MIA FORA NGS v2.0 Software Quick Guide

Stručný návod k použití softwaru
K použití s typizační sadou IMMUCOR® MIA FORA NGS HLA
Určeno pro diagnostiku in vitro
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 1 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
Tato příručka je určena k použití se softwarem MIA FORA NGS
SR-790-00017
S veškerými dotazy, komentáři a požadavky se prosím obracejte na našeho zástupce prostřednictvím
níže uvedené adresy.
Autorizovaný zástupce:
Immucor Medizinische Diagnostik GmbH
Adam-Opel-Strasse 26A
Rodermark 63322 Německo
Tel.: (+49) 6074-84 20 -0
Technický servis pro Evropu: +32/3 385 47 91
IMMUCOR® je obchodní značka Immucor, Inc.
MIA FORA™ je obchodní značka Sirona Genomics, Inc.
®
illumina je obchodní značka Illumina, Inc.
®
MiSeq je obchodní značka Illumina, Inc.
Účel použití
Sada pro typizaci HLA pomocí NGS MIA FORATM slouží k amplifikaci a sekvenování HLA genů
HLA -A, -B, -C, -DRB-1/3/4/5, -DQA1, -DQB1, -DPA1 a -DPB1 na sekvenační platformě Illumina
NGS. Software MIA FORA slouží jako návod ke stanovení typu HLA z dat získaných pomocí sady
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 2 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
MIA FORA NGS HLA. Test je určen k použití v laboratořích způsobilých k manipulaci DNA pro
amplifikaci a sekvenování.
Popis návodu
Tento návod poskytuje základní pokyny k použití softwaru MIA FORA NGS Software
790-00017 ve spojení s následujícími sadami:
Typizační sada MIA FORA™ NGS HLA
IVD pouze v Evropské unii)
SR-
SR-800-10377 (označení CE pro
Podrobné informace naleznete v příručce pro uživatele softwaru MIA FORA NGS. Tento návod
nemůže nahradit příručku pro uživatele.
Příslušná dokumentace
Níže uvedené materiály obsahují doplňující informace vztahující se k tomuto návodu, nebo na
něj odkazující.
Příručka pro uživatele softwaru MIA FORA NGS (LC1619)
Příbalový leták pro typizační sadu MIA FORA NGS HLA (LC1618CE)
Omezení
Omezení naleznete v příslušné dokumentaci.
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 3 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
Vytvoření projektu a analýza vzorku:
1. Vytvořte soubor s čárovými kódy vzorku (soubor Windows s hodnotami oddělenými
čárkou(soubor csv)), který bude obsahovat názvy vzorků a přidělené čárové kódy. Uveďte také
název projektu a polohy jamek. Tyto údaje budou použity pro analýzu sekvence.
a. Otevřete software MIA FORA a přejděte na záložku Projects (Projekty). Klikněte na
tlačítko New Project (Nový projekt) v pravém horním rohu hlavní stránky.
b. Zadejte požadovaný název projektu (Project), číslo sady MIA FORA NGS (Lot), datum
přijetí (Received at) a jméno operátora (Operator). Klikněte na tlačítko Browse (Hledat)
a soubor s čárovým kódem vzorku (csv) bude nahrán.
Poznámka: Název projektu nesmí být delší než 30 znaků. Znaky pomlčky a podtržítka jsou
povoleny, zvláštní znaky však povoleny nejsou a budou odstraněny.
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 4 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
c. K navigaci v listu s čárovými kódy slouží tlačítko Next (Další), správnost názvů vzorků
potvrdíte pomocí Yes (Ano).
d. Nový projekt potvrdíte kliknutím na Finish (Dokončit).
2. Postup nastavení běhu MiSeq a pojmenování souborů FASTQ pomocí Illumina Experiment
Manager naleznete v Příloze A.
3. Nový projekt je připraven k nahrání souborů FASTQ, jakmile je první řada označena oranžovou
barvou.
a. Klikněte na zelené tlačítko přehrávání pod záložkou Next Step (Následující krok), pomocí
kterého spustíte nápovědu k souboru FASTQ.
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 5 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
b. Pomocí hledání (browse) nahrajte soubory FASTQ. Před zvolením obou souborů dlouze
stiskněte klávesu CTRL.
