Centra základního výzkumu - LC Remorost Regulace morfogeneze

Transkript

NÁVRH PROJEKTU DO VEŘEJNÉ SOUTĚŽE VE VÝZKUMU A VÝVOJI
Centra základního výzkumu - LC
poskytovatel - MINISTERSTVO ŠKOLSTVÍ, MLÁDEŽE A TĚLOVÝCHOVY
Evideční číslo projektu - přidělí poskytovatel
Podací číslo projektu
Remorost
Název projektu
Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů
VEŘEJNÁ SOUTĚŽ
Centra základního výzkumu - LC
Cíl projektu
Navrhnout model regulace morfogeneze rostlin na základě propojení funkce fytohormonů, signálních drah a
jednotlivých buněčných struktur (plasmatická membrána, endomembránový systém, cytoskelet), a vyvinout
metodu pro měření intracelulárního pH.
Doba řešení
2006 - 31.12.2011
Uchazeči - řešitelská pracoviště - řešitelský tým (odpovědnost za řešení)
Ústav experimentální botaniky AV ČR - příjemce - koordinátor
řešitelské pracoviště - Ústav experimentální botaniky AV ČR (příjemce koordinátor).
Zažímalová Eva Doc. RNDr. CSc. - řešitel koordinátor
Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta - příjemce
řešitelské pracoviště - Univerzita Karlova v Praze (příjemce). Přírodovědecká
fakulta: Katedra fyziologie rostlin, Katedra genetiky a mikrobiologie.
Opatrný Zdeněk Prof. RNDr. CSc. - řešitel
Masarykova univerzita v Brně - příjemce
řešitelské pracoviště - Masarykova univerzita v Brně (příjemce). Přírodovědecká
fakulta, Oddělení funkční genomiky a proteomiky.
Hejátko Jan RNDr. Ph.D. - řešitel
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze - příjemce
řešitelské pracoviště - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (příjemce).
Fakulta potravinářské a biochemické technologie, Ústav biochemie a mikrobiologie.
Novotná Zuzana Dr. Ing. - řešitel
Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně - příjemce
řešitelské pracoviště - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita (příjemce).
Agronomická fakulta.
Brzobohatý Břetislav doc. RNDr. CSc. - řešitel
Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR - příjemce
řešitelské pracoviště - Ústav radiotechniky a elektroniky AVČR (příjemce). Sekce
fotoniky.
Kašík Ivan Dr.Ing. - řešitel
1. IDENTIFIKAČNÍ ÚDAJE PROJEKTU
Akronym projektu
Remorost
Název projektu
Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů
Anotace projektu
Základem růstu a morfogeneze rostlin jsou striktně časově a prostorově regulované procesy buněčného
dělení, růstu, a tvarových změn (buněčná morfogeneze) a posléze proces diferenciace. Tyto procesy
podléhají složitému systému vzájemně koordinovaných regulací; jejich základem je příjem a přenos signálů,
kde klíčovou roli hrají signály hormonální povahy. Většina z nich je přijímána na plasmatické membráně a
signál je dále přenášen speciálními přenosovými drahami, které jsou propojeny s dynamikou buněčných
struktur. Projekt je zaměřen na studium funkce a dynamiky proteinů podílejících se na regulaci morfogeneze
rostlinných buněk a na charakterizaci buněčných procesů, které determinují distribuci jak těchto proteinů tak
i hormonálních signálů.
Veřejná soutěž
Centra základního výzkumu - LC [VSMSMT6LC]
2. SPLNĚNÍ PODMÍNEK VEŘEJNÉ SOUTĚŽE
2.1. Popis splnění podmínek vyhlášeného programu
Důvod založení centra:
Projekt Centra propojuje špičková domácí pracoviště řešící vzájemně komplementární směry výzkumu
regulace morfogeneze rostlin a tento výzkum kombinuje s moderními analytickými přístupy rozvíjenými v
progresivní oblasti fotoniky. Sdružením pracovišť do Centra vznikne kvalitativně nový útvar, který přinese
zesílení vazeb mezi jednotlivými subjekty, lepší využití jejich stávajícího "know-how" i technického vybavení
a především bude atraktivnějším partnerem s větším potenciálem pro mezinárodní spolupráce.
Vzhledem k již existující bohaté mezinárodní spolupráci jednotlivých pracovišť lze očekávat i zvýšení počtu
řešených mezinárodních projektů a projektů řešených společně se zahraničními partnery, další nárůst počtu
výměn vědeckých pracovníků a studentů, účast na mezinárodních projektech pro vzdělávání studentů, užší
začlenění Centra jako celku do mezinárodních vědeckých projektů a v neposlední řadě i zvýšení
konkurenceschopnosti jednotlivých pracovišť i Centra jako celku v evropském i světovém výzkumném
prostoru. Výsledkem bude vyšší produktivita práce, vzájemná inspirace pro další pokračování výzkumu,
etablování nových mezioborových přístupů a zvýšení počtu publikovaných výsledků v mezinárodně
uznávaných (impaktovaných) časopisech či dalších odborných publikacích.
Partneři v Centru se vzájemně doplňují a v některých případech jsou na sobě kriticky závislí (vzájemný
"servis" analytických a jiných vysoce specializovaných metod, příprava radioaktivně značených látek, sdílení
experimentálního materiálu apod.) a jejich sdružení v Centru jim umožní využívat intelektuální zázemí i jinak
obtížně dostupné přístrojové vybavení. Důkazem vzájemné komplementarity, ale i vzájemné závislosti
partnerů jsou mnohé společné publikace zahrnující pracovníky různých pracovišť sdružených v Centru.
Centrum sdružuje čtyři vysokoškolská pracoviště se dvěma pracovišti AVČR (akreditovanými pro
postgraduální studium), což povede k vyšší integraci i v oblasti výuky a k zapojení studentů do
integrovaného základního výzkumu molekulární biologie, biochemie, cytologie a fyziologie rostlin.
2.2. Úloha studentů v centru
Postgraduální (a případně též pregraduální) studenti budou tvořit podstatnou a nedílnou součást centra.
Všechna zúčastněná pracoviště se intenzivně věnují výchově mladých vědeckých pracovníků. Všichni
studenti v rámci centra navštíví partnerská pracoviště, kde se seznámí s místní "myšlenkouvou školou" a
organizací vědecké práce. Budou organizována setkání "mladých vědců" podílejících se na práci centra,
která budou sloužit jednak k prezentaci výsledků experimentální práce, jednak budou mít formu "workshopů"
zaměřených na různé metody a experimentální přístupy používané při řešení problematiky centra.
Konkrétní údaje o konkrétních studentech a o jejich pracovním zaměření v rámci Centra jsou uvedeny níže
(a řazeny podle jednotlivých pracovišť).
ÚEB AVČR:
Školitelka Zažímalová Eva:
Laňková Martina, postgraduální studentka PřFUK, obor biochemie, 3. ročník; zaměření: přenašeče auxinu
do buňky typu PaLAX1.
Černá Adriana, postgraduální studentka PřFUK, obor biologie – fyziologie a anatomie rostlin, 2. ročník;
zaměření: cyklování přenašečů auxinu z buňky typu PIN.
Čovanová Milada, postgraduální studentka PřFUK, obor biologie – fyziologie a anatomie rostlin, 2. ročník;
zaměření: protein ABP1 a vlastnosti plasmatické membrány.
Klíma Petr, postgraduální student PřFUK, obor biologie – fyziologie a anatomie rostlin, 3. ročník; zaměření:
mechanismus transportu cytokininů přes plasmatickou membránu.
Křeček Pavel, postgraduální student PřFUK, obor biologie – fyziologie a anatomie rostlin, 3. ročník;
zaměření: proteiny asociované s aktinem hrající roli v transportu auxinu („NPA-binding protein“)
Kubeš Martin, postgraduální student PřFUK, obor biologie – fyziologie a anatomie rostlin, 2. ročník;
zaměření: přenašeče auxinu typu MDR.
Petrášek Jan, postgraduální student PřFUK (externí studium), obor biologie – fyziologie a anatomie rostlin,
2. ročník; zaměření: odvození a charakterizace buněčných linií tabáku transformovaných geny typu PIN,
CHAX a MDR, charakterizace chování přenašečů pro auxin in vivo.
Seifertová Daniela, postgraduální studentka PřFUK, obor biologie – fyziologie a anatomie rostlin, 4. ročník;
zaměření: charakterizace transportu auxinu u A. thaliana (rostliny kontrolní i transformované geny typu PIN).
Stáž na Univerzitě v Tubingen, Laboratoř dr. Frimla, 1 rok.
Skůpa Petr, postgraduální student PřFUK, obor biologie – fyziologie a anatomie rostlin, 3. ročník; zaměření:
vztah mezi expresí genů typu PIN a buněčným fenotypem.
Školitelka Cenklová Věra, Binarová Pavla:
Martin Vrlík, 3. ročník postgraduálního studia PřF UK Praha, v Centru připraví transformanty exprimující
RNAi a GFP verze genů pro Ran GTPázy a bude se podílet na charakterizaci role Ran GTPáz.
Studijní pobyty v zahraničí: zahraniční pobyt na Royal Holloway University of London v Anglii
Pochylová Žaneta, postgraduální studentka PřF UP Olomouc, obor Buněčná a molekulární biologie,
2. ročník, v Centru se bude podílet na analýze At homologa RanBP proteinu a vztahů endomembrán a
cytoskeletu.
Gallová Barbora, studentka PřF UP Olomouc, obor systematická biologie a ekologie, 4. ročník, v Centru se
bude podílet na studiu role regulačních faktorů a vazebných proteinů Ran GTPáz, (RanBP, RCC1).
Školitel Kamínek Miroslav:
Hoyerová Klára, postgraduální studentka PřFUK (distanční studium), obor biologie – fyziologie a anatomie
rostlin, zaměření: Vývojově specifické změny fenotypu mutantů Arabidopsis thaliana L. a jejich vztah k
metabolismu cytokininů.
Školitel Martinec Jan:
Žďárová-Veselková Štěpánka, postgraduální studentka VŠCHT, obor biochemie, 4. ročník, zaměření : Úloha
fosfolipasy C v signálním systému rostlin.
Školitelka Vaňková Radomíra:
Nováková Marie, postgraduální studentka PřFUK, obor biochemie, 3. ročník, zaměření: regulace
metabolismu cytokininů v intaktních rostlinách, buněčných suspensích a chloroplastech.
Dobrá Jana, postgraduální studentka PřFUK, obor biochemie, 1. ročník, zaměření: kvantifikace exprese
vybraných genů pomocí real time RT PCR
Školitel Žárský Viktor:
Soukupová Hana, postgraduální student PřFUK (kombinované studium), obor Anatomie a fyziologie rostlin –
genetická analýza inzerčních mutantů regulátorů GTPáz u Arabidopsis. Opakovně několikaměsíční stáž na
universitě ve Vídni. Konzultant Dr. Fatima Cvrčková PřFUK.
Synek Lukáš, postgraduální student PřFUK (4. ročník), obor Anatomie a fyziologie rostlin – buněčná funkce
vybraných podjednotek komplexu exocyst. Účast na kurzu elektronové mikroskopie na universitě v
Nijmegen. Konzultant Dr. Fatima Cvrčková PřFUK.
Drdová Edita, postgraduální studentka PřFUK (2. ročník), obor Anatomie a fyziologie rostlin - analýza
vybraných isoforem bílkovin Exo70. Konzultant Dr. Fatima Cvrčková PřFUK.
Kakešová Hana, postgraduální studentka PřFUK (2. ročník), obor Anatomie a fyziologie rostlin - analýza
vybraných isoforem bílkovin Exo70. Konzultant Dr. Fatima Cvrčková PřFUK.
Potocký Martin, postgraduální student VŠCHT, obor biochemie, 5. ročník, zaměření: studium funkce PLD v
regulaci expanze rostlinné buňky (V.Ž., jako 2. školitel, konzultant).
Bezvoda Radek, postgraduální student PřFUK (1. ročník), obor Anatomie a fyziologie rostlin – úloha PLD v
regulaci růstu pylové láčky. Konzultant Dr. Fatima Cvrčková PřFUK.
Kulich Ivan, student 4. ročníku Mgr. studia PřF UK, obor Anatomie a fyziologie rostlin – protein-proteinové
interakce Exocystu a forminů, 2-hybridní systém. Konzultant Dr. Fatima Cvrčková PřFUK.
PřF UK:
Školitel Opatrný Zdeněk
Schwarzerová Kateřina, postgraduální student UKPřF, studijní program anatomie a fyziologie rostlin,
(distanční studium); struktura a funkce tubulinového CSK buněčných linií za stresových a fyziologických
podmínek, příprava a charakteristika transgenních linií, vztah CSK k transportu auxinů, proteomika CSK,
vztah CSK k fospolipázovým signálním systémům.
Pokorná Jindřiška, postgraduální student UKPřF, studijní program anatomie a fyziologie rostlin, 2.ročník;
struktura a funkce aktinového CSK za stresových a fyziologických podmínek, genomika a proteomika arp
komplexů.
Boříková Petra, postgraduální student UKPřF, studijní program anatomie a fyziologie rostlin, 2.ročník;
struktura a funkce CSK u buněčných linií v průběhu somatické embryogeneze, genomika a proteomika CSK.
Fischer Lukáš, postgraduální student UKPřF, studijní program genetika a mikrobiologie, (distanční studium);
genomika a proteomika CSK, příprava transgenních buněčných linií.
Školitelka Cvrčková Fatima:
Pícková Denisa, postgraduální student PřFUK (3. ročník), obor Anatomie a fyziologie rostlin – genetika
forminů u Arabidopsis.
Školitel Konopásek Ivo:
Fišer Radovan, postgraduální student PřFUK (3. ročník), obor Mikrobiologie – fluorescenční spektroskopie
při výzkumu interakce toxinů s membránou a změnách buněčné signalizace
Beranová Jana, postgraduální studentka PřFUK (3. ročník), obor Mikrobiologie –adaptace bakteriální
membrány ke stresu na biochemické a biofyzikální úrovni
VŠCHT:
Školitelka Valentová Olga:
Krinke Ondřej, postgraduální student VŠCHT, obor biochemie, 3. ročník, zaměření: fyziologický význam
mnohočetnosti forem rostlinných fosfolipáz D, doktorát pod dvojím vedením (co-tutelle), Univ. Marie et Pierre
Curie Paris 6,
Pejchar Přemysl, postgraduální student VŠCHT, obor biochemie, 4. ročník, zaměření: Molekulární
identifikace rostlinné fosfolipasy C specifické na fosfatidylcholin. Školitel-specialista: Dr. Jan Martinec ÚEB
AVČR.
Anna Křepelová, studentka 4.ročníku magisterského studia, obor biochemie, zaměření: studium funkčních
modifikací PLD proteinů a identifikace interakčních partnerů
Roman Pleskot, student 3.ročníku magisterského studia obor biochemie, zaměření: příprava
rekombinantních PLD proteinů
Školitel Kodíček Milan:
Šantrůček Jiří, postgraduální student VŠCHT, obor biochemie, 3. ročník, zaměření: studium proteinů
hmotnostní spektrometrií.
MZLU:
Školitel Brzobohatý Břetislav:
Reková Alena, postgraduální student PřF MU, obor biologie – genetika, 3. ročník, zaměření: in situ
lokalizace cytokininů a auxinů v transgenních rostlinách a mutantech, lokalizace PIN proteinů, konfokální
mikroskopie.
Ryšavá Hana, postgraduální student PřF MU, obor anatomie a fyziologie rostlin, 1. ročník, zaměření:
morfologická, anatomická a fyziologická analýza transgenních rostlin a mutant, příprava vzorků pro analýzy
hormonů LC-MS.
MU:
Školitel Brzobohatý Břetislav:
Fohlerová Radka, postgraduální student PřF MU, obor biologie -molekulární a buněčná biologie - 4.
ročník,zaměření - biochemie proteinů. V rámci projektu bude pracovat na analýze proteinových fosforylací
vybraných členů dvoukomponentního signálního systému.
Lochmanová Gabriela, postgraduální student PřF MU, obor
biologie - molekulární a buněčná biologie,- 4. ročník zaměření - proteomické techniky, 2D elektroforéza. V
rámci projektu se bude zabývat především analýzou rostlinného proteomu v odpověď k různým
morfogenním faktorům, především cytokininům a auxinům.
Školitel Hejátko Jan:
Pernisová Markéta, postgraduální student PřF MU, obor biologie – molekulární a buněčná biologie, 3.ročník,
zaměření: molekulární biologie rostlin. V rámci projektu bude provádět analýzu morfogenních projevů po
exogenních aplikacích cytokininů a auxinů a vliv ektopické exprese vybraných členů cytokininových
signálních okruhů na specifické procesy morfogeneze.
Předpokládá se účast nově příchozích diplomantů a studentů DSP.
ÚRE AVČR:
Mrázek Jan, postgraduální student PřF UK, DSP anorganická chemie, 1. ročník, téma : Příprava kovových
nanočástic a jejich aplikace ve fotonice, v rámci projektu bude provádět imobilizace opto-chemických
převodníků na mikro-sondu pro detekci pH; Zahraniční stáž: Univ. Montpellier, Francie, 1 rok
Skokánková Jana, postgraduální student VŠCHT Praha, DSP chemie, obor analytická chemie, 1. ročník,
téma Aplikace receptoru pro biologicky významné látky. V rámci projektu se bude zabývat analytikou
fluorescenčních převodníků a přípravou vláknových taperů leptáním. Zahraniční stáž: Univ. Regensburg,
Německo, 1 rok
Martan Tomáš, postgraduální student FEL ČVUT, DSP obor radiotechnika, 3.ročník, téma Generace
superkontinua ve vysoce nelineárních optickych vláknech. V rámci projektu se bude zabývat modelováním a
přípravou vláknových taperů plamenem.
2.3. Složení Rady centra
z
Brzobohatý Břetislav Doc. RNDr. CSc. - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně
(62156489), Řešitel
z
Dráber Pavel RNDr. CSc. - Fyziologický ústav AV ČR ( 6798582), Zástupce uživatele výsledků
z
Gelnar Milan Doc. RNDr. CSc. - Masarykova univerzita v Brně (00216224), Zástupce uchazeče
z
Griga Miroslav RNDr. CSc. - AGRITEC, výzkum, šlechtění a služby s.r.o. (48392952), Zástupce
uživatele výsledků
z
Hejátko Jan RNDr. Ph.D. - Masarykova univerzita v Brně (00216224), Řešitel
z
Kašík Ivan Dr. Ing. - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR (67985882), Řešitel
z
Kohout Ladislav RNDr. DrSc. - Ústav organické chemie a biochemie AV ČR ( 6138896),
Zástupce uživatele výsledků
z
Kovář Pavel Prof. RNDr. CSc. - Univerzita Karlova v Praze (00216208), Zástupce uchazeče
z Kubeček Václav Prof. Ing. DrSc. - České vysoké učení technické v Praze, Fakulta jaderná a
fyzikálně inženýrská (68407700), Zástupce uživatele výsledků
z
Lachman Jaromír Prof. Ing. CSc. - Česká zemědělská univerzita v Praze (60460709), Zástupce
z
Macek Tomáš Doc. Ing. CSc. - Ústav organické chemie a biochemie AV ČR (61388963), Zástupce
z
Macháčková Ivana RNDr. CSc. - Ústav experimentální botaniky AV ČR (61389030), Zástupce
uchazeče
z
Matějec Vlastimil Ing. CSc. - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR (67985882), Zástupce
uchazeče
z
Melzoch Karel Doc. Ing. CSc. - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (60461373),
Zástupce uchazeče
z Novotná Zuzana Dr. Ing. - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze-Fakulta potravinářské a
biochemické technologie (60461373), Řešitel
z
Opatrný Zdeněk Prof. RNDr. CSc. - Univerzita Karlova v Praze (00216208), Řešitel
z
Pačes Jan Mgr. Ph.D. - Ústav molekulární genetiky AV ČR (68378050), Zástupce uživatele výsledků
z
Prášil Ilja RNDr. CSc. - Výzkumný ústav rostlinné výroby (00027006), Zástupce uživatele výsledků
z
Procházka Stanislav Prof. Ing. DrSc. - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně
(62156489), Zástupce uchazeče
z
Ryšánek Pavel Doc. Ing. CSc. - Česká zemědělská univerzita v Praze (60460709), Zástupce
z
Šantrůček Jiří Doc. Ing. CSc. - Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR (60077352), Zástupce
z
Šašek Ladislav Ing. CSc. - Safibra, s.r.o. (25787012), Zástupce uživatele výsledků
z
Špak Josef Doc. Ing. DrSc. - Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR (60077352), Zástupce
z
Trčková Marie Ing. - Výzkumný ústav rostlinné výroby (00027006), Zástupce uživatele výsledků
z
Zažímalová Eva Doc. RNDr. CSc. - Ústav experimentální botaniky AV ČR (61389030), Řešitel -
koordinátor
2.4. Garanti
z
Brzobohatý Břetislav Doc. RNDr. CSc. - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně
(62156489)
z
Cvrčková Fatima RNDr. Dr.rer.nat. - Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta
(00216208)
z
Friml Jiří Mgr. Dr. rer. nat., Ph.D. - Masarykova univerzita v Brně (00216224)
z
Hejátko Jan RNDr. Ph.D. - Masarykova univerzita v Brně (00216224)
Káš Jan Prof. Ing. DrSc. - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze - Fakulta potravinářské a
biochemické technologie (60461373)
z
z
Kašík Ivan Dr. Ing. - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR (67985882)
z
Macháčková Ivana RNDr. CSc. - Ústav experimentální botaniky AV ČR (61389030)
z
Martinec Jan RNDr. CSc. - Ústav experimentální botaniky AV ČR (61389030)
z
Matějec Vlastimil Ing. CSc. - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR (67985882)
z
Opatrný Zdeněk Prof. RNDr. CSc. - Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta
(00216208)
z
Podrazký Ondřej Ing. Ph.D. - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR (67985882)
z
Strnad Miroslav Prof. Ing. DrSc. - Ústav experimentální botaniky AV ČR (61389030)
z
Valentová Olga Prof. RNDr. CSc. - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (60462373)
z
Vaňková Radomíra RNDr. CSc. - Ústav experimentální botaniky AV ČR (61389030)
z
Zažímalová Eva Doc. RNDr. CSc. - Ústav experimentální botaniky AV ČR (61389030)
z
Zdráhal Zbyněk RNDr. Dr. - Masarykova univerzita v Brně (00216224)
z
Žárský Viktor RNDr. CSc. - Ústav experimentální botaniky AV ČR (61389030)
2.5. Smlouva o úpravě vzájemných vztahů
Smlouva o úpravě vzájemných vztahů je uvedena jako příloha návrhu projektu.
2.6. Současná mezinárodní činnost účastníků centra
ÚEB AVČR:
ZAŽÍMALOVÁ EVA
- Universität Hannover, Institut fűr Zierpflanzenbau, Baumschule und Pflanzenzűchtung, Německo; Prof.
Gűnther Scherer; problematika regulace buněčného dělení a buněčného růstu auxiny a cytokininy, řešeno v
rámci projektu EU, INCO-COPERNICUS, č. ERBIC15 CT98 0118: “Genes in basic processes of
conservational tree biotechnology for: cell elongation, cell division, and polarity”, řešitelka (“Czech partner”) a
vědecká koordinátorka E. Zažímalová, administrátor-koordinátor projektu G. Scherer. Spolupráce pokračuje i
po ukončení projektu, připravuje se návrh projektu dalšího.
