M. (1995). "Characterization of a new family of tobacco highly repetitive DNA, GRS,
specific for the Nicotiana tomentosiformis genomic component." Chromosome Research, 3, 245-254.
Gichner, T., Badayev, S.A., Demchenko, S.I., Relichová, J., Sandhu, S.S., Usmanov, P.D., Usmanova O.,
Velemínský, J.: Arabidopsis Assay for Mutagenicity. Mutation Research 310, pp.249-256 1994
Glatz, Z., Psotová, J., Janiczek, O., Chroust, K., Jowett, T. (1997). Application of covalent chromatography
for the purification of glutathione S-transferase. J. Chromatography, 3, 688, 239-243.
Hesse, T., Garbers, C., Brzobohatý, B., Kreimer, G., Sšll, D., Melkonian, M., Schell, J., and Palme, K.:Two mem
of the ERabp gene family are expressed differentially in reproductive organs but to similar levels in coleoptile of
maize.Plant Molecular Biology 23: 57-66, 1993
Hofmanová J., Musilová E., Holá J., Šimek V., Kozubík A.: Ionizing Radiation Intensifies the Effects of
POHOVZ..doc - 7.11.2003
14
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
29.
30.
31.
32.
33.
34.
35.
36.
37.
38.
39.
40.
41.
42.
43.
44.
45.
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Inhibitors of Eicosanoid Biosynthesis on Proliferation of Human Cancer Cells. J. Exp. Clin. Cancer Res. 14:
205 - 206, 1995.
Chroust, K., Kuglík, P., Relichová, J., Holoubek, I., Čáslavský, J., Veselská, R., Ryšková, M., Benedík, J.:
Drosophila melanogaster, Vicia faba and Arabidopsis thaliana short-term bioassays in genotoxicity evaluation
of air and soil samples from sites surrounding two industrial factories in the Czech Republic. - Folia Biol.
(Praha) 43, 71 - 78, 1997
Chroust, K. (1994). General problem in genotoxicity testing. The use of transgenic Drosophila melanogaster
bearing human genes in test of genotoxicity. Scripta Fac. Sci. Nat. Univ. Masaryk. Brunensis Biology, 22-23,
108-113.
Chroust, K., Jowett, T., Papoušková, I. (1997). Transgenic Drosophila melanogaster bearing human genes
in environmental risk evaluation. Mutat. Res., 379(1), S 160, P XVI B3.
Klepárník K., Malá Z., Doškař J., Rosypal S., Boček P. (1995): An improvement of restriction analysis of
bacteriophage DNA using capillary electrophoresis in agarose solution. Electrophoresis: 16: 366-376.
Klepárník K., Berka J., Foret F., Doškař J., Kailerová J., Rosypal S., Boček P. (1998): DNA cycle
sequencing of a common restriction fragment of the Staphylococcus aureus bacteriophages by capillary
electrophoresis using replaceable linear polyacrylamide. Electrophoresis 19: 695-700.
Kovařík, A., Fajkus, J., Koukalová, B., and Bezděk, M. (1996). "Species-specific evolution of telomeric and
rDNA repeats in the tobacco composite genome." Theor. Appl. Genet, 92, 1108-1111. 2.536
Kozubík A., Hofmanová J., Musilová E., Šimek V., Valette A.: The Effects of Transforming Growth Factorbeta 1 Under Conditions of Inhibited Lipoxygenase Metabolic Pathway on Cell Proliferation and Differentiation.
J. Exp. Clin. Res. 14: 203 - 204, 1995.
Královics, R., Fajkus, J., Kovařík, A., and Bezděk, M. (1995). "DNA Curvature of the Tobacco GRS Repetitive
Sequence Family and its Relation to Nucleosome Positioning." Journal of Biomolecular Structure & Dynamics,
12(5), 1103-1119. 1.487
Krčmář, P., Růžičková, V. (1996). High-voltage electrophoretic identification of residual antibiotics in milk. Vet.
Med. (Czech), 41: 93-95.
Křížová E., Šimek V.: Influence of Intermittent Fasting and High-Fat Diet on Morphological Changes of the
Digestive System and on Changes of Lipid Metabolism in the Laboratory Mouse. Physiol. Research 45: 145 151, 1996.
Křížová E., Šimek V., Abelenda M., Puerta M.: Food Intake and Body Weight in Rats With Daily FoodAvailability Restrictions. Physiology and Behavior 60: 791 - 794, 1996.
Křížová E., Šimek V.: Effect of Intermittent Feeding With High-Fat Diet on Changes of Glycogen, Protein and
Fat Content in Liver and Skeletal Muscle in the Laboratory Mouse. Physiol. Research 45: 379 -383, 1996.
Kuglík, P., Veselská, R.: The use of micronucleus test to characterise adaptation of Vicia faba root tip cells to
gamma-radiation. - Biol. Plant. 36 (2): 215-220, 1994.
Matyášek, R., Fulneček, J., Fajkus, J., and Bezděk, M. (1996). "Evidence for a sequence-directed
conformation periodicity in the genomic highly repetitive DNA detectable with a single-strand-specific chemical
probe potassium permanganate." Chromosome Research, 4, 340-349.
Nedělník, J., Řepková, J.: Selekce rostlin in vitro na odolnost vůči vybraným patogenům s využitím
sekundárních toxických metabolitů. Czech J. Genet. Plant Breed. 34(2): 69 – 76, 1998
Pallová P., Kailerová J., Doškař J., Rosypal S., Klepárník K., Malá Z., Boček P. (1996): The use of capillary
electrophoresis for analysis of common restriction fragments of Staphylococcus aureus bacteriophages.
Abstracts of papers presented in Hradec Králové, 5.-6.9.1995. Folia Biologica (Praha), 42(3), 123.
Pantůček R., Götz F., Doškař J., Rosypal S. (1996): Genomic variability of Staphylococcus aureus and the
other coagulase-positive Staphylococcus species estimated by macrorestriction analysis using pulsed-field gel
electrophoresis. Int. J. Syst. Bacteriol., 46: 216-222.
Pantůček R., Götz F., Doškař J., Rosypal S. (1996): Využití pulzní gelové elektroforézy DNA pro ifdentifikaci
patogenních stafylokoků a studium jejich genomu. Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela
(ISSN 1210-6267), 17: 6-7.
Pantůček, R., J. Doškař, P. Borecká, V. Růžičková, J. Kailerová, K. Klepárník, Z. Malá, S. Rosypal (1996):
Struktura genomu stafylokokových fágů 3A a 77. Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela
(ISSN 1210-6267), 18: 17.
Pantůček, R., Růžičková, V., Doškař, J. (1998): Vyhodnocování obrazů elektroforetických gelů s využitím
počítačových systémů. Klinická biochemie a metabolizmus 6(3):196.
Pantůček R., Kailerová J., Snopková Š., Veverková A., Rosypal S. (1994): Jednoduchý test k určení
Staphylococcus aureus pomocí mutant jeho polyvalentního fága 812. Scripta medica (Brno), 67:225.
Pantůček, R., A. Rosypalová, J. Kailerová, J. Doškař, R. Horváth, V. Růžičková a S. Rosypal (1996):
Citlivost rodu Staphylococcus k polyvalentnímu fágu 812 a jeho mutantám v rozmezí hostitele. Informační listy
Genetické společnosti Gregora Mendela (ISSN 1210-6267), 18: 16.
Pantůček R., Rosypalová A., Doškař J., Kailerová J., Růžičková V., Borecká P., Snopková Š., Horváth R.,
Götz F., Rosypal S. (1998): The polyvalent staphylococcal phage φ812: Its host-range mutants and related
phages. Virology 246: 41-252.
Pokorný, P., Nedbálková, B., Řepková, J.: Rezistence mezidruhových hybridů Medicago spp. a Trifolium
spp. k některým virovým patogenům. Sborník vědeckých prací VÚP 13: 21 - 28, 1995
Relichová, J.: Historie genetiky populací. Informační listy Genetické společnosti G. Mendela 16:12-16, 1994
Relichová, J., Kuglík, P., Kozubek, S.: Effects of accelerated iron ions on the mutation distribution in
Arabidopsis thaliana shoot apex cells. - In: Radiation Biology and its Applications (S. Kozubek and G.
Horneck - Eds.), pp. 114 . 120, Kiramo 1995
POHOVZ..doc - 7.11.2003
15
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
46. Relichová, J.: Mutagenicity test in Arabidopsis thaliana. International Network for Research on EcoGenotoxicology. Roskilde Univ. Abstract Book p. 14, 1996
47. Relichová, J.: Co je genetika? Informační listy GSGM 19: 13-15, 1997
48. Relichová, J.: Mendel´s principles and the Hardy-Weinberg law. Folia Mendeliana 31-32: 9-11, 1996/97
49. Růžičková, V. (1994): Characteristics of strains of Staphylococcus aureus in dairy farms. Vet. Med. (Czech),
39: 37-44.
50. Růžičková, V. (1994): Growth and survival of Salmonella enteritidis in selected egg foods. Vet. Med. (Czech),
39: 187-195.
51. Růžičková, V. (1994): A Rapid Method for the Differentiation of Staphylococcus aureus Hemolysins. Folia
Microbiol. 39: 112-114.
52. Růžičková, V. (1996): Vliv okyselování na Salmonella enteritidis v definovaném mediu. Vet. Med. (Czech),
41: 25-31.
53. Růžičková, V., Karpíšková, R., Pakrová, E. (1996): Použití polotuhého DIASALM média k izolaci Salmonella
enteritidis. Vet. Med. (Czech), 41: 283-288.
54. Ryšková, M., Chroust, K., Benedík, J., Jowett, T. (1997). Genotoxicity of N-nitroso-N- methylurea and
Acetone oxime in the transgenic Drosophila carrying the human gene encoding a subunit of Glutathione Stransferase. Folia Biologica (Praha), 43, 19-24.
55. Řepková, J.: Selection of embryogenic genotypes of the genus Lotus and possibilities of their utilization.
Scientific Studies VÚP Troubsko 14, 33 - 37, 1996
56. Řepková, J., Nedělník, J., Pokorný, R., Bartošová, L.: Perspektivy některých biotechnologických metod ve
šlechtění jetelovin. Agrospoj Mze ČR, 5 - 7, 1997
57. Řepková, J., Binarová, P.: Metody embryokultur a fúze protoplastů a jejich využití při mezidruhové hybridizaci
rodu Medicago, Triflium a Lotus. Genet. A Šlecht. 33: 215 - 228, 1997
58. Řepková, J., Nedělník, J.: Selection of embryogenic genotypes of alfalfa (Medicago sativa L.) and their
utilisation in the selection of plants resistant to fusaric acid. Czech J. Genet. Plant Breed. 34(2): 45 – 48, 1998
59. Riha K., Fajkus J., Siroky J., and Vyskot B. (1998) "Developmental Control of Telomere Lengths and
Telomerase Activity in Plants." Plant Cell, 10, in press. i.f. 8.847
60. Suter-Crazzolara, C., Brzobohatý, B., Gazdová, B., Shell, J., and Reiss, B.:T-DNA integrations in a new
family of repetitive elements of Nicotiana tabacum. Journal of Molecular Evolution 41: 498-504, 1995
61. Šimek V., Skřontová M: Influence of Cold on Some Parameters of the Lipid Metabolism in Haemolymph of
Praepupae of Galleria mellonella. Scripta Fac. Sci. Nat. Univ. Masarykianae Brunn. 22-23: 55-61, 1993
62. Šmarda, J., Lipsick, J.: c-Myb prevents TPA-induced differentiation and cell death in v-Myb transformed
monoblasts. Oncogene 9: 237-245, 1994
63. Šmarda, J., Sugarman, J., Glass, C., Lipsick, J.: Retinoic acid receptor alfa supresses transformation by vmyb. Molecular and Cellular Biology 15: 2474-2481, 1995
64. Snopková Š., Götz F., Doškař J., Rosypal S. (1994): Pulsed-field gel electrophoresis of the genomic
restriction fragments of coagulase-negative staphylococci. FEMS Microbiol. Lett. 124: 131-140.
