Odběr, zpracování a uchování klinických vzorků

Odběr, zpracování a uchování
klinických vzorků
Obecně
Výsledky laboratorních testů, zejména RT-PCR závisí na druhu klinického materiálu, odběru, uchování
a transportu.
Nejpodrobnější informace o přítomnosti infekčního agens poskytne analýza klinického materiálu
odebraného z různých lokalizací. Tato možnost je však spojena s tím, že odebrané vzorky musí být
samostatně analyzovány. Chcete-li snížit pracnost a náklady na analýzu, lze tyto vzorky (již vyizolované)
spojit.
Pro stanovení patogenů pomocí RT-PCR detekčních kitů „RG detect“ lze použít různé druhy klinických
vzorků: urogenitální, rektální a oropharyngeální stěry, sekret spojivky, výpotek z váčků a erozivněulcerózní léze lidské pokožky, výpotek z membrán sliznic, moč a močový sediment, sektet prostaty,
biopsie, plná krev, plazma, sliny, likvid, sputum, bronchoalevolární laváž, stolice.
Klinické vzorky a jejich využití v detekci patogenů
-
Urogenitální stěry, sediment moči, sekret prostaty jsou doporučené klinické vzorky k detekci DNA
Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma
hominis, Trichomonas vaginalis, Ureaplasma spp.
-
Sekret spojivky, rektální a oropharyngeální stěry jsou doporučené klinické vzorky k detekci DNA
Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae.
-
Urogenitální, rektální a oropharyngeální stěry, výpotek z váčků a erozivně-ulcerózní léze lidské
pokožky, výpotek z membrán sliznic jsou doporučené klinické vzorky k detekci DNA Treponema
pallidum.
-
Vaginální stěry jsou doporučené klinické vzorky k detekci DNA Gardnerella vaginalis.
-
Sputum, bronchoalveolární laváž, plné krv, materiál z biopsie jsou doporučené klinické vzorky
k detekci DNA Mycoplasma/Chlamydophila pneumoniae
V následujícím rozdělení jsou nejčastěji používané klinické vzorky:
MUŽI
Druh klinického materiálu
Diagnostické využití
Screening STD*, etiologická diagnostika
uretritidy, monitoring antibakteriální léčby
uretritidy
Uretrální stěry
Detekce
STD*:
Chlamydia trachomatis,
Neisseria gonorrhoeae,
Trichomonas vaginalis,
Mycoplasma genitalium
Screening STD*, etiologická diagnostika
uretritidy
Moč
Stěr/výpotek z ulcerózně-erozivní
léze
Diferenciální diagnostika infekcí, které
způsobují ulcerózně-erozivní léze
OM**:
Mycoplasma hominis,
Ureaplasma spp.
Treponema pallidum
STD*:
Chlamydia trachomatis,
Sekret prostaty
etiologická diagnostika bakteriální
prostatitidy
Neisseria gonorrhoeae,
Trichomonas vaginalis,
Mycoplasma genitalium
OM**:
Ureaplasma spp.
STD*- sexuálně přenosné infekce
OM**- oportunní mikroorganismy
Institute of Applied Biotechnologies a.s., Tymiánová 619/14, Praha 10, Česká Republika
Odběr, zpracování a uchování
klinických vzorků
Ve většině případů diagnostiky akutní uretritidy, nebo relapsu chronické uretritidy se nejvíce využívá
stěr z přední části uretry.
U chronických, oligosymptomatických zánětlivých procesech a prostatitidě se nejvíce využívá sekret
prostaty. První proud ranní moči po masáži prostaty se odebírá dodatečně.
K diagnóze mužské neplodnosti se dodatečně analyzuje ejakuát.
Pro creeningové testy na sexuálně přenosné infekce je vhodné použít první část moči, protože může
být odebrána neinvazivně.
•
•
•
•
ŽENY
Druh klinického materiálu
Diagnostické využití
Screening děložního čípku pomocí HPV testu
Detekce
High-risk HPV
STD*:
Chlamydia trachomatis,
Cervikální stěry
Neisseria gonorrhoeae,
Etiologická diagnostika cervicitidy,
endrometritidy. Monitoring antibakteriální
léčby cervicitidy.
Trichomonas vaginalis,
Mycoplasma genitalium,
Treponema pallidum
OM**:
Mycoplasma hominis,
Ureaplasma spp.