- Horticulture Research International/University of Warwick, Wellesbourne, Velká Británie; Prof. Richard M.
Napier; problematika receptorů pro auxiny a transportu auxinů, zčásti řešeno v rámci projektu EU, INCOCOPERNICUS, č. ERBIC15 CT98 0118 (viz výše). Společné publikace:
ZAZIMALOVA, E.; NAPIER, R. Points of regulation for auxin action. Plant Cell Reports, 2003, roč. 21. č. 7, s.
625-634.
HOYEROVÁ, K.; PERRY-KRIZKOVA, L.; HAND, P.; KOTTOVÁ, J.; KOCÁBEK, T.; MAY, S.; NAPIER, R.;
ZAŽÍMALOVÁ, E. Does PaLAX1 function as an auxin influx carrier? zasláno do tisku.
- University of Southampton, Division of Cell Sciences, School of Biological Sciences, Velká Británie; Dr.
David A. Morris; problematika mechanismu polárního transportu auxinů na buněčné úrovni, řešeno v ÚEB v
rámci grantů GAČR, MŠMT a „UK Royal Society and the Academy of Sciences of the Czech Republic
cooperation under the European Science Exchange Scheme”; společné publikace:
PETRÁŠEK, J.; ELČKNER, M.; MORRIS, D. A.; ZAŽÍMALOVÁ, E. Auxin efflux carrier activity and auxin
accumulation regulate cell division and polarity in tobacco cells. Planta, 2002, roč. 216. č. 2, s. 302-308.
PETRÁŠEK, J.; ČERNÁ, A.; SCHWARZEROVÁ, K.; ELČKNER, M.; MORRIS, D.A.; ZAŽÍMALOVÁ, E. Do
Phytotropins Inhibit Auxin Efflux by Impairing Vesicle Traffic? Plant Physiology, 2003, roč. 131. č. 1, s. 254263.
MORRIS, David A.; ZAŽÍMALOVÁ, Eva: Physiological and molecular genetic aspects of auxin transport:
recent developments. In MACHÁČKOVÁ, I., ROMANOV, G. A. (eds.). Phytohormones in Plant
Biotechnology and Agriculture. Dordrecht, The Netherlands: Kluwer Acad. Publ., 2003, s. 143-155. ISBN 14020-1723-5.
ZAŽÍMALOVÁ, E., PETRÁŠEK, J.; MORRIS, D. A. The dynamics of auxin transport in tobacco cells.
Bulgarian Journal of Plant Physiology, 2003, Special Issue, s. 207-224.
MORRIS, David A.; FRIML, Jiří; ZAŽÍMALOVÁ, Eva: The transport of auxins. In DAVIES, Peter J. (ed.).
Plant Hormones: Biosynthesis, Signal Transduction, Action! Berlin: Springer/Kluwer, 2004, s. 437-470. ISBN
1-4020-2684-6.
PACIOREK, T.; ZAŽÍMALOVÁ, E.; RUTHARDT, N.; PETRÁŠEK, J.; STIERHOF, Y.-D.; KLEINE-VEHN, J.;
MORRIS, D.A.; EMANS, N.; JÜRGENS, G.; GELDNER, N.; FRIML, J. Auxin inhibits endocytosis and
promotes its own efflux from cells. Nature, 2005, roč. 435. č. 7046, s.1251-1256.
- University of Tűbingen, Centre for Cell and Molecular Biology of Plants, Laboratory of Developmental
Genetics; Dr. Jiří Friml; tematika polárního transportu auxinu; probíhá vzájemná výměna experimentálního
materiálu, společné publikace:
MORRIS, David A.; FRIML, Jiří; ZAŽÍMALOVÁ, Eva: The transport of auxins. In DAVIES, Peter J. (ed.).
1-4020-2684-6.
PACIOREK, T.; ZAŽÍMALOVÁ, E.; RUTHARDT, N.; PETRÁŠEK, J.; STIERHOF, Y.-D.; KLEINE-VEHN, J.;
- University of Kwazulu-Natal, Research Centre for Plant Growth and Development, Jižní Afrika; Prof.
Johannes Van Staden; nové růstové látky rostlin izolované z kouře rostlinného původu a jejich interakce s
auxiny a cytokininy; podán návrh projektu “Exploring smoke technology for sustainable land use” (2005,
akronym: „Smoke“; EU: call FP6-2004-INCO-DEV-3, proposal reference number: FP6-032030). Projekt
zahrnuje 8 partnerů ze 6 zemí (Maďarsko, Jižní Afrika, Belgie, Česká republika, Botswana a Namibie).
Společná publikace: Chapter "Cytokinins", revised by VAN STADEN, Johannes, ZAŽÍMALOVÁ, Eva. In
Cassels, Alan, de Klerk Geert-Jan, Hall, Michael A. (eds). George's Plant Propagation by Tissue Culture,
Berlin: Springer/Kluwer, 2005, v tisku.
- Royal Veterinary and Agricultural University, Frederiksberg, Dánsko; Dr. Barbara Halkier; homeostáze
auxinů v rostlinách; podán návrh projektu (2005, akronym: „AuxSyn“; EU Marie Curie Actions, RTN: call
FP6-2005-Mobility-1, ref. number 035903-1). Projekt zahrnuje 10 partnerů ze 7 zemí (Dánsko, Švédsko,
Velká Británie, Francie, Německo, Česká republika, Irsko).
Další odborníci z ÚEB podílející se na projektu (abecedně):
CENKLOVÁ VĚRA
- Od r. 1994: PCM - Department of Plant Cytology and Morphology, Wageningen Agricultural University, The
Netherlands (A. A. M. Van Lammeren), and CPRO-DLO - Centrum for Plant Breading and reproduction,
Wageningen, The Netherlands (Cordewener J. H. G.) – problematika distribuce cytoskeletu v průběhu
embryogeneze řepky.
Společná publikace: Binarová P., Hause G., Cenklová V., Cordewener J. H. G., van Lookeren Campagne M.
M.: A short severe heat shock is required to induce embryogenesis in late bicellular pollen of Brassica napus
L. Sex. Plant Reprod. 10: 200 – 208, 1997.
- Vienna University – Institute of Microbiology and Genetics – Vienna Biocenter (L. Bögre, I. Meskiene),
problematika distribuce a funkce gamma-tubulinu u rostlin a cytoskelet ve vztahu k mitogeny aktivovaným
kinázám, zčásti řešeno v rámci projektů MŠMT Kontakt ME125. Změny cytoskeletu v závislosti na
buněčném cyklu (1997-2002) Doc. Binarové.
Společná publikace: Binarová P., Cenklová V., Hause B., Kubátová E., Lysák M., Doležel J., Bögre L.,
Dráber P.: Nuclear gamma-tubulin during acentriolar plant mitosis. Plant Cell 12: 433-442, 2000.
Podán návrh projektu (2005, EU Marie Curie Actions, RTN: call FP6-2005-Mobility-1). Projekt zahrnuje 10
partnerů z 8 zemí.
HAVLÍČEK LIBOR
- University of Antwerp, Department of Biology, Belgie; Prof. Harry Van Onckelen,Dr. Els Prinsen;
problematika studia mechanismů účinků inhibitorů cdk odvozených od cytokininů; řešeno v ÚEB v rámci
grantů GA ČR. Dlouhodobá spolupráce a výměna doktorandů a postdoktorandů.
Společné publikace:
VERMEULEN, K.; STRNAD, M.; KRYŠTOF, V.; HAVLÍČEK, L.; VAN DER AA, A.; LENJOU, M.; NIJS, G.;
RODRIGUS, I.; STOCKMAN, B.; VAN ONCKELEN, H.; VAN BOCKSTAELE, D.R.; BERNEMAN, Z.N.
Antiproliferative effect of plant cytokinin analogues with an inhibitory activity on cyclin-dependent kinases.
Leukemia, 2002, č. 16, s. 299-305.
VERMEULEN, K.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; VAN ONCKELEN, H.; LENJOU, M.; NIJS, G.; VAN
BOCKSTAELE, D.; BERNEMAN, Z. Plant cytokinin analogues with inhibitory activity on cyclin-dependent
kinases exert their antiproliferative effect through induction of apoptosis initiated by the mitochondrial
pathway. Determination by a multiparametric flow cytometric analysis. Experimental Hematology, 2002, č.
30, s. 1107-1114.
S univerzitou v Antwerpách máme i společný patent, který již vstoupil do národních fází v řadě zemí:
HAVLÍČEK, L., KRYŠTOF, V., SIGLEROVÁ, V., LENOBEL, R., VAN ONCKELEN, H., RERNEMAN, Z.,
SLEGERS, H., ESMANS, E., STRNAD, M., WERMEULEN, K.: Purine derivatives, process for their
preparation and use thereof. PCT/EPO1/00150.
Prof. Peter M. Fischer, Chair in Medicinal Chemistry, School of Pharmacy
Centre for Biomolecular Science, University of Nottingham, University Park, Nottingham NG7 2RD, Velká
Británie; již dlouhodobá spolupráce, která existuje z období působnosti Dr.Fischera ve firmě Cyclacel.
KRYŠTOF, V.; MCNAE, I.W.; WALKINSHAW, M.D.; FISCHER, P.M.; MULLER, P.; VOJTEŠEK, B.;
ORSÁG, M.; HAVLÍČEK, L.; STRNAD, M. Antiproliferative activity of olomoucine II, a novel 2,6,9trisubstituted purine cyclin-dependent kinase inhibitor. Cellular and Molecular Life Sciences, 2005, č. 62, s.
1763-1771.
Dr. Laurent Meijer, CNRS, Station Biologique, Roscoff, Francie; zejména spolupráce na vývoji inhibitorů
CDK, vedla ke společným patentům a řadě publikací.
VESELÝ J., HAVLÍČEK L., STRNAD M., BLOW J.J., DONELLA-DEANA A., PINNA L., LETHAM D.S., KATO
J. DETIVAUD L., LECLERC S., MEIJER L.: Inhibition of cyclin-dependent kinases by purine analogues. European Journal Biochemistry 1994, č. 224, s.771-786.
HAVLÍČEK L., HANUŠ J., VESELÝ J., LECLERC S., MEIJER L., SHAW G., STRNAD M.: Cytokinin-derived
cyclin dependent kinase inhibitors: Synthesis and cdc2 activity of olomoucine and related compounds. –
Journal of Medicinal Chemistry 1997, č. 40, s. 408-412,.
DE AZEVEDO, W. F., LECLERC S.,MEIJER L., HAVLICEK L., STRNAD M., KIM S.H.: Inhibition of cyclindependent kinases by purine analogues. Crystal structure of human cdk2 complexed with roscovitine. –
European Journal Biochemistry 1997, č. 243 s.518-526,.
OTYEPKA,M., KRYŠTOF,V., HAVLÍČEK, L., SIGLEROVÁ, V., STRNAD, M., KOČA, J.: Docking-based
development of purine-like inhibitors of Cdk2. - Journal of Medicinal Chemistry 2000, č. 43, s.2506-251,.
KAMÍNEK MIROSLAV
- Research Centre for Plant Growth and Development, University of KwaZulu-Natal, Pietermaritzburg, South
Africa; Prof. Johannes Van Staden. Společné publikace:
ANANIEVA, K., MALBECK, J., KAMÍNEK, M., VAN STADEN J. Changes in edogenous cytokinin levels of
Cucurbita pepo (zucchinin) during natural and dark-induced senescence. Physiol. Plant.,2004,roč. 122
č.1,s.133-142.
ANANIEVA, K., MALBECK, J., KAMÍNEK, M., VAN STADEN J. Methyl jasmonate down-regulates
endogenous cytokinin levels in cotyledons of Cucurbita pepo (zucchini) seedlings. Physiol. Plant.,2004,roč.
122 č.4,s.496-503.
ANANIEVA K., STIRK, W.A., KAMÍNEK, M., VAN STADEN, H.: Some biochemical properties of cytokinin
oxidase in Cucurbita pepo L. (zucchini) leaves. South African J. Bot., (in press).
- Swiss Federal Institute of Technology, Zurich, Švýcarsko; Prof. Wilhelm Gruissem. Spolupráce zaměřená
na cílení isopentenyltransferázy v Arabidopsis. Projekt je součástí grantu GA AV ČR č. A600380707.
- Universita de Barcelona, Department de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Farmácia, Barcelona,
Španělsko; Prof. Albert Ferrer. Studium regulace exprese isopentenyltranferázy změnami hladin isoprenoidů
jako prekursorů cytokininů v rostlinách Arabidopsis.
MARTINEC JAN
- Dept. Biol. Sci., University of Central Lancashire, Preston, Velká Británie; Dr. P.J. Lumsden. Dlouhodobá
spolupráce - studium fosfoinositidové signální dráhy, zejména receptoru pro inositol - 1,4,5-trisfosfát. Stáž 6
měsíců v letech 1993-1995 Společné publikace.
- Universität Hannover, Institut fűr Zierpflanzenbau, Baumschule und Pflanzenzűchtung, Prof. Gűnther
Scherer. Problematika regulace buněčného dělení a buněčného růstu auxiny a cytokininy, řešeno v rámci
projektu INCO Copernicus (viz E. Zažímalová). Stáž 5 měsíců v letech 1999-2003. Společné publikace.
- Eotvos University, Department of Plant Anatomy, Maďarsko, Prof. Karoly Boka. Studium signálních
přenosů u rostlin během abiotického a biotického stresu. Od roku 2003, stále trvá.
MOTYKA VÁCLAV
- Universität Tűbingen, Centre for Plant Molecular Biology (ZMBP), Německo; Prof. Thomas Schműlling;
problematika metabolismu a molekulárních mechanismů účinku cytokininů, řešeno v rámci projektu
Volkswagen Stiftung „Metabolismus und molekulare Wirkmechanismen der Cytokinine“ č. I/68827 a I/72076;
koordinátor projektu T. Schműlling, řešitelé („Czech partners“) M.Strnad, V.Motyka.
MOTYKA,V., FAISS,M., STRNAD,M., KAMÍNEK,M., SCHMÜLLING,T.: Changes in cytokinin content and
cytokinin oxidase activity in response to derepression of ipt gene transcription in transgenic tobacco calli and
plants. - Plant Physiology 1996, Vol.112, 1035-1043.
FRANK,M., RUPP,H.-M., PRINSEN,E., MOTYKA,V., VAN ONCKELEN,H., SCHMÜLLING,T.: Hormone
autotrophic growth and differentiation identifies mutant lines of Arabidopsis with altered cytokinin and auxin
content or signaling. - Plant Physiology 2000, Vol.122, 721-730.
WERNER,T., MOTYKA,V., STRNAD,M., SCHMÜLLING,T.: Regulation of plant growth by cytokinin. –
Proceedings of the National Academy of Sciences USA 2001, Vol.98, 10487-10492.
- Od r.2001: Freie Universität Berlin, Institute of Applied Genetics, Německo; Prof. Thomas Schműlling;
problematika regulace růstu rostlin cytokininy, řešeno v ÚEB v rámci grantů GA ČR a GA AV ČR.
MOTYKA,V., VAŇKOVÁ,R., ČAPKOVÁ,V., PETRÁŠEK,J., KAMÍNEK,M., SCHMÜLLING,T.: Cytokinininduced upregulation of cytokinin oxidase activity in tobacco includes changes in enzyme glycosylation and
secretion. – Physiologia Plantarum 2003, Vol.117, 11-21.
WERNER,T., MOTYKA,V., LAUCOU,V., SMETS,R., VAN ONCKELEN,H., SCHMÜLLING,T.: Cytokinindeficient transgenic Arabidopsis plants show multiple developmental alterations indicating opposite functions
of cytokinins in the regulation of shoot and root meristem activity. – Plant Cell 2003, Vol.15, 2532-2550.
- University of Connecticut, College of Agriculture and Natural Resources, USA; Dr. Carol Auer; problematika
regulace metabolických drah cytokininů, řešeno v ÚEB v rámci projektu MŠMT Kontakt ME505 (společný
projekt s NSF USA "Studium N-glukosyltransferázové metabolické dráhy, zapojené do snižování hladiny
aktivních cytokininů v rostlinách, a možností její regulace").
AUER,C., MOTYKA,V., BŘEZINOVÁ,A., KAMÍNEK,M.: Endogenous cytokinin accumulation and cytokinin
oxidase activity during shoot organogenesis of Petunia hybrida. - Physiologia Plantarum 1999, Vol.105, 141147.
DWIVEDI,S., AUER,C., VAŇKOVÁ,R., MOTYKA,V.: Use of ror-1 mutant to understand the cytokinin Nglucosylation pathway in Arabidopsis. - Biologia Plantarum 2005, Vol.49 (Suppl.), S4 + rukopis v přípravě.
problematika regulace metabolismu a úlohy fytohormonů v rostlinách; řešeno v ÚEB v rámci grantů GA ČR a
GA AV ČR.
REDIG,P., MOTYKA,V., VAN ONCKELEN,H., KAMÍNEK,M.: Regulation of cytokinin oxidase activity in
tobacco callus expressing the T-DNA ipt gene. - Physiologia Plantarum 1997, Vol.99, 89-96.
BENKOVÁ,E., WITTERS,E., VAN DONGEN,W., KOLÁŘ,J., MOTYKA,V., BRZOBOHATÝ,B., VAN
ONCKELEN,H., MACHÁČKOVÁ,I.: Cytokinins in tobacco and wheat chloroplasts. Occurence and changes
due to light/dark treatment. - Plant Physiology 1999, Vol.121, 245-251.
WERNER,T., MOTYKA,V., LAUCOU,V., SMETS,R., VAN ONCKELEN,H., SCHMÜLLING,T.: Cytokinindeficient transgenic Arabidopsis plants show multiple developmental alterations indicating opposite functions
of cytokinins in the regulation of shoot and root meristem activity. – Plant Cell 2003, Vol.15, 2532-2550.
SRISKANDARAJAH,S., PRINSEN,E., MOTYKA,V., DOBREV,P.I., SEREK,M.: Regenerative capacity of
cacti Schlumbergera and Rhipsalidopsis in relation to endogenous phytohormones, cytokinin
oxidase/dehydrogenase and peroxidase activities. Journal of Plant Growth Regulation, 2005, in press.
- Universität Greifswald, Institute of Botany, Německo; Prof. Klaus Conrad; problematika regulace
metabolismu fytohormonů ve vztahu k senescenci rostlin, řešeno v ÚEB v rámci grantů GA ČR a GA AV ČR.
Společná publikace:
CONRAD,K., MOTYKA,V., KRUPINSKA,K., SCHLUTER,T.: Changes in activity, glycosylation and
expression of cytokinin oxidase/dehydrogenase during senescence of barley leaf segments in the dark. rukopis v přípravě
- Universität Hamburg, Institute of Applied Botany, Německo; Prof. Klaus von Schwartzenberg; problematika
metabolismu fytohormonů u mechu Physcomitrella patens, řešeno v ÚEB v rámci grantů GA ČR a GA AV
ČR.
FERNANDEZ NÚŇEZ,M., BLASCHKE,H., NOVÁK,O., STRNAD,M., DOBREV,P., MOTYKA,V., VON
SCHWARTZENBERG,K.: Cytokinin oxidase/dehydrogenase overexpression in the moss Physcomitrella
patens. - Biologia Plantarum 2005, Vol.49 (Suppl.), S3 + rukopis v přípravě.
STRNAD MIROSLAV
V současné době vykazujeme aktivní vědeckou spolupráci s více jak 30-ti vědecko-výzkumnými institucemi
a firmami z celého světa. Jde především o faktickou vědeckou spolupráci, která vede ke společným
publikacím, či dokonce patentům. V některých případech se jedná o výměnu studentů a často jde rovněž o
spoluúčast na společných projektech. Některé spolupráce jsou podloženy smlouvami. Podařilo se nám
získat finanční prostředky i z 5. rámcového programu. V rámci aktivit 6. rámcového programu se
angažujeme v řadě aktivit směřujících jednak k „Network of Excellence“, k „Integrated Projects“, ke „Specific
Tergeted Research Projects“ a k „Marie Currie Actions, Research Training Networks“ – řada z nich je v
rozhodovacím procesu. Máme první úspěch a to v zapojení do jednoho z klíčových projektů z programu
„Integrated Projects“ LSH-2002-1.2.1-1 „PROTEIN KINASES – NOVEL DRUG TARGETS OF POST
GENOMIC ERA“
Několik nejvýznamnějších spoluprací a z nich plynoucí publikace jsou uvedeny níže:
- Universität Tűbingen, Centre for Plant Molecular Biology (ZMBP), Německo; Prof. Thomas Schműlling;
problematika metabolismu a molekulárních mechanismů účinku cytokininů, řešeno v rámci projektu
Volkswagen Stiftung „Metabolismus und molekulare Wirkmechanismen der Cytokinine“ č. I/68827 a I/72076;
koordinátor projektu T. Schműlling, řešitelé („Czech partners“) M.Strnad, V.Motyka.
MOTYKA,V., FAISS,M., STRNAD,M., KAMÍNEK,M., SCHMÜLLING,T.: Changes in cytokinin content and
cytokinin oxidase activity in response to derepression of ipt gene transcription in transgenic tobacco calli and
plants. - Plant Physiology 1996, Vol. 112, 1035-1043.
FAISS, M., ZALUBILOVÁ, J., STRNAD,M., SCHMÜLLING, T.: Conditional expression of the ipt gene
indicates a function for cytokinins in paracrine signalling in whole tobacco plants. - Plant Journal 1997, Vol.
12, 401-415.
RUPP, H.-M., FRANK, M., WERNER, T., STRNAD, M., SCHMÜLLING, T.: Increased steady state mRNA
levels of the STM and KNAT1 homeobox genes in cytokinin overproducing Arabidopsis thaliana indicate a
role for cytokinins in the shoot apical meristem. - Plant Journal 1999, Vol. 18, 557-563.
WERNER,T., MOTYKA,V., STRNAD,M., SCHMÜLLING,T.: Regulation of plant growth by cytokinin. –
Proceedings of the National Academy of Sciences USA 2001, Vol. 98, 10487-10492.
Od r.2001: Freie Universität Berlin, Institute of Applied Genetics, Německo; Prof. Thomas Schműlling;
problematika regulace růstu rostlin cytokininy a jejich antimitotické aktivity, řešeno v rámci Volkswagen
Stiftung – I/76 865 – Cytokinins: plant hormones and their analogues as antimitotic and anticancer
compounds, řešitel M. Strnad, spoluřešitel Prof. T. Schmulling..
TARKOWSKÁ, D., DOLEŽAL, K., TARKOWSKI, P., ÅSTOT, C., SCHMÜLLING, T., HOLUB, J., FUKSOVÁ,
K., SANDBERG, G., STRNAD, M.: Identification of new aromatic cytokinins in Arabidopsis thaliana, poplar
leaves and Agrobacterium tumefaciens strains by LC-(+)ESI-MS and capillary liquid chromatography/frit fast atom bombardment mass spectrometry. - Physiologia Plantarum 2003, Vol. 117, 579-590.
WERNER, T., HANUŠ, J., HOLUB, J., SCHMÜLLING, T., VAN ONCKELEN, H., STRNAD, M.: New
cytokinin metabolites in IPT transgenic Arabidopsis thaliana plants. - Physiol. Plantarum 2003, Vol. 118, 127137.
GALUSZKA P, FRÉBORTOVÁ J, WERNER T, YAMADA M, STRNAD M, SCHMÜLLING T, FRÉBORT I:
Cytokinin oxidase/dehydrogenase genes in barley and wheat. European Journal of Biochemistry 2004, Vol.