65. Veselská, R., Kuglík, P., Relichová, J.: The influence of incorporated bromodeoxyuridine on mutagenicity
testing by sister chromatid exchange induction in Vicia faba root-tip cells. - Biol. Plant., 37, 9-14, 1995.
66. Wagner E., Doškař J., Götz F. (1998): Physical and genetic map of the genome of Staphylococcus carnosus
TM300. Microbiology 144: 509-517.
67. Zemanová, K., Šmarda, J.: A possible cross talk of retinoic acid- and TPA-driven myeloid differentiation
pathways. Folia Biologica 44: 97-106, 1998.
68. Zemanová, K., Šmarda, J.: Oncoprotein V-myb and retinoic acid receptor alfa are mutual antagonists. Blood
Cells, Molecules, and Diseases 24: 239-250, 1998
Učební texty
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
Drobník, J. a kol. (Chroust) (1997). Harmonizace pravidel práce v biologii a chemii s pravidly evropské unie. I.
Bezpečnost biotechnologií. Universita Karlova, Perez, 1997, 163 str.
Drobník, J. a kol. (Chroust) (1997). Harmonizace pravidel práce v biologii a chemii s pravidly evropské unie.
II. Systémy zabezpečování jakosti. Universita Karlova, Perez, 1997, 171 str.
Chroust, K. :Sbírka příkladů z genetiky kvantitativních znaků. Masarykova univerzita, 1997
Relichová, J.: Základy genetiky. Učební text pro studenty středních škol. Gymnázium J.G. Mendela Brno, (57
stran), 1997
Relichová, J.: Genetika populací. Masarykova univerzita, (175 stran), 1997
Relichová, J.: Praktická cvičení z genetiky. 2. Vydání. Masarykova univerzita, (96 stran), 1997
Rosypal S. a kol. (1994). Přehled biologie. Druhé vydání, Scientia, Praha 1994 (634 stran).
Rosypal S. (1994). Bakteriologie a virologie. Scientia, Praha 1994 (67 stran).
Rosypal S. (1997). Úvod do molekulární biologie. Díl I a II. Druhé rozšířené vydání. Vydavatel S. Rosypal,
Brno 1997 (556 stran).
Rosypal S. a Doškař J. (1997). Úvod do molekulární biologie. Díl III. Druhé rozšířené vydání. Vydavatel S.
Rosypal, Brno 1997 (283 stran).
Rosypal S. a kol. (Relichová) (1997). Úvod do molekulární biologie. Dodatek k druhému rozšířenému
vydání. Vydavatel S. Rosypal, Brno 1997 (157 stran).
Rosypal S. (1998). Úvod do molekulární biologie. Díl I – Informační makromolekuly – Molekulární biologie
prokaryot. Třetí vydání. Vydavatel S. Rosypal, Brno 1998, ISBN 80-902562-0-1 (300 stran).
Šmarda, J.: Etiologie nádorů. Klinická onkologie, II. díl (Vorlíček a kol.), 1995
POHOVZ..doc - 7.11.2003
16
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
3c) prostorové a materiálně technické (míra zabezpečení VZ v rámci stávající infrastruktury
pracoviště; u konkrétních nákladnějších nebo speciálních zařízení uveďte parametry - stav,
stáří apod. - vzhledem k úrovni techniky ve světě, představy o jeho procentuálním využívání
v rámci VZ; u “velkých experiment. zařízení” popsat funkce, a provozní požadavky na chod
zařízení, požadavky na provoz infrastruktury i požadavky na vlastní vědecké programy;
uvést představy o podílu financování provozu z VZ ve vztahu k dalším projektům a úkolům
využívajícím dané zařízení.)
Většina prostor pro řešení VZ se nachází v areálu Přírodovědecké fakulty MU, Kotlářská 2. Jsou to
prostory Katedry genetiky a molekulární biologie, Katedry fyziologie a anatomie rostlin, Katedry
fyziologie živočichů a nově vzniklé Laboratoře molekulární fyziologie rostlin. Pouze část navrhovaného
výzkumu, tj. problematika 4 se řeší dočasně v prostorách Biofyzikálního ústavu AV ČR v Brně.
Z výčtu řešených grantových úkolů v posledních čtyřech letech je zřejmé, že příslušná pracoviště
mohla pořídit z přidělených finančních prostředků zařízení nezbytná pro jejich řešení. Zejména
Laboratoře zřízené v rámci programu "Posílení výzkumu na vysokých školách" pořídila v prvních letech
své působnosti moderní a investičně náročná zařízení v pořizovací hodnotě zhruba 22 milionů Kč ve
většině případů s dosud minimální amortizací. Tyto přístroje pořízené z finančních dotací projektu “250“
uvádíme včetně jejich pořizovací hodnoty. Dále jmenujeme nejdůležitější vybavení pořízené v
posledních letech z dalších grantových prostředků. Je členěno podle struktury výzkumu, avšak zařízení
jsou využitelná obecně pro celý VZ. Unikátní zařízení dvou zmíněných Laboratoří je a bude využíváno i
nad rámec koncipovaného VZ .
Problematika 1:
Zařízení pro kultivaci bakterií:
termostaty, vodní lázně, třepačky.
Zařízení pro uchovávání buněk:
mrazící box –70°C.
Zařízení pro manipulaci s DNA a analýzu genomu:
2x chlazená mikrocentrifuga,
4x zdroj pro standardní elektroforézu DNA,
2x zařízení pro pulzní gelovou elektroforézu,
2x transiluminátor,
termocykler,
densitometr,
2x hybridizační inkubátor,
software pro analýzu gelů aj.
Další zařízení"
Mikroskop Olympus BX50,
flowbox EM BOX 20,
souprava pro vertikální PAGE,
densitometr GS-670 + software
Problematika 2:
Zařízení Laboratoře mol. fyziol. rostlin
Genetický analyzátor DNA ABI PRISM 310
Syntetizátor oligonukleotidů Expedite 8909
Perfúzní chromatograf BioCAD 700E
Gene Pulser II Electroporator System
Phosphor Imager STORM 840
Centrifuga Avanti J-30I
Personal Densitometer SI
Luminiscence Spectrometer LS 50 B
UV/vis Spectrometer Lambda 40
Čtečka mikrodestiček Rainbow Reader
Speedvac Vacuum Concentration System
Váhy analytické METTLER
Váhy přenosné METTLER
Termomixér
Sušička gelů
Elektroforetické jednotky
Transiluminator UVT
POHOVZ..doc - 7.11.2003
Cena (tis. Kč)
1 895
1 412
3 143
368
1 962
1 336
605
962
622
270
266
129
43
53 2x
54
302
68
17
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Třepačka Tubling Table WT 12
Centrifuga 5417C
Centrifuga 5407C
Centrifuga 5403
GeneAmp PCR
Zařízení na přípravu ultračisté vody
Mikrobiologická třepačka 4518
Hybridizační inkubátor
Hlubokomrazící box
Vodní lázeň GFL 1086
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
65
85
69
168
131 2x
222
253
82
210
95
Další zařízení na PřF:
termocykler,
zařízení pro vertikální a horizontální elektroforézu,
klimatizované kultivační místnosti s řízeným osvětlením pro pěstování rostlin,
sterilní flowbox Biohazard,
mikrocentrifuga,
fluorescenční mikroskop s fotozařízením.
Problematika 3:
Zařízení pro kultivaci buněk:
2x laminární flowbox Biohazard,
2x inkubátor s řízenou atmosférou CO2,
třepačka/inkubátor New Brunswick.
Zařízení pro studium buněk:
mikroskop s fázovým kontrastem,
fluorescenční mikroskop,
cytocentrifuga.
Zařízení pro manipulaci sDNA a proteiny:
2x mikrocentrifuga,
zdroj. el. napětí pro elektroforézu,
DNA fluorometr,
UV/Vis spektrofotometr,
zařízení pro polosuchý elektroblotting,
transiluminátor,
luminometr,
UV-crosslinker,
sušička gelů,
elektroporátor.
Další zařízení:
mikromanipulátor,
pikopumpa,
software pro vyhodnocování gelů,
chlazená centrifuga,
studený osvit,
vertikální sekvencátor se zdrojem,
elektroforéza,
flowbox,
temperovaná třepačka,
termocykler,
termostaty,
vodní lázně,
fluorescenční mikroskop s kamerou a počítačovou analýzou obrazu Lucia.
Problematika 4.
Zařízení laboratoře analýzy biologicky významných molek. komplexů:
Dvě chlazené stolní centrifugy Beckman, Avanti 30 a GS 15
860 tis. Kč
Pulsní elektroforéza, elfo a blotting komplet
833
Dokument. a detekční systém, výp. technika
1 237
Růst. komora pro rostliny, inkubátor CO2
655
SpeedVac, hlubokomrazíci box, vod. lázeň třepaná.
682
POHOVZ..doc - 7.11.2003
18
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Horkovzduš. sterilizátor, analyt. a přesné váhy
168
Termocykler, hybr. pec, spektrofotometr
470
Geiger monitor, inkubátor CL135
86
Ultracentrifuga Beckman OPTIMA XL-100K (bude dodáno v r. 1999) 2750
4. Předpokládané výsledky a způsob jejich prezentace
(uveďte předpokládané výstupy jednotlivých časových etap)
Výsledky výzkumu celého VZ budou každoročně prezentovány obhájenými diplomovými pracemi,
úspěšně zakončeným rigorózním řízením studentů PGS, publikovány v podobě původních vědeckých
prací v mezinárodních vědeckých časopisech a na konferencích.
U problematiky 1 bude zpřesněna diagnostika a typizace bakteriálních patogenů a budou připraveny
molekulární sondy a specifické primery pro identifikaci bakteriálních patogenů (zejména stafylokoků a
borelií). Výsledky významně přispějí k účinné léčbě a k prevenci bakteriálních infekcí, které představují
a podle stávajících prognóz budou nadále představovat v celosvětovém měřítku velmi závažný
zdravotnický problém.
U problematiky 2 získané výsledky přispějí k porozumění vztahu mezi metabolizmem a účinkem
fytohormonu cytokininu, k porozumění jeho signálních drah a jeho role na faktory vnějšího prostředí.
Lokalizace některých genů na chromozom přispěje k saturaci genové mapy Arabidopsis.
U problematiky 3 budou učiněny závěry o významu proteinů Fos, Jun, Bcl-2, RXRβ a CBP v
protinádorových procesech a způsobu jejich funkčního propojení s cytoplazmatickými signálními
drahami řízenými metabolity kyseliny arachidonové a eikosanoidy. Navíc budou učiněny závěry o
odlišnostech účinků onkoproteinů v-Fos a v-Jun od jejich buněčných prekurzorů c-Fos a c-Jun.
U problematiky 4 budou získané klony v expresních vektorech použity k získání informací o
mechanismech regulace exprese telomerázy v procesech ontogeneze a při navození senescence
nebo buněčné nesmrtelnosti. Pro tento typ studia představují rostlinné buňky jedinečný model a
výsledky na něm získané mohou napomoci objasnění těchto mechanismů i v případě lidských buněk.