POZNÁMKA: Názvy souborů FASTQ musejí začínat názvem projektu, aby byl software
schopen rozpoznat soubory.
c. Klikněte na Finish (Dokončit) a spustí se nahrávání souborů FASTQ.
4. Klikněte na Project name (Název projektu) a vyberte projekt určený k analýze a kontrole dat.
Poznámka: Nejaktuálnější projekty jsou uvedeny v horní části seznamu.
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 6 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
5. Klikněte na záložku Statistics (Statistiky) a spusťte kontrolu kvality běhu
a. Zkontrolujte Piechart (Výsečový graf)
i. Platné výsledky jsou >85 %. Neplatné výsledky <10 %.
b. Zvolte Insert Distribution (Rozdělení insertu)
i. Velikost insertu by měla být cca 150-400
c. Zkontrolujte Read Distribution Among Samples/Barcode (Interpretace rozdělení mezi
vzorky/čárovými kódy)
d. Zkontrolujte Nucleotide Distribution Along Each Position (Rozdělení nukleotidu pro
jednotlivé pozice)
i. Graf by měl od pozice 20 vykazovat stejné % pro každou bázi
e. Zkontrolujte Quality Score Distribution Along Each Position (Rozdělení výsledků kvality
pro jednotlivé pozice)
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 7 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
6. Klikněte na Review (Kontrola) a spusťte kontrolu dat
Obr. 1. Kontrolní okno: (A) Rozbalovací menu se vzorky a lokusy (B) Zvolené genotypy pro vzorek
(C) SNP (jednonukleotidový polymorfismus) a tabulky s navrženými LD (D) Tabulka vypočtených
alelových frekvencí kandidátních genů (E) Linie pokrytí a prohlížeč zarovnávání (alignment) (F)
Prohlížeč zarovnávání (alignement) pro contig de novo
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 8 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
a. Prostřednictvím systému značení pomocí praporků (Smart Flagging System) zkontrolujte
všechny případné abnormální stavy, nedostatečná data a nejasnosti.
b. Otevřete rozbalovací nabídku Sample (Vzorek) a Locus (Lokus) a zkontrolujte všechny
údaje (Obr. 1 (A))
c. Zkontrolujte alely v tabulce Candidate (Kandidátní geny) (Obr. 1 (D)),
i. Vezměte v potaz sloupec minimálního pokrytí cDNA (pátý sloupec) a sloupec
minimálního centrálního pokrytí cDNA (šestý sloupec).
d. V případě homozygotních stavů (pouze jedna alela na daný lokus) zkontrolujte informaci
obsahující návrh LD, šedé stínování v linii pokrytí a tabulku s kandidátními geny, a
zjistěte, zda nechybějí alely (Obr. 1 (C)).
e. Linie pokrytí (Coverage Plots) zobrazíte zvýrazněním kandidátních alel v tabulce s
kandidátními geny, poté zvolte možnost Coverage (Pokrytí) (Obr. 1 (E)).
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 9 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
f.
V levém okně jsou zobrazeny referenční sekvence pokrytí souběžné s cDNA, v pravém
okně se nacházejí referenční sekvence pokrytí souběžné s genomem. Červené svislé
čáry (křížky) nad křivkami znázorňujícími pokrytí označují polohy, které jsou odlišné mezi
vybranými referenčními alelami. Šedě vystínované oblasti znázorňují rozdíl mezi
celkovým pokrytím pro základní gen a celkovým pokrytím pro vybrané alely.
g. Pro potvrzení / kontrolu automatického přidělení zvolte přidělenou alelu a alelu dle
vlastního výběru. Klikněte na tlačítko Consensus Alignment (Odsouhlasené zarovnání) a
proveďte srovnání s nejblíže odpovídající Contig.
h. Projděte různé funkce zarovnání a porovnejte alely, a potvrďte nebo změňte
automatické přidělení.
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 10 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
i.
Použijte nástroje SNP a LD Suggestion (Návrh LD) a zvolte nejvhodnější řešení.
i. V tabulce SNP je uveden seznam polymorfních de-novo spojených contig,
fázovaných bloků a frekvencí nukleotidů na jednotlivých polymorfních místech.