Stěr/výpotek z ulcerózněerozivní léze
Diferenciální diagnostika infekcí, které
způsobují ulcerózně-erozivní léze
Treponema pallidum
STD*:
Chlamydia trachomatis,
Moč
Diferenciální diagnostika uretritidy, cystitidy
Neisseria gonorrhoeae,
Trichomonas vaginalis,
Mycoplasma genitalium
Screening High-risk HPV
(pro ženy ve věku od 25 let)
Screening STD*
STD*:
Chlamydia trachomatis,
Neisseria gonorrhoeae,
Trichomonas vaginalis,
Vaginální stěr/výtok
Mycoplasma genitalium,
Diferenciální diagnostika syndromu
patologického výtoku z vagíny
OM**:
Gardnerella vaginalis,
Mycoplasma hominis,
Ureaplasma spp.
STD*- sexuálně přenosné infekce
OM**- oportunní mikroorganismy
Institute of Applied Biotechnologies a.s., Tymiánová 619/14, Praha 10, Česká Republika
Odběr, zpracování a uchování
klinických vzorků
Uretrální stěry
Ve většině případů se po detekci sexuálně přenosných infekcí jsou použity stěry z přední části uretry.
Postup:
1) Před provedením vlastního stěru z uretry se očistí ústí močové trubice sterilním
tamponem namočeným ve sterilním fyziologickém roztoku
2) Poté močovou trubici masírovat.
3) Poté se odběrový tampón zavede pomalým šroubovitým
pohybem do hloubky 2 - 4 cm uretry, kde je doporučeno
rotovat 3 - 5 sekund tak, aby bylo odebráno co nejvíce
buněčného materiálu (epitelií).
4) Vyjmutí tamponu se provádí opět pomalým šroubovitým
pohybem.
5) Tampon se ihned po odběru vloží do sterilní 1,5 ml
zkumavky s transportním médiem.
6) Jakmile je tampon ponořen v transportním médiu,
rotačním pohybem v délce trvání cca 15 vteřin se uvolní odebraný materiál do
média.
7) Následně se tampon vyjme ze zkumavky, popř. se přelomí na označeném místě a
uzavře ve zkumavce část s tamponem, zbylou část zlikvidovat jako infekční odpad.
Při manipulaci je třeba se vyhnout vzniku aerosolu
POZOR! Pacient nesmí před odběrem alespoň 2 hodiny močit.
Sekret prostaty
Sekret prostaty se využívá k diagnostice infekcí reprodukčních orgánů.
Postup:
1) Před provedením vlastního odběru se očistí zevní ústí močové trubice sterilním
tamponem namočeným ve sterilním fyziologickém roztoku.
2) Zavést prst do konečníku a provést šetrnou masáž prostatické žlázy.
3) Sekret vytékající z uretry se zachytí do sterilní nádobky resp. do zkumavek se
speciálními transportními médii.
POZOR! Odběr prostatického sekretu provádíme nejlépe po 2-3 denní sexuální abstinenci. Prostatický
sekret získáme prostatickou masáží. Provádí se nejlépe v genupektorální poloze, po omytí genitálu.
Moč
První proud ranní moči je adekvátní klinický materiál pro detekci sexuálně přenosných infekcí a vhodný
jako alternativa uretrálních stěrů, protože je to neinvazivní procedura.
Postup:Před provedením vlastního odběru se zevní očistí ústí močové trubice sterilním
tamponem namočeným ve sterilním fyziologickém roztoku.
1) Do suché,sterilní nádobky odebrat první proud ranní moči (20 - 25 ml).
2) Nádobku uzavřít, označit.
POZOR! Pacient nesmí před odběrem alespoň 2 hodiny močit. Během noci před odběrem
doporučujeme pacientům nepožívat nadměrné množství tekutin. Před odběrem je třeba
důkladné omytí genitálií, není možné vyšetření močového sedimentu provádět u žen v
období menstruace.
Dále se doporučuje moč zpracovat dle postupu popsaném v kapitole
Transport a uchování klinických vzorků.