5. Komentář k finančnímu zabezpečení výzkumného záměru
(zdůvodněte své finanční požadavky pro celou dobu realizace VZ i
uvedené následující Tabulce nákladů VZ)
jednotlivé položky
Investice
Zdůvodnění uvádíme zvlášť u investic, které jsou finančně náročnější. Ostatní částky na investice
zahrnují vybavení, které je běžné pro laboratoře molekulární genetiky a představují tudíž doplnění či
obnovu stávajícího přístrojového vybavení laboratoří. Tyto přístroje vyjmenováváme na konci
finančního zdůvodnění bez rozpisu na jednotlivá léta.
Na rok 1999 je plánován nákup souboru kultivačního zařízeni pro funkční genomiku Arabidopsis
thaliana, který je základním předpokladem pro zavedení přístupu funkční genomiky (možnost regulace
růstových podmínek, tj. teplota, osvětleni, vlhkost vzduchu). Celková kapacita kultivačních komor musí
dosáhnout přibližně 2 000 litrů. Druhou nezbytnou podmínkou je možnost práce s rostlinnými
tkáňovými kulturami ve sterilním prostředí. Stávající kapacita boxů, sdílených s Katedrou fyziologie a
anatomie rostlin a Katedrou genetiky a molekulární biologie není dostačující. Z cenových nabídek je
zřejmé, že soubor může být sestaven kombinací kultivačních komor Binder KBWF 720 a "flow-boxu"
FORMA 1201 při celkové ceně 1 600 tis. Kč.
Klíčovou investiční položkou plánovanou na r. 2000 je čipový analyzátor SELDI pro funkční genomiku
a analýzu proteomu. Jedná se o zařízení, které je schopno ve velmi krátké době analyzovat spektrum
proteinu ve vzorku, interakce DNA-protein a poskytnout další informace. Jde o přístroj v České
republice dosud neinstalovaný. Dodavatelem je firma Ciphergen. Cena zde uvedená je 2 800 tis. Kč,
což představuje cca 50 % skutečné ceny. Je to proto, že současná jednání s dodavatelskou firmou
naznačují, že vzhledem k originálnosti zařízení v našich podmínkách firma jeho dodávku umožní
výrazným snížením ceny s tím, že toto pracoviště bude firma používat jako své vzorové. Zařízení bude
v případě dodání možné používat dalšími pracovišti v ČR až do vyčerpání kapacity.
Dále je plánován konfokální mikroskop vceně 150 tis. Kč, který je nezbytný pro pozorování větších
objektů (zde rostlinných částí).
Na rok 2001 je dále plánován nákup genetického analyzátoru, který je druhou podmínkou pro rozvoj
funkční genomiky Arabidopsis thaliana. Ten poskytuje možnost automatického stanoveni sekvence
nukleotidů DNA a provádění fragmentační analýzy DNA. Technické podmínky pro tuto práci v rozsahu
odpovídajícím výzkumnému záměru splňuje kombinace dvou Genetických analyzátorů DNA ABI
POHOVZ..doc - 7.11.2003
19
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
PRISM 310 (Perkin Elmer). V současné době disponuje LMFR jedním Genetickým analyzátorem, na
němž jsou prováděny střídavě oba typy analýz DNA. Rozvinuti funkční genomiky bude vyžadovat
doplnění o další Genetický analyzátor. Odhad pořizovací ceny v roce 2001 činí 2,5 mil. Kč.
Ostatní zařízení investičního charakteru, která patří ke standardnímu laboratornímu zařízení:
chlazená mikrocentrifuga eppendorf, transiluminátor, spektrofotometr, ultracentrifuga, výrobník ledu,
autokláv, PCR cyclery, třepačky, termostaty, vodní lázně.
Provozní prostředky
Prostředky zde uvedené zahrnují výdaje, které jsou obvykle uváděny v projektech GAČR jako
neinvestiční prostředky
Neinvestiční prostředky do r. 2000 včetně budou z velké části pokryty projekty "250" a jinými
grantovými prostředky. Navýšení požadované zde bude použito na zavedení metod funkční genomiky
a na část výzkumu nepřekrývajícího se s výzkumem dotovaným stávajícími účelovými prostředky.
Mzdy
Požadované mzdové prostředky vycházejí plně ze současné personální situace uvedených Laboratoří
"250". Proto v roce 2001, kdy už nejsou mzdy těchto pracovníků zajištěny z účelových prostředků, je v
této části financí výrazný nárůst. Mzdy, plánované v prvním roce řešení jsou plánovány pro VŠ učitele.
V dalších letech bude tento podíl upřesněn včetně nových pracovníků.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
20
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
II. Tabulka nákladů výzkumného záměru
a) Náklady výzkumného záměru pro celou dobu realizace (1999-2003) jsou uvedeny
v databázi CEZ.
b) Specifikace nákladů VZ pro rok 1999
• Všechny částky se uvádějí v celých tisících Kč.
• Celkové částky musí souhlasit s údaji v databázi CEZ!
• Pro specifikaci nákladů byla použita účtová osnova platná pro příspěvkové organizace (odpovídající
číselné kódy položek jsou ve sloupci ú.o.); jednotlivé položky lze zaměnit či doplnit dle jiné platné
účetní osnovy, avšak Vámi zvolené položky zůstávají závazné i pro vyúčtování.
• Položky označené “xxx” se nevyplňují!
ú.o.
A
0
01
02
03
04
05
06
07
08
09
5
50
51
52
53
54
55
59
B
náklady
Náklady přímé
Investiční majetek (INV)
nehmotný investiční majetek
0
hmotný investiční majetek
4654
pozemky
0
pořízení investic
0
poskytnuté zálohy na hm. i nehm. inv. majetek
0
finanční investice
0
oprávky k nehm. inv. majetku
0
oprávky k hmot. inv. majetku.
0
opravné položky k inv. majetku
0
z celkových INV: institucionální prostředky stát. rozpočtu (viz CEZ - F05)
účelové prostředky stát. rozpočtu
ostatní
Celkem INV
4654
Neinvestiční náklady (NIV)
spotřebované nákupy
2792
služby
0
osobní náklady
4288
daně a poplatky
1505
ostatní náklady
0
odpisy REŽIE
457
daně z příjmů
0
z celkových NIV: institucionální prostředky stát. rozp. (viz CEZ:F06)
účelové
ostatní
Celkem NIV pro r. 1999
9042
Náklady nepřímé (NP, režijní)
NIV
INV
z celkových NP: institucionální prostředky stát. rozpočtu (viz CEZ - F08)
účelové
ostatní
Celkem NP pro r. 1999
Celkem institucionální prostředky (viz CEZ - F04)
xxx
Celkem účelové prostředky (viz CEZ - F09)
xxx
Celkem ostatní (viz CEZ: F10+F11)
xxx
Celkem pro r. 1999 (NIV + INV + NP) - viz CEZ (F03)
13696
zdroje
III. Přehled aktivit fakulty vztahujících se k výzkumnému záměru
za poslední čtyři roky
POHOVZ..doc - 7.11.2003
21
xxx
xxx
xxx
xxx
xxx
xxx
xxx
xxx
xxx
1830
2824
0
4654
xxx
xxx
xxx
xxx
xxx
xxx
xxx
1320
7722
0
9042
xxx
xxx
290
167
0
457
13696
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
a)Členství v mezinárodních organizacích VaV
a1.) kolektivní členství v mezinárodních organizacích VaV
ve struktuře: název organizace,sídlo,typ členství (řádné, mimořádné, přidružené...), doba členství od (měs./rok),
do (měs./rok)
European Association of Deans of Science (EADS), sídlo: pohyblivé, členství řádné, od r. 1995
a2.) individuální členství v mezinárodních organizacích VaV
uvádějte pouze pracovníky podílející se na řešení VZ;
ve struktuře: jméno pracovníka, název organizace, sídlo, typ členství, zastávaná funkce, doba členství
od (měs../rok), do (měs./rok)
Genetická společnost G. Mendela, (součást Federation of European Genetical Societies) se sídlem na
PřF MU v Brně:
J. Doškař – člen výboru, 1975-dosud
J. Relichová – tajemnice, 1970- dosud
S. Rosypal – čestný člen, člen výboru, 1970 – dosud
J. Šmarda – člen, 1993 - dosud
R. Pantůček – člen, 1993 - dosud
J. Řepková – člen, 1998 - dosud
P. Kuglík – člen, 1993 - dosud
K. Chroust – člen, 1991 - dosud
P. Lízal – člen, 1998 - dosud
B. Brzobohatý, Federation of European Societies of Plant Physiology, člen od r. 1990
J. Šmarda, American Society for Microbiology, člen od r. 1994 dosud
J. Fajkus, American Society for Microbiology, Washington DC, plné členství od 1. 1. 1999
S. Rosypal American Society for Microbiology, Washington DC, člen od r. 1997
b) přehled pracovních pobytů vztahujících se k VZ
b1.)pracovní pobyty zahraničních pracovníků VaV;
ve struktuře: příjmení, jméno, tituly pracovníka, mateřská organizace, sídlo, zastávaná funkce v mateř.
organizaci, účel pobytu, zastávaná funkce., délka prac. pobytu, rok příjezdu do ČR
• Hancock, Ronald, Professor, Laval University Hospital, Cancer Research Centre, Quebec,
Canada, Laboratory Head, přednášky a konzultace společných experimentů, 1 týden, 1995
• Trifonov, Edward, Professor, Weizmann Institut of Science, Rehovot, Israel, Head of Dept.
Struct. Biology, přednášky a konzultace práce na společném projektu, 2 týdny, 1996
• Nanak, Elisabeth, PhD., Utah State Univ., USA, postdoktorální pobyt, 3-7/96 na Katedře genetiky
a mol. biol. PřF MU, 8/96 – 7/98 výzkumný pracovník v LMFR PřF MU.