271, 3999-4002.
problematika regulace metabolismu a úlohy fytohormonů v rostlinách; řešeno v ÚEB v rámci grantů GA ČR a
GA AV ČR. Dlouhodobá spolupráce a výměna doktorandů a postdoktorandů.
PRINSEN, E., REDIG, P., STRNAD, M., GALIS, I., VAN DONGEN, W., VAN ONCKELEN, H.: Quantifying
phytohormones in transformed plants. pp. 245-262. In: Gartland, K., Davey, M. (eds.), Methods in Molecular
Biology, Agrobacterium protocols., Humann Press Inc., N. Jersey, 1995.
FAISS, M., STRNAD, M., REDIG, P., DOLEŽAL, K., HANUŠ, J., Van ONCKELEN, H., SCHMULLING, T.:
Chemically induced expression of the rolC encoded beta-glucosidase in transgenic tobacco plants and
analysis of cytokinin metabolism: rolC does not hydrolyse endogenous cytokinin glucosides in planta. - Plant
Journal 1996, Vol 10, 33-46.
WERBROUCK, S.P.O., STRNAD, M., VAN ONCKELEN, H.A., DEBERGH, P.C.: Meta-topolin, an alternative
to benzyladenine in tissue culture? - Physiologia Plantarum 1996, Vol 98, 291-297.
DEWITTE, W., CHIAPPETTA, A., AZMI, A., WITTERS, E., STRNAD, M., REMBUR, J., NOIN, M., CHRIQUI,
D., VAN ONCKELEN, H.: Dynamics of cytokinins in apical shoot meristems of a day neutral tobacco during
floral transition and flower formation. - Plant Physiology 1999, Vol 119, 111-121.
LAUKENS, K., LENOBEL, R., STRNAD, M., VAN ONCKELEN, H., WITTERS, E.: Cytokinin affinity
purification and identification of a tobacco adenosine BY-2 kinase. – FEBS Letters 2003, Vol 533, 63-66.
WERNER, T., HANUŠ, J., HOLUB, J., SCHMULLING, T., VAN ONCKELEN, H., STRNAD, M.: New
cytokinin metabolites in IPT transgenic Arabidopsis thaliana plants. - Physiol. Plantarum 2003, 118, 127-137.
University of Kwazulu-Natal, Research Centre for Plant Growth and Development, Jižní Afrika; Prof.
Johannes Van Staden; růstové látky - auxiny a cytokininy v řasách, spolupráce začala před cca 3 roky a
intenzivně se rozvíjí; dalších 5 publikací v přípravě.
STIRK, W.A., NOVÁK, O., STRNAD, M., VAN STADEN, J.: Cytokinins in macroalgae. - Plant Growth Regul.
2003, 41, 13-24.
ÖRDÖG, V., STIRK, W.A., VAN STADEN, J., NOVÁK, O., STRNAD, M.: Endogenous cytokinins in three
genera of microalgae from the chlorophyta. Journal of Phycology 2004, Vol 40, 88-95.
STIRK, W.A., ARTHUR, G.D., LOURENS, A.F., NOVÁK, O., STRNAD, M., VAN STADEN, J.: Changes in
cytokinin and auxin concentrations in seaweed concentrates when stored at an elevated temperature.
Journal of Applied Phycology 16 (1), 31-39, 2004.
Vienna University – Institute of Microbiology and Genetics – Vienna Biocenter (L. Bögre, I. Meskiene),
problematika distribuce a funkce gamma-tubulinu u rostlin a cytoskelet ve vztahu k mitogeny aktivovaným
kinázám, zčásti řešeno v rámci projektů MŠMT Kontakt ME125. Změny cytoskeletu v závislosti na
buněčném cyklu (1997-2002) Doc. Binarové.
BINAROVÁ, P., BÖGRE, L., DOLEŽEL, J., HIRT, H, HEBERLE-BORS, E., STRNAD, M.: Treatment of Vicia
faba root tip cells with specific inhibitors to cyclin-dependent kinases leads to abnormal spindle formation. Plant J. 1998, Vol 16, 697-707.
Kromě toho máme desítky dalších kooperací s laboratořemi z celého světa. Jejich množství každým rokem
dramaticky vzrůstá. Pro přehled uvádíme pouze seznam těch nejzajímavějších:
Department of Chemistry, Case Western Reserve University, Cleveland, Ohio, USA
National Institute of Agronomy (INRA-INAPG), Paris-Grignon, France
Section of Biochemistry & Nutrition, Biocentrum, Technical University of
Denmark, Kgs. Lyngby, Denmark
Department of Biology, University "Roma Tre", Italy
Department of Biological Chemistry, Faculty of Agriculture, Yamaguchi
University, Japan
Institute of Scientific and Industrial Research, Osaka University, Japan
Department of Biotechnology, University of Lund, Sweden
Department of Agronomy, University of Missouri, Columbia, USA
Universita v Bayreuthu, Germany, Prof. E. Beck
Swedich Univ. of Agric. Sciences, Umea, Sweden, Prof. G. Sandberg
University of Sasktchewan, Canada, Prof. E. Walker
University of Dundee, Scotland, Prof. D. Lane
Gent University, Belgium, Prof. Dirk Inzé
PCL International, Wageningen, The Netherlands, Dr. W. Jordi
Institute für Züchtungsforschung, Cologne, Prof. Klaus Palme
Leiden University, The Netherlands, Dr. R. Offringa
CNRS, Station Biologique, France, Dr.L. Meijer
VAŇKOVÁ RADOMÍRA
- Horticulture Department, Oregon State University, Corvallis, OR USA, prof. Machteld Mok a prof. David
Mok; problematika: úloha O-glukosylace při regulaci hladin cytokininů, zčásti řešeno v rámci projektu
KONTAKT (ME 406 „Význam O-glukosylace rostlinných hormonů typu cytokininů při řízení senescence listů
tabáku a možnosti jejího ovlivnění“, řešitelka (“Czech partner”) R. Vaňková.
Stáže R. Vaňkové na pracovišti v USA: 1996 (2,5 měsíce), 2002 (2 měsíce)
Společné publikace: VEACH, Y.; MARTIN, R.C.; MOK, D.W.S.; MALBECK, J.; VAŇKOVÁ, R.; MOK, M.C.
O-glucosylation of cis-zeatin in maize: characterization of genes, enzymes, and endogenous cytokinins.
Plant Physiology, 2003, vol. 131, s. 1374-1380. ISSN: 0032-0889.
MOK, MC.; MARTIN, RC.; DOBREV, PI.; VAŇKOVÁ, R.; SHING HO, P.; YONEKURA-SAKAKIBARA, K.;
SAKAKIBARA, H.; MOK, DWS. Topolins and Hydroxylated Thidiazuron Derivatives Are Substrates of
Cytokinin O-Glucosyltransferase with Position Specificity Related to Receptor Recognition. Plant Physiology,
2005, vol. 137, s. 1057-1066. ISSN: 0032-0889.
- Agricultural Biotechnology Lab , University of Connecticut, Storrs, CT, USA prof. Carol Auer, zčásti řešeno
v rámci projektu KONTAKT (ME505 Studium N-glukosyltransferázové metabolické dráhy, která snižuje
hladinu aktivních cytokininů v rostlinách, a možností její regulace“) problematika úlohy N-glukosylace v
regulaci hladin cytokininů při reakci rostlin na stres. Stáž doktorandky M. Novákové na pracovišti v USA:
2004 (1 měsíc)
- Plant Science Department, University of Connecticut, Storrs, CT, USA; Prof. Richard McAvoy.
Problematika: vliv nízkých teplot na hladiny cytokininů.
Společná publikace: KHODAKOVSKAYA, M.; LI, Y.; Li J, VAŇKOVÁ, R.; MALBECK, J.; MCAVOY, R.
Effects of cor15a-IPT gene expression on leaf senescence in transgenic Petuniaxhybrida and
Dendranthemaxgrandiflorum. Journal of Experimental Botany, 2005, vol. 56, no. 414, s.1165-1175. ISSN:
0022-0957.
ŽÁRSKÝ VIKTOR
Od r. 2002 spolupráce s prof. H. Hirtem (University of Vienna, Rakousko) v rámci projektu EU-RTN TIPNET
– úloha ROS v polaritě rostlinné buňky (publikace byla odeslána k recenzi).
Od r. 1996 spolupráce (spojená s několika měsíčními pobyty) s prof. G. Obermeyerem na universitě v
Salzburku na studiu apikálního růstu pylových láček v rámci projektu česko-rakouské spolupráce AKTION,
který skončil v r.2000, od té doby spolupráce pokračuje na neformální bázi (dvě společné publikace viz 2.7.
– Cvrčková et al., 2001 a Eliáš et al. 2001).
Od r. 2003 spolupráce s dr. M-T. Hauserovou a následně také dr. Ch. Luschnigem ze Zemědělské university
ve Vídni na charakterizaci mutantů Arabidopsis thaliana a regulaci lokalizace Pin2 (publikace bude vbrzku
odeslána k recenzi).
V r. 2003 půlroční sabbatical v laboratoři prof. P. Husseyho, (University of Durham, UK)zaměřený na
studium rostlinných forminů, spolupráce nadále pokračuje v rámci projektu EU-RTN TIPNET.
Od r. 2000 spolupráce s dr. F. Baluškou (Universita v Bonnu, SRN), později také v rámci projektu EU-RTN
TIPNET na studiu regulace buněčné polarity.
Od r. 2002 spolupráce s prof. I. Lichtsheidl (universita ve Vídni, Katedra ekofysiologie, Rakousko), v rámci
projektu EU-RTN TIPNET na studiu regulace buněčné polarity.
Od r. 2002 spolupráce s prof. L. Dolanem (JIC Norwich, UK) na charakterizaci regulátorů Rop GTPáz v
rámci projektu EU-RTN TIPNET (publikace byla odeslána k recenzi).
Od r. 2004 spolupráce s dr. M. Jonesem (University of Exeter, UK) na charakterizaci úlohy ROS v polaritě
rostlinných buněk. Pracovní pobyt M.J. v laboratoři ÚEB AVČR podporovaný cestovním grantem SEB.
Od r.2004 spolupráce s dr. J. Fowlerem (Oregon State University, USA) nyní podpořená grantem NSF
(National Science Foundation). Společná publikace Cole et al., 2005 (viz.2.7.).
ÚRE AVČR
KAŠÍK IVAN
- Department of Instrumentation and Analytical Science (UMIST), University of Manchester, (Velká Británie),
Dr Patricia Scully
- Fraunhofer Institut Silicatforschung, Wurzburg (Německo), Dr. Klaus Rose
- Laboratoire Ingenierie et Fonctionnalisation des Surfaces (IFoS), UMR 5621, Ecole Centrale de Lyon et
CNRS, (Francie), Prof. Nicole Jaffrezic-Renault
- Laboratory of Enzyme Technology of the CSIC, Campus UAM, (Spain), Dr. Roberto Fernandez Lafuente
* Projekt 6 RP - G5RD-CT-2002-0075 “Novel organic-inorganic materials in optoelectronics systems for the
monitoring and control of bio-processes (MATINOES), 2003-2005, člen řešitelského kolektivu
Společné publikace :
Cherif, K.; Mrázek, J.; Hleli, S.; Abdelghani, A.; Jaffrezic-Renault, N.; Matějec, V.; Chomát, M.; Kašík, I.,
Detection of aromatic hydrocarbons in air and water using xerogel layers coated on PCS fibers excited by
collimated beam, Sensors and actuators B, 2003, roč. 95, s. 97-106
- Laboratoire de Physique de la Matiere Condensée (LPMC), Sophia Antipolis Universite de Nice et CNRS
(Francie), Dr. Bernard Dussardier
* Projekt MŠMT Barrande 2004-049-02 “Amplificateurs a fibre optique non-conventionelle dopée au
telecommunications optiques en bande S (1,45-1,50 m)”, 2004-2005, řešitel
Blanc, W.; Peterka, P.; Faure, B.; Dussardier, B.; Monnom, G.; Kašík, I.; Kaňka, J.; Simpson, D.,
Characterization of thulium-doped silica-based optical fibre for S-band amplifier, Book of abstracts Photonics
Prague 2005, The 5th International Conference on Photonics, Devices and Systems, Prague, June 2005, s.
9, submitted to Proc. SPIE
- Általálános és Fizikai Kémiai Tanszék, Pécsi Tudományegyetem (Department of General and Physical
Chemistry, University of Pécs), Dr. Bárna Kovács
* Projekt GA ČR 102/05/0948 s mezinárodní účastí “Novel approaches to reversible opto-electrochemical
fibre sensing of chlorine in water, 2005-2007, řešitel
Szili, M.; Nagy, G.; Kašík I.; Kovács B., Electrochemical deposition and characterisation of polyluminol on
ITO surface, Proc. Int. Conference on Instrumental Analysis, Graz, September 2005
Dále:
Od r.2000 tutor na mezinárodních letních školách Advanced Study Course on Optical Chemical Sensors and
Biosensors (ASCOS), zvané přednášky
Další odborníci z ÚEB podílející se na projektu (abecedně):
MATĚJEC VLASTIMIL
Dr Patricia Scully
monitoring and control of bio-processes (MATINOES), 2003-2005, řešitel – “Czech partner”
* Cherif, K.; Mrázek, J.; Hleli, S.; Abdelghani, A.; Jaffrezic-Renault, N.; Matějec, V.; Chomát, M.; Kašík, I.,
Detection of aromatic hydrocarbons in air and water using xerogel layers coated on PCS fibers excited by
collimated beam, Sensors and actuators B, 2003, roč. 95, s. 97-106
* Cherif, K.; Abdelghani, A.; Hleli, S.; Ponsonnet, L.; Jaffrezic-Renault, N.; Matějec, V., Contact angle
measurement on xerogel sensitive layer for optical fibre sensor“, Materials Science&Engineering CBiomimetic and Supramolecular Systems, 2003 roč. 23, s. 571-577
* Rose, K.; Dzadevic, S.; Jaffrezic-Renault, N.; Podrazký, O.; Kuncová, G.; Mrázek, J.; Matějec, V.; Young,
J., Employment of Ormocers for the fabrication of layers sensitive to oxygen and glucose, Proc. 7th
Europtrode, Madrid, April 2004, P23
Dále:
2000: “Pozvaný přednášející”, Universite Jean Monnet, Saint-Etienne, Francie (2 měsíce)
2001, 2002: Člen komisí pro obhajobu doktorských prací na Jean Monnet Saint-Etienne, Université Louis
Pasteur Strasbourg, Francie
PODRAZKÝ ONDŘEJ
Dr Patricia Scully
monitoring and control of bio-processes (MATINOES), 2003-2005, člen řešitelského kolektivu
* Rose, K.; Dzadevic, S.; Jaffrezic-Renault, N.; Podrazký, O.; Kuncová, G.; Mrázek, J.; Matějec, V.; Young,
J., Employment of Ormocers for the fabrication of layers sensitive to oxygen and glucose, Proc. 7th
Europtrode, Madrid, April 2004, P23.
* Kuncová, G.; Podrazky, O.; Ripp, S.; Trogl, J.; Sayler, G.S.; Demnerová, K.; Vaňková, R., Monitoring of the
Viability of Cells Immobilized by Sol-Gel Process, J. Sol-Gel Sci. Technol., 2004, roč. 31, s. 335-342.
* Betancor, L.; Lopez-Gallego, F.; Hidalgo, A.; Fuentes, M.; Podrazký, O.; Kuncová, G.; Guisan, J.M.;
Fernandez-Lafuente, R., Advantages of the Pre-Immobilization of Enzymes on Porous Supports for Their
Entrapment in Sol-Gels, Biomacromolecules, 2005, roč. 6, s. 1027-1030.
UK Praha:
KONOPÁSEK IVO:
- Faculty of Biotechnology, Jagiellonian University, Kraków, Polsko, prof. K. Strzalka – dynamika
biologických membrán; společné publikace:
Konopásek I, Strzalka K, Svobodová J, Cold shock in Bacillus subtilis: different effect of benzyl alcohol and
ethanol on the membrane organization and cell adaptation. Biochim Biophys Acta, 2000, roč. 1464, s. 18 26.
Konopásek I., Jaroslav Večeř J, Strzalka, K., Amler E, Short-lived fluorescence component of DPH reports
on lipid–water interface of biological membranes, Chemistry and Physics of Lipids, 2004, roč. 130, s. 135–
144.
- Instituto de Biologia Molecular y Cellular de Rosario, Rosario, Argentina,prof. Diego de Mendoza –
adaptace bakteriální buňky ke stresu a syntéza mastných kyselin u bakterií. Spolupráce zahájena 2005,
podán projekt v rámci 6. Rámcového programu EU (STREP INCO projekt)
- Laboratoire de Physicochimie Biomoleculaire et Cellulaire, Paris, Francie, prof. Michele Saint-PierreChazalet – membránová biochemie a biofyzika; společná publikace:
Saint-Pierre-Chazalet M, Plášek J, Konopásek I, A monolayer study of properties of isolated membrane
phospholipids of 'Bacillus subtilis'. Colloids and Surfaces B-Biointerfaces, 2002, roč. 23, s. 43-49.
- Unidad de Biofísica, and Departamento de Bioquímica, Universidad del País Vasco Bilbao, Spain. prof.
F.M. Goni – studium vlivu toxinu Bordetella pertussis na membrány.
Martín C, M.-Asuncion-Requero M, Mašín J, Konopásek I, Goni F M , Šebo P, and Ostolaza H, Membrane
Restructuring by Bordetella pertussis Adenylate Cyclase Toxin, a Member of the RTX Toxin Family J.
Bacteriol, 2004, roč. 176, s. 3760-3765.
OPATRNÝ ZDENĚK:
- bilaterální spolupráce s University of Freiburg (nyní University of Karlsruhe), prof. Peter Nick. 1999-2001
Rostlinný cytoskelet a jeho rezistence vůči toxickému působení hliníku, KONTAKT ME 361, řešitel: Prof.
Zdeněk Opatrný. Společná publikace: SCHWARZEROVÁ, K.; ZELENKOVÁ, S.; NICK, P.; OPATRNÝ, Z.
Aluminum-induced rapid changes in the microtubular cytoskeleton of tobacco cell lines. Plant and Cell
Physiology, 2002, vol. 43, no. 2, p. 207-216. Spolupráce stále trvá.
- Dr. Zsofia Bánfalvi, Agricultural Biotechnology Center, Gödöllö, Maďarsko
Společná publikace: FISCHER, L., LOVAS, A., OPATRNÝ, Z., BÁNFALVI, Z.: Structure and expression of a
hybrid-rich protein gene in the solanaceous species; Solanum bervidens, Solanum tuberosum, and
Lycopersicum esculentum. Journal of Plant Physiology, 2002, vol. 159, p. 1271-1275.
- Dr. Jean-Francois Hausmann - Centre de Recherche Public - Gabriel Lippmann (CREBS), Lucemburk,
Lucembursko
Společné publikace: FISCHER, L., LIPAVSKÁ, H., KONRÁDOVÁ, H., HAUSMAN, J.F., KŘÍŽKOVÁ, L.,
OPATRNÝ, Z. Study of carbohydrate metabolism as a possible cause of altered tuberization ability of
trangenic potato in context of protein changes in photosystem II. In: 7th International Congress of Plant
Molecular Biology, Book of Abstracts, Barcelona, Spain, June 23-28 2003, p. 266.
FISCHER, L., LIPAVSKÁ, H., KONRÁDOVÁ, H., HAUSMAN, J.F., HOLÁ, D., OPATRNÝ, Z. Analysis of
potato transgenic line exhibiting modified microtuberization ability and saccharide metabolism. In: COST
Action 843 Meeting, conference proceedings, Oviedo, Spain, January 29-31 2004.
FISCHER, L., HOLÁ, D., KOČOVÁ, M., HAUSMAN, J.F., LIPAVSKÁ, H., OPATRNÝ, Z. Is posttranslational
modification of manganese stabilizing protein (MSP) involved in regulation of photosynthesis? In: COST
Action 843 Meeting, conference proceedings, Saanen, Switzerland, September 30 – October 2 2004.
- Prof. P. Hussey, School of Biological and Biomedical Sciences, University of Durham, UK. Nově zahájená
spolupráce „Úloha proteinového komplexu Arp2/3 při nukleaci rostlinného aktinu. Fond mobility UK.
- 2000-2005 projekt COST 843.30 Interakce hormonálních a non-hormonálních faktorů v řízení
regeneračních a vývojových procesů v explantátových kulturách bramboru, řešitel Prof. Zdeněk Opatrný
SOUKUP ALEŠ:
- Prof. Dr. James L. Seago - Biology Department, State University of New York, Oswego, New York, USA
Společné publikace: SOUKUP, A.; SEAGO, J. L.; VOTRUBOVÁ, O. Developmental anatomy of the root
cortex of the basal monocotyledon, Acorus calamus (Acorales, Acoraceae). Annals of Botany, 2005, vol. 96,
no. 3, p. 379-385.
SEAGO, J.L., MARSH, L.C.; STEVENS, K.J.; SOUKUP, A.;VOTRUBOVÁ, O. and ENSTONE, D. A Reexamination of the Root Cortex in Wetland Flowering Plants With Respect to Aerenchyma. Annals of Botany,
2005; vol.96, p.565 - 579.
- 2000–2005 projekt COST 844.20 Úloha apoptózy v ontogenezi a stresových reakcích rostlinných buněk a
orgánů, řešitel Dr. Olga Votrubová
- Prof. Dr. Lukas Schreiber - Department of Ecophysiology, IZMB, University of Bonn, Bonn, Germany.
Oboustranná výměna studentů
MU v Brně
JAN HEJÁTKO:
- prof. Klaus Palme, Max-Delbrueck-Laboratorium, Kolín nad Rýnem, Německo. Jan Hejátko září 1997 červen 1998 a říjen 1999 - únor 2002 studijní pobyt v rámci projektu PL966135 Evropská komise, DG XII,
program INCO-COPERNICUS.
Palme, K. (řešitel): The role of phytohormones in control of plant development and architecture.
V současné době připravován společný rukopis k publikaci. Společná publikace a aktivity:
HEJÁTKO, J., PERNISOVÁ, M., ENEVA, T., PALME, K., BRZOBOHATÝ, B.. The putative sensor histidine
kinase CKI1 is involved in female gametophyte development in Arabidopsis. Molecular Genetics and
Genomics, 2003, vol. 269, No. 4, s. 443-453. ISSN 1617-4615.
HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ Petra, PERNISOVÁ, Markéta, SOUČEK, Přemysl, ŠIŠKOVÁ, Helena,
PERNISOVÁ, Markéta, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Expressional regulation of CKI1 provides
molecular evidence for hormone interplay during Arabidopsis root development. In :Auxins and Cytokinins in
Plant Development, 2nd International Symposium, Praha 7.-12.7.2005. Biologia Plantarum, 2005, Vol. 49
(Suppl), S27. , ISSN 0006 3134.
HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta , ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Investigating the role of sensor histidine kinase CKI1 in Arabidopsis using a reverse genetics approach. In
Book of Abstracts, Plant GEMs/GARNet, Plant Genomic European Meetings, York, U.K. York , 3.-6-10.
2003, s. 179.
HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta , ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. The
putative sensor histidine kinase CKI1 is involved in Arabidopsis female gametophyte development. In Book
of Abstracts, Plant Biology 2003, Hawai, U.S.A., 25.-30.7. 2003, s. 121.
HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ Petra, PERNISOVÁ, Markéta, TAENZLER Petra., PALME, Klaus,
BRZOBOHATÝ, Břetislav. Mutations in CKI1 block female gametophyte development in Arabidopsis
thaliana. in Book of Abstracts, 13-th Congress of the Federation of European Societies of Plant Physiology,
1.-6.9. 2002, Crete, s. 303.
- Dr. Jiří Friml, University of Tűbingen, Centre for Cell and Molecular Biology of Plants, Laboratory of
Developmental Genetics.
V současné době se jedná o velmi intenzivní spolupráci na úrovni sdílení pracovního úvazku Dr. Frimla v
LMFR, který se tak podílí na řešení cílů VZ PřF a je plánován i jeho podíl jako garanta a člena řešitelského
týmu navrhovaného projektu LC . Konkrétně se jedná o spolupráci na problematice regulace auxinového
transportu, vlivu cytokininů na auxinový transport a role posttranslačních modifikací v regulaci transportu
auxinů a morfogenezi rostlin.
DUBOVÁ, J., HEJÁTKO, J., FRIML, J. Reproduction, Plants. In: Meyers R.A. (Ed.): Encyclopedia of
Molecular Cell Biology and Molecular Medicine, Vol. 12, 2nd. Ed., Wiley - VCH Verlag GmbH & Co, KGaA
Weinheim, 2005. , s. 249 - 295. ISBN-13: 978-3-527-30649-7, ISBN-10: 3-527-30649-8.
V současné době připravujeme materiál pro další společnou publikaci.
- Dr. Ildoo Hwang, POSTECH Biotech Center (PBC), Department of Life Sciences, Pohang University of
Science and Technology, Pohang 790-784, KOREA. Spolupráce na identifikaci role receptorové
histidinkinázy CKI1 v přenosu a modulaci cytokininového signálu. V současné době přiravujeme společný
rukopis pro publikaci.
JAKUB HORÁK:
- Prof. Dr. Klaus Harter, Universität Tübingen, ZMBP, Pflanzenphysiologie, Bundesrepublik Deutschland.
Spolupráce v oblasti výzkumu ARR genů. Byly uskutečněny výměnné pobyty pracovníků (Prof. Klaus Harter
– Ing. Matej Lexa a Jakub Horák). Mgr. Jakub Horák vypracovává v současné době svou doktorskou
dizertační práci v laboratoři prof. Hartera. Jeho návrat a zapojení do plnění cílů projektu je plánovaný od roku
2008. Společná prezentace na konferenci.:
MIRA-RODADO, V, SWEERE, U., LEXA, M., HORÁK, J., FEJES, E., NAGY, F.,SCHAFER, E., HARTER, K.
A His-to-Asp phosphorelay modifies the activity of ARR4 on phytochrome signaling. In. XIII International
Conference on Arabidopsis research, Sevilla, Spain.
VŠCHT - Ústav biochemie a mikrobiologie
Podporované projekty:
1. Role of phospholipases in the mechanism of cytokinin action (2002 – 2005) INTAS-01-602, koordinátor:
Ústav experimentální botaniky AV ČR.
2. Doktorát pod dvojím vedením (co-tutelle) Ing. Ondřeje Krinkeho, Univ Paris 6/FRE 2846 CNRS, školitelé:
prof.RNDr. Olga Valentová, CSc. a Dr. Alain Zachowski (2004 - 2006)
Podané žádosti o podporu:
1. Kontakt/Barrande (2006 - 2007): Úloha fosfolipidové signální dráhy v systémové získané resistenci u
Arabidopsis thaliana.
2. Česko-slovenská mezivládní vědecko-technická spolupráce (2006 - 2007): Biochemické a molekulárněbiologické charakteristiky lipoxygenasy z klíčních rostlin máku setého a řepky olejné.
MZLU
BRZOBOHATÝ BŘETISLAV
- University of Oxford, Department of Plant Science, Velká Británie; Dr. Ian Moore; regulovatelné systémy
exprese transgenů, řešeno v rámci projektu "The role of cytokinin metabolism in plant growth and
development" společný projekt s Dept. of Plant Sciences, University of Oxford, UK, Royal Society, grant č.
rc/jp/jun98
společné publikace:
ŠÁMALOVÁ, M.; BRZOBOHATÝ, B.; MOORE, I. pOp6/LhGR: a stringently regulated and highly responsive
dexamethasone-inducible gene expression system for tobacco. The Plant Journal, March 2005, vol. 41, no.
6, s. 919-935.
GENKOV, Todor; VÁGNER, Martin; DUBOVÁ, Jaroslava; MALBECK, Jiří; MOORE, Ian; BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Increased ethylene production can account for some of the phenotype alterations accompanying
activation of a cytokinin biosynthesis gene, during germination and early seedling development in tobacco.
In: VENDRELL, Miguel; KLEE, Harry; PECH, Jean Claude; ROMOJARO, Felix (eds.). Proceedings of the
NATO Advanced Research Workshop on Biology and Biotechnology of the Plant Hormone Ethylene, Murcia,
Spain, 23-27 April 2002, Amsterdam: IOS Press, 2003, s. 142-146. ISBN 1-58603-346-8.
- University of California, Department of Botany and Plant Science, USA; Prof. Natasha V. Raikhel;
vnitrobuněčné směrování beta-glukozidáz; řešeno v rámci projektů "U.S. - Czech plant research on
subcellular compartmentation of phytohormone conjugation", National Science Foundation, grant No. INT9600462, "Využití beta-glukozidázy specifické pro fytohormony jako nástroje pro výzkum subcelulární
kompartmentace konjugace fytohormonů" MŠMT ČR, grant č. ES040
KIRAN, Nagavalli Subbanna; BENKOVÁ-FRIMLOVÁ, Eva; REKOVÁ, Alena; DUBOVÁ, Jaroslava;
MALBECK, Jiří; RAIKHEL, V. Natasha; BRZOBOHATÝ, Břetislav. Retargetting a maize beta-glucosidase:
evidence from intact plants that zeatin-O-glucoside is stored in the vacuole. In Book of Abstracts, 2nd
International Symposium Auxins and Cytokinins in Plant Development, Prague, Czech Republic, 7 – 12 July,
2005, Biologia Plantarum, vol. 49, no. Suppl., 2005, s. S6-6. ISBN 0006-3134.
- Max-Planck-Institut für Züchtungsforschung, Köln, Německo a Institute for Biology II/Botany University of
Freiburg, Freiburg, Německo; Prof. Klaus Palme; struktura a funkce beta-glukozidáz v metabolizmu
cytokininů, signální dráhy u rostlin;v rámci projektů: "Molecular and functional analysis of maize Zm-p60.1
beta-glucosidase" Alexander von Humboldt-Stiftung, SRN, "The role of phytohormones in control of plant
development and architecture" EU, INCO-Copernicus, grant No. PL966135
MOORE, I., FELDWISH, J., CAMPOS, N., ZETTL, R., BRZOBOHATÝ, B., BAKO, L., SCHELL, J., and
Palme, K.: Auxin-binding proteins of Zea mays identified by photoaffinity labelling. Biochemical Society
Transactions 20 (1) : 70-73, 1992.
HESSE, T., GARBERS, C., BRZOBOHATÝ, B., KREIMER, G., SÖLL, D., MELKONIAN, M., SCHELL, J.,
AND PALME, K.: Two members of the ERabp gene family are expressed differentially in reproductive organs
but to similar levels in coleoptile of maize. Plant Molecular Biology 23: 57-66, 1993.
BRZOBOHATÝ, B., MOORE, I., KRISTOFFERSEN, P., BAKO, L., CAMPOS, N., SCHELL, J., AND PALME,
K.: Release of active cytokinin by a beta-glucosidase localized to the maize root meristem. Science 262:
1051-1054, 1993.
BRZOBOHATÝ, B., MOORE, I., AND PALME, K.: Cytokinin metabolism: implications for regulation of plant
growth and development. Plant Molecular Biology 26: 1483-1497, 1994.
GAZDOVÁ, B., ŠIROKÝ, J., FAJKUS, J., BRZOBOHATÝ, B., KENTON, J., HESLOP-HARRISON, J. S.,
PALME, K., AND BEZDĚK, B.: Characterization of a new family of highly repetitive DNA, GRS, specific for
the N. tomentosiformis genomic component. Chromosome Research 3(3): 245-254, 1995.
SUTER-CRAZZOLARA, C., BRZOBOHATÝ, B., GAZDOVÁ, B., SHELL, J., AND REISS, B.: T-DNA
integrations in a new family of repetitive elements of Nicotiana tabacum. Journal of Molecular Evolution 41:
498-504, 1995.
ROTREKL, V., NEJEDLÁ, E., KUČERA, I., ABDALLAH, F., PALME, K., AND BRZOBOHATÝ, B.: The role of
cysteine residues in structure and enzyme activity of a maize beta-glucosidase. European Journal of
Biochemistry, 266, 1056-1065, 1999.
KRISTOFFERSEN, P., BRZOBOHATÝ, B., HÖHFELD, I., BAKO, L., MELKONIAN, M., AND PALME, K.:
Developmental regulation of the maize Zm-p60.1 gene encoding a beta-glucosidase located to plastids.
Planta, 210, 407-415, 2000.
HEJÁTKO, J., PERNISOVÁ, M., ENEVA, T., PALME, K., AND BRZOBOHATÝ, B.: The putative sensor
histidine kinase CKI1 is involved in female gametophyte development in Arabidopsis. Molecular Genetics
and Genomics, 269, 443-453, 2003.
- Department of Molecular Biophysics, Lund University, Sweden; Dr. X.D. Su; struktura a funkce betaglukozidáz
ZOUHAR, J.; VÉVODOVÁ, J.; MAREK, J.; DAMBORSKÝ, J.; SU, X.-D.; BRZOBOHATÝ, B. Insights into
functional architecture of the catalytic center of a maize beta-glucosidase Zm-p60.1. Plant Physiology,
November 2001, vol. 127, no. 3, s. 973-985.
VÉVODOVÁ, J.; MAREK, J.; ZOUHAR, J.; BRZOBOHATÝ, B.; SU, X.-D. Purification, crystallization and
preliminary X-ray analysis of a maize cytokinin glucoside specific beta-glucosidase. Acta Crystallographica
Section D-Biological Crystallography, January 2001, vol. 57, no. 1, 140-142.
- Department of Biology, University of Antwerpen, Belgium
společná publikace:
BENKOVÁ, E., WITTERS, E., VAN DONGEN, W., KOLÁŘ, J., MOTYKA, V., BRZOBOHATÝ, B., VAN
ONCKELEN, H.A., AND MACHÁČKOVÁ, I.: Cytokinins in tobacco and wheat chloroplasts: Occurrence and
changes due to light/dark treatment. Plant Physiology, 121, 245-251, 1999.
- Virginia Polytechnic Institute and State University, College of Science, USA; Prof. Asim Esen; nově
navázaná spolupráce v oblasti funkční genomiky a proteomiky beta-glukozidáz; navrhované VC bude
katalyzovat rozvoj spolupráce vytvořením odpovídajících infrastrukturních předpokladů na MZLU.
- Iowa State University, Plant Science Institute; Prof. Stephen H. Howell (director); nově navázaná
spolupráce v oblasti identifikace a charakterizace beta-glukozidáz účastnících se metabolismu cytokininů;
navrhované VC bude katalyzovat rozvoj spolupráce vytvořením odpovídajících infrastrukturních předpokladů
na MZLU.
- Oregon State University, Department of Horticulture; Prof. Machteld M. Mok a Prof. David Mok; nově
navázaná spolupráce v oblasti studia role reverzibilní glylozylace cytokininů v regulaci vývoje rostlin;
navrhované VC bude katalyzovat rozvoj spolupráce vytvořením odpovídajících infrastrukturních předpokladů
na MZLU.
2.7. Seznam výsledků do roku 2006
0101 - BALUŠKA, F., CVRČKOVÁ, F., KENDRICK-JONES, J., a VOLKMANN, D.. Sink plasmodesmata as
gateways for phloem unloading: Myosin VIII and calreticulin as molecular determinants of sink strength?
Plant Physiology, 2001, sv. 126, s. 39-46.
0102 - DYR,J.E., RYŠAVÁ,J., SUTTNAR,J., HOMOLA,J., TOBIŠKA,P.: Optical sensing of the initial stages
in the growth and development of fibrin clot. – Sensors and Actuators B-chemical 2001, Vol.74, 69-73.
0103 - ELIÁŠ, M.; CVRČKOVÁ, F.; OBERMEYER, G.; ŽÁRSKÝ, V. Microinjection of guanine nucleotide
analogues into lily pollen tubes results in isodiametric tip expansion. Plant Biology, 2001, roč. 3 č.5, s. 489492.
0104 - FRANĚK, F.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; SIGLEROVÁ, V.; ECKSCHLAGER, T. Concentration- and
time-dependent activities of bohemine, a novel cytostatic agent. Cytotechnology, 2001, č. 36, s. 117-123.
0105 - GIL, P., DEWEY, E., FRIML, J., ZHAO, Y., SNOWDEN, K.C., PUTTERILL, J., PALME, K., ESTELLE,
M., CHORY, J. BIG: a calossin-like protein required for polar auxin transport in Arabidopsis. Genes & Dev.
2001, vol. 15, s. 1985-1997, ISSN 0890-9369. (IF=20,880)
0106 - GELDNER, N., FRIML, J., STIERHOF, Y.-D., JÜRGENS, G., PALME, K. Polar auxin transport
inhibitors block PIN1 cycling and vesicle trafficking. Nature, 2001, vol. 413, s. 425-428, ISSN 0028-0836.
(IF=27,955)
0107 - *- CHAILLEUX,E., SALVIA,M., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I.: In situ study of the
epoxy cure process using a fiber-optic sensor. – Smart Material Science and Structures 2001, Vol.10, 194202.
0108 - JANDA, L.; DAMBORSKÝ, J.; PETRICEK, M.; SPIZEK, J.; TICHÝ P. Molecular characterization of
the Thermomonospora curvata aglA gene encoding a thermotolerant alpha-1,4-glucosidase. Journal of
Applied Microbiology, May 2000, vol. 88, no.5, 773-783.
0109 - JANDA, L.; DAMBORSKÝ, J.; REZNICZEK, G.A.; WICHE G. Plectin repeats and modules: strategic
cysteines and their presumed impact on cytolinker functions. Bioessays. November 2001, vol. 23, no. 11,
s.1064-1069.
0110 - KOUBOVÁ,V., BRYNDA,E., KARASOVÁ,L., ŠKVOR,J., HOMOLA,J., DOSTÁLEK,J., TOBIŠKA,P.,
ROŠICKÝ,J.: Detection of foodborne pathogens using surface plasmon resonance biosensors. – Sensors
and Actuators B-chemical 2001, Vol.74, 100-105.
0111 - LEXA M.; HORÁK, J.; BRZOBOHATÝ, B. Virtual PCR. Bioinformatics, February 2001, vol. 17, no. 2,
s. 192-193.
0112 - MALOŇ, M.; TRÁVNÍČEK, Z.; MARYŠKO, M.; ZBOŘIL, R.; MAŠLÁŇ, M.; MAREK, J.; DALEŽAL, K.,
ROLČÍK, J., KRYŠTOF, V., STRNAD, M. Metal complexes as anticancer agents. Iron(III) and copper(II) bioactive complexes with 6-benzylaminopurine derivatives. - Inorganica Chimica Acta, 2001, č. 323, s. 119-129.
0113 - MOLENDIJK, A., BISCHOFF, F., RAJENDRAKUMAR, C., FRIML, J., BRAUN, M., GILROY, S.,
PALME, K. Arabidopsis thaliana Rop GTPases are localized to tips of root hairs and control polar growth.
EMBO J., 2001, vol. 20, s. 2779-2788, ISSN 0261-4189. (IF=12,459)
0114 - NENNINGER,G.G., TOBIŠKA,P., HOMOLA,J., YEE,S.S.: Long-range surface plasmons for highresolution surface plasmon resonance sensors. – Sensors and Actuators B-chemical 2001, Vol.74, 145-151.
0115 - SWARUP, R., FRIML, J., MARCHANT, A., LJUNG, K., SANDBERG, G., PALME, K., BENNETT, M.
Localization of the auxin permease AUX1 suggests two functionally distinct hormone transport pathways
operate in the Arabidopsis root apex. Genes & Dev. 2001, vol. 15, s. 2648-2653, ISSN 0890-9369.
(IF=18,772)
0116 - STROHALM, M.; ŠANTRŮČEK, J.; HYNEK, R.; KODÍČEK, M. Analysis of tryptophan surface
accessibility in proteins by MALDI TOF mass spectrometry. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, vol.
323, s. 1133-1137
0117 - - TOBIŠKA,P., HUGON,O., TROUILLET,A., GAGNAIRE,H.: An integrated optic hydrogen sensor
based on SPR on palladium. – Sensors and Actuators B-chemical 2001, Vol.74, 168-172.
0118 - TRÁVNÍČEK, Z.; MALOŇ, M.; ŠINDELÁŘ, Z.; DOLEŽAL, K.; ROLČÍK, J.; KRYŠTOF, V.; STRNAD,
M.; MAREK, J. Preparation, physicochemical properties and biological activity of copper(II) complexes with
6-(2-chlorobenzylamino)purine (HL1) or 6-(3-chlorobenzylamino)purine (HL2). The single-crystal X-ray
strucutre of /Cu(H+L2)Cl3/Cl.H2O. Journal of Inorganic Biochemistry, 2001, č. 84, s. 23-32.
0119 - VÉVODOVÁ, J.; MAREK, J.; ZOUHAR, J.; BRZOBOHATÝ, B.; SU, X.-D. Purification, crystallization
and preliminary X-ray analysis of a maize cytokinin glucoside specific beta-glucosidase. Acta
Crystallographica Section D-Biological Crystallography, January 2001, vol. 57, no. 1, 140-142.
0120 - VAŇKOVÁ, R.; KUNCOVÁ, G.; OPATRNÁ, J.; SÜSSENBEKOVÁ, H.; GAUDINOVÁ, A.; VANĚK, T.
Two-dimensional fluorescence spectroscopy – a new tool for the determination of plant cell viability. Plant
Cell Reports, 2001, roč. 20 č.1, s. 41-47. ISSN: 0721-7714.
0121 - WERNER,T.; MOTYKA, V.; STRNAD, M.; SCHMÜLLING, T. Regulation of plant growth by cytokinin.
Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2001, roč. 98. č.18, s. 10487-10492.
0122 - ZOUHAR, J.; VÉVODOVÁ, J.; MAREK, J.; DAMBORSKÝ, J.; SU, X.-D.; BRZOBOHATÝ, B. Insights
into functional architecture of the catalytic center of a maize beta-glucosidase Zm-p60.1. Plant Physiology,
November 2001, vol. 127, no. 3, s. 973-985.
0201 - BAROJA-FERNANDEZ, E.; AGUIRREOLEA, J.; MARTÍNKOVÁ, H.; HANUŠ, J.; STRNAD, M.
Aromatic cytokinins in micropropagated potato plants. Plant Physiology and Biochemistry, 2002, č. 40, s.
217-224.
0202 - BREDHOLT, H.; BRUHEIM, P.; POTOCKÝ, M.; EIMHJELLEN, K. Hydrophobicity development,
alkane oxidation, and crude-oil emulsification in a Rhodococcus species. Can J Microbiol., 2002, roč.48 č.4,
s.295-304.
0203 - DOBREV, I.P., KAMÍNEK, M. Fast and efficient separation of cytokinins from auxin and abscisic acid
and their purification using mixed-mode solid-phase extraction. J. Chromatography A, 2002,roč. 950 č.12,s.21-29.
0204 - DOBREV, P.; MOTYKA, V.; GAUDINOVÁ, A.; MALBECK, J.; TRÁVNÍČKOVÁ, A.; KAMÍNEK, M.;
VAŇKOVÁ, R. Transient accumulation of cis- and trans-zeatin type cytokinins and its relation to cytokinin
oxidase activity during cell cycle of synchronized tobacco BY-2 cells. Plant Physiology and Biochemistry,
2002, roč. 40 č.4, s. 333-337. ISSN: 0981-9428.
0205 - ELIÁŠ, M., POTOCKÝ, M., CVRČKOVÁ, F., a ŽÁRSKÝ, V. Molecular diversity of phospholipase D in
angiosperms. BMC Genomics [on-line], 2002, vol. 3, no. 2 [cit. 2005-09-02]. Dostupný na WWW:
<http://www.biomedcentral.com/1471-2164/3/2>. ISSN 1471-2164
0206 - FISCHER, L.; LOVAS, A.; OPATRNÝ, Z.; BANFALVI, Z. Structure and expression of a hybrid prolinerich protein gene in the solanaceous species, Solanum brevidens, Solanum tuberosum, and Lycopersicum
esculentum. Journal of Plant Physiology, 2002, vol. 159, no. 11, p. 1271-1275.
0207 - FRIML, J., BENKOVÁ, E., BLILOU, I., WISNIEWSKA, J., HAMANN, T., LJUNG, K., WOODY, S.,
SANDBERG, G., SCHERES, B., JÜRGENS, G., PALME, K. AtPIN4 mediates sink driven auxin gradients
and patterning in Arabidopsis roots. Cell, 2002, vol. 108, s. 661-673, ISSN 0092-8674. (IF=27,254)
0208 - FRIML, J., PALME, K. Polar auxin transport - old questions and new concepts? Plant Mol Biol., 2002,
vol. 49, s. 273-284, ISSN 0167-4412. (IF=4,529)
0209 - FRIML, J., WISNIEWSKA, J., BENKOVÁ, E., MENDGEN, K., PALME, K. Lateral relocation of auxin
efflux regulator AtPIN3 mediates tropism in Arabidopsis. Nature, 2002, vol. 415, s. 806-809, ISSN 00280836. (IF=30,432)
0210 - GREBE, M., FRIML, J., SWARUP, R., LJUNG, K., SANDBERG, G., TERLOU, M., PALME, K.,
BENNETT, M. SCHERES, B. Cell Polarity Signaling in Arabidopsis Involves a BFA-Sensitive Auxin Influx
Pathway. Curr. Biol. 2002, vol. 12, s. 329-334, ISSN 0960-9822. (IF=7,007)
0211 - *- CHERIF,K., HLELI,S., ABDELGHANI,A., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,V.: Chemical
detection of liquid media with a refractrometric sensor based a multimode optical fibre. – Sensors 2002,
Vol.2, 195-204.
0212 - *- CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G., GAGNAIRE,H.,
TROUILLET,A., BARDIN,F.: Optical detection of toluene in water by using IGI fibers. – Materials Science
and Engineering C-Biomimetic and Supramolecular Systems 2002, Vol.21, 211-215.
0213 - CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G., HAYER,M.: Optical detection of
toluene in water using an IGI optical fiber with a short sensing region. – Sensors and Actuators B-chemical
2002, Vol.87, 258-267.
0214 - KRYŠTOF, V.; LENOBEL, R.; HAVLÍČEK, L.; KUZMA, M.; STRNAD, M. Synthesis and biological
activity of olomoucine II. Bioorganic and Medicinal Chemical Letters, 2002, č. 12, s. 3283-3286.
0215 - KUNCOVÁ,G., TŘÍSKA,J., VRCHOTOVÁ,N., PODRAZKÝ,O.: The influence of immobilization of
pseudomonas sp. 2 on optical detection of polychlorinated biphenyls. – Materials Science and Engineering
C-Biomimetic and Supramolecular Systems 2002, Vol.21, 195-201.
