Metody získávání DNA z limitního FFPE vzorku. Školitel: doc. Mgr
Transkript
Metody získávání DNA z limitního FFPE vzorku. Školitel: doc. Mgr. Jiří Drábek, PhD. Počet studentů: 1 Bakalářská práce Získání dostatečného množství DNA dobré kvality je stěžejní bod další práce v molekulárněbiologické laboratoři. Pokud se to nezdaří, jsou tím znemožněny další genetické analýzy, což může vést až k opakovanému odběru a zátěži pacienta (pokud je to vůbec možné). Množství a kvalitu DNA ovlivňuje stav zdrojového materiálu (kousek tkáně, plazma) a metoda izolace DNA. Standardní izolace genomové DNA spočívá v lýze buněk, navázání DNA na silikátovou membránu nebo paramagnetické částice, promytí balastu a eluci DNA. Novější způsob získání DNA, při kterém dochází rovnou k jejímu namnožení, se nazývá whole genome amplification (WGA). Komerční kity pro standardní izolaci i pro WGA jsou nabízeny několika firmami a zajímavé by bylo srovnat jejich parametry s ohledem na požadavky laboratoře. Cílem práce je sepsat rešerši na téma možností izolace DNA z limitního FFPE vzorku, srovnat různé druhy izolace pro jednotlivé zdroje DNA vzhledem k následným aplikacím v laboratoři prediktivní onkologie. Reference: 1 ARNESON, N., MORENO, J., IAKOVLEV, V., GHAZANI, A., WARREN, K., MCCREADY, D., JURISICA, I. a DONE, S. J. Comparison of whole genome amplification methods for analysis of DNA extracted from microdissected early breast lesions in formalinfixed paraffin-embedded tissue. ISRN oncology, 2012, 2012(710692-2090-567X. 2. HIRSCH, D., CAMPS, J., VARMA, S., KEMMERLING, R., STAPLETON, M., RIED, T. a GAISER, T. A new whole genome amplification method for studying clonal evolution patterns in malignant colorectal polyps. Genes, chromosomes & cancer, 2012, 51(5), 490-500. 1098-2264. 3. LIANG, C. W., LEE, Y. S., MARINO-ENRIQUEZ, A., TSUI, K. a HUANG, S. H. The utility and limitation of single nucleotide polymorphism analysis on whole genome amplified mesenchymal tumour DNA in formalin fixed tumour samples. Pathology, 2012, 44(1), 33-41. 1465-3931. 4. BOSSO, M. a AL-MULLA, F. Whole genome amplification of DNA extracted from FFPE tissues. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2011, 724(161-180. 1940-6029. 5. BAAK-PABLO, R., DEZENTJE, V., GUCHELAAR, H. J. a VAN DER STRAATEN, T. Genotyping of DNA samples isolated from formalin-fixed paraffin-embedded tissues using preamplification. The Journal of molecular diagnostics : JMD, 2010, 12(6), 746-749. 19437811. Create PDF files without this message by purchasing novaPDF printer (http://www.novapdf.com)
Podobné dokumenty
Témata bakalářských a diplomových prací LEM
genome amplification (WGA). Komerční kity pro standardní izolaci i pro WGA jsou nabízeny několika firmami a zajímavé by bylo srovnat jejich parametry s ohledem na požadavky laboratoře. Cílem práce ...
Více01 TItu next
Za dalším navýšením kvality lze hledat i použité materiály. Na veškeré kožené čalounění, jak sedaček, tak i stropů, byl použit materiál Poltrona Frau. Výrobce nabízí dvě varianty uspořádání interié...
Víceh198 yacht - James Boat
2x zabudovaný dieselový motor Volvo Penta nebo CMD, max. výkon 2x 500 HP Pohon 2x náhony Arneson Kompletní dálkové ovládání motoru s řízením a přístroji 5x baterie 12V/120Ah 1x kotva s elektrickým ...
VíceNávod v češtině stahujte zde.
která je tečnou křivky. Rychlost, kterou je třeba letět pro dasažení nejlepšího klouzavého poměru odečteme od bodu (bod B), ve ktrém se přímka křivky dotýká, tedy rychlost vB. Ve vašem přístroji si...
Více2011 - Ústavu analytické chemie AV ČR, vvi
Foret, F. Conjugation reactions in the preparations of quantum dotbased immunoluminescent probes for analysis of proteins by capillary electrophoresis. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2011,...
Víceprázdniny ve znamení historie prázdniny ve znamení
Významný bílinský rodák Gustav Walter má svou pamětní desku Seifertova ulice má nový povrch Odtahová služba v Bílině zatím nebyla potřeba Se stavbou hřišť přichází i jejich ničení Do života byli př...
VíceSeeYou Mobile
. Color 240x320 . VGA 640x480 Požadovaný rozsah paměti Závisí hlavně na velikosti map terénu. Bez mapy je to asi 500KB. Velikost mapy můžete určit pomocí výběru v SeeYou pomocí pomocníka pro PDA. J...
Více