• Götz, Friedrich, Professor, Dr., Univ. Tübingen SRN, Mikrobielle Genetik, seminář a konzultace
společných experimentů na Katedře mol. biol. a genetiky, 26. - 30. 7. 1995
• Wagner, Elke, Dr, Univ. Tübingen SRN, Mikrobielle Genetik, seminář a konzultace společných
experimentů na Katedře mol. biol. a genetiky, 26. - 30. 7. 1995
b2.) pracovní pobyty pracovníků řešících VZ na jiných, zejména zahraničních pracovištích
VaV;
ve struktuře: příjmení, jméno, tituly, zastávaná funkce v mateřské organizaci, název a sídlo hostitelské
organizace, účel pobytu, zastávaná funkce v hostitel. organ., délka prac. pobytu, rok výjezdu
• Brzobohatý Břetislav, RNDr., CSc.: MPI für Züchtungsforschung, Köln, SRN, postdoktorální pobyt,
7/89 až 12/94
• Brzobohatý Břetislav, RNDr., CSc.: Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford,
UK, visiting scholar, 9-12/97
• Brzobohatý Břetislav, RNDr., CSc., Plant Research Laboratory, Michigan State University, East
Lansing, MI, USA, visiting scholar, 9-12/97
•
Doškař Jiří, doc. RNDr., CSc., Universität Tübingen SRN, pracovní pobyt, 2 měsíce, 1994
•
Hejátko Jan, Mgr., MPI für Züchtungsforschung, Köln, SRN, PhD student, 10-12/97 a 2-7/98
• Fajkus Jiří, RNDr. CSc., ved. laboratoře, Laval University Cancer Res. Ctr., Quebec, Canada,
Experimenty ke stanovení míst připojení chromatinu k jaderné matrix. 3 měsíce, 1995
• Krejčí Lumír, Mgr., MU Brno, ABVMK, PGS, experimentální část disertační práce, Ph.D. student, 1
rok, 1998
• Fajkus Jiří, RNDr. CSc., MU Brno, ABVMK, ved. věd. prac., Weizmann Inst. Sci. Israel, 1 týden,
zvané přednášky shrnující výsledky dosažené voblasti studia struktury chromatinu telomer
POHOVZ..doc - 7.11.2003
22
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
•
•
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
a subtelomer, 1998
Šmarda Jan, doc. RNDr., CSc., Stanford Univ. School of Medicine, Stanford, CA, USA, visiting
professor, 6/94
Šmarda Jan, doc. RNDr., CSc., Stanford Univ. School of Medicine, Stanford, CA, USA, visiting
professor, 4-6/96
c) přehled vědeckých akcí vztahujících se k VZ
c1.) národních
ve struktuře: název akce, zaměření, počet účastníků, doba trvání, rok konání
•
•
•
•
Kurz "Nové poznatky z genetiky a molekulární biologie" pro učitele středních škol, asi 40
účastníků, 3-4 dny, každoročně
Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, Brno, PřF MU, 70 účastníků, 14. 6. 1997,
Aplikace metod molekulární biologie v praxi. 3-denní kurz pro externí pracovníky z oboru, 15
účastníků, září 1998
Mendel Forum (ve spolupráci s Mendelianem Moravského Muzea v Brně), “Jedinec a společnost”
65 účastníků, 24.6. 1998
c2.) mezinárodních
ve struktuře: název akce, zaměření, počet účastníků, počet účastnících se států, doba trvání, rok
konání
• Výměnná exkurze studentů oboru molekulární biologie a genetika PřF MU se studenty z Vídeňské
univerzity, návštěva výzkumných pracovišť, asi 20 studentů, ČR a Rakousko, 2 dny, každoročně
• Mendel Forum (ve spolupráci s Mendelianem Moravského Musea v Brně), 55 účastníků, 8 států, 5
dní, 1996
• Česko - Slovenská Genetická Konferencia (spolupořadatelé), 85 účastníků, 2 státy, 17. - 18. září
1998
d) smlouvy o spolupráci vztahující se k VZ
d1.) smlouvy se zahraničními vědeckými či výzkumnými pracovišti
v členění: název a sídlo partnerské zahraniční organizace, předmět smlouvy, rozsah spolupráce,
celkový objem finančních prostředků (v tis. Kč), dosažené výsledky (publikace, prototyp...), doba účinnosti
smlouvy, rok uzavření smlouvy,
• Univ. Tübingen SRN, společný grant spoluřešitel S. Rosypal a kol.“Determination of chromosomal
map and characterization of bacteriophages in the starter culture Staphylococcus carnosus“ CIPA
- CT930145, ERB 3510PL8514, EU, 2 500 tis Kč
, 4 publikace, 1993 - 1997
• Prof. Joseph Lipsick, Stanford Univ., 300 Pasteur Drive, School of Medicine, Stanford, CA 94305,
USA, společný grant, spoluřešitel J. Šmarda, “Suppression of v-MYB transformation by BAR and
RXR”, 600 tis. Kč /ročně, 1996 – 1998, 1 publikace
d2.) smlouvy o spolupráci s tuzemskými podnikatelskými subjekty
(ve struktuře: název a sídlo smluvního partnera, předmět smlouvy, rozsah spolupráce, celkový objem
finančních prostředků (v tis. Kč), výstupy a dosažené výsledky (publikace, prototyp...), doba účinnosti smlouvy,
rok uzavření smlouvy)
Oddělení lékařské genetiky FN Brno, společná cytogenetická laboratoř, práce na bázi HS,
Cytogenetické vyšetření chromozomových aberací metodami molekulární cytogenetiky, 600 tis. Kč v r.
1998, v r. 1998 vyšetřeno 150 pacientů, smlouva uzavřena v r. 1998 na dobu neurčitou
d3.) se zahraničními podniky (ve stejné struktuře jako v bodě d2.))
e) uveďte pět nejvýznamnějších výsledků činnosti fakulty v oblasti VaV vztahujících se
k předloženému VZ (s bližší specifikací)
POHOVZ..doc - 7.11.2003
23
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
•
•
•
•
•
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Objev rostlinné telomerázy (Fajkus et. al., FEBS Lett. 391, 307-309 (1996)
Vývojová regulace rostlinné telomerázy (Říha et al., Plant Cell 10, 1691-1698 (1998) a Fajkus et
al., Mol. Gen. Genet., v tisku)
Zpřesnění taxonomického zařazení druhů v rámci r. Staphylococcus (Snopková et al. FEMS
Microbiol. Lett. 124: 131 - 140, 1994, Pantůček et al.: Int. J. Syst. Bacteriol., 46: 216 - 222, 1996).
Objev funkce retinoidní receptorů v transformaci onkogenu v-myb. (Šmarda, J., et al.: Cell. Biol.
15: 2474-2481, 1995)
Izolace a charakterizace beta glukoidázy podílející se na regulaci hladin aktivních forem cytokininu
v rostlinách (Brzobohatý et al.: Science 262: 1051-1054, 1993)
POHOVZ..doc - 7.11.2003
24
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
IV. Obecné otázky k předloženému VZ
a)
•
•
•
•
•
•
•
b)
V čem dle Vašeho názoru spočívá význam VZ a proč by měl být předmětem zájmu
celostátní výzkumné politiky a tedy i její podpory? - (max.20 řádků)
Výzkum genomů a jejich funkcí je celosvětově uznávanou perspektivní oblastí vědeckého
výzkumu pro příští tisíciletí.
VZ je založen na nejmodernějších přístupech současné molekulární biologie a genetiky.
VZ vychází z tradičních oborů dlouhodobě a systematicky rozvíjených na biologických katedrách
PřF MU.
Součástí VZ jsou dva projekty z programu "Posílení výzkumu na VŠ", které VZ posílily o nové
vědecky erudované pracovníky.
Současné přístrojové vybavení je na vysoké úrovni a umožňuje aplikovat moderní metody
výzkumu.
VZ je koncipován tak, aby výsledkem byly nejen výstupy publikační, ale lze předpokládat i určité
praktické aplikace. Tyto praktické aplikace se týkají například využití moderních metod analýzy
genomu v boji proti patogenním mikroorganizmům; poznání funkce genů řídících fyziologické a
vývojové funkce rostlin je využitelné u hospodářsky významných plodin; objasnění mechanizmů
kontrolujících buněčnou proliferaci, diferenciaci a senescenci je nezbytné pro využití v
diagnostice a léčbě nádorových onemocnění; transgenní drozofily nesoucí lidské geny se
používají k testování genotoxicity; molekulárně cytogenetická FISH metoda se používá ke
včasnému rozpoznání genetických poruch v prenatální diagnostice člověka.
VZ je v působnosti tří oborových rad postgraduálního studia, proto rozvoj takovéto problematiky
na VŠ významně přispěje ke kvalitní vědecké výchově studentů, což je jedním z cílů VŠ,
důležitých pro postupnou integraci České republiky do EU.
Jaký význam, úroveň a úlohu předloženému VZ přisuzujete v rámci národního
systému VaV? - (sledovatelská úroveň, významný rozvoj daného oboru...- max.20 řádků)
Význam je rozveden podrobně v bodě a). Z tohoto rozboru vyplývá, že VZ přispívá z různých stran k
jedné z našich jasných priorit, tj. zlepšení zdravotního stavu populace.
Jedná se o projekt, který je v rámci národního systému VaV v takovéto šíři a kompexitě unikátní.
c)
Jak hodnotíte význam a úroveň VZ z hlediska mezinárodního systému VaV,
považujete se v daném oboru za pracoviště světové úrovně? - (max.20 řádků)
Projekt je koncipován na úrovni srovnatelné s vyspělými západoevropskými zeměmi a významně
přispěje k vybudování mezinárodního renomé pro nositelské pracoviště.
Podle dosavadních publikačních výstupů má řešitelský kolektiv srovnatelnou úroveň se zahraničními
pracovišti. V některých oblastech se jedná o zcela nový přístup k řešené problematice (například
hodnocení příbuznosti bakteriálních virů a bakterií na základě analýzy jejich genomu v souvislosti
s fenotypovým projevem). V řešení problematiky nekódujících oblastí genomu zaujímá kolektiv
přední postavení ve světě v tomto oboru (objevem telomerázy v rostlinných buňkách a studiem
vývojové regulace délky telomer a aktivity telomerázy). To lze kromě publikací doložit zvanými
přednáškami a nabídkami zahraniční spolupráce z poslední doby.
d)
Jaká kritéria jste použili pro své zdůvodnění v předchozích bodech d) a e) ? - (max.20
řádků)
Publikovatelnost výsledků v mezinárodních časopisech s významným impakt faktorem, partnerské
spolupráce se zahraničními pracovišti.
e)
Domníváte se, že existuje významnější překrytí problematiky
Vašeho VZ s činností jiných pracovišť ?
NE
e1.) Pokud ANO, uveďte tři další (uznávaná) tuzemská pracoviště zabývající se danou
problematikou:
název pracoviště
POHOVZ..doc - 7.11.2003
sídlo pracoviště
25
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
1
2
3
Uveďte tři další (uznávaná) zahraniční pracoviště zabývající se podobnou
e2.) problematikou:
1
2
3
název pracoviště
Univ. Tübingen (mikroorganismy)
MPI für Züchtungsforschung (rostliny)
Texas A&M Res. Foundation a Stanford Univ.
(genomy)
sídlo pracoviště, stát
Tübingen, SRN
Köln, SRN
College Station, TX, a Stanford USA
e3.) Jaký je Váš vztah k uvedeným pracovištím (uveďte míru spolupráce apod.)? (odpověď
max. 20 řádků)
V oblasti molekulární identifikace bakterií se rozvinula spolupráce s prof. Goetzem z University v
Tübingen (doc. Doškař a kol.) V letech 1993 – 199 7 tato dvě pracoviště řešila společně grantový
projekt “Determination of chromosomal map and characterization of bacteriophages in the starter
culture Staphylococcus carnosus”, v rámci kterého se uskutečňovaly krátkodobé reciproké
návštěvy.
Dlouhodobou spolupráci s Max-Planck Inst. für Züchtungsforschung v oblasti molekulárně
genetického výzkumu u rostlin udržuje Dr. Brzobohatý. V posledních letech se uskutečnily
výzkumné pobyty v laboratoři prof. Schella (Dr. Brzobohatý, Mgr. Hejátko) a v laboratoři Dr.
Koncze (Prof. Relichová, Dr. Řepková), při nichž bylo možno využít speciální techniky a unikátní
biologický materiál dostupný na tomto zahraničním pracovišti. Také v budoucnu očekáváme
pokračující spolupráci, která se promítne ve společných publikacích, případně patentových
přihláškách.
V letech 1993 – 1998 probíhala spolupráce mezi prof. Lipsickem (Stanford Univ., USA) a doc.
Šmardou, která byla sponzorována 2 granty FIRCA (NIH). V rámci této spolupráce se realizovala
výměna materiálu (klonů, protilátek) i zkušeností (návštěvy doc. Šmardy v laboratoři prof.