0216 - LEXA M.; GENKOV, T. N.; BRZOBOHATÝ, B. Inhibitory effects of elevated endogenous cytokinins on
nitrate reductase in ipt-expressing tobacco are eliminated by short-term exposure to benzyladenine.
Physiologia Plantarum, June 2002, vol. 115, no. 2, s. 284-290.
0217 - LINK, V.L.; HOFMANN, M.G.; SINHA, A.K.; EHNESS, R.; STRNAD, M.; ROITSCH, T. Biochemical
evidence for the activation of distinct subsets of mitogen-activated protein kinases by voltage and defenserelated stimuli. Plant Physiology, 2002, č. 128, s. 271-281.
0218 - MATĚJEC,V., BERKOVÁ,D., CHOMÁT,M., ZÁBRODSKÝ,M.: Detection of toluene by using specially
coated PCS fibers excited by an inclined collimated beam. – Materials Science and Enineering C-Biomimetic
and Supramolecular Systems 2002, Vol.21, 217-221.
0219 - PETRÁŠEK, J.; BŘEZINOVÁ, A.; HOLÍK, J.; ZAŽÍMALOVÁ, E. Excretion of cytokinins to the
cultivation medium by the suspension-cultured tobacco cells. Plant Cell Reports, 2002, roč. 21. č. 1, s. 97-
104.
0220 - PETRÁŠEK, J.; ELČKNER, M.; MORRIS, D. A.; ZAŽÍMALOVÁ, E. Auxin efflux carrier activity and
auxin accumulation regulate cell division and polarity in tobacco cells. Planta, 2002, roč. 216. č. 2, s. 302308.
0221 - ROLČÍK, J.; LENOBEL, R.; SIGLEROVÁ, V.; STRNAD, M. Isolation of melatonin by immunoaffinity
chromatography. Journal of Chromatography B, 2002, č. 775, s. 9-15.
0222 - RYPKA, M.; VESELÝ, J.; CHMELA, Z.; RIEGROVÁ, D.; ČERVENKOVÁ, K.; HAVLÍČEK, L.; LEMER,
K.; HANUŠ, J.; ČERNÝ, B.; LUKEŠ, J.; MICHALÍKOVÁ, K. In vitro biotransformation of 2,6,9-trisubstituted
purine-derived cyclin-dependent kinase inhibitor bohemine by mouse liver microsomes. Xenobiotica, 2002, č.
32, s. 1017-1031.
0223 - SCHERER, G.F.E.; PAUL, R.U.; HOLK, A.; MARTINEC, J. Down-regulation by elicitors of
phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase C and up-regulation of phospholipase A in plant cells.
Biochem. Biophys. Res. Comm., 2002, roč. 293 č. 2, s.766-770
0224 - SCHWARZEROVÁ, K.; ZELENKOVÁ, S.; NICK, P.; OPATRNÝ, Z. Aluminum-induced rapid changes
in the microtubular cytoskeleton of tobacco cell lines. Plant and Cell Physiology, 2002, vol. 43, no. 2, p. 207216.
0225 - SOUKUP, A.; VOTRUBOVA, O.; CIZKOVA, H. Development of anatomical structure of roots of
Phragmites australis. New Phytologist, 2002, vol. 153, no. 2, s. 277-287. (IF 2.945, cited 11x)
0226 - SOUTER, M., TOPPING, J., PULLEN, M., FRIML, J., PALME, K., HACKETT, R., GRIERSON, D.,
LINDSEY, K. Hydra mutants of Arabidopsis are defective in sterol profiles and auxin and ethylene signaling.
Plant Cell, 2002, vol. 14, s. 1017-1031, ISSN 1040-4651. (IF=10,751)
0227 - VERMEULEN, K.; STRNAD, M.; KRYŠTOF, V.; HAVLÍČEK, L.; VAN DER AA, A.; LENJOU, M.; NIJS,
G.; RODRIGUS, I.; STOCKMAN, B.; VAN ONCKELEN, H.; VAN BOCKSTAELE, D.R.; BERNEMAN, Z.N.
Leukemia, 2002, č. 16, s. 299-305.
0228 - VERMEULEN, K.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; VAN ONCKELEN, H.; LENJOU, M.; NIJS, G.; VAN
30, s. 1107-1114.
0301 - BENKOVÁ, E.; MICHNIEWICZ, M.; SAUER, M.; TEICHMANN, T.; SEIFERTOVÁ, D.; JURGENS, G.;
FRIML J. Local, efflux-dependent auxin gradients as a common module for plant organ formation. Cell, 2003,
roč. 115, s. 591-602.
0302 - CVIKROVÁ, M.; BINAROVÁ, P.; CENKLOVÁ, V.; EDER, J.; DOLEŽEL, J.; MACHÁČKOVÁ, I.: Effect
of 2 aminoindan-2-phosphonic acid on cell cycle progression in synchronous meristematic cells of Vicia faba
roots. Plant Sci., 2003, roč. 164 č.1, s. 823-832. ISSN 0168-9452 (IF=1,556)
0303 - DRYKOVÁ, D.; CENKLOVÁ, V.; SULIMENKO, V.; VOLC, J.; DRÁBER, P.; BINAROVÁ, P.: Plant
gamma tubulin interact with alfa- beta-tubulin dimers and forms membrane associated complexes. Plant
Cell, 2003, roč. 15 č.2, s. 465–480. ISSN 1040-4651 (IF=10,751)
0304 - FRIML, J. Auxin transport - shaping the plant. Curr Opin Plant Biol., 2003, vol. 6, s.7-12.
0305 - FRIML, J., BENKOVA, E., MAYER, U., PALME, K., MUSTER, G. Automated whole-mount
localisation techniques for plants. Plant J., 2003, vol. 34, s. 115-124, ISSN 0960-7412. (IF=5,914)
0306 - FRIML, J., VIETEN, A., SAUER, M., WEIJERS, D., SCHWARZ, H., HAMANN, T., OFFRINGA, R.,
JÜRGENS, G. Efflux-dependent auxin gradients establish the apical-basal axis of Arabidopsis. Nature, 2003,
vol. 426, s. 147-153, ISSN 0028-0836. (IF=30,979)
0307 - HEJÁTKO, J.; PERNISOVÁ, M.; ENEVA, T.; PALME, K.; BRZOBOHATÝ, B. The putative sensor
and Genomics, July 2003, vol. 269, no. 4, s. 443-453.
0308 - HORÁK, J.; BRZOBOHATÝ, B.; LEXA, M. Molecular and physiological characterization of an
insertion mutant in the ARR21 putative response regulator gene from Arabidopsis thaliana. Plant Biology,
May 2003, vol. 5, no. 3, s. 245-254.
0309 - *- CHERIF,K., ABDELGHANI,A., HLELI,S., PONSONNET,L., JAFFREZIC-RENAULT,N.,
MATĚJEC,M.: Contact angle measurement on xerogel sensitive layer for optical fibre sensor. – Materials
Science and Engineering C-Biomimetic and Supramolecular Systems 2003, Vol.23, 571-577.
0310 - *- CHERIF,K., MRÁZEK,J., HLELI,S., MATĚJEC,V., ABDELGHANI,A., CHOMÁT,M., JAFFREZICREANULT,N., KAŠÍK,I.: Detection of aromatic hyrocarbons in air and in water by using xerogel layers coated
on PCS fibers excited by an inclined collimated beam. – Sensors and Actuators B-chemical 2003, Vol.95,
97-106.
0311 - CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,M., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G.: The effect of hydrodynamic
conditions on the detection of aqueous solutions of toluene by means of an inverted graded-index fiber. –
Sensors and Actuators B-chemical 2003, Vol.90, 151-156.
0312 - KADLČÍK, V.; STROHALM, M.; KODÍČEK, M. Citraconylation - a simple method for high protein
sequence coverage in MALDI-TOF mass spectrometry. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2003, vol. 305, s.
1091-1093
0313 - KAMÍNEK, M. TRČKOVÁ, M., FOX, E., GAUDINOVÁ, A. Comparison of cytokinin-binding proteins
from wheat and oat grains. Physiol. Plant.,2003,roč. 117 č.4,s.453-458.
0314 - LAUKENS, K.; LENOBEL, R.; STRNAD, M.; VAN ONCKELEN, H.; WITTERS, E. Cytokinin affinity
purification and identification of a tobacco adenosine BY-2 kinase. FEBS Letters, 2003 č. 533, s. 63-66.
0315 - LEXA, M.; GENKOV, T.N.; MALBECK, J.; MACHÁČKOVÁ, I.; BRZOBOHATÝ, B. Dynamics of
endogenous cytokinin pools in tobacco seedlings: A modeling approach. Annals of Botany, April 2003, vol.
91, no. 5, s. 585-597.
0316 - MATĚJEC,V., CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MRÁZEK,J., ARDELEANU,R., HARABAGIU,V.,
PINTEALA,M., SIMIONESCU,B.C.: Detection of toluene dissolved in water by using PCS fibers excited by
an inclined collimated beam. – Sensors and Actuators B-chemical 2003, Vol.90, 204-210.
0317 - MORAVCOVÁ, D.; KRYŠTOF, V.; HAVLÍČEK, L.; MORAVEC, J.; LENOBEL, R.; OTYEPKA, M.;
STRNAD, M. Pyrazolo?4,3-d?pyrimidines as new generation of cyclin-dependent kinase inhibitors.
Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2003, č. 13, s. 2989-2992.
0318 - MORAVEC, J.; KRYŠTOF, V.; HANUŠ, J.; HAVLÍČEK, L.; MORAVCOVÁ, D.; FUKSOVÁ, K.;
KUZMA, M.; LENOBEL, R.; OTYEPKA, M.; STRNAD, M. 2,6,8,9-Tetrasubstituted purines as new CDK1
inhibitors. Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2003, č. 13, s. 2993-2996.
0319 - MOTYKA, V.; VAŇKOVÁ, R.; ČAPKOVÁ, V.; PETRÁŠEK, J.; KAMÍNEK, M.; SCHMÜLLING, T.
Cytokinin-induced upregulation of cytokinin oxidase activity in tobacco includes changes in enzyme
glycosylation and secretion. Physiologia Plantarum, 2003, roč. 117. č. 1, s. 11-21.
0320 - NOVÁK, O.; TARKOWSKI, P.; TARKOWSKÁ, D.; DOLEŽAL, K.; LENOBEL, R.; STRNAD, M.
Quantitative analysis of cytokinins in plants by liquid chromatography–single-quadrupole mass spectrometry.
Analitica Chimica Acta, 2003, č. 480, s. 207-218.
0321 - NOVOTNA, Z. LINEK, J.; HYNEK, R.; MARTINEC, J.; POTOCKY, M.; VALENTOVA, O. Plant PIP2dependent phospholipase D activity is regulated by phosphorylation, FEBS Letters, 2003, roč. 554 č. 1-2,
s.50-54
0322 - NOVOTNA, Z.; MARTINEC, J.; PROFOTOVA, B.; ZDAROVA, S.; KADER, J.C.; VALENTOVA, O. In
vitro distribution and characterization of membrane-associated PLD and PI-PLC in Brassica napus. Journal
of Experimental Botany, 2003, vol.54, s.691-698
0323 - PETRÁŠEK, J.; ČERNÁ, A.; SCHWARZEROVÁ, K.; ELČKNER, M.; MORRIS, D.A.; ZAŽÍMALOVÁ,
E. Do Phytotropins Inhibit Auxin Efflux by Impairing Vesicle Traffic? Plant Physiology, 2003, roč. 131. č. 1, s.
254-263.
0324 - PINHERO, R.G., ALMQUIST, K.C., NOVOTNA, Z., PALIYATH, G. Developmental regulation of
phospholipase D in tomato fruits. Plant Physiol.Biochem. 2003, vol. 41, s.223–240
0325 - PODRAZKÝ,O., KUNCOVÁ,G., KRASOWSKA,A., SIGLER,K.: Monitoring the growth and stress
responses of yeast cells by two-dimensional fluorescence spectroscopy: First results. – Folia Microbiologica
2003, Vol.48, 189-192.
0326 - POTOCKÝ, M.; ELIÁŠ, M.; PROFOTOVÁ, B.; NOVOTNÁ, Z.; VALENTOVÁ, O.; ŽÁRSKÝ, V.
Phosphatidic acid produced by phospholipase D is required for tobacco pollen tube growth. Planta, 2003,
roč. 217 č.1, s. 122-130.
0327 - REINHARDT, D., PESCE, E., STIEGER, P., MANDEL, T., BALTENSPERGER, K., BENNETT, M.,
TRAAS, J., FRIML, J., KUHLEMEIER, C. Regulation of phyllotaxis by polar auxin transport. Nature, 2003,
vol. 426, s. 256-260, ISSN 0028-0836. (IF=30,979)
0328 - SPAZIERER, D.; FUCHS, P.; PROLL, V.; JANDA, L.; OEHLER, S.; FISCHER, I.; HAUPTMANN R;
WICHE G. Epiplakin gene analysis in mouse reveals a single exon encoding a 725-kDa protein with
expression restricted to epithelial tissues. Journal of Biological Chemistry August 2003, vol. 278, no. 34, s.
31657-31666.
0329 - STROHALM, M.; KODÍČEK, M.; PECHAR, M. Tryptophan modification by 2-hydroxy-5-nitrobenzyl
bromide studied by MALDI-TOF mass spectrometry. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, vol. 312, s.
811-816
0330 - TARKOWSKÁ, D.; DOLEŽAL, K.; TARKOWSKI, P.; ASTOT, C.; SCHMÜLLING, T.; HOLUB, J.;
FUKSOVÁ, K.; SANDBERG, G.; STRNAD, M. Identification of new aromatic cytokinins in Arabidopsis
thaliana, poplar leaves and Agrobacterium tumefaciens strains by LC-(+)ESI-MS and capillary liquid
chromatography/frit - fast atom bombardment mass spectrometry. Physiologia Plantarum, 2003, č. 117, s.
579-590.
0331 - TRÁVNÍČEK, Z.; MALOŇ, M.; ZATLOUKAL, M.; DOLEŽAL, K.; STRNAD, M.; MAREK J Mixed ligand
complexes of platinum(II) and palladium(II) with cytokinin-derived compounds Bohemine and Olomoucine: Xray structure of [Pt(BohH+-N7)Cl3] • 9/5 H2O {Boh = 6-(benzylamino)-2-[(3-(hydroxypropyl) amino]-9isopropylpurine, Bohemine}. Journal of Inorganic Biochemistry, 2003, č. 94, s. 307-316.
0332 - VEACH, Y.; MARTIN, R.C.; MOK, D.W.S.; MALBECK, J.; VAŇKOVÁ, R.; MOK, M.C. O-glucosylation
of cis-zeatin in maize: characterization of genes, enzymes, and endogenous cytokinins. Plant Physiology,
2003, roč. 131 č.3, s. 1374-1380. ISSN: 0032-0889.
0333 - WERNER, T.; HANUŠ, J.; HOLUB, J.; SCHMULLING, T.; VAN ONCKELEN, H.; STRNAD, M. New
cytokinin metabolites in IPT transgenic Arabidopsis thaliana plants. Physiologia Plantarum, 2003, č. 118, s.
127-137.
0334 - WERNER, T.; MOTYKA, V.; LAUCOU, V.; SMETS, R.; VAN ONCKELEN, H.; SCHMÜLLING, T.
Cytokinin-deficient transgenic Arabidopsis plants show multiple developmental alterations indicating opposite
functions of cytokinins in the regulation of shoot and root meristem activity. Plant Cell, 2003, roč. 15 č. 11, s.
2532-2550.
0335 - WILLEMSEN, V., FRIML, J., GREBE, M., VAN DEN TOORN, A., PALME, K. , SCHERES. B. Cell
polarity and PIN protein positioning in Arabidopsis require STEROL METHYLTRANSFERASE1 function.
Plant Cell, 2003, vol.15, s. 612-625, ISSN 1040 4651. (IF=10,679)
0336 - ZAZIMALOVA, E.; NAPIER, R. Points of regulation for auxin action. Plant Cell Reports, 2003, roč. 21.
č. 7, s. 625-634.
0401 - ANANIEVA, K., MALBECK, J., KAMÍNEK, M., VAN STADEN J. Changes in edogenous cytokinin
levels of Cucurbita pepo (zucchinin) during natural and dark-induced senescence. Physiol. Plant.,2004,roč.
122 č.1,s.133-142.
0402 - ANANIEVA, K., MALBECK, J., KAMÍNEK, M., VAN STADEN J. Methyl jasmonate down-regulates
122 č.4,s.496-503.
0403 - BARINOVA, I.; CLÉMENT, C.; MARTINY, L.; BAILLIEUL, F.; SOUKUPOVÁ, H.; HEBERLE-BORS,
E.; TOURAEV, A. Regulation of developmental pathways in cultured microspores of tobacco and
snapdragon by medium pH. Planta, 2004, roč.219 č.1, s.141-146.
0404 - BLAGOEVA, E.; DOBREV, P.I.; MALBECK, J.; MOTYKA, V.; STRNAD, M.; HANUŠ, J.; VAŇKOVÁ,
R. Cytokinin N-glucosylation inhibitors suppress deactivation of exogenous cytokinins in radish, but their
effect on active endogenous cytokinins is counteracted by other regulatory mechanisms. Physiologia
Plantarum, 2004, roč. 121 č.2, s. 215-222. ISSN: 0031-9317.
0405 - BOUCHAL, P., PŘECECHTĚLOVÁ, P., ZDRÁHAL, Z., KUČERA, I.. Protein composition of
Paracoccus denitrificans cells grown on various electron acceptors and in the presence of azide. Proteomics,
2004, vol. 4, No. 9, s. 2662-2671, ISSN 1615-9853.
0406 - BRANYIK,T., VICENTE,A.A., KUNCOVÁ,G., PODRAZKÝ,O., DOSTÁLEK,P., TEIXEIRA,J.A.: Growth
model and metabolic activity of brewing yeast biofilm on the surface of spent grains: A biocatalyst for
continuous beer fermentation. – Biotechnology Progress 2004, Vol.6, 1733-1740.
0407 - CVRČKOVÁ, F., BAVLNKA, B., a RIVERO, F. Evolutionarily conserved modules in actin nucleation:
lessons from Dictyostelium discoideum and plants. Protoplasma, 2004, sv. 224, s.15-31.
0408 - CVRČKOVÁ, F.; NOVOTNÝ, M.; PÍCKOVÁ, D.; ŽÁRSKÝ, V. Formin homology 2 domains occur in
multiple contexts in angiosperms. BMC Genomics [on-line], 2004, roč. 5 č. 44. Dostupný na WWW:
<http://www.biomedcentral.com/1471-2164/5/44>. ISSN 1471-2164.
0409 - DUROUX, M., HOUBEN, A., RŮŽIČKA, K., FRIML, J., GRASSER, K. The chromatin-remodelling
complex FACT associates with actively transcribed regions of the Arabidopsis genome. Plant J., 2004, vol.
40, s. 660–671, ISSN 0960-7412. (IF=6,367)
0410 - FRIML, J., YANG, X., MICHNIEWICZ, M., WEIJERS, D., QUINT, A., TIETZ, O., BENJAMINS, R.,
LJUNG, K., SANDBERG, G., HOOYKAAS, P., PALME, K., OFFRINGA, R. A PINOID-dependent binary
switch in apical-basal PIN polar targeting directs auxin efflux. Science, 2004, vol. 306, s. 862-865, ISSN
0036-8075. (IF=31,853)
0411 - GALUSZKA, P.; FRÉBORTOVÁ, J.; WERNER, T.; YAMADA, M., STRNAD, M., SCHMULLING, T.,
FRÉBORT, I. Cytokinin oxidase/dehydrogenase genes in barley and wheat. European Journal of
Biochemistry 2004 Oct;271(20):3990-4002
0412 - HYNEK, R.; KUČKOVÁ, S.; HRADILOVÁ, J.; KODÍČEK, M. Matrix-assisted laser
desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry as a tool for fast identification of protein binders in
color layers of paintings. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2004, vol. 18, s. 1896-1900
0413 - KADLČÍK, V.; C. SICARD-ROSELLI, C.T.; MATTIOLI, A.; KODÍČEK M.; HOUÉE-LEVIN, C. Oneelectron oxidation of ß-amyloid peptide: sequence modulation of reactivity. Free Radical Bio. Med., 2004,
vol. 37, s. 881-891
0414 - KNEJZLÍK, Z.; STROHALM, M.; SEDLÁČKOVÁ, L.; KODÍČEK, M.; SAKALIAN, M.; RUML, T.
Isolation and characterization of the Mason-Pfizer monkey virus p12 protein. Virology, 2004, vol. 324, s. 204212
0415 - KNILLOVÁ, J.; BOUCHAL, J.; HLOBILKOVÁ, A.; STRNAD, M.; KOLÁŘ, Z. Synergic effects of the
cyclin-dependent kinase (CDK) inhibitor olomoucine and androgen-antagonist bicalutamide on prostatic
cancer cell lines. Neoplasma, 2004, č. 5(51), s. 358-367.
0416 - KONOPÁSEK, I.; VEČEŘ, J.; STRZALKA, K.; AMLER, E. Short-lived fluorescence component of
DPH reports on lipid–water interface of biological membranes, Chemistry and Physics of Lipids 2004 , vol.
130 is. 2 135–144
0417 - KUNCOVÁ,G., PODRAZKÝ,O., RIPP,S., TRÖGL,J., SAYLER,G.S., DEMNEROVÁ,K., VAŇKOVÁ,R.:
Monitoring of the viability of cells immobilized by Sol-gel process. – Journal of Sol-Gel Science and
Technology 2004, Vol.31, 335-342.
0418 - MARTÍN, C.; M.-ASUNCION-REQUERO, M.; MAŠÍN, J.; KONOPÁSEK, I. GONI, F. M. ; ŠEBO, P.;
OSTOLAZA, H.; Membrane Restructuring by Bordetella pertussis Adenylate Cyclase Toxin a Member of the
RTX Toxin Family Journal of Bacteriology 2004 , vol. 176 is. 12 3760-3765
0419 - MAŠÍN, J.; IVO KONOPÁSEK, I.; JAROSLAVA SVOBODOVÁ; J. ŠEBO, P. Different Structural
Requirements for Adenylate Cyclase Toxin Interactions with Erythrocyte and Liposome Membranes,
Biochimica et Biophysica Acta 2004, vol. 1660 is. 1-2 144-154
0420 - MORRIS, David A.; FRIML, Jiří; ZAŽÍMALOVÁ, Eva: The transport of auxins. In DAVIES, Peter J.
(ed.). Plant Hormones: Biosynthesis, Signal Transduction, Action! Berlin: Springer/Kluwer, 2004, s. 437-470.
ISBN 1-4020-2684-6.
0421 - NOVOTNÁ, K., ŠEDO, O., HAVEL, J. MALDI-TOF mass spectrometric properties of humanin-like
peptides. Journal of Applied Biomedicine, 2004, vol 2, No.2, s. 113-117, ISSN 1214-021X.
0422 - ORDOG, V.; STIRK, W.A.; VAN STADEN, J.; NOVÁK, O.; STRNAD, M. Endogenous cytokinins in
three genera of microalgae from the chlorophyta. Journal of Phycology, 2004, č. 40(1), s. 88-95.