Pokud je poměr nukleotidových frekvencí v Contig1 vůči Contig2 odlišný od
průměrného poměru, budou příslušné buňky vyznačeny oranžovou barvou.
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 11 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
ii. V panelu LD Suggestion (Návrh LD) jsou uvedeny záznamy z databáze Linkage
Disequilibrium (Nerovnováhy vazeb) obsahující alely uvedené v tabulce
genotypu vzorku. Jednotlivé řady představují alely, u kterých byla zaznamenána
vzájemná propojení. Panel LD Suggestion (Návrh LD) má pouze informativní
povahu. LD neslouží k výpočtu genotypů vzorku.
j.
V případě, že budou ve stavu provedeny změny, klikněte na tlačítko Refresh (Obnovit)
nad tabulkou s genotypy. Pokud jsou všechny stavy správné, klikněte na tlačítko
schválení a přejděte na následující vzorek. Vypočítaný stav mohou změnit pouze
uživatelé ve funkci technika či ředitele laboratoře.
k. Po schválení vzorku může výsledek změnit pouze uživatel v řídící roli, a to kliknutím na
ReAnalysis (Provést novou analýzu).
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 12 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
7. Před vygenerováním zprávy (Report) klikněte na Summary (Shrnutí) a zkontrolujte genotypy
všech vzorků.
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 13 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
8. Klikněte na tlačítko Report (Zpráva) a zvolte výsledný formát (PDF, PDF bez komentáře, XML)
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 14 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
PŘÍLOHA A
Příloha: Spuštění MiSeq® vyžaduje vytvoření listu se vzorky
1. Pomocí níže uvedeného odkazu stáhněte Illumina® Experiment Manager.
https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/experiment_manager/downloa
ds.html
2. Otevřete software a klikněte na Create Sample Sheet (Vytvořit list se vzorky)
3. Zvolte MiSeq Instrument a klikněte na Next (Další).
4. Pod záložkou Select Category (Zvolit kategorii) zvolte Other (Jiná), pod Select Application (Zvolit
aplikaci) zvolte FASTQ Only (Pouze FASTQ) a nakonec klikněte na Next (Další).
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 15 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
5. Zadejte Workflow Parameters (Parametry pracovního postupu) a zvolte Next (Další)
a. Reagent Cartridge barcode field (Pole pro čárový kód kazety činidla): Zadejte číslo
čárového kódu MiSeq. Číslo čárového kódu naleznete na štítku kazety.
b. Sample Prep Kit (Sada pro přípravu vzorku): Zvolte TruSeq HT
c. Index Reads (Počet interpretací indexu): Zvolte 0
d. Experiment name (Název pokusu): Musí začínat názvem projektu, který byl právě vytvořen
pomocí softwaru MIA FORA (např: Školení_6led16_QUAIL) Pozn.: Zkopírujte název pokusu a
vložte jej do pole Sample ID (ID vzorku) v kroku 6.
e. Investigator Name (Jméno osoby provádějící pokus): Jméno příslušné osoby
f. Description (Popis): Veškeré doplňující informace
g. Date (Datum): Datum běhu
h. Read Type (Typ interpretace): Zvolte párovaný konec
i. Cycles Read 1/2 (Interpretace cyklu 1/2): Obě hodnoty by měly být 151
j. FASTQ Only Workflow-Specific Settings (Nastavení pracovního pokusu FASTQ): Žádné
políčko není zaškrtnuté
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 16 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)
6. Na obrazovce Sample Sheet (List se vzorky) je nutné uvést pouze 1 řadu. Zkopírujte název
pokusu použitý v kroku 5 do pole „Sample ID“ (ID vzorku). Klikněte na Finish (Dokončit). Soubor
FASTQ bude pojmenován podle údaje zadaného v poli „Sample ID“ (ID vzorku) (např.:
Školení_6led16_QUAIL).
7. Uložte soubor CSV s názvem projektu (Project name) na příslušné místo v MiSeq.
Immucor Transplant Diagnostics, Inc.
550 West Avenue
Stamford, CT 06902, Spojené státy americké
855-IMMUCOR
www.immucor.com
Strana 17 ze 17
Copyright © 2016, Immucor Transplant Diagnostics, Inc. Všechna práva vyhrazena.
LC1628CECS.0 (02/16)