Lipsicka). Spolupráce dosud vedla ke společným publikacím i společným posterovým a ústním
sdělením na mezinárodních konferencích.
Ve výzkumu telomer navazuje Dr. Fajkus spolupráci s Dr. D. Shippen, vedoucí laboratoře Texas
A&M Res. Foundation, kam odchází na postdoktorální stáž jeden ze spolupracovníků.
Spolupráce byla navázána také s Dr. U. Zentgraf, s níž provádíme společné experimenty.
e4.) Odkud jste získali informace o těchto pracovištích? (osobní kontakty, znalost publikací,
průzkum...)
Primární informace pocházely ze studia literatury, osobní kontakty byly navázány v průběhu
studijních pobytů a na konferencích. Postupně vyústily ve formulaci úspěšných grantových projektů,
v jejichž rámci probíhá stávající spolupráce.
e5.) V čem se Váš přístup k dané problematice liší od přístupu uvedených pracovišť a jak
z tohoto hlediska překrytí posuzujete?
Obecně je možno říct, že VZ tak, jak je koncipován, může řešit analýzu genomů komplexně
díky zvládnutí většiny metodik a velmi dobrému přístrojovému vybavení.
V řešení jednotlivých problematik však přístup není totožný, neboť v obrovské škále
nevyřešených problémů genomové analýzy u zástupců různých druhů organizmů, řeší každý
výzkumný tým specifické problémy dané předchozími zkušenostmi, tradicí a metodickými
přístupy. Při výzkumu genomu bakterií jde například o nový přístup k hodnocení příbuznosti
s použitím pulzní a kapilární elektroforézy zpřesňující restrikční analýzu genomu. U rostlin jde
zase o přípravu biologického materiálu společného zájmu (například mutantní rostliny), který
každá ze spolupracujících stran použije pro řešení problémů specifických pro jednotlivá
pracoviště. Spolupracující pracoviště prof. Lipsicka v USA se zabývá podrobnou strukturní
analýzou proteinu v-Myb, naproti tomu naše pracoviště studuje interakce retinoidních receptorů
a dalších proteinů, které řídí buněčnou diferenciaci – problematiky se tudíž nepřekrývají. Nebo
konečně přístup k řešení výzkumu telomer se liší tím, že na pracovišti v USA se více používá
přístup reverzní genetiky, na našem pracovišti je naopak spektrum metod širší o cytogenetické
techniky.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
26
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
e6.) Jak ho odůvodňujete?
Částečně viz bod e5
Rozpracování technik a metodických přístupů nezbytných pro dosažení cílů VZ není myslitelné
bez těsné spolupráce se špičkovými zahraničními pracovišti vzhledem k finanční náročnosti a
dosažení koncentrace lidského potenciálu, které není v možnostech jednotlivých izolovaných
skupin.
Zmíněná pracoviště a vzájemné překryvy v náplni jsou důležité z hlediska vzájemné
konfrontace výsledků a možné spolupráce.
e7.) Jak by mohlo být zabráněno nežádoucím důsledkům? (vysvětlete problém spolupráce,
konkurence...)
Na základě dosavadních zkušeností očekáváme, že spolupráce s výše uvedenými pracovišti
bude mít i v budoucnu stimulující vliv na řešení úkolů VZ. Charakter současných vztahů
zajišťuje hladký průběh spolupráce ústící ve společné publikace a respektování ochrany
intelektuálního vlastnictví jednotlivých partnerů při podávání případných společných
patentových přihlášek.
Nežádoucím důsledkům může být zabráněno zejména formulací vzájemných dohod o
spolupráci a účastí na společných projektech.
f)
Jak hodnotíte budoucí vývoj oblasti předloženého VZ, z hlediska fakulty?
(max. 20 řádků)
Jedná se o projekt otevřený, který má všechny předpoklady pro úspěšné dlouhodobé pokračování,
přičemž bude postupně modifikován podle toho, jak se budou objevovat nové poznatky v daném
oboru.
Předložený výzkumný záměr a nutnost udržet si v dané problematice dominantní pozici bude
vytvářet na řešitele stálý tlak. Metodické spektrum proto musí sahat od biochemických technik přes
molekulárně genetické postupy až k cytologickým metodám. Současně to také znamená v rozumné
míře obnovovat investiční zařízení sloužící potřebám VZ, což by právě koncepce VZ měla umožnit.
Z hlediska fakulty má takto koncipovaný VZ velký význam pro výchovu dalších odborníků. K tomuto
VZ se váže celý Bc. obor studia “Buněčná a molekulární diagnostika” a obor Mgr. studia “Molekulární
biologie a genetika” a je v působnosti tří oborových rad postgraduálního studia. O tyto obory je ze
strany studentů každoročně velký zájem a také ze strany praxe je stálý zájem o absolventy
uvedených oborů. Rozvoj výzkumné základny tohoto oboru umožní seznámit studenty s novými
trendy vývoje v oblasti molekulární genetiky.
g)
Jakou perspektivu přisuzujete problematice předloženého VZ z hlediska trendů
světového vývoje VaV? - (max. 20 řádků)
V biologických oborech je v současné době ve světě přiřazována jednoznačná priorita analýze
genomů. Předložený VZ vychází z nejmodernějších poznatků a přístupů daného oboru a sleduje v
tomto smyslu trendy světového vývoje VaV.
U nejjednodušších organizmů s malými a málo strukturovanými genomy je pozornost zaměřena
zejména na analýzu genomů patogenních druhů bakterií (sekvencování kompletního genomu
u Mycoplazma genitalium a Haemophilus influenzae, konstrukce restrikčních a genetických map
řady dalších patogenních druhů). Cílem je charakterizace dynamické struktury prokaryotického
genomu a studium interakcí jeho jednotlivých složek podmiňujících genetickou variabilitu
mikrobiálních populací a ovlivňujících tak významně jejich patogenitu. Z hlediska trendů světového
vývoje má výzkum orientovaný tímto směrem vysokou prioritu, neboť se bezprostředně týká ochrany
zdraví člověka.
Také problematika výzkumu genomů u rostlin patří do oblasti trendu světového VaV, kde lze
očekávat v následných desetiletích zásadní příspěvek k poznání základních biologických procesů u
rostlin. Řada poznatků charakteru základního výzkumu získaných v tomto směru světového VaV
bude v horizontu 10 let aplikována ve šlechtitelské praxi pro zajištění ekologicky udržitelného růstu
lidské společnosti.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
27
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Poznání podstaty maligní konverze zdravých buněk založené na moderních přístupech molekulární
biologie bude i v budoucnu jedním z hlavních cílů biomedicínsky zaměřených oborů, neboť směřuje
k zavedení úspěšných protinádorových terapií.
Ve výzkumu nekódujících oblastí genomu lze očekávat, že výzkum v tomto směru bude gradovat
ještě během následujících 3-5 let, poněvadž v tomto časovém horizontu se očekávají praktické
výstupy zejména v možnosti inhibice telomerázy v nádorových buňkách. Toto období bude
následováno obdobím zpřesňování údajů o vzájemných interakcích zúčastněných komponent a o
regulačních mechanismech na těchto interakcích založených. Paralelně s řešením otázek typu
"telomeráza, telomery a rakovina" které prožívají obrovský rozmach v současné době, postupně
poroste podíl výzkumu typu "telomeráza, telomery a stárnutí" na buněčné až organizmální úrovni a
to zcela logicky ve vazbě na stále se prohlubující stárnutí populace ve vyspělých zemích. Celkově
lze říci, že v době, kdy ke kompletní znalosti kódujících sekvencí lidského genomu a dalších
modelových eukaryotických genomů (např. Arabidopsis) zbývají nejvýše 2-3 roky, má studium
nekódujících sekvencí a jejich funkce před sebou delší perspektivu a z hlediska poznávacího snad i
obecně významnější postavení (hovoří se o genetických kódech vyššího řádu apod).
h)
Jsou již známy hlavní úkoly a směry práce fakulty a jejich vztah
k navrženému VZ vyplývající z dalšího vývoje VaV?
Pokud ANO, jaké ? (odpověď max. 20 řádků)
ANO - NE
Fakulta v současné době připravuje formulaci “dlouhodobého záměru“ dle nového zákona o
vysokých školách č. 111/98 Sb. a navržené výzkumné záměry budou jeho součástí.
i)
Jakou úlohu přisuzujete navrženému VZ v budoucím vývoji VaV? - ( max. 20 řádků)
Jak bylo řečeno výše - bod g - zapadá koncipovaný VZ ve svých jednotlivých směrech do prioritní
oblasti světového výzkumu v biologických oborech.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
28
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
V. Specifické otázky k činnosti, organizaci a hodnocení fakulty
Otázky k současným úkolům a činnostem fakulty
a)
a1.)
Popište klíčovými slovy výzkumné zaměření fakulty (max. 254 znaků)
Fyzika, chemie, biologie, geologie, geografie, matematika, transdisciplinární směry, dynamika
biomolekul, molekulární fyziologie, environmentální problémy planety v minulosti a současnosti.
a2.)
Popište klíčovými slovy další činnosti fakulty v oblasti VaV, které považujete za
důležité (max. 254 znaků)
Expertízy, posudky, aplikace v průmyslu, lékařských, chemických, fyzikálních, geologických,
geografických a biologických oblastech, státní správě, hromadné zpracování dat-EU
a3.)
Které z těchto činností bezprostředně souvisí s předloženým VZ ? (uveďte jakým
způsobem konkrétně - max. 20 řádků)
Aplikace v lékařských vědách: výstupy vedoucí k molekulární diagnostice patogenních
mikroorganismů, molekulárně cytogenetické diagnostice a poznání buněčné diferenciace maligního
bujení, a základní poznatky o struktuře genomu využitelné v biomedicínských oborech.
a4.)
Měnily se v posledních čtyřech letech směry práce /zaměření
výzkumu fakulty uváděné ve svých odpovědích předchozího
oddílu (č.IV) ?
Jestliže ANO, jakým způsobem (odpověď max. 20 řádků)
NE
a5.) Jak je vytvářen pracovní program/témata výzkumu a vývoje na úrovni fakulty?
(max. 20 řádků)
Vychází z dlouhodobých trendů jednotlivých oborů vědeckého výzkumu fakulty, v kooperaci
s českými a zahraničními výzkumnými centry hledá nové metody, formuluje perspektivní směry
z pohledu prolínání oborů při respektování rozvoje specializací. Je koncipován osobnostmi na
oborech, projednáván vedením fakulty a schvalován vědeckou radou.
a6.)
Jaký byl podíl objemu finančních prostředků určených v rozpočtu fakulty na VaV
v roce 1998 (lze event. vyčíslit i pro r. 1997 – nehodící se rok vymažte!) vzhledem
43
- k celkovému objemu finančních prostředků na VaV celé vysoké školy
6
- k celkovému rozpočtu vysoké školy
50
- k objemu finanč.. prostředků určených v rozpočtu fakulty na ostatní její aktivity
8
- k objemu finanč. prostředků určených na ostatní aktivity celé vysoké školy
- Jaký byl v tomto roce podíl dosavadní nestátní podpory VaV (tzv. další zdroje 1,5
– průmysl, projekty zahraniční spolupráce...) vzhledem celkovému objemu
finančních prostředků na VaV v rozpočtu fakulty?
a7.)
Měnil se podíl objemu finančních prostředků na VaV
vzhledem k objemu finan. prostředků na ostatní činnost
fakulty v posledních čtyřech letech?
Pokud ANO proč a jakým způsobem? (odpověď max. 20 řádků)
POHOVZ..doc - 7.11.2003
29
NE
%
%
%
%
%
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
a8.)