0423 - POKORNÁ, J.; SCHWARZEROVÁ, K.; ZELENKOVÁ, S.; PETRÁŠEK, J.; JANOTOVÁ, I.; ČAPKOVÁ,
V.; OPATRNÝ, Z. Sites of actin filament initiation and reorganization in cold-treated tobacco cells. Plant Cell
and Environment, 2004, vol. 27, no. 5, p. 641-653.
0424 - POSPÍŠIL, S.; SEDMERA, P.; HALADA, P.; HAVLÍČEK, L.; SPÍŽEK, J. Access to lincomycin N-oxide
isomers controlled by reaction conditions. Tetrahedron Letters, 2004, č. 45, s. 2943-2945.
0425 - SAUER, M., FRIML, J. The Matryoshka Dolls of Plant Polarity. Development, 2004, vol. 131, s. 57745775, ISSN 0950-1991. (IF=7,149)
0426 - SAUER, M., FRIML, J. In vitro Culture of Arabidopsis Embryos within their Ovules. Plant J., 2004, vol.
40, s. 835–843, ISSN 0960-7412.
0427 - ŠANTRŮČEK, J.; STROHALM, M.; KADLČÍK, V.; HYNEK, R.; KODÍČEK, M. Tyrosine residues
modification studied by MALDI-TOF mass spectrometry. Biochem. Biophys. Res. Commun, 2004, vol. 323,
s. 1151-1156
0428 - SEVCIK, J.; URBANIKOVA, L.; KOST'AN, J.; JANDA, L.; WICHE, G. Actin-binding domain of mouse
plectin. Crystal structure and binding to vimentin. European Journal of Biochemistry. May 2004, vol. 271, no.
10: 1873-1884.
0429 - ŠEDO, O., NOVOTNÁ, K., HAVEL, J. Advantages of derivatization by osmium tetroxide and 2,2`bipyridine for matrix-assisted laser desorption/ionization post-source decay fragment ion analysis of
peptides. Rapid Communications in Mass Spectrometry, 2004, vol. 18, No. 3, s. 339-344, ISSN 0951-4198.
(IF=2,750)
0430 - ŠEDO, O., VORÁČ, Z., ALBERTI, M., HAVEL, J. Laser ablation synthesis of new phosphorus-sulfur
clusters and their TOF mass spectrometric identification. Polyhedron, 2004, vol. 23, No.7, s. 1199-1206,
ISSN 0277-5387. (IF=1,586)
0431 - SPÍCHAL, L.; RAKOVA, N.Y.; RIEFLER, M.; MIZUNO, T.; ROMANOV, G.A.; STRNAD, M.;
SCHMULLING, T. Two Cytokinin Receptors of Arabidopsis thaliana, CRE1/AHK4 and AHK3, Differ in their
Ligand Specificity in a Bacterial Assay. Plant Cell Physiology, 2004, č. 45(9), s. 1299-305.
323, s. 1133-1137
0433 - TYKVA, R.; VLASÁKOVÁ, V.; NOVÁK, J.; HAVLÍČEK, L. Radio-high-performance liquid
chromatography for ecotoxycity assesment of insect growth regulators. Journal of Chromatography, 2004, č.
1032, s. 59-63.
0501 - ALBERTI, M., ŠEDO, O., HAVEL, J. Laser ablation generation of cluster ions from concentrated
sulfuric and selenic acids. Rapid Communications in Mass Spectrometry, Hoboken, USA: Wiley
InterScience, 2005, vol. 19, No. 10, 1339-1342, ISSN 0951-4198. (IF=2,750)
0502 - BETANCOR,L., LOPEZ-GALLEGO,F., HIDALGO,A., FUENTES,M., PODRAZKÝ,O., KUNCOVÁ,G.,
GUISAN,J.M., FERNANDEZ-LAFUENTE,R.: Advantages of the pre-immobilization of enzymes on porous
supports for their entrapment in Sol-gels. – Biomacromolecules 2005, Vol.6, 1027-1030.
0503 - BLILOU, I., XU, J., WILDWATER, M., WILLEMSEN, V., PAPONOV, I., FRIML, J., HEIDSTRA, R.,
AIDA, M., PALME, K., SCHERES, B. The PIN auxin efflux facilitator network controls growth and patterning
in Arabidopsis roots. Nature, 2005, vol. 433, s. 39-44, ISSN 0028-0836.
0504 - COLE, R.A.; SYNEK, L.; ŽÁRSKÝ, V.; FOWLER, J.R. SEC8, a subunit of the putative Arabidopsis
Exocyst complex, facilitates pollen germination and competitive pollen tube growth. Plant Physiology, 2005,
roč. 138 č.4, s. 2005-2018.
0505 - CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. 1. vydání, Praha: Academia, 2005, v tisku.
0506 - DOBREV, P.I., HAVLÍČEK, L., VÁGNER, M., MALBECK, J, KAMÍNEK, M.: Purification and
determination of plant hormones auxin and abscisic acid using solid phase extraction and two-dimensional
high performance liquid chromatography. J. Chromatography A,2005,roč.1075 č.1-2,s.159-166.
0507 - FIŠEROVÁ J.; SCHWARZEROVÁ, K.; PETRÁŠEK, J.; OPATRNÝ, J. ARP2 and ARP3 are localized
to sites of actin filament nucleation in tobacco BY-2 cells, 2005, Protoplasma, in press.
0508 - FRIML, J., BENFEY, P., BENKOVÁ, E., BENNETT, M., BERLETH, T., GELDNER, N., GREBE, M.,
JÜRGENS, G., LAUX, T., LINDSEY, K., LUKOWITZ, W., LUSCHNIG, C., OFFRINGA, R., SCHERES, B.,
SWARUP, R., TORRES RUIZ, R., WEIJERS, D., ZAŽÍMALOVÁ, E. Apical/basal polarity: Why plant cells do
not stand on their heads., Trends Plant Sci., 2005, accepted.
0509 - FRIML, J., WISNIEWSKA, J. Auxin as an Intercellular Signal in “Intercellular Communication in
Plants”, 2005, Blackwell Publishing, Ed. Andrew Fleming, s. 1-26, ISBN 1405120681.
0510 - GAUDINOVÁ, A.; DOBREV, P.; ŠOLCOVÁ, B.; NOVÁK, O.; STRNAD, M.; FRIEDECKÝ, D.;
MOTYKA, V. The involvement of cytokinin oxidase/dehydrogenase and zeatin reductase in regulation of
cytokinin levels in pea (Pisum sativum L.) leaves. Journal of Plant Growth Regulation, 2005, in press.
0511 - HÁLA, M.; ELIÁŠ, M.; ŽÁRSKÝ, V. A specific feature of the angiosperm Rab escort protein (REP) and
evolution of the REP/GDI superfamily. J. Molecular Biology, 2005, roč. 348 č.5, s. 1299-1313.
0512 - HAUSEROVÁ, E.; SWACZYNOVÁ, J.; DOLEŽAL, K.; LENOBEL, R.; POPA, I.; HAJDÚCH, M.;
VYDRA, D.; FUKSOVÁ, K.; STRNAD, M. Batch immunoextraction method for efficient purification of
aromatic cytokinins. Journal of Chromatography A, 2005, in Press, Available online 26 September
0513 - HAVLÍČEK, L.; FUKSOVÁ, K.; KRYŠTOF, V.; ORSÁG, M.; VOJTĚŠEK, B.; STRNAD, M. 8Azapurines as new inhibitors of cyclin-dependent kinases. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2005, č. 13,
s. 5399-5407.
0514 - KAŠÍK,I., MATĚJEC,V., CHOMÁT,M., HAYER,M., BERKOVÁ,D.: Optical Fibres for Optical Sensing.
– NATO ASI Series Proceedings, 2005, accepted.
0515 - KAŠÍK,I., MATĚJEC,M., CHOMÁT,M., HAYER,M., BERKOVÁ,D., MRÁZEK,J., SKOKÁNKOVÁ,J.:
Silica-based optical fibres with tailored refractive-index profiles in the region of 1.46-1.52 for evanescentwave chemical detection. – Sensors and Actuators B-chemical 2005, Vol.107, 93-97.
0516 - KRYŠTOF, V.; MCNAE, I.W.; WALKINSHAW, M.D.; FISCHER, P.M.; MULLER, P.; VOJTEŠEK, B.;
1763-1771.
0517 - MALOŇ, M.; TRAVNÍČEK, Z.; MAREK, R.; STRNAD, M. Synthesis, spectral study and cytotoxicity of
platinum(II) complexes with 2,9-disubstituted-6-benzylaminopurines. Journal of Inorganic Biochemistry,
2005, in press.
0518 - MAŠÍN, J.; BASLER, M.; KNAPP, O.; EL-AZAMI-EL-IDRISSI, M.; MAIER, E. KONOPÁSEK, I.; BENZ,
R.; LECLERC, C.; ŠEBO, P.; Acylaton of Lysine 860 Allows Tight Binding and Cytotoxicity of Bordetella
Adenylate Cyclase on CD11b-Expressing Cells. Biochemistry 2005, přijato k publikaci.
0519 - MOK, M.C.; MARTIN, R.C.; DOBREV, P.I.; VAŇKOVÁ, R.; SHING HO, P.; YONEKURASAKAKIBARA, K.; SAKAKIBARA, H.; MOK, D.W.S. Topolins and Hydroxylated Thidiazuron Derivatives Are
Substrates of Cytokinin O-Glucosyltransferase with Position Specificity Related to Receptor Recognition.
Plant Physiology, 2005, roč. 137 č.3, s. 1057-1066. ISSN: 0032-0889.
0520 - NOVÁKOVÁ, M.; MOTYKA, V.; DOBREV, P.I.; MALBECK, J.; GAUDINOVÁ, A.; VAŇKOVÁ, R.
Diurnal variation of cytokinin, auxin and abscisic acid levels in tobacco leaves. Journal of Experimental
Botany, 2005, in press. ISSN: 0022-0957.
0521 - PACIOREK, T.; ZAŽÍMALOVÁ, E.; RUTHARDT, N.; PETRÁŠEK, J.; STIERHOF, Y.-D.; KLEINEVEHN, J.; MORRIS, D.A.; EMANS, N.; JÜRGENS, G.; GELDNER, N.; FRIML, J. Auxin inhibits endocytosis
and promotes its own efflux from cells. Nature, 2005, roč. 435. č. 7046, s.1251-1256.
0522 - PODRAZKÝ,O., KUNCOVÁ,G.: Determination of concentration of living immobilized yeast cells by
fluorescence spectroscopy. – Sensors and Actuators B-chemical 2005, Vol.107, 126-134.
0523 - ROMANOV, G.A.; SPÍCHAL, L.; LOMIN, S.N.; STRNAD, M.; SCHMÜLLING, T. A live cell hormonebinding assay on transgenic bacteria expressing a eukaryotic receptor protein. Analytical Biochemistry,
2005, in Press, Available online 30 September
0524 - ŠÁMALOVÁ, M.; BRZOBOHATÝ, B.; MOORE, I. pOp6/LhGR: a stringently regulated and highly
responsive dexamethasone-inducible gene expression system for tobacco. The Plant Journal, March 2005,
vol. 41, no. 6, s. 919-935.
0525 - SCHWARZEROVÁ, K.; PETRÁŠEK, J.; PANIGRAHI K.C.S.; ZELENKOVÁ, S.; OPATRNÝ, Z.; NICK,
P. Intranuclear accumulation of plant tubulin in response to low temperature. Protoplasma, in press.
0526 - SOUKUP, A.;VOTRUBOVA, O. Wound-induced vascular occlusions in tissues of the reed Phragmites
australis: their development and chemical nature. New Phytologist, 2005, vol. 167, no. 2, s. 415-424. (IF
3.355)
0527 - TOBIŠKA,P., HOMOLA,J.: Advanced data processing for SPR biosensors. – Sensors and Actuators
B-chemical 2005, Vol.107, 162-169.
0528 - VIETEN, A., VANNESTE, S., WIŚNIEWSKA, J., BENKOVÁ, E., BENJAMINS, E., BEECKMAN, E.,
LUSCHNIG, C., FRIML, J. Functional redundancy of PIN proteins is accompanied by auxin-dependent
cross-regulation of PIN expression. Development, 2005, vol. 132, s. 4521-4531, ISSN 0950-1991.
0529 - WEIJERS, D., SAUER, M., MEURETTE, O., FRIML, J., LJUNG, K., SANDBERG, G., HOOYKAAS,
P., OFFRINGA, R. Maintenance of Embryonic Auxin Distribution for Apical-Basal Patterning by PINFORMED-Dependent Auxin Transport in Arabidopsis. Plant Cell, 2005, vol. 17, s. 2517-2526, ISSN 10404651.
3. RÁMEC PROJEKTU
3.1. POSLÁNÍ PROJEKTU
3.1.1. Definice účelu projektu
Cílem navrhovaného Centra základního výzkumu je vytvoření těsného tématického a metodického propojení
pracovišť, jejichž dosavadní výzkum je zaměřen na vybrané aspekty morfogeneze rostlinných buněk, pletiv a
orgánů, se zvláštním zřetelem na buněčnou úroveň a regulační děje. Tento soubor pracovišť bude doplněn o
pracoviště rozvíjející oblast vláknově-optických sensorů, které se bude zabývat vývojem optických metod pro
lokální detekci fyzikálně chemických parametrů buněčného prostředí se submikronovým prostorovým
rozlišením. Propojením dosavadních dílčích směrů, integrací výsledků výzkumu a spojením s dalšími obory
bude dosaženo nových poznatků, týkajících se úlohy regulačních látek, mechanismu fungování jednotlivých
buněčných struktur (plasmatická membrána, endomembránový systém, cytoskelet) a signalizačních drah, a
jejich vzájemného propojení v kontextu organismu a prostředí.
Vytvořením Centra bude dosaženo ojedinělého soustředění a vzájemného provázání metodického „knowhow“, což následně umožní vysokou efektivitu experimentální práce a řešení výzkumných cílů na špičkové
úrovni. Této úrovně by každá ze zúčastněných laboratoří samostatně dosahovala jen velmi obtížně a za
cenu výrazného zpomalení a snížení efektivity práce.
Propojení jednotlivých pracovišť povede také ke sdílení zahraničních kontaktů jednotlivých subjektů se
špičkovými zahraničními pracovišti a tím k užší spolupráci s nimi. Vzhledem k již existující bohaté
mezinárodní spolupráci jednotlivých pracovišť lze očekávat i zvýšení počtu projektů financovaných ze
zahraničí a řešených společně se zahraničními partnery, další nárůst počtu výměn vědeckých pracovníků a
studentů, účast na mezinárodních projektech pro vzdělávání studentů, užší začlenění Centra jako celku do
mezinárodních vědeckých projektů a v neposlední řadě i zvýšení konkurenceschopnosti jednotlivých
pracovišť i Centra jako celku v evropském i světovém výzkumném prostoru.
3.1.2. Očekávané přínosy projektu
Sdružením partnerských pracovišť do centra bude dosaženo těsné multidisciplinární spolupráce a především
koordinace výzkumné práce na přesně vymezeném úzkém okruhu modelových experimentálních materiálů.
To umožní hlubší poznání fyzikálně chemického prostředí buňky a molekulárních a buněčných mechanismů
podílejících se na regulaci morfogeneze rostlinné buňky. Výsledkem činnosti centra bude navržení modelu
molekulárních mechanismů regulace morfogeneze rostlinné buňky a orgánů. Součástí výstupů činnosti
centra bude i nová metoda lokální optické detekce parametru(ů) vnitřního prostředí buňky, která bude velmi
užitečným nástrojem pro následné studie. Z hlediska evropského a světového výzkumného prostoru bude
sdružení pracovišť a koordinace jejich činnosti v rámci centra velkou výhodou ve výrazně kompetitivním
prostředí současné vědy. Typickým uživatelem výsledků bude vědecká obec a učitelé na vysokých školách,
kterým výsledky poskytnou materiál pro další studium a výuku. Bez integrované spolupráce v rámci centra
by těchto výsledků nemohlo být v krátkém časovém horizontu dosaženo.
3.1.3. Způsob ověření dosažených přínosů
Výše popsané přínosy bude možno ověřit v časovém horizontu přibližně dvou let po ukončení projektu hlavními ukazateli bude kvalita publikací (renomé časopisu, impakt faktor), konkrétní zapojení týmů
podílejících se na činnosti centra do evropských či mimoevropských vědeckých programů, a úspěšné
uspořádání specializovaného mezinárodního symposia. Součástí výstupů bude i unikátní experimentální
zařízení pro lokální kontinuální detekci pH v živých biologických materiálech. V delším časovém horizontu
pak bude významným kritériem citovanost jednotlivých prací vzniklých v rámci činnosti centra.
3.1.4. Kritické předpoklady dosažení účelu projeku
Obecným kritickým předpokladem dosažení účelu projektu je stabilita "vědeckého prostředí" a dostatečné
financování vědy a výzkumu v České republice.
Jedná se o projekt základního výzkumu, který vykazuje míru rizik běžnou pro tento typ výzkumu. Pro její
efektivní minimalizaci bylo navrženo jak samo složení koncorcia z vhodných subjektů, tak jsou navrhovány
alternativní cesty k dosažení cílů (např. alternativně vedle zcela nového přístupu lokální detekce bude
postupováno klasickými fluorescenčními metodami apod.).
3.2. CÍL PROJEKTU
3.2.1.Definice cíle projektu
3.2.1.1. Čeho (Co má být projektem dosaženo
Navrhnout model regulace morfogeneze rostlin na základě propojení funkce fytohormonů, signálních drah a
jednotlivých buněčných struktur (plasmatická membrána, endomembránový systém, cytoskelet), a vyvinout
metodu pro měření intracelulárního pH.
3.2.1.2. Do jakého data bude dosaženo cíle
31.12.2011
3.2.2. Výsledky projektu
Jednotlivé očekávané výsledky projektu jsou uvedeny níže pod hlavičkami jednotlivých buněčných struktur,
jejichž studium zahrnují. Mnohé z uvedených očekávaných výsledků však přesahují rámec pouze jedné
kategorie. Níže použité rozdělení je tedy pouze orientační.
1. Plasmatická membrána (PM)
- Budou optimalizovány metody fluorescenční spektroskopie pro měření membránově vázaných dějů na
rostlinných buňkách, a budou nalezeny vhodné sondy s fluorescencí dostatečně vzdálenou od
autofluorescence buněčných stěn linií BY-2, VBI-0 (tabák a Arabidopsis). Bude kvantifikována endocytóza v
těchto buňkách pomocí styrenových sond řady FM nebo fluorescenčně značených dextranů.
- Bude popsána regulace endocytózy při reakci na působení fytohormonů (zvl. auxinu); budou zavedeny
metody detekce volných kyslíkových radikálů (ROS) v buňce sledováním peroxidace lipidů nebo oxidace
nefluoreskujících derivátů fluoresceinu pomocí ROS, dynamika endocytózy, vliv vybraných inhibitorů či
aktivátorů na endocytózu, dynamika internalizace kyseliny fosfatidové (PA-BODIPY), detekce
intracelulárního vápníku pomocí fluorescenční sondy FURA-AM poměrovým měřením.
- Budou biochemicky charakterizovány přenašeče auxinu z A. thaliana (kinetika, specifita, citlivost k
inhibitorům). Budou popsány konformační změny těchto proteinů sledované fluorescenčními sondami, které
cíleně interagují s klíčovými doménami proteinů.
- Budou charakterizovány transgenní linie tabáku a A. thaliana, nesoucí geny pro přenašeče auxinů (pod
regulovatelnými promotory, nebo v translační fuzi s fluorescenčními proteiny); budou lokalizovány přenašeče
auxinů a popsána jejich dynamika (konstitutivní cyklování) ve vztahu k morfogenním procesům.
2. Exocytóza, endocytóza, transport membránových váčků
- Budou charakterizovány vybrané podjednotky komplexu exocyst, isoenzymy fosfolipázy D (PLD) a
geranylačního komplexu Rab GTPáz (inzerční, či bodové – „tilling“ mutanty A. thaliana, podrobná analýza
fenotypu za normálních i stresových podmínek, charakterizace odpovídajících cDNA a jejich klonování do
vektorů pro expresi v bakteriích, v rostlinách i pro expresi ve fuzi s GFP, apod.).
- Bude popsán komplex exocyst příp. komplexy obsahující PLD u vybraných mutantů a transgenů. V
závislosti na výsledcích bude u vytipovaných bílkovin z elektroforetické analýzy frakcí provedena
proteomická analýza.
- Budou připraveny modifikované antisense-oligonukleotidy odvozené od PLD exprimovaných v pylu
(možnost specificky inhibovat jednotlivé typy PLD a sledovat jejich vliv na buněčnou expanzi a cytoskelet).
- Budou připraveny transgenní buněčné linie exprimující geny pro výše naznačené možné efektory a
interaktory GTPáz; bude provedena hlubší analýza mutantních linií příp. jejich kříženců. U vybraných
mutantů křížení s rostlinami Arabidopsis exprimujícícimi „sekretorické“ GFP budou identifikovány jednotlivé
defekty v sekretorické dráze. Proces endocytózy bude kvantitativně charakterizován.
3. Cytoskelet (CSK)
- Bude popsáno spektrum proteinů asociovaných s mikrotubuly (MT) a mikrofilamenty (MF) hrající roli ve
fosfolipidové signalizační kaskádě (zvláště ve vztahu k regulaci nukleace CSK, kontrole aktivity a distribuce
nukleačních míst v rostlinné buňce).
- Bude charakterizována úloha CSK v udržování struktury a generování pohybu v endomembránovém
systému.
- Bude popsáno chování CSK v konkrétních morfogenních procesech ve vztahu k působení fytohormonů.
- Budou identifikovány proteiny asociované s aktinem, a role proteinů komplexu ARP v nukleaci aktinu,
včetně identifikace, izolace a charakteristiky genů je kódujících.
- Bude popsána úloha proteinů komplexu ARP v nukleaci aktinu a v dynamických změnách aktinových
struktur.
- Budou identifikovány proteiny fosfolipidové kaskády ve frakcích s proteiny asociovanými s MT.
- Bude charakterizována role CSK v udržování struktury a generování pohybu endoplasmatického retikula a
dalších komponent endomembránového systému.
- Budou klonovány příslušné geny, přípraveny GFP-fúze, budou transformovány buňky a rostliny A. thaliana.
Paralelně budou provedeny immunolokalizační experimenty sledující distribuci RAN-GTPáz.
- Budou konstruovány RNAi - pro Ran GTPázy, bude popsán fenotyp při eliminaci proteinu, bude provedena
analýza proteinových interakcí vybraných GTPáz.
- Budou identifikovány koregulované a potenciálně interagující proteiny (identifikace kandidátních genů
Arabidopsis potenciálně koregulovaných s jednotlivými isoformami GTPáz třídy Rop a PLD bioinformatickou
cestou; získání cDNA klonů pro vybrané geny, příprava konstruktů).
- Bude popsána genová exprese a protein-proteinové interakce, budou provedeny funkční studie.
4. Fosfolipázy
Bude charakterizována úloha fosfolipáz během morfogenního působení auxinů a cytokininů (přímá interakce
fosfolipáz s komponentami signálního řetězce cytokininů, případně auxinů).
Bude objasněna(y) nepřímá(é) interakce fosfolipáz se strukturami cytoskeletu (nalezení isoformy/isoforem
rostlinné fosfolipázy D interagujících s proteiny cytoskeletu (aktinem a tubulinem), resp. bude nalezena
doména odpovědná za tuto interakci, budou provedeny funkční modifikace fosfolipáz související s těmito
interakcemi).