Institute of Applied Biotechnologies a.s., Tymiánová 619/14, Praha 10, Česká Republika
Odběr, zpracování a uchování
klinických vzorků
Cervikální stěry
Cervikální stěry jsou určeny k diagnostice všech forem infekcí způsobených Chalmydia trachomatis,
Neasseria gonorrhoeae, Human papilloma virus, Mycoplasma genitalium. Analýza poskytuje informace o
efektivitě léčby výše uvedených infekcí.
Postup:
1) Před provedením vlastního odběru je doporučeno odstranit hlenovou vrstvu
vatovým tamponem.
2) Zavést sondu (odběrový tampon) do hloubky 1 – 1,5 cm cervixu
3) Rotovat sondou po dobu 3 – 5 sekund tak, aby bylo odebráno co nejvíce
buněčného materiálu (epitelií).
4) Odstranit sondu bez kontaktu s vaginální stěnou.
5) Vložit do zkumavky s transportním mediem a rotačním pohybem v délce
trvání cca 15 sec. uvolnit odebraný materiál do media.
6) Zkumavky se vzorkem uzavřít a popsat.
7) Použitou sondu zlikvidovat jako infekční odpad.
POZOR! Při manipulaci s klinickými vzorky je třeba se vyhnout vzniku aerosolu. Odebraný materiál by měl
obsahovat dostatečné množství cylindrických epitelových buněk.
Vaginální stěry
Vaginální stěry jsou určeny k diagnostice Trichomonas vaginalis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma
hominis, Ureaplasma spp. a dalších bakteriálních vaginóz. Dále tyto stěry lze použít i k diagnostice
cervikálních patogenů (při použití kitů „RG detect“) C.trachomatis a N.gonorrhoeae.
Postup:
1) Před provedením vlastního odběru je doporučeno odstranit hlenovou vrstvu
vatovým tamponem.
2) Rotovat sondou po povrchu cervixu po dobu 3 – 5 sekund tak, aby bylo
odebráno co nejvíce buněčného materiálu (epitelií).
3) Vložit do zkumavky s transportním mediem a rotačním pohybem v délce
trvání cca 15 sec. uvolnit odebraný materiál do media.
4) Zkumavky se vzorkem uzavřít a popsat.
5) Použitou sondu zlikvidovat jako infekční odpad.
POZOR! Při manipulaci s klinickými vzorky je třeba se vyhnout vzniku aerosolu. Odebraný materiál by měl
obsahovat dostatečné množství cylindrických epitelových buněk.
Institute of Applied Biotechnologies a.s., Tymiánová 619/14, Praha 10, Česká Republika
Odběr, zpracování a uchování
klinických vzorků
Doporučené odběrové soupravy
Odběrové soupravy jsou kompatibilní s izolační soupravou DNA express. Technologie flocked swabs.
Odběrové soupravy obsahují transportní medium. Toto Medium slouží
k přepravě, skladování stěrů a výtoků odebraných z urogenitálního traktu,
krku, konečníku, oční spojivky, erozivně-ulcerózní léze lidské kůže a sliznic
k následnému rozboru materiálu pro detekci sexuálně přenosných infekcí
a dalších infekcí reprodukčního systému pomocí polymerázové řetězcové
reakce (PCR) a detekce sekvence nukleové kyseliny pomocí PCR souprav.
Transportní medium je sterilní solný pufr růžové barvy, který je doplněn
o mukolytické, konzervační a stabilizační látky. Mukolytický agent zajišťuje
zkapalňování hlenu, poskytuje efektivní a homogenní míchání klinického
materiálu s transportním mediem. Konzervační a stabilizační látky brání
růstu nespecifické mikroflory a předčasné lýze buněk, poskytují
dlouhodobou stabilitu RNA / DNA mikroorganismů a virů v širokém
rozsahu teplot.
Druhy odběrových souprav:
Kit pro odběr, transport a uchování uretrálních stěrů
Katalogové číslo: P0815
Doba použitelnosti: 9 měsíců od data výroby
Použití: Kit pro odběr, transport a uchování uretrálních stěrů před vlastní
izolací. Vhodný pro odběr z malých či méně přístupných oblastí, jako jsou
odběry z očí, uší, nosních průchodů, krku a urogenitálního traktu.
Vhodný pro dětské odběry.
Kit pro odběr, transport a uchování endocervikalních stěrů
Katalogové číslo: P0709
Doba použitelnosti: 9 měsíců od data výroby
Použití: Kit pro odběr, transport a uchování endocervikalních stěrů před
vlastní izolací.