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Uveďte v přehledu objemy finančních prostředků získaných fakultou v posledních
čtyřech letech na základě jejích vědeckých aktivit (v členění: resortních, mimoresortních,
zahraničních, a podle jednotlivých let; uvedených i neuvedených v databázi CEP)
granty :
1995
1996
1997
1998
celkem:
resortní:
1006
7215
11012
23588
42821
mimoresortní:
9431
9852
10646
16733
46662
zahraniční :
3400
3170
3460
968
10998
úhrnem: 100481
a9.)
Jaký význam přikládáte vývoji, ověřování a využití nových informačních a
telekomunikačních technologií ve vztahu k Vašemu VZ? -(uveďte konkrétně,
max. 20 řádků)
Pro molekulárně genetický výzkum v oblasti analýzy genomů je nezbytné využívat internetové sítě.
a10.) Kdo jsou uživatelé výzkumné a vývojové činnosti fakulty?
-(uveďte konkrétně, včetně oboru jejich činnosti, max. 20 řádků)
Světová odborná komunita, česká veřejnost, státní správa ČR, smluvní partneři, průmysl, kulturní a
osvětové instituce, základní a střední školství ve vědních oborech matematika, fyzika, chemie,
geologie, geografie, biologie
a11.) Kdo jsou nejvýznamnější uživatelé dalších služeb /aktivit poskytovaných fakultou
dalších mimo oblast její výzkumné a pedagogické činnosti?
-(uveďte konkrétně, včetně oboru jejich činnosti, max. však 20 řádků
JE Temelín,ÚVJ Řež (jaderná bezpečnost),Zentralanstalt fur Mineraloogie und Petrologie,
UNESCO Wien (seismologie, jaderné výbuchy), Okresní pozemkový úřad Břeclav
(regionální plánování), Mendelova dětská nemocnice Brno (aplikace lékařských a
přírodních věd - genetika), Meliorační správa Brno, Správa NP Podyjí (ochrana životního
prostředí), Autopal Nový Jičín (fyzikální elekrtoníka), Český metrologický institut
(normotvorba), Cemo Mokrá (cementářství), Český geologický ústav Brno (geologické
mapování, ochrana životního prostředí) ,Separa Brno, Magistrát Města Brna (rozvoj města,
ochrana památek), Moravské naftové doly a.s. Hodonín (průzkum ropy a zemního plynu)
VTÚ ochrany (životní prostředí), Lachema Brno (výroba chemikálií), Rhone-PoulencIndustrialinstitut (anorganické chemie)
a12.) Jaký význam je přikládán těmto dalším službám /aktivitám fakulty,? (max 20 řádků)
Velký.
a13.)
Které služby /aktivity by se měly na fakultě rozšířit a proč?
Služby spojené s lékařským, farmaceutickým, demografickým (pro st.správu), seismologickým
(jaderná a jiná rizika) výzkumem. Jsou žádány praxí.
a14.) Zajišťuje fakulta propagaci a školení pro uživatele
poskytovaných služeb (zmiňovaných výše v bodech a11.-12.)?
Pokud ANO jaká, pro koho a jakém rozsahu ? )
Jednodenní a týdenní letní školy podle požadavků.
Na fakultě existuje několik stálých školících pracovišť světových firem.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
30
ANO
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
a15.)
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Jak se v posledních třech letech vyvíjela poptávka po těchto službách fakulty?
(max. 20 řádků)
Souhrn akcí je uváděn v Ročence fakulty, v posledních letech počet akcí dosáhl
dvojciferného čísla ročně.
a16.)
Jaké jsou překážky většího využití nabídky těchto služeb ? - (max. 20 řádků)
Omezená kapacita pracovníků fakulty.
a17.) V jakém rozsahu je nabídka Vašich služeb provázána s dalším vzděláváním
pracovníků VaV? - (max. 20 řádků)
Kurzy slouží zároveň k prohlubování znalostí PGS.
b)
Otázky k přípravě, řízení a hodnocení činnosti fakulty
b1.) Kdo stanovuje směrnice pro práci vysoké školy a kdo pro práci fakulty ?
(max. 20 řádků)
Zákon o vysokých školách, statuty a vnitřní předpisy Masarykovy univerzity a Přírodovědecké
fakulty.
b2.)
Jaké jsou úlohy vedení, grémií (například vědecké rady) a jednotlivých vedoucích
pracovníků při přípravě (plánování), koordinaci a hodnocení práce fakulty ?
(max. 20 řádků)
Vyplývají z zákona o vysokých školách, statutů a vnitřních předpisů Masarykovy univerzity a
Přírodovědecké fakulty.
b3.)
Jak je fakulta členěna z výzkumného hlediska ve vztahu k členění administrativnímu
dle organizačního schématu? - (max. 20 řádků)
Organizační schéma odpovídá klasifikaci základních oborů přírodních věd s ohledem na prolínání
oborů a provázanost výuky. Fakulta se dělí na sekce matematickou, fyzikální, chemickou,
biologickou a věd o Zemi. Uvnitř sekcí pracují jako organizační jednotky katedry, laboratoře, dále
Ústav fyziky Země, Česká sbírka mikroorganizmů a Botanická zahrada.
b4.)
Existuje na fakultě plánování práce (výzkumné záměry či
programy) přesahující úroveň jednotlivých oddělení (úseků) a
jiné společné výzkumně vývojové aktivity ?
Pokud ANO, stručně ho charakterizujte - (max. 20 řádků):
ANO
Je součástí koncepční práce jednotlivých grémií sekcí, vedení fakulty a vědecké rady fakulty.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
31
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
V současné době je vypracováván
vysokých školách.
b5.)
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
”dlouhodobý záměr fakulty” požadovaný zákonem o
ANO
Existují projekty, které přesahují rámec jednotlivých fakult?
Pokud ANO, uveďte projekty, které přesahují jejich rámec a uveďte jmenovitě ty,
které se na těchto projektech podílejí, včetně hlavního zaměření jejich činnosti.
Všechny na fakultě řešené projekty přesahují fakultní rámec a mají rozměr až nadnárodní
(viz Ročenky 1994-1997). V roce 1997 to činilo přes 150 projektů.
b6.)
Existuje vnitřní grantový systém fakulty či vysoké školy ?
NE
Pokud ANO, stručně ho charakterizujte - (max. 20 řádků):
b7.)
ANO
Je činnost fakulty pravidelně hodnocena ?
Jestliže ANO, jakou formou a podle jakých kritérií ? - (max. 20 řádků)
Evaluací dle kritérií Masarykovy univerzity, předkládáním publikací světové odborné
komunitě, publikací Ročenek v angličtině, oponentským řízením ukončovaných projektů.
b8.)
Kdo jmenuje členy vědecké rady fakulty (event.. jiné rady či orgánu fakulty zajišťující
tuto funkci) ?
Viz příslušný paragraf zákona o vysokých školách.
dtto
měsíců / roků
b9.)
Jak dlouhá jsou funkční období této rady?
b10.)
Stručně popište způsob práce vědecké rady fakulty (event.. jiné rady či orgánu fakulty
zajišťující tuto funkci) - (max. 20 řádků):
Odpovídá zákonu o vysokých školách a statutu fakulty
c)
c1.)
Otázky k prezentaci činnosti a užití výsledků VaV fakulty
Jak fakulta prezentuje své úkoly a výsledky práce vědecké veřejnosti a
potenciálním uživatelům ? - (uveďte konkrétně, max. 20 řádků)
Odbornými publikacemi, přednáškami, konferencemi, semináři, na www stránkách, Ročenkami,
výročními zprávami.
c2.)
Jak prezentuje fakulta své úkoly a výsledky práce širší veřejnosti? - (uveďte
konkrétně, max. 20 řádků)
Ve veřejných sdělovacích prostředcích (televize, rozhlas, denní tisk), vědeckonaučných časopisech
a knihách, v přednáškách pro občanské společnosti, laické instituce a školy, výstavami v Botanické
zahradě a sbírkových fondech věd o Zemi, spoluprací na akcích Moravského zemského muzea
v Brně, na www stránkách, organizací Dne otevřených dveří, a na Univerzitě třetího věku.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
32
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
c3.)
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Jaká média jsou k prezentaci činnosti využívána (audiovizuální média, časopisy,
Internet, výstavy atd.)? - (max. 20 řádků)
Všechna dostupná (viz výše).
c4.)
Kdo jsou nejvýznamnější adresáti prezentace činnosti fakulty a jejích výsledků ?
Studenti vysokých a středních škol, odborná veřejnost, laická veřejnost.
c5.)
Vydává fakulta vlastní periodické publikace ?
ANO
Jestliže ANO - jaké a jak je zajišťována distribuce uživatelům ?
SCRIPTA (5 řad dle základních oborů přír. věd), Archivum Mathematicum, Folia Fac. Sci. Nat.
Univ. Masaryk. Brunensis.
Distribuce-poštou, prodejem v prodejně Malé centrum na PřF a v prodejně knih Masarykovy
university.
c6.)
Které výsledky výzkumných prací vysoké školy mohou být využity v praktických
aplikacích v podnikatelské sféře ?
Všechny publikované výsledky, dále výsledky dosažené podle smluv s praktickými
institucemi předávané formou manuskritpů či závěrečných zpráv nebo konkrétních standardů.
c7.)
d)
d1.)
Existuje zvláštní rozpočet na přihlášky a udržování
průmyslových tvůrčích práv a jiných práv duševního
vlastnictví ?
Jestliže ANO, v jaké formě a v jakých částkách (v tis. Kč)?
NE
Ostatní finanční zdroje pro VaV
Uveďte podrobné údaje o ostatních (viz terminologie CEZ) finančních zdrojích
fakulty pro účely financování výzkumu a vývoje, pokud existují;
ve struktuře: název a sídlo, popř. IČO organizace, která finance poskytuje, částka (tis. Kč),
druh podpory (dar, dotace, ne-/vratná půjčka...), účel podpory /předmět podporované
činnosti
Ostatní druhy zdrojů financování (dary, finanční účast orgánů státní správy a samosprávy)
se daří získávat jen výjimečně v nevýznamném objemu.
d2.)
Jak fakulta posuzuje rozsah a strukturu získaných prostředků z tzv. ”dalších” zdrojů
(tj. mimo účelové a institucionální) v posledních čtyřech letech? - (max. 20 řádků)
Objem hospodářské činnosti se realizoval na cca 9% objemu příspěvku, který MU poskytuje fakultě
ze vzdělávací a tvůrčí činnosti. Je to významná částka, která však vzhledem k úkolům ve vlastním
vzdělávacím a vědeckovýzkumném procesu nemůže být zvyšována.
POHOVZ..doc - 7.11.2003
33
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
d3.)
d4)
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Jaký byl rozsah výnosů fakulty z vlastní činnosti
v jednotlivých letech v tis. Kč ?
1995
1996
6524
9306
Jaké byly příjmy fakulty z licencí ( v tis. Kč)?
1995
1996
1997
9711
1997
1998
9500
1998
200
e)
e1.)
e2.)
Věcné a personální zabezpečení VZ
Má fakulta ve vztahu k předloženému VZ k dispozici
ANO
přiměřené prostorové vybavení?
Popište a v hlavních rysech vyhodnoťte prostorové vybavení fakulty vzhledem
k předloženému VZ. - (max. 20 řádků)
Při maximálně efektivním využití prostorů je přiměřené s tím, že jsou využívány i sklepní a obtížně
hygienicky udržované prostory.
e3.)