5. Regulace hladin fytohormonů, příjem signálů
- Bude charakterizován transport derivátů zeatinu a izopentenyladeninu přes chloroplastovou membránu v
izolovaných chloroplastech z rostlin tabáku, budou charakterizovány metabolické přeměny cytokininů uvnitř
chloroplastů.
- Bude popsán účinek různé hladiny auxinu v chloroplastech na transport a metabolismus cytokininů (využití
transgenních rostlin se zvýšenou hladinou auxinu). Bude zavedena metodika izolace mitochondrií.
- Bude popsán dopad změn v hladinách cytokininů na koncentrace ostatních fytohormonů, zejména auxinu,
ve vztahu k určitým morfogenním situacím.
- Budou stanoveny hladiny endogenních cytokininů (HPLC-MS), auxinu a kyseliny abscisové (2D-HPLC),
aktivity cytokininoxidázy/dehydrogenázy (CKX) a možnosti jejich regulace v rostlinných vzorcích s
experimentálně modifikovanou hladinou cytokininů ve vztahu k indukci specifických morfogenních procesů.
- Bude popsána kinetika přenosu různých cytokininů přes buněčnou membránu
- Budou popsány kvantitativní změny v přenosu cytokininů přes buněčnou membránu u buněk s různou
hladinou cytokininů (včetně transgenních linií – IPT, CKX, atd.).
- Budou připraveny a charakterizovány transgenní linie a inzerční mutanty pro isopentenyltransferázu, bude
vyhodnocena morfogeneze a fyziologické odpovědi kořene u rostlin se zvýšenou expresí genů kódujících
isopentenyltransferázu.
- Budou připraveny a charakterizovány transgenní linie a inzerční mutanty pro CKX, budou stanoveny
hladiny endogenních cytokininů in situ, bude zde vyhodnocena morfogeneze a fyziologické odpovědi kořene.
- Bude provedena analýza gradientu auxinů s využitím biosensoru DR5-GFP u rostlin se zvýšenou expresí
genů kódujících isopentenyltransferázu, bude stanovena distribuce proteinů PIN, bude vyhodnocena
morfogeneze a fyziologické odpovědi kořene.
- Bude provedena analýza gradientu auxinů s využitím biosensoru DR5-GFP u rostlin se zvýšenou expresí
genů kódujících CKX, stanovení distribuce proteinů PIN, hodnocení morfogeneze a fyziologických odpovědí
kořene. Ve vybraných případech bude ověřen gradient auxinu in situ immunohistochemickou lokalizací a LCMS analýza obsahu auxinů.
6. Zavedení optických metod lokální detekce fyzikálně-chemických veličin s velmi jemným prostorovým
rozložením pro studium buněčných struktur:
Očekávaným výsledkem projektu je metodika lokálního měření pH umožňující sledování dějů v buňkách,
včetně unikátního zařízení na její realizaci. Pomocí těchto metod bude možné realizovat stanovení dynamiky
pH v cytosolu ve vztahu k vývoji buňky, stanovení dynamiky pH ve vakuole ve vztahu k vývoji buňky
7. Integrace výsledků z jednotlivých oblastí a vytvoření dynamického modelu morfogeneze rostlinné buňky,
založeného na kvantitativních experimentálních údajích.
Bioinformatické analýzy i experimenty budou prováděny na základě vlastních i nově publikovaných cizích
výsledků, a to jednak směrem ke studiu vlivu signálních vstupů na chování buněčných struktur i expresi
genů, na fenotyp buňky či organismu, jednak k experimentální manipulaci prostřednictvím exprese
příslušných genů v transientních či stabilních rostlinných expresních systémech. U dobře charakterizovaných
mutantů a transformantů bude zváženo využití analýzy transkriptomu ve spolupráci s NASC a firmou
Affymetrix a v rámci centra bude provedena analýza proteomu.
Celková integrace výsledků získaných při řešení dílčích cílů projektu vyústí v model morfogeneze rostlinné
buňky, založený na kvantitativních údajích a ověřený experimentálně.
3.2.3. Forma zpracování a předání výsledků
Výsledky práce centra budou publikovány formou článků ve „výše-impaktovaných“ vědeckých časopisech
(typicky Plant Cell, Plant Physiology, The Plant Journal, apod., v případě výsledků obecně biologické
platnosti pak Nature, Cell, Development, apod.), kapitol v knihách, disertačních a diplomových prací, a
budou prezentovány na národních a mezinárodních konferencích a na webových stránkách Centra. Budou
pravidelně zpracovávány do formy výročních zpráv a závěrečné zprávy, které budou po oponentuře
předávány poskytovateli.
Pravidelně (každoročně v rámci obhajoby výroční zprávy) budou organizována setkání domácích
pracovníků, zahraničních spolupracovníků Centra a Rady Centra formou minisymposií zaměřených na
dosažené výsledky v kontextu s pokrokem v příslušném oboru. Tato minisymposia budou současně sloužit
pro hodnocení činnosti Centra jako kontrolovatelné etapy.
V roce 2010 nebo 2011 (při/po ukončení práce centra) bude zorganizována mezinárodní vědecká
konference zaměřená na řešenou problematiku, kde budou presentovány výsledky práce Centra. Tato
konference naváže na dlouholetou tradici symposií zaměřených na funkci růstových látek u rostlin,
pořádaných Ústavem experimentální botaniky AV ČR ve spolupráci s některými dalšími pracovišti
podílejícími se na práci centra (PřF UK, MZLU, MU).
3.2.4. Kritické předpoklady dosažení cíle
Jedná se o projekt základního výzkumu, který vykazuje míru rizik běžnou pro tento typ výzkumu. Pro její
efektivní minimalizaci bylo navrženo jak samo složení koncorcia z vhodných subjektů, tak jsou navrhovány i
alternativní cesty k dosažení cílů (např. vedle zcela nového přístupu lokální detekce s využitím senzorů bude
postupováno také klasickými fluorescenčními metodami apod.). Ani případný neúspěch jedné cesty výzkumu
tedy neohrožuje dosažení celkového cíle projektu.
3.3. DÍLČÍ CÍLE ŘEŠENÍ - přehled
V001
Zavést fluorescenční kvantitativní metody pro sledování membránových dějů u rostlinných buněk. Připravit
transgenní linie nesoucích geny vztahující se k hormonálním signálům a geny pro komponenty cytoskeletu a
transportu váčků
- 31.12.2007 - Základní výzkum
V002
Charakterizovat molekulární komponenty polárního transportu auxinů a jejich dynamiku na plasmatické
membráně
V003
Charakterizovat proteiny, které u rostlin interagují s transportem buněčných váčků, a jejich úlohu v řízení
transportu buněčných váčků
V004
Charakterizovat struktury cytoskeletu a jejich úlohu v dílčích morfogenních procesech
V005
Charakterizovat úlohu vybraných signálních drah se zřetelem na regulaci morfogeneze rostlinné buňky
V006
Zavést a optimalizovat optické metody lokální detekce fyzikálně-chemických veličin s velmi jemným
prostorovým rozložením pro studium buněčných struktur
- 31.12.2009 - Aplikovaný výzkum s výjimkou průmyslového výzkumu (tzv. "neprůmyslový výzkum")
V007
Poznat a charakterizovat mechanizmy homeostáze fytohormonů auxinového a cytokininového typu ve
vztahu k regulaci morfogeneze
V008
Integrovat všechny poznatky získané při řešení různých aspektů projektu a zkonstruovat model regulace
morfogeneze rostlinné buňky a orgánů.
3.3.x. DÍLČÍ CÍL ŘEŠENÍ PROJEKTU - "V001" - podrobně
3.3.1. Definice dílčího cíle
3.3.1.1. Co má být dílčím cílem dosaženo
Zavést fluorescenční kvantitativní metody pro sledování membránových dějů u rostlinných buněk. Připravit
transgenní linie nesoucích geny vztahující se k hormonálním signálům a geny pro komponenty cytoskeletu a
transportu váčků
3.3.1.2. Datum dosažení dílčího cíle
31.12.2007
3.3.1.4. Typ činnosti při řešení dílčího cíle
Základní výzkum
3.3.2. Výsledky dílčího cíle
Budou zavedeny a optimalizovány fluorescenční kvantitativní metody pro sledování membránových dějů u
rostlinných buněk, včetně fluorescenčních metod umožňujících charakterizovat změny v konformaci bílkovin.
Budou odvozeny transgenní linie nesoucích geny vztahující se k metabolismu (pro biosyntézu a
biodegradaci cytokininů, IPT a CKX), transportu (vybrané geny rodiny PIN, MDR, AUX) či přenosu
hormonálních signálů (ABP1) a budou optimalizovány podmínky jejich kultivace.
Budou odvozeny transgenní linie nesoucí geny pro komponenty cytoskeletu a pro regulační proteiny
transportu váčků a budou optimalizovány podmínky jejich kultivace.
3.3.3. Forma zpracování a předání výsledků dílčího cíle
Výsledky dílčího cíle V001 budou součástí diplomových a dizertačních prací a metodických článků v
impaktovaných vědeckých časopisech. Budou také prezentovány formou plakátových sdělení na
mezinárodních vědeckých kongresech s fluorescenční tématikou. Zavedení uvedených fluorescenčních
metod umožní výzkum membrán včetně membránových proteinů navrhovaných v dalších cílech (např. V002,
V003). Tyto metody dále rozpracované budou součástí článků publikovaných v rámci těchto dílčích cílů.
Odvozené transgenní buněčné linie a linie A. thaliana budou experimentálním materiálem pro daší dílčí cíle
projektu. Budou použity pro manipulaci endogenních hladin fytohormonů při sledování vlivu těchto změn na
nejrůznější aspekty morfogeneze rostlin (regulace specifických signálních drah, vliv na distribuci ostatních
morfogenních faktorů, a interakce s dalšími hormony, např. ethylenem), pro manipulaci s aktivitou různých
signálních drah a buněčných struktur podílejících se na regulaci morfogeneze u rostlin.
3.3.4. Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle
Hlavním kritickým předpokladem fluorescenčních studií je výběr vhodných fluorescenčních sond ze širokého
spektra komerčně dostupných sond, které v daných podmínkách (živé rostlinné buňky a jejich plazmatické
membrány) budou poskytovat dostatečně silný a dostatečně specifický signál pro výkonné fluorometry
dostupné na našich pracovištích.
V případě odvozování transgenních buněčných kultur je hlavním rizikem obtížnost odvození a udržení
stabilních linií se silnou overexpresí některých genů. Toto riziko však lze výrazně snížit při použití
indukovatelných expresních systémů a při selekci z dostatečně vysokého počtu kolonií transformantů.
Charakterizovat molekulární komponenty polárního transportu auxinů a jejich dynamiku na plasmatické
membráně
31.12.2009
Základní výzkum
Budou charakterizovány přenašeče auxinů do buňky a z buňky a proteiny regulující jejich aktivitu z hlediska:
(a) mechanismu(ů) regulace jejich aktivity,
(b) lokalizace na plasmatické membráně a jejich dynamiky,
(c) napojení na struktury cytoskeletu a endomembránového systému,
(d) mechanismu(ů) působení fytotropinů, tj. inhibitorů přenašečů auxinů z buňky,
(e) specifických inhibitorů pro přenašeč(e) auxinů do buňky.
Výsledky dílčího cíle V002 budou publikovány formou článků ve „výše-impaktovaných“ vědeckých
časopisech (typu The Plant Cell, Plant Physiology nebo The Plant Journal), případně přehledných kapitol v
knihách, a budou tvořit součást disertačních a diplomových prací. Budou také prezentovány na národních a
mezinárodních konferencích a na webových stránkách Centra. Samozřejmě budou zapracovány do formy
výročních zpráv a závěrečné zprávy.
Pravidelně (každoročně v rámci obhajoby výroční zprávy) budou tyto výsledky prezentovány na setkáních
domácích pracovníků, zahraničních spolupracovníků Centra a Rady Centra formou minisymposií a na
mezinárodní vědecké konferenci, která bude uspořádána v roce 2010 nebo 2011 (při/po ukončení práce
centra) a bude zaměřena na řešenou problematiku.
Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle V002 nevybočují z rámce obecných kritických předpokladů pro
experimentální práci v základním výzkumu. Hlavním rizikem je možnost masivní kontaminace
experimentálního materiálu vedoucí ke ztrátě cenných buněčných linií a z toho plynoucího zpomalení a
opoždění plánované experimentální práce. Toto riziko bude minimalizováno paralelním vedením jednotlivých
liníí na více pracovištích Centra.
Charakterizovat proteiny, které u rostlin interagují s transportem buněčných váčků, a jejich úlohu v řízení
transportu buněčných váčků
31.12.2009
Základní výzkum
Budou charakterizovány proteiny, které u rostlin potenciálně interagují s malými GTPázami nebo jsou jimi
regulované, a podílejí se na ustavování a udržování buněčné a orgánové polarity prostřednictvím regulace
vnitrobuněčného transportu váčků. Pozornost bude zaměřena zejména na:
- podjednotky komplexu exocyst
- vybraní zástupci rodiny fosfolipáz D (PLD)
- regulátory Rop a Rab GTPáz.
S využitím kombinace metod molekulárních (klonování, exprese značených proteinů), biochemických a
genetických (inserční mutanti Arabidopsis) bude vymezena jejich úloha v řízení transportu buněčných váčků,
se zvláštním důrazem na pochopení mechanismů regulace buněčné polarity u rostlin (možná účast malých
GTPáz a jejich efektorů v polární lokalizaci membránových přenašečů auxinu).
Bude charakterizován komplex exocyst v jeho podjednotkovém složení a sledována interakce jednotlivých
podjednotek mezi sebou i vzhledem k dalším interakčním partnerům (např. malé GTPázy). Budou izolovány
a jednoznačně určeny inzerční mutanty A. thaliana v jednotlivých podjednotkách exocystu. Výsledné
fenotypy a jejich kombinace vzniklé křížením budou použity k určení role exocystu v transportu váčků a
morfogenezi buňky a pletiv. Paralelně budou vyhodnocena pozorování získaná eliminací příslušných genů v
dalším modelovém organismu Physcomitrella patens. Dalším dílčím cílem bude určení lokalizace
jednotlivých komponent exocystu v buňce ať již pomocí fúzních proteinů (např. s GFP) nebo imunolokalizací.
Bude také sledována úloha jednotlivých izoforem PLD při regulaci váčkového transportu i vlastního procesu
sekrece, který podmiňuje polární růst. Budou naklonovány a osekvenovány cDNA vybraných izoforem PLD z
tabáku pro transfekci rostoucích pylových láček tabáku, dalšího experimentálního modelu, modifikovanými
oligonukleotidy, které umožňují selektivní blokování činnosti jednotlivých izoforem. Dále budou vytvořeny
fúzní konstrukty PLD-GFP, které umožní sledovat lokalizaci izoforem v pylových láčkách i somatických
buňkách.
Sledování úlohy PLD v polarizované sekreci bude prováděno také na vybraných RNAi-transgenních
rostlinách příp. inzerčních mutantech A. thaliana s potlačenou expresí specifických isoforem PLD. U těchto
rostlin bude provedena podrobná fenotypová analýza. Zasazení činnosti PLD do širšího kontextu signálních
drah v rostlinné buňce bude dosaženo také vyhledáním interakčních partnerů (regulátorů) PLD a proteinů
interagujících s fosfatidovou kyselinou, produktem PLD.
Studium regulátorů Rab GTPáz bude založeno hlavně na fenotypové analýze dostupných inzerčních linií A.
thaliana. Získaná data budou interpretována jak v kontextu rostlinné buňky, tak rostliny jako celku.
Výsledky budou publikovány především formou oponovaných článků v impaktovaných mezinárodních
časopisech, popřípadě kapitol v monografiích; kromě toho počítáme i s presentací formou konferenčních
příspěvků a se začleněním do několika diplomových, popřípadě disertačních prací. Vybraný biologický
materiál (zejména rostlinné linie o definovaném genotypu, popřípadě i DNA konstrukty) bude v návaznosti na
publikaci deponován v mezinárodní veřejně přístupné sbírce; sekvenční data budou trvale uložena v
mezinárodní databázi GenBank/EMBL. Všechny tyto výstupy budou doloženy příslušnými citacemi.
Nezbytným předpokladem zdárného řešení je zachování personální kontinuity týmu, především jeho
studentské části, tedy zejména průběžné získávání nových diplomantů a doktorandů náhradou za
absolventy. S ohledem na účast univerzitního pracoviště s přímým přístupem k posluchačům magisterského
studia věříme, že tento předpoklad bude splněn.
Nejsou nám známy další okolnosti, které by měly narušit zdárné dosažení dílčího cíle; konkrétní výsledky
dílčích experimentů, zejména úspěšnost klonování a exprese jednotlivých konstruktů, budou ovšem určovat,
na které složky komplexu exocyst, regulátory malých GTPáz a případné další proteiny bude naše pozornost
přednostně zaměřena. V případě PLD bude limitujícím faktorem získání alespoň částečných sekvencí
izoforem PLD z tabáku pro návrh modifikovaných oligonukleotidů a úspěšné vytvoření fúzních konstruktů
PLD-GFP.
Charakterizovat struktury cytoskeletu a jejich úlohu v dílčích morfogenních procesech
31.12.2009
Základní výzkum
Bude popsána úloha cytoskeletu v dílčích morfogenních procesech, souvisejících s působením fytohormonů,
dynamika změn tubulinového a aktinového cytoskeletu během buněčného cyklu, procesy jeho přestaveb,
reorientace, de novo nukleace jeho stavebních složek.
Bude objasněna role Ran GTPáz v organizaci rostlinných mikrotubulů na základě studia RNAi-transformantů
umožňujících eliminovat či nadprodukovat vybraný Ran GTPázový protein a GFP-fúzí vybraných proteinů.
Bude prováděna analýza interakce vybraných Ran GTPáz a interagujících proteinů, jako Ran, RanBP a
RCC1 s mikrotubulárním cytoskeletem, chromatinem a endomembránami u Arabidopsis. Funkční analýza
těchto vybraných signalizačních molekul po působení exogenních růstových regulátorů či jejich inhibitorů u
zvolených transformantů bude prováděna se zřetelem na polaritu růstu a dělení buněk.
Výsledky dílčího cíle V004 budou součástí diplomových a dizertačních prací a článků v recenzovaných a
impaktovaných vědeckých časopisech. Budou také prezentovány na mezinárodních vědeckých
konferencích.
Odvozené transgenní buněčné linie a rostliny A. thaliana budou experimentálním materiálem pro další dílčí
cíle projektu. Budou použity pro sledování vlivu eliminace či nadprodukce vybraných proteinů na aspekty
morfogeneze rostlin a pro studium vztahu Ran GTPáz k nukleaci mikrotubulů a regulaci jejich dynamiky.
Hlavním kritickým předpokladem je nalezení vhodného konstruktu pro eliminaci či nadprodukci vybraných
GTPázových proteinů a dále nalezení vhodného indukovatelného promotoru pro vyloučení vlivu indukčního
agens. U RNAi-transformantů dochází v dalších generacích k umlčování genů, což vyloučí experimentální
využití generace transformantů T2. V případě GFP-fúzí může docházet nadprodukci a aberantní lokalizaci
proteinu. Tento nedostatek však lze výrazně zmenšit při použití různých N- koncových a C-koncových fúzí a
různých typů GFP.
Charakterizovat úlohu vybraných signálních drah se zřetelem na regulaci morfogeneze rostlinné buňky
31.12.2009
Základní výzkum
Bude charakterizována úloha signálních drah v morfogenezi rostlinné buňky, zejména role interagujících
„vstupů“ a „výstupů“, včetně signálů zprostředkovaných „klasickými“ fytohormony či spojených s malými
GTPázami a vybranými signálními drahami, a signálů regulujících procesy exocytózy/endocytózy (návaznost
na V003).
Budou nalezeny a charakterizovány isoformy fosfolipázy D resp. C (PLC, PLD), případně další komponenty
fosfolipidové signální dráhy, které se účastní přenosu signálů cytokininů resp. auxinů. Bude popsána
interakce fosfolipáz (PL) s cytoskeletálními proteiny (aktinem a tubulinem) a úloha posttranslačních
modifikací (fosforylace, glykosylace) nalezených proteinů v regulaci morfogenní odpovědi rostlin.
Prostřednictvím genetického vyhledávání budou identifikovány faktory (geny a proteiny), které se podílejí na
regulaci morfogenních signálů u A. thaliana. Budou identifikovány mutace, které vedou ke změně
expresního vzorce vybraných linií nesoucích markerový gen („gen zpravodaj“) pod kontrolou specifických
promotorů genů signálních drah (např. genu CKI1). Mutované geny budou klonovány a bude analyzována
molekulární podstata regulačních mechanizmů morfogenních (zejména cytokininových) signálních drah
(analýza expresních vzorců identifikovaných genů, analýza mutantních fenotypů zejména vzhledem k
morfogenezi, vytvoření modelu pro mechanizmus účinku).
Pomocí analýzy proteomu i vybraných transkriptů bude analyzován přenos cytokininového signálu u
vybraných členů cytokininové signální dráhy po morfogenní stimulaci jak exogenní aplikací morfogenních
faktorů (zejména cytokininů a auxinů), tak po modifikaci endogenních hladin cytokininů u transgenních linií s
ektopickou expresí genů pro biosyntézu resp. biodegradaci cytokininů. Pomocí identifikace změn v
rostlinném proteomu v odpovědi na výše uvedené stimuly bude provedena identifikace dalších molekul
(zejména proteinů), zúčastňujících se regulace morfogenní odpovědi u rostlin.
Bude popsána specifita cytokininových receptorů z A. thaliana, kterými jsou histidinové kinasy AHK2, AHK3
a CRE1/AHK4, bude popsána jejich exprese a dimerizace v rostlinných buňkách. Budou připraveny single,
double a triple mutanty za účelem pochopení významu cytokininového signálu v regulaci morfogeneze
rostlin. Rovněž budou studovány vztahy mezi strukturou a aktivitou nových cytokininových derivátů a jejich
antagonistů na receptorové úrovni i jejich význam v regulaci růstu a vývoje rostlin. Pokusíme se rovněž o
studium krystalové struktury receptorů pomocí X-ray a o detailní analýzu molekulárních a atomárních
interankcí ve vazebné kapse. Cestou afinitní chromatografie na bázi imobilizovaných cytokininů se pokusíme
o isolaci a následnou sekvenaci (Maldi, Q-Tof) dalších proteinů, které vážou cytokininy.
Druhý signální systém, který funguje nezávisle na funkci extracelulárních receptorů bude zřejmě hrát
významnou úlohu zejména při regulaci buněčného cyklu. Bude fungovat jako autokrinní a jeho funkce bude
zřejmě zprostředkována účinkem cytokininů na aktivitu enzymů či regulaci genové exprese. Znalosti o těchto
funkcích jsou na úplném počátku, avšak inhibitory cyklin-dependentních kinas (cdk) na bázi cytokininů jsou
jasným důkazem takových účinků (Veselý et al. 1994, Havlíček et al. 1997). Budeme proto detailnějï
studovat funkci cytokininů v regulaci buněčného cyklu, a to na úrovni jeho komponent, např. cdk, cyklinů,
přirozených proteinových inhibitorů cdk a rovněž CDC25-fosfatáz.