Transport a uchování klinických vzorků
Klinické vzorky by měly být odebrány do sterilní zkumavky a transportním mediem.
1) Vzorky (kromě moči) mohou být transportovány a uchovávány při těchto podmínkách:
• laboratorní teplota +18 až +25 °C po dobu 28 dní
• při teplotě +2 až +8 °C po dobu 3 měsíců
• při teplotě ≤ -20 °C není stanoveno (po rozmražení se dále neuchovává)
2a) Vzorky moči (bez přidání transportního media*)mohou být transportovány
a uchovávány při těchto podmínkách:
• laboratorní teplota +18 až +25 °C po dobu 6 h
• při teplotě +2 až +8 °C po dobu 24 h
2b) Vzorky moči/sediment (po přidání transportního media*)mohou být transportovány a
uchovávány při těchto podmínkách:
• při teplotě +2 až +8 °C po dobu 24 h
• při teplotě ≤ -20 °C po dobu 1 týdne
• při teplotě ≤ -68 °C není stanoveno (po rozmražení se dále neuchovává)
Institute of Applied Biotechnologies a.s., Tymiánová 619/14, Praha 10, Česká Republika
Odběr, zpracování a uchování
klinických vzorků
* Zpracování vzorku moči (sediment):
I. Promíchat nádobku s močí.
II. Napipetovat 1 ml vzorku moči do 1,5 ml sterilní zkumavky pomocí bariérových špiček.
III. Centrifugovat zkumavku s močí 5 minut při 10 000g. Pokud bude moč obsahovat
velké množství krystalů moči- resuspendovat horní část solné pelety v 1 ml
a centrifugovat znovu.
IV. Odstranit supernatatnt.
V. Přidat transportní medium k peletě (finální objem 0,2 ml). Opatrně vortexovat. Takto
připraveny vzorek moči (peleta s transportním mediem) může být uchován dle bodu 2b.
Klinické vzorky musí být transportovány v chladícím boxu s chladícími vložkami po dobu
nezbytně nutnou!
Doporučené izolační soupravy
Pro správnou detekci DNA pomocí amplifikačních kitů „RG detect“ výrobce doporučuje použití izolačních
souprav DNA Express a DNA Express B. Tyto soupravy jsou určeny k izolaci DNA z klinických vzorků.
Soupravy jsou kompatibilní s kity „RG detect“.
• IVD, CE
• součástí kitů „RG detect“ je Vnitřní kontrola, která slouží ke kontrole izolace,tak možné
inhibice PCR (kromě kitu M./C pneumoniae RG detect a HPV)
Druhy izolačních souprav:
DNA Express
Katalogové číslo: P0701
Doba použitelnosti: 9 měsíců od data výroby
Použití: Kit pro izolaci DNA z klinických materiálů (moč, výtěr sliznic urogenitálního traktu, krku,
konečníku, spojivek, erozí a vředů). Získaná DNA je vhodná k testování pomocí PCR souprav,
které detekují agens pohlavně přenosných nemocí způsobených Chlamydia trachomatis,
Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis,
Ureaplasma species, Gardnerella vaginalis, Trichomonas vaginalis a HPV.
DNA Express B
Katalogové číslo: P0813
Doba použitelnosti: 9 měsíců od data výroby
Použití:Kit pro izolaci DNA z tělních tekutin a biopsií (plná krev, plazma, sediment moči, sliny, likvor,
sputum, materiál z biopsie, broncho-alveolární laváž, stolice, sekret prostaty). Minimální objem
klinického vzorku potřebného k izolaci je 0,1 ml.
Získaná DNA je vhodná k následnému testování pomocí PCR souprav, na stanovení přítomnosti
DNA Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma genitalium,
Mycoplasma hominis, Trichomonas vaginalis, Ureaplasma spp., Mycoplasma
pneumoniae a Chlamydophila pneumoniae či dalších infekčních agens.
SÍDLO PROVOZOVNY A TECHNICKÉ ODDĚLENÍ:
Institute of Applied Biotechnologies a.s.
Služeb 4, Praha 10, 108 52, Česká Republika
Tel: +420255700885
Fax: +420272701742
E-mail: [email protected]
Institute of Applied Biotechnologies a.s., Tymiánová 619/14, Praha 10, Česká Republika