Popište a v hlavních rysech vyhodnoťte přístrojové vybavení fakulty vzhledem
k navrženému VZ. - (max. 20řádků)
Zařízení je podrobně rozepsáno v oddílu I, 3c. Jedná se o nové investiční přístrojové vybavení (poslední tři
roky) celkové hodnoty asi 25 mil. Kč.
e4.)
Která mimořádně nákladná zařízení a přístroje má fakulta k dispozici ?
Pořizovancí cena nad 2,5 mil Kč:
Spektrometr SF/X 2544, Diffractometer AUT.KM4, Spektrometr PU 7000/01, Centrala laboratorni
HP, Spektrometr IFS 55 Equiox, Spektrometr NMR Avance DRX 500, Difraktometr Stadi P, 611.KL,
Plamaprocesor monitor QMA 400, Chromatograf Biocad 700 E, Spektrometr trio 1000 hmotnostni,
Spektrometr IFS 55/S/NIR s příslušenstvím, Elipsometr JOBIN YON SPEX
e5.)
Stručně popište a zhodnoťte personální politiku fakulty se zaměřením na výzkum a
vývoj ? - (max. 20 řádků)
Fakulta sdružuje 41 profesorů, 68 habilitovaných docentů, 29 DrSc., 160 CSc. 7 PhD, 39 Dr.
(4l prof., z toho 23 DrSc., l8 CSc., 68 habilit.doc., z toho 5 DrSc., 62 CSc., 1 PhD,
12 nehabilit.docentů z toho 12 CSc., 102 odborní asistenti z toho 1 DrSc., 59 CSc., 5 PhD., 37 Dr.,
6 vědečtí a výzkumní pracovníci s vědeckou hodností CSc., odborní pracovníci s vědeckou hodností
CSc,-3, PhD-l, Dr.-2).
Fakulta má institut ”visiting” profesorů (pobyt hradí z vlastních zdrojů), postgraduálních stipendií, má
rozpracovány pracovní smlouvy se špičkovými zahraničními pracovníky, několik zahraničních
pracovníků má pracovní smlouvy.
Postgraduální studenti jsou povinni předložit výsledky disertační práce před obhajobou na
mezinárodním poli (publikace, konference). Pro místo odborného asistenta je konkursně vyžadován
PhD, CSc nebo ekvivalent. Při habilitacích jsou vyžadovány scientometrické údaje. Všechna
vědecko-pedagogická místa a místa vedoucích kateder jsou obsazována konkursy.
e6.)
Kolik míst a v jakých platových třídách je obsazeno smlouvami na dobu určitou ?
(uveďte pouze pracovníky podílející se na realizaci VZ)
tř. / počet míst: 12/ 7, 11/11, 10/6, 9/6, 8/1
e7.)
Kolik míst a v jakých platových třídách je obsazeno smlouvami na dobu neurčitou ?
(uveďte pouze pracovníky podílející se na realizaci VZ)
tř./počet míst: 11/1
POHOVZ..doc - 7.11.2003
34
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
e8.)
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Z jakých oblastí získává fakulta zpravidla své nové pracovníky ? - (max. 20 řádků)
Doktorandi, pracovníci výzkumných ústavů a Akademie věd ČR, praktické spolupracující instituce,
zahraniční univerzity a výzkumné ústavy.
e9.)
Vyskytly se v posledních třech letech problémy se získáváním
nebo udržením zkušených pracovníků ?
Pokud ANO, jaké ? - (max. 20 řádků)
ANO
Všechny spočívají v nízkých mzdových prostředcích, které má fakulta k dispozici, zvláště u
mladých pracovníků.
4
Kolik pracovníků fakulty bylo v posledních čtyřech letech jmenováno
na místa vysokoškolských profesorů?
24
e11.) Kolik pracovníků fakulty bylo v posledních čtyřech letech jmenováno
na místa vedoucích vědeckých organizací?
1
e12.) Kolik pracovníků fakulty odešlo v posledních čtyřech letech z vašeho
pracoviště v souvislosti s výše uvedeným jmenováním?
e13.) Jak posuzujete personální zabezpečení fakulty vzhledem k předloženým výsledkům
hodnocení uváděným v přílohách VZ? - (max. 20 řádků)
e10.)
Personální zabezpečení odpovídá nárokům vyplývajícím z jednotlivých vědeckých záměrů a
umožňuje jejich úspěšné řešení.
e14.)
Jak posuzujete zabezpečení fakulty věcnými prostředky vzhledem k předloženým
výsledkům hodnocení uváděným v přílohách VZ ? - (max. 20 řádků)
Věcné zabezpečení odpovídá nárokům vyplývajícím z jednotlivých výzkumných záměrů a umožňuje
jejich úspěšné řešení.
e15.)
Jak posuzujete zabezpečení fakulty investičními prostředky vzhledem
k předloženým výsledkům hodnocení uváděným v přílohách VZ ? - (max. 20 řádků)
Stávající a navrhované investiční zabezpečení zajišťuje úspěšné řešení výzkumného záměru.
e16.)
Pokud je rozpočet považován za nedostatečný, uveďte v čem. - (max. 20 řádků)
Rozpočet instituce je trvale podlimitní ve všech oblastech.
e17.)
Které služby a činnosti v souvislosti s realizací VZ na fakultě postrádáte a proč?
(max. 20 řádků)
f)
Podpora vzdělávání, spolupráce s podnikatelskou sférou a se zahraničím
POHOVZ..doc - 7.11.2003
35
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
f1.)
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Podílí se v současné době fakulta na výchově a podpoře
vědeckého dorostu ?
Pokud ANO, jakým způsobem ? - (max. 20 řádků)
ANO
Postgraduální doktorandské studium (cca 390 studentů), krátkodobá školení, kurzy.
f2.)
f3.)
f4.)
Kolik pracovníků fakulty si v současné době zvyšuje svoji vědeckou
kvalifikaci v postgraduálním studiu ?
Kolik pracovníků fakulty si v současné době zvyšuje svoji vědeckou
kvalifikaci v přípravě na habilitaci ?
15
je osobním
záměrem
každého
nehabilitovaného
pracovníka
fakulty
Jak jsou v současné době studenti postgraduálního studia a habilitanti financováni
?
PGS – stipendium z prostředků přidělených ze státního rozpočtu a mimořádná stipendia z grantů,
popřípadě jiných institucí.
Habilitanti - dle pracovního zařazení.
f5.)
Poskytuje fakulta v současné době možnost zvyšování
kvalifikace pro pracovníky jiných organizací ?
Jestliže ANO, jak ? - (max. 20 řádků)
ANO
Distanční forma PGS (cca 160 studentů), stáže, přednášky, krátkodobé kurzy
f6.)
Z kterých ostatních vysokých škol a organizací přicházejí studenti postgraduálního
studia nejčastěji ?
Univerzita Pardubice, Univerzita Palackého v Olomouci, Jihočeská univerzita v Českých
Budějovicích, Západočeská univerzita v Plzni, Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně,
Veterinární a farmaceutická univerzita v Brně, Ústavy AV ČR.
f7.)
V jakém rozsahu a jakým způsobem spolupracuje v současné době fakulta se
srovnatelnými zařízeními pro poskytování infrastrukturních služeb pro VaV v ČR a
v zahraničí ?
Personální výměny, společné výzkumné programy, společné konference, stáže mladých pracovníků,
společné publikace, reciproční zastoupení v oborových radách PGS, vědeckých radách institucí,
účast pracovníků jako oponentů na oponentských řízeních, participace fakultních pracovníků na
práci redakčních rad odborných časopisů, recenzní činnost pro tyto časopisy. Viz Ročenky fakulty
(1994 - 1997) – v širokém rozsahu.
f8.)
V jakém rozsahu a jakým způsobem spolupracuje v současné době fakulta
s jinými vysokými školami v ČR a v zahraničí ?
viz f 7
POHOVZ..doc - 7.11.2003
36
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
f9.)
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
V jakém rozsahu a jakým způsobem spolupracuje v současné době fakulta
s mimouniverzitními organizacemi VaV v ČR a v zahraničí ?
Uvedené ad f7 platí i pro ústavy Akademie věd ČR (v poslední době zajišťováno smluvně), dále
pro výzkumné ústavy resortní. Tato činnost platí široce i pro zahraniční mimouniverzitní instituce –
např. participace na programech UNESCO (viz Ročenky fakulty 1994 - 1997).
f10.)
V jakém rozsahu a jakým způsobem spolupracuje v současné době fakulta se
subjekty podnikatelské sféry ?
Fakulta nabízí své služby prostřednictvím Technologických informací (RNDr.. Pluháček).
Zakázky se řeší smluvně s jednotlivými podniky, některé přístroje (pokud to dovolí kapacita) jsou
částečně využívány podnikatelskou sférou. Fakulta využívá některých informačních zdrojů podniků
(speciální časopisy, etc).
f11.)
V jakém rozsahu a jakým způsobem spolupracuje v současné době fakulta s centry
pro další vzdělávání ?
Masarykova univerzita má Centrum pro další vzdělávání učitelů - participace fakulty.
f12.)
Podílí se fakulta v současné době na výzkumných projektech
programů Evropské unie ?
Jestliže ANO, uveďte jak a na kterých konkrétních projektech
ANO
(uveďte včetně identifikačních kódů projektů, resp. smluv).
INCO-Copernicus :
CIPA-CT94-0224:
Humlíček J., ” Development of in-situ monitoring technologies for the control of advanced surface
and materials processing systems”, ( ve spolupráci se Salford University);
CIPA-CT94-0131:
Humlíček J., ” Real-time spectroscopic analysis:in situ analysis of spectroscopic measurements for
process monitoring and control by high-performance parallel computation”, ( ve spolupráci s MESA
Twente);
IC15-CT96-0804:
Skládal P. ” Biosensors for Direct Monitoring of Environmental Pullutants in the Field”
IC15-CT98-0910:
Skládal P., ” Multichannel Electrochemical Biosensors for Rapid Food Safety Monitoring”
Leonardo da Vinci :
No I/97/1/29445/EA/III.2.a/CONT/: Rosický J. ”The role of University tutor to develop the European
dimension” (University of Trieste )
KONTAKT:
ME 274: Havel J., ”Huminové kyseliny a modelové ligandy: koordinace a transport kovů” ( University
of Strasbourg )
ES 022: Vetterl V.”Interactions of Biopolymers and their Components at Interfaces” ( University of
Thessaloniki )
ME 276: Damborský J., “Racionální re-design mikrobiálních enzymů podílejících se na degradaci
toxických organických polutantů”
ES 018: Firbas P., “Projekt GSETT-3, Zapojení ČR do globálního experimentu organizovaného
OSN”
DL966135: Brzobohatý B., “The role of phytohormones in control of plant development and
architecture”
CEEPUS:
No. A-19: katedra teoretické a fyzikální chemie PřF MU (Vřešťál J.) a Technická univerzita Gratz,
výměna studentů a učitelů
Geographical Information Systems International Group ( GISIG ) – PANEL GI:
Mezinárodní spolupráce v rámci EU, ”Geoinformační systémy – vzdělávání”, Laboratoř
Geoinformatiky a Kartografie - katedra geografie PřF MU, každoroční pracovní semináře v zemích
POHOVZ..doc - 7.11.2003
37
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
CEEC ( ukončení 2002 )
f13.)
Je fakulta zapojena v současné době do sítí pracovišť
v Evropské unii ?
Jestliže ANO, jak ?
Účastí na grantových projektech:
Tempus, Socrates-Erasmus, CEEPUS, INCO-Copernicus,
COST.
f14.)
ANO
Leonardo da Vinci, KONTAKT,
Podílí se fakulta v současné době na dalších výzkumných
ANO
projektech v rámci mezinárodní spolupráce?
Jestliže ANO, uveďte partnery, oblasti, způsoby a rozsah spolupráce, včetně
objemu finančních prostředků v tis. Kč, a to i v dalších letech.
Program AKTION Ôstereich-Tschechische Republik:
• Grant No 17p23:
Institut für Mineralogy und Kristallographie, Univerzita Videň a kat.mineralogie, petrografie a
geochemie, Přírodovědecká fakulta MU, v letech l997-1998 cca 20 tis. ATS, v příštích letech
předpokládáme totéž
• Grant No 18p4:
Institut für Physikalische Chemie, Univerzita Vídeň a katedra teoretické a fyzikální chemie PřF MU, ”
Fyzikální chemie - Termodynamika slitin”, společný výzkum, který se společně publikuje, 89 tis. Kč,
• Grant 18p5:
J.K.U Linz a katedra fyziky pevné fáze PřF MU, ”Cooperation in the Investigation of ....”, studijní
stáže, přednáškové pobyty , výzkum nízkorozměrných struktur, 250 tis. Kč – jeden rok- 116 tis. Kč
• Grant 12p6J:
Univerzita Vídeň a katedra genetiky a molekulární biologie Přírodovědecké fakulty MU, Brno –
každoroční výměnné exkurze studentů, Kč 10 000,-/1 rok.
BARRANDE:
• katedra analytické chemie PřF MU (Havel J.) a University of Strasbourg (A.M. Albrecht-Gary),
”Huminové kyseliny a modelové ligandy: koordinace a transport kovů”, téma = vědy a
technologie informatiky, společné publikace v zahraničních časopisech včetně podílu na
zahraniční monografii + sdělení na mezinárodních kongresech, výměnné stáže, příspěvek
MŠMT (Kč 80 000,-/1997, Kč 135 000,-/1998).
• Katedra genetiky a molekulární biologi e PřF MU (Šmarda J.) a University of Lyon (Jurdic P.),
”Použití buněčné linie exprimující v-myb pro studium osteoklastové diferenciační dráhy”, výměna
a vzájemné využití unikátního experimentálního materiálu, výměnné pobyty, finance = 0.
NATO - Science for Peace:
SA. SfP/- 972379 (98) CDW 395: katedra fyzikální elektroniky (Janča J.), Technická univerzita
Mnichov a SHM Šumperk s.r.o., ”Development and Industrialization of Novel Superhard
Nanocrystalline Composite Wear-Protection Coatings” – vývoj metod s budoucím předáním do
výroby v SHM Šumperk, Kč 4 200 000,-.
Brookhaven National Laboratory (BNL), USA:
Humlíček J. (katedra fyziky pevné fáze PřF MU) a BNL, ”Experimenty se synchrotronovým zářením”,
výzkum optické odezvy vysokoteplotních supravodičů, finance = 0.
FOGARTY:
R03TW00749-01: katedra genetiky a molekulární biologie PřF MU a Dept. of Pathology, University of
Stanford, USA, ”Suppression of v-myb Transformation by RAR and RXR”, každoroční pracovní
stáže, společné publikace, 1996-99 ročně cca. Kč 600 000,-.
UK Government Darwin Initiative Project:
katedra systematické botaniky a geobotaniky PřF MU a University of Lancester, ”Safeeguarding the
Biodiversity of Eastern Europe”, výsledek = uspořádání kurzu TURBOVEG, stáž M. Kočího na
Univerzitě v Lancesteru, organizace Darwin Mapping Workshop na univerzitě v Lancesteru, fin.
Prostředky poskytnuty univerzitou v Lancesteru ( asi Kč 600 000,-).
POHOVZ..doc - 7.11.2003
38
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Program of scientific co-operation with outlands of the Polish Commettee for Scientific
Research:
P-000001301-33, katedra mineralogie, petrografie a geochemie, Přírodovědecká fakulta MU a
Institut nauk geologicznych, Univerzita Wroclaw, Polsko,v rámci grantu Wroclawské .univerzity cca 7
tis Kč i v příštích letech
Italian Ministry of Foreign Affairs:
Ústav fyziky Země a ING Řím, geofyzikální průzkum, v r. 1998-800 tis. Kč, v r. 1999-50 tis. Kč
Bundesministerium für Wissenschaft und Forschung (Austria):
CZ 45 377/2-IV/3a/94: Ústav fyziky Země a ZAMG Vídeň, geofyzikální průzkum, l998,99-190 tis.
ATS
National Science Foundation, USA:
• INT-9413469; F 61708-98-W0025: katedra organické chemie PřF MU (C.Mazal) a Boulder
University of Colorado (J.Michl), výměnné stáže + spolupráce na řešení společných úkolů,
v letech 1998-2000 3750 USD
• INT-9600462: Laboratoř molekulární fyziologie rostlin (Brzobohatý B.) + Plant Research
Laboratory, Michigan State University USA (Raikhel N.V.) + Biofyzikální ústav AVČR Brno, “US –
Czech Plant Research on Subcellular Compartmentation of Phytohormone Conjugation”,
spolupráce na řešení společných projektů, Finance = 0.
Rekonstrukce klimatu XVI. století ve střední Evropě:
Brázdil R., katedra geografie, spolupráce se zahraničními univerzitami (Bern, Barcelona, Wűrzburg),
Finance = O.
Dohoda o vědeckotechnické spolupráci mezi Českou republikou a Itálií:
- Dvouleté společné česko-italské projekty:
• Katedra matematiky PřF MU (Janyška J.) a University of Florence (Marini M.), ”Collaboration in
the Differential Equations and Differential Geometry”, společné publikace v oblasti matematiky (
diferenciální geometrie a diferenciální rovnice ), Kč 180 000,-.
• Katedra aplikované matematiky PřF MU (Horová I.) a University of Napoli (Simoncelli A.), New
Curve and Surface Schemes for Free Form Modelling” - využití poznatků z teorie aproximací a
numerické analýzy pro konstrukci křivek a ploch v počítačové grafice ( výzkum zaměřen nejen
na teoretickou oblast, ale i na přípravu příslušného software ), reciproční pracovní pobyty 2
členů řešitelského kolektivu, pracovníků univerzit, popř. PG studentů, Kč 80 000,-.
f15.)
Podrobila se fakulta v minulých dvou letech mezinárodnímu
NE
hodnocení ?
Jestliže ANO, uveďte jakému, za jakým účelem (uveďte včetně auditora, kritérií a
výsledku hodnocení)
POHOVZ..doc - 7.11.2003
39
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
VI. Personální zabezpečení výzkumného záměru
V tabulce se uvedou všechny osoby, které se podílejí na řešení výzkumného záměru. Tabulku rozšiřte
kopírováním pro potřebný počet osob. Mezi jednotlivými tituly udělejte mezeru.
Pracovní fond - udává se v hodinách za rok věnovaných na řešení záměru. Náklady na úhradu
pracovního fondu vyjmenovaných osob musí být plně pokryty z nákladů VZ.
1
Řešitel
------------ (viz úvodní stránka -zde se nevyplňuje) ----------------------
2
Příjmení
Jméno
Titul před jménem
Titul za jménem
Rodné číslo
Telefon
e-mail
Pracovní fond
Brzobohatý
Břetislav
RNDr.
CSc
5709271909
05-41517184
[email protected]
1076/1999-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
3
Příjmení
Jméno
Titul před jménem
Titul za jménem
Rodné číslo
Telefon
e-mail
Pracovní fond
Doškař
Jiří
Doc. RNDr.
CSc.
510811162
05-41129537
[email protected]
220
4
Příjmení
Jméno
Dubová
Jaroslava
POHOVZ..doc - 7.11.2003
40
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
Titul před jménem
Titul za jménem
Rodné číslo
Telefon
e-mail
Pracovní fond
RNDr.
CSc
535111001
05-41129555
[email protected]
220
5
Příjmení
Jméno
Titul před jménem
Titul za jménem
Rodné číslo
Telefon
e-mail
pracovní fond
Fajkus
Jiří
RNDr.
CSc.
6405082838
05-41517199
[email protected]
1076/1999-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
6
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Fajkusová
Lenka
RNDr.
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Fulnečková
Jana
Mgr
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Hejátko
Jan
Mgr.
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Hermanová
Klára
ing.
Příjmení
jméno
Hulánová
Mirka
7
8
9
0
POHOVZ..doc - 7.11.2003
6357051085
05-41517112
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
7457242210
05-41517151
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
7404054537
05-41129374
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
7453313802
05-41129555
[email protected]
220
41
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Mgr.
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Chroust
Karel
RNDR. Ing.
Dr.
2
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Kailerová
Jana
RNDr.
CSc.
445116038
05-41129539
[email protected]
220
3
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Klánová
Jana
RNDr.
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Konečná
Hana
RNDr.
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Krejčí
Lumír
Mgr.
Příjmení
jméno
Kuderová
Alena
1
4
5
6
POHOVZ..doc - 7.11.2003
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
7459034528
05-41517199
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
05-41129563
[email protected]
220
6361090076
05-41129252
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
5757241677
05-41129371
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
7203304207
05-41517151
2151/1999-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
42
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
RNDr.
CSc.
6357231243
05-41129374
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
7
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Kuglík
Petr
RNDr.
CSc.
5709082148
05-41129386
[email protected]
220
8
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Lexa
Matej
Ing.
PhDr.
6609026765
05-41129374
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Lízal
Pavel
Mgr.
0
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Mlejnek
Petr
RNDr.
CSc.
6311260450
05-41129252
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
1
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Nejedlá
Eliška
RNDr.
CSc.
535114124
05-41129371
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
2
Příjmení
jméno
Pantůček
Roman
9
POHOVZ..doc - 7.11.2003
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
7304064339
05-41129546
[email protected]
110
43
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Mgr.
Dr.
6902022985
05-41129505
[email protected]
220
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Poláčková
Klára
Bc.
4
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Rosypal
Stanislav
Prof.RNDr.
DrSc.
270612776
05-41129549
[email protected]
50
5
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Růžičková
Vladislava
RNDr.
CSc.
516116084
05-41129505
[email protected]
220
6
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Řepková
Jana
RNDr.
CSC.
5961100772
05-41129546
[email protected]
220
7
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Šerý
Omar
Mgr.
Příjmení
jméno
Šimek
Vladimír
3
8
POHOVZ..doc - 7.11.2003
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
7253083805
05-411517151
[email protected]
2151/1999-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
7206283821
05-41129385
[email protected]
110
44
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Prof.RNDr.
CSc.
370906421
05-41129498
[email protected]
220
9
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Šmarda
Jan
Doc.RNDr.
CSc.
6101111291
05-41129538
[email protected]
220
0
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Šotková
Šárka
Mgr.
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Zouhar
Jan
Mgr.
Příjmení
jméno
titul před jménem
titul za jménem
rodné číslo
telefon
e-mail
pracovní fond
Žákovská
Alena
RNDr.
Dr.
6262231217
05-41129503
[email protected]
220
1
2
POHOVZ..doc - 7.11.2003
Id. kód : CEZ:J07/98:6700008
6857290176
05-41129371
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
7403104038
05-41129374
[email protected]
1076/1999-2000, 2151/2001-2003 (do r. 2000 hrazeno z “250”)
45

Podobné dokumenty