Výsledky budou zveřejněny především v recenzovaných mezinárodních časopisech, popřípadě formou
kapitol v monografiích. Dílčí výsledky budou průběžně presentovány na konferencích a budou též součástí
diplomových a disertačních prací. V návaznosti na publikaci budou sekvence studovaných klonů
deponovány v mezinárodních databázích (EMBL) a semena vybraných mutantních linií Arabidopsis
genotypu budou uložena v mezinárodní veřejně přístupné sbírce. Velká pozornost bude rovněž věnována
ochraně "know-how". Ta bude zajištěna cestou mezinárodně chráněných patentů podávaných buď u nás,
nebo i v zahraničí. S patentovým řízením má ÚEB dlouhodobé zkušenosti. Věříme, že se nám podaří jako
doposud zajistit i odpovídající licenční partnery.
V případě identifikace faktorů zúčastňujících se regulace morfogeneze prostřednictvím regulace experese
vybraných genů (např. CKI1) je možným kritickým předpokladem především těžko odhadnutelná frekvence
mutací, které budou identifikovány. Při velmi nízké frekvenci může dojít k nárůstu počtu linií, které bude
nutno analyzovat. Tento předpoklad je nicméně již zakalkulován v časovém rozvrhu dosažení tohoto dílčího
cíle a ani v případě nízkých frekvencí mutací tedy dosažení tohoto cíle nebude ohroženo. Kritickým faktorem
může být rovněž X-ray krystalografie cytokininových receptorů, zejména pak přístup na odpovídající
cyklotron. Na základě toho provádíme analýzu krystalů ve spolupráci s několika zahraničními pracovišti.
Zavést a optimalizovat optické metody lokální detekce fyzikálně-chemických veličin s velmi jemným
prostorovým rozložením pro studium buněčných struktur
31.12.2009
Aplikovaný výzkum s výjimkou průmyslového výzkumu (tzv. "neprůmyslový výzkum")
Očekávaným výsledkem projektu je metodika lokálního měření pH umožňující sledování dějů v buňkách,
včetně unikátního zařízení na její realizaci.
Výsledky budou presentovány v mezinárodních časopisech, na mezinárodních konferencích a na webových
stránkách Centra. Pravidelně budou zpracovávány do formy výročních zpráv a závěrečné zprávy, které
budou po oponentuře předávány poskytovateli. Součástí řešení bude "know-how" lokální detekce pH včetně
"hardwaru" měřícího zařízení.
Za kritický bod přípravy sensoru je pokládána příprava adiabatického taperu, resp. křehkost připravené
„špičky“ sondy a následná imobilizace převodníků. Pro minimalizaci rizik byly navrženy dva postupy plamenem a leptáním, přičemž připravené křehké materiály budou pokrývány metalickou vrstvou, tak jak je
to známo z přípravy taperování klasických optických vláken. Tyto pokryvy mohou být (opět alternativně)
připravovány vakuovým napařováním nebo postupem magnetronového naprašování. Výsledky již
provedených pilotních experimentů prokazují schůdnost navrhovaného řešení.
Poznat a charakterizovat mechanizmy homeostáze fytohormonů auxinového a cytokininového typu ve
vztahu k regulaci morfogeneze
31.12.2009
Základní výzkum
Bude stanoven obsah cytokininů a auxinu v izolovaných mitochondriích (včetně mitochondrií transgenních
rostlin tabáku se změněným metabolismem CK - geny pro izopentenyltransferázu, β-glukozidázu, zeatin-Oglukozyltransferázu a CKX). Ve vybraném materiálu budou popsány metabolické přeměny cytokininů a
charakterizovány vzájemné interakce hladin a metabolismu cytokininů a auxinu ve vztahu k regulaci
hormonální homeostáze a morfogenetickým procesům řízenými těmito rostlinnými hormony.
Budou popsány mechanismy přenosu různých typů cytokininů do buňky a z buňky.
Budou analyzovány interakce cytokininů, auxinů a ethylenu a role těchto interakcí při modulaci hormonálních
morfogenních účinků: bude sledován vliv exogenní aplikace cytokininů na změny v distribuci a celkovém
množství auxinů s cílem identifikovat a popsat tyto efekty a identifikovat molekulární mechanizmy interakce
cytokininů, auxinů a ethylenu. Bude identifikována role cytokininů a ethylenu v regulaci auxinového
transportu a to jak na transkripční tak i post-transkripční úrovni. Tyto analýzy budou provedeny jednak na
úrovni celého organizmu, kde jako model bude použit kořen A. thaliana, tak na úrovni suspenzních kultur
Nicotiana tabacum (BY2).
Budou získány časově a prostorově definované obrazce exprese genů kódujících isopentenyltransferázu a
CKX, a budou korelovány s interními hladinami endogenních cytokininů a auxinů. IPT a CKX budou rovněž
detailně biochemicky charakterizovány, včetně charakterizace jednoduchých, dvojitých a vícenásobných
mutantů exprimujících AtIPT (A. thaliana). Pokusíme se o vývoj specifických inhibitorů těchto enzymů a
budeme studovat jejich morfogenní účinky u buněk i rostlin in vivo.
Bude charakterizována role rostlinných beta-glukozidáz v regulaci hladin endogenních cytokininů.
Integrací získaných poznatků budou získány komplexní informace o kooperaci a interakcích různých
mechanizmů podílejících se na regulaci hladin cytokininů v poměru k hladinám auxinu.
knihách, a budou tvořit součást disertačních a diplomových prací. Budou také prezentovány na národních a
mezinárodních konferencích a na webových stránkách Centra. Většina získaných výsledků bude rovněž
patentově chráněna a to i na mezinárodní úrovni. Samozřejmě budou zapracovány do formy výročních zpráv
a závěrečné zprávy.
Pravidelně (každoročně v rámci obhajoby výroční zprávy) budou tyto výsledky prezentovány na setkáních
domácích pracovníků, zahraničních spolupracovníků Centra a Rady Centra formou minisymposií a na
mezinárodní vědecké konferenci, která bude uspořádána v roce 2010 nebo 2011 (při/po ukončení práce
centra) a bude zaměřena na řešenou problematiku.
Pro některé části tohoto dílčího cíle je rozhodující navázání mezinárodní spolupráce s nejlepšími pracovišťi v
oblasti auxinů a cytokininů ve světě (Prof. Schmülling - Německo, Prof. Kakimoto - Japonsko, Prof. Kieber USA, Prof. Mok- USA, Prof. Sandberg - Švédsko, atd.). Většinu kontaktů se nám již podařilo navázat (viz
část 2.6.).
Integrovat všechny poznatky získané při řešení různých aspektů projektu a zkonstruovat model regulace
morfogeneze rostlinné buňky a orgánů.
31.12.2010
Základní výzkum
Konečným a nejdůležitějším výsledkem celého projektu bude integrace všech zkoumaných aspektů
morfogeneze rostlin (regulační funkce procesů homeostáze fytohormonů, jejich signálních drah a buněčných
struktur v kontextu daného intra- a extracelulárního prostředí).
Bude vytvořen dynamický model regulace morfogeneze rostlinné buňky a orgánů, založený na
kvantitativních experimentálních údajích. Tento model bude zahrnovat identifikaci a popis vývojových
procesů rostlin ovlivňovaných látkami hormonálního původu (identifikace vývojových změn bezprostředně
souvisejících se změnami v hormonální homeostázi), molekulární podstatu přenosu signálů vedoucích k
morfogenním projevům a jejich vzájemné interakce (identifikace genetických faktorů zahrnutých v regulaci a
přenosu morfogenních signálů, analýza transkripčních, translačních a post-translačních modifikací
zahrnutých do přenosu morfogenních signálů) a identifikaci a vysvětlení molekulární podstaty morfogenního
působení na buněčné úrovni (mechanizmy a morfogenní efekty spojené s přenosem auxinů i cytokininů přes
buněčnou membránu a analýza role specifických buněčných procesů - endocytózy, transportu buněčných
váčků a cytoskeletu a intracelulární kompartmentace obsahu fytohormonů a změn pH - v jednotlivých
morfogenních procesech).
knihách. Budou prezentovány na národních a mezinárodních konferencích a na webových stránkách Centra.
Samozřejmě budou zapracovány do závěrečné zprávy.
Tyto výsledky budou prezentovány na mezinárodní vědecké konferenci, která bude uspořádána v roce 2010
nebo 2011 (při/po ukončení práce centra) a bude zaměřena na řešenou problematiku.
Obecným kritickým předpokladem dosažení dílčího cíle V008 je -tak jako v případě celého projektu - stabilita
"vědeckého prostředí" a dostatečné financování. Riziko dosažení je rizikem platným pro jakýkoli základní
výzkum. Pro jeho efektivní minimalizaci bylo navrženo jak samo složení koncorcia z vhodných, metodicky a
"přístupově" se doplňujících subjektů, tak jsou navrhovány alternativní cesty k dosažení jednotlivých dílčích
cílů (např. alternativně vedle zcela nového přístupu lokální detekce bude postupováno klasickými
fluorescenčními metodami apod.). Na základě výsledků předchozích dílčích cílů bude možné dosáhnout i
cíle V008.
4. PLÁN PROJEKTU
4.1. Metodika řešení
Regulace morfogeneze u rostlin
Růst rostlin je výsledkem komplexních interakcí mezi geneticky daným vývojovým programem rostlinného
organismu a proměnnými faktory vnějšího prostředí. Buňky vyšších rostlin jsou nepohyblivé, nemohou tedy
aktivně opustit jednotlivá pletiva, jako je tomu v morfogenezi resp. ontogenezi živočichů. Základem růstu a
morfogeneze rostlin jsou striktně časoprostorově regulované procesy buněčného dělení, růstu, a tvarových
změn (buněčná morfogeneze) a posléze proces buněčné diferenciace. Všechny tyto procesy podléhají
složitému systému vzájemně koordinovaných regulací, který je zajišťován příjmem a přenosem signálů.
Většina z nich je přijímána na membránách a signál je dále přenášen speciálními přenosovými drahami,
které jsou propojeny s dynamikou buněčných struktur. Jedním z klíčových systémů, které regulují a integrují
morfogenezi, jsou fytohormony – rostlinami produkované nízkomolekulární signální molekuly. Pro
morfogenezi je samozřejmě nutný i fenomén směrování (polarity) buněčného růstu. Významnou, ne-li
klíčovou roli v utváření rostlinného těla hraje polární transport fytohormonu auxinu, který vytváří
nesymetrické prostorové a měnící se časové rozložení této signální molekuly (auxin v mnoha ohledech plní
u rostlin spíše funkci morfogenu). Auxin vždy působí v relaci k cytokininům (i dalším růstovým regulátorům) a
spolu pak vytvářejí velmi citlivě regulovaný morfogenní systém. Regulace morfogeneze u rostlin je tedy velmi
komplexní proces sestávající z mnoha dílčích, avšak vzájemně a na mnoha úrovních provázaných a na sobě
závislých procesů. Pochopení regulačních dějů podílejících se na buněčné morfogenezi vyžaduje propojení
poznatků získaných na řadě úrovní, zahrnujících mimo jiné:
funkce plasmatické membrány (PM);
regulace exocytózy, endocytózy a transportu mebránových váčků;
funkce cytoskeletu v udržování struktury a motility endomembránového systému;
úloha fosfolipáz (PL) v signálních drahách u rostlin;
a samozřejmě mechanismy podílející se na změnách a udržení homeostáze fytohormonů auxinového a
cytokininového typu.
Součástí metodického zázemí, které bude využíváno při řešení problematiky Centra, je:
• využití veřejně dostupných informačních zdrojů, zejména bioinformatické analýzy veřejně dostupných
genomových sekvencí a expresních dat (microarrays), na jejichž základě budou navrhovány konkrétní
experimentální strategie,
• využití genomických a proteomických přístupů ke studiu regulačních mechanizmů na úrovni genomu
(systematické vyhledávání mutací s efektem na regulaci exprese signálních genů) a proteomu (studium
změn rostlinného proteomu v odpověď na morfogenní stimulaci) pomocí specializovaných pokročilých
technologií (semiautomatický systém pro mikroskopickou analýzu, virtuální digitální mikroskopie, 2D gelová
elektroforéza, kapalinová chromatografie, MALDI-MS, LC-MSMS)
• příprava specifických genových konstruktů pro in vivo detekce/pozorování buněčných struktur,
• cílená konstrukce transgenních pokusných modelů – buněčných linií i celistvých rostlin,
• systémy transientní exprese genů v protoplastech a listech po agro-infiltraci,
• komplexní analýza transgenních rostlin včetně podrobného studia transkripce příslušných genů a genů markerů, jejichž transkripce je co nejméně proměnlivá během životního cyklu rostliny (tzv. housekeeping
geny),
• identifikace a charakterizace mutantů Arabidopsis,
• mikroskopie, včetně konfokální mikroskopie a analýzy obrazu, umožňující, zejména ve spojení s expresí
fluorescenčně značených proteinů, i funkční studie in vivo na buněčné úrovni,
• fluorimetrické metody umožňující kvantifikaci některých membránových dějů (endocytóza), sledování
dynamiky druhých poslů (vápenaté ionty) či sledování konformačních změn bílkovin,
• vývoj metod pro zdokonalení extrakce, čištění a stanovení cytokininů a auxinu, kyseliny abscisové a
prekurzoru etylénu,
• vývoj metod pro stanovení aktivity enzymů podílejících se na biosyntéze a metabolismu cytokininů,
• vývoj nových metod fluorescenční mikroskopické analýzy buněk, pletiv a organizmů,
• teoretické a experimentální poznatky v oblasti vláknově-optických chemických sensorů, technologie
speciálních optických vláken,
• sledování protein-proteinových interakcí v systému in vitro ("pull-down" rekombinantních proteinů,
chromatografické metody) a semi-in vivo pomocí kvasinkového dvouhybridního systému,
• snižování úrovně specifických mRNA pomocí vlásenek (RNAi, vhodné pro vegetativní část A. thaliana) a
trasfekce sekvenčně specifických oligonukleotidů (vhodné pro pyl),
Experimentální materiál a strategie:
Účinek většiny morfogenních faktorů na rostlinu má převážně pleiotropní povahu a důsledky a bývá tedy
obtížné rozlišit jeho mechanizmy prvotní, druhotné – a náhodné změny průvodní. Obtížnost studia i následné
interpretace výsledků je samozřejmě dána i komplexitou a růzností používaných experimentálních modelů.
Práce Centra se tedy soustředí na omezený počet experimentálních modelů, které budou využívány
paralelně všemi spolupracujícími laboratořemi.
Pro cytologické a biochemické studie bude jako základní model využíván tabák (Nicotiana tabacum L.).
Výhodným experimentálním systémem, značně jednodušším než celý mnohobuněčný rostlinný organismus,
jsou dobře růstově i cytologicky charakterizované buněčné linie, které mohou být využity k řadě simultánních
analýz molekulárních, biochemických i cytologických. Současně na nich lze studovat účinky různých látek
(zejména fytohormonů auxinového a cytokininového typu) na vývoj a morfogenezi rostlinných buněk, či
připravovat populace buněk synchronizovaných s ohledem na buněčný cyklus. Kromě standardní modelové
buněčné linie tabáku BY-2 (kde je již k dispozici databáze EST) bude využívána též linie VBI-0, odvozená v
laboratoři jednoho z členů týmu (Opatrný). Na obou liniích byly postupně adaptovány veškeré moderní
cytologické, biochemické a molekulární metody. Velmi účinným nástrojem v poslední době se stala cílená
transgenoze, umožňující studovat řadu procesů po cílené aktivaci či inaktivaci exprese konkrétních genů.
Obě buněčné linie v současnosti v laboratořích členů řešitelského týmu slouží mj. ke studiu transportu
auxinu ve vztahu k růstovému cyklu, působení auxinů na vlastnosti a dynamiku plasmatické membrány a
účinků abiotického stresu na strukturu a funkci cytoskeletu, a bylo u nich důkladně cytologicky i biochemicky
charakterizováno chování MT- i MF-cytoskeletu za standardních fyziologických situací, resp. během
standardní buněčné ontogeneze v průběhu subkultivačního intervalu. Ten je postupně charakterizován fází
„exponenciálního růstu“ kultury, v níž maximum buněčné populace opakovaně prochází mitózou, fází
stacionární (dloužení buněk) a případným nástupem buněčné senescence. Aplikací různých morfogenních
faktorů – a zejména fytohormonů – lze jednak velmi výrazně ovlivňovat dynamiku těchto fází (resp. dílčích
procesů, kupř. různých fází buněčného cyklu), jednak měnit orientaci buněčného růstu i dělení, navozovat
změny tvaru buněk i buněčných agregátů. Vzhledem k axialitě, resp. polaritě vyjádřené existencí buněčných
řetízků lze tyto modely považovat i za velice vhodný materiál při studiu polarity a morfogeneze; buněčné linie
tedy mohou sloužit i jako jednoduchý model pro studium některých aspektů ontogeneze. Cíleně
konstruované/selektované a zároveň komplexně charakterizované rostlinné buněčné linie mají v současnosti
také zásadní metodický význam pro další rozvoj „plant cell science“ a jejich příprava i experimentální využití
budou jedním z dílčích cílů projektu.
Kromě etablovaných buněčných linií budou využívány též krátkodobé kultury mesofylových protoplastů
tabáku, které lze snadno transformovat konstrukty příslušné DNA. Pro rychlé testování kvality GFP-fuzí
bílkovin i pro studium jejich lokalizace bude využívána transientní transformace infiltrací suspenze
Agrobacteria do listů in situ („agro-infiltrace“) – a to jak u N. tabacum, tak u příbuzného druhu N.
benthamiana, kde lze expresi vnesených genů zvýšit současnou expresí supresoru posttranskripčního
potlačování genové exprese p19 (který byl vyvinut v laboratoři prof. D. Baulcomba, JIC, Norwich). Tento
expresní systém je možno použít také jako eukaryotní alternativu k produkci funkčních rekombinantních
bílkovin v bakteriích.
Druhým hlavním modelovým organismem bude Arabidopsis thaliana – huseníček Thalův - krytosemenná
rostlina z čeledi brukvovitých, jejíž celý genom byl osekvenován a představuje dnes jedinečný molekulárně
genetický model pro studium základních otázek rostlinné biologie. Jednou z nejplodnějších možností jeho
využití je práce s mutanty (jak inzerčními, tak bodovými), u nichž poškození funkce jedné určité bílkoviny
umožňuje studovat funkce bílkovin v kontextu celého organismu; existuje několik veřejně přístupných sbírek,
ze kterých je možno objednat vybrané mutanty. V příštím roce bude také zpřístupněna evropská sbírka linií
Arabidopsis s potlačenou funkcí genů pomocí exprese antisense-konstruktů (projekt Agricola). Veřejně
přístupné jsou také sbírky osekvenovaných cDNA (EST i celé funkční cDNA) a neustále zpřesňované údaje
o jejich pletivově specifické expresi (údaje z experimentů s čipy DNA fy Affymetrix). Znalost predikovaného
proteomu pak umožňuje identifikace bílkovin v různých komplexech pomocí MALDI-TOF a to nejen u
samotné Arabidopsis, ale také blízce příbuzných rostlin (např. květáku). Od Arabidopsis byly také odvozeny
stabilní buněčné linie, které se spolu s tabákovými buněčnými liniemi výborně hodí k přípravě transgenních
buněk umožňujících podrobné analýzy vybraných bílkovin (např. jako GFP fuzí) v průběhu buněčného cyklu.
Výjimečně a v přesně zdůvodněných případech budou použity experimentální materiály jiné (např. druhy
rodu Brassica – řepka B. napus a květák B. oleracea - jakožto rostliny blízce příbuzné Arabidopsis a přitom
schopné poskytnout dostatek biomasy pro náročnější biochemické a proteomické studie), případně - mech
Physcomitrella patens (tento organismus se vyznačuje vysokou účinností homologní rekombinace
srovnatelnou se S. cerevisiae, která umožňuje cílenou manipulaci s jeho genomem a tedy eliminaci genů,
vnášení promotorů, příprava fúzních genů pod přirozeným promotorem apod.). Sekvence celého genomu by
měla být k dispozici do konce roku 2005. Výhodou je i haploidní stav gametofytu, který zaručuje projev i
recesivním mutacím. Ačkoli P.patens neumožňuje sledovat všechny děje na úrovni vyšších rostlin, její využití
bude nepochybně přínosem pro sledování buněčného cyklu, polarity a morfogeneze rostlinných buněk.
Pokusy budou prováděny s dostatečným počtem opakování a budou vyhodnocovány standardními, v oboru
používanými postupy. Na pravidelných setkáních řešitelů Centra budou získané výsledky diskutovány a
porovnávány s výsledky komplementárními nebo získanými alternativními cestami. Zde také budou získané
výsledky integrovány a podle výsledků v jednotlivých řešených oblastech a ve světové literatuře bude vždy
modifikováno směrování další práce. Tato koordinace směrování výzkumu v jednotlivých oblastech dá vznik
nové kvalitě, která by bez těsné spolupráce a koordinace nebyla myslitelná.
Časové schéma:
Základem pro úspěšnou práci Centra je
dílčí cíl V001: „Zavést fluorescenční kvantitativní metody pro sledování membránových dějů u rostlinných
buněk. Připravit transgenní linie nesoucích geny vztahující se k hormonálním signálům a geny pro
komponenty cytoskeletu a transportu váčků“.
Tento cíl představuje metodickou základnu Centra a výchozí bod pro navazující studie.
Nejdříve budou optimalizována fluorescenční měření rostlinných buněk na spektrofluorometru a konfokálním
i fluorescenčním mikroskopu s cílem zjistit omezení při měření suspenze tkáňových buněk v kyvetě nebo
buněk fixovaných na skle (autofluorescence buněk, životnost, značení živých buněk fluorescenčními
sondami). Dále bude vypracována metodika měření endocytózy rostlinných buněk (výběr vhodných sond –
Lucifer Yellow, sondy řady FM, fluorescenční deriváty dextranu) a měření internalizace kyseliny fosfatidové
značené fluorescenční sondou BODIPY.
Bude vypracována metodika měření detekce produkce volných kyslíkových radikálů (ROS) v buňce měřením
sond DCF (dichlorofluorescein) nebo dihydrokalceinu, případně měřením oxidace membránově vázané
kyseliny parinarové.
Bude zavedena metodika poměrového měření hladiny intracelulárního vápníku pomocí fluorescenční sondy
Fura2 a provedena kalibrace s cílem určovat absolutní koncentrace volného intracelulárního vápníku. Tyto
metody budou používány v dalších dílčích cílech (V002, V003) a autorsky chráněny publikací v
impaktovaných zahraničních časopisech.
Transgenní linie nesoucí geny vztahující se k metabolismu (pro biosyntézu a biodegradaci cytokininů, IPT a
CKX), transportu (vybrané geny rodiny PIN, MDR, AUX) či přenosu hormonálních signálů (ABP1) budou
získány pomocí transformace zprostředkované agrobacteriem nesoucím příslušné geny. Tyto geny budou
pod kontrolou indukovatelného promotoru (glukokortikoidy či estradiolem, případě v tet-represorovém
systému) a/nebo v translační fúzi s fluorescenčními proteiny či jinými značkami (HA-tag, MYC-tag). Po
selekci budou optimalizovány podmínky kultivace získaných linií (především z hlediska složení kultivačního
media).
K řešení tohoto dílčího cíle, ale též dílčích cílů dalších (V002, V004, V 005) budou připraveny genové
konstrukty a posléze transgenní buněčné linie tabáku (zejména rodiny BY-2) nesoucí markerