Abstrakt

Simulace biomolekulárních systémů pomocí metody létajících Gaussianů
Spiwok Vojtěch, Šućur Zoran
Ústav biochemie a mikrobiologie, VŠCHT Praha
E-mail: [email protected]
Praktická aplikace biomolekulárních simulací je často komplikována výpočetní náročností
používaných metod. Zatímco na dnešním hardwaru můžeme simulovat zpravidla nanosekundy či
mikrosekundy ze života biomolekulárních systémů, opravdu zajímavé procesy, jako je sbalování
proteinů, tvorba a disociace komplexů protein-ligand nebo enzymově katalysované reakce probíhají
v delších časových měřítkách. Proto jsou vyvíjeny metody, které umožňují studovat dlouhodobé
chování systému prostřednictvím kratších simulací. Námi navržená metoda létajících Gaussianů je
inspirována metadynamikou [1] a její paralelní verzí [2]. Zde uvádíme výsledky testování metody
na různě velkých a složitých molekulárních systémech zahrnujících „alanindipeptid“ (Ace-AlaNme), různě dlouhé oligoproliny, Met-enkephalin a další systémy.
Literatura:
1. Laio A, Parrinello M: Escaping free-energy minima. Proc Natl Acad Sci USA, 2002, 99(20)
12562-12566.
2. Raiteri P, Laio A, Gervasio FL, Micheletti C, Parrinello M: Efficient Reconstruction of
Complex Free Energy Landscapes by Multiple Walkers Metadynamics. J Phys Chem B,
2005, 110(8) 3533-3539.