array-cgh - GENvia, sro

www.genvia.cz
GENvia, s.r.o.
GENvia, s.r.o.
SOUKROMÉ GENETICKÉ PRACOVIŠTĚ
genetické pracoviště
Sýkovecká 276/54, 198 00 Praha 9-Kyje
tel.: 266 315 592, 773 669 442, [email protected], www.genvia.cz
ARRAY-CGH
Metoda array-CGH (komparativní genomová hybridizace na čipech) je čipová technika, která se pro své
nesporné výhody používá ve stále větším rozsahu. Poskytuje inovativní postup při odhalování
nebalancovaných změn (delecí/duplikací), jejichž umístění v genomech pacientů není předem známo.
Její vlastnosti jsou v praxi využívány a pomáhají detekovat aberantní místa, ve kterých došlo k deleci
nebo amplifikaci genetického materiálu. Metoda je asi 100x citlivější než karyotypování, a tak posouvá
cytogenetickou diagnostiku na molekulární úroveň.
Použití metody
Metoda nachází uplatnění v diagnostice prenatální, postnatální i preimplantanční.
Postnatální vyšetření
Vyšetření je vhodné v případě, kdy pacient vykazuje známky možného genetického postižení, přičemž předchozí
cytogenetické a/nebo molekulárně genetické vyšetření je bez nálezu. Metoda je využívána především při odhalování
příčin mentálních a psychomotorických retardací. Uplatnění nachází také v jiných případech (např. při pochopení a
objasnění mechanismů vzniku některých nádorových onemocnění). Záchyt pozitivních výsledků je v odborné
literatuře uváděn od 5 % do 24 %.
Prenatální vyšetření
Vzorky získané během prenatálního období je pro toto vyšetření vhodné indikovat tehdy, kdy ultrazvukový screening
plodu je pozitivní, avšak předchozím cytogenetickým a/nebo molekulárně genetickým vyšetřením byl detekován
normální nález. Pozitivní výsledky z choriových klků nebo plodové vody se pohybují v rozmezí 5 – 19 %.
Preimplantační vyšetření
Aneuploidie chromozomů jsou v lidských zárodečných buňkách a embryích hlavní příčinou selhání IVF (in vitro
fertilizace) nebo narození postiženého jedince. Běžně používaná metoda FISH má tu nevýhodu, že pomocí ní lze
analyzovat pouze omezený počet chromozomů. Pomocí techniky array-CGH však je možné vyšetřit všechny
chromozomy embrya. Výsledky, které se vyznačují patogenním charakterem, se nachází u 9 – 20 %.
Materiál pro metodu array-CGH
Výchozím meziproduktem vyšetření je DNA izolovaná z různých typů tkání. Může se jednat o periferní krev, fetální krev,
choriové klky, plodovou vodu či potracenou tkáň. Periferní krev je nutno odebrat do zkumavky s přídavkem
protisrážlivého činidla EDTA. Izolaci DNA si v naší laboratoři provádíme sami, nebo je možné dodat již izolovanou DNA.
Strana 1 ze 2
GENvia, s.r.o, Sýkovecká 276/54, Praha 9, 198 00, www.genvia.cz, tel.: 266 315 592, 773 669 442, [email protected]
GENvia, s.r.o.
genetické pracoviště
www.genvia.cz
GENvia, s.r.o.
SOUKROMÉ GENETICKÉ PRACOVIŠTĚ
Sýkovecká 276/54, 198 00 Praha 9-Kyje
tel.: 266 315 592, 773 669 442, [email protected], www.genvia.cz
ARRAY-CGH
Výhody metody
Metoda poskytuje vysokou úroveň rozlišení, jelikož je možné použít tisíce sond na pokrytí jednotlivých genů nebo
skupin genů. Rozšířené použití celogenomové analýzy touto metodou vede ke stále většímu počtu zachycených delecí
a duplikací. Umožňuje identifikovat CNV (copy number variation), tedy varianty v počtu kopií. Jde o segmenty,
obsahující změny v počtu kopií (zahrnující delece a duplikace), které jsou odlišné v porovnání s referenčním genomem.
CNV jsou v některých případech přímo asociovány s určitými genetickými poruchami.
Limity a omezení
Nevýhodou metody zůstává nemožnost odhalit balancované změny (balancované translokace či inverze) a bodové
mutace.
Doba vyšetření
Výsledek získaný metodou array-CGH je indikujícímu lékaři k dispozici do 21 dní od dodání vzorku do laboratoře. V
případě statimového vyšetření je možné po domluvě s laboratoří provést vyšetření v kratším čase.
Princip metody
Samotný princip metody spočívá v komparaci, tedy v porovnávání, značené DNA pacienta se značenou DNA kontrolní
(referenční). Hybridizace značených DNA probíhá na sklíčku, které je označováno jako čip. Na speciálně potažený
povrch skla je nasyntetizováno 8x60 000 oligonukleotidových sond pro 8 pacientů, jelikož v jenom cyklu metody je
vyšetřeno právě 8 vzorků. Čip je následně oskenován pomocí skeneru a intenzity signálu pozorujeme prostřednictvím
specializovaného programu. Pro efektivní hodnocení výsledků jsou využívány interpetační programy a databáze
(interní a externí).
Skener a oskenovaný čip
Strana 2 ze 2
GENvia, s.r.o, Sýkovecká 276/54, Praha 9, 198 00, www.genvia.cz, tel.: 266 315 592, 773 669 442, [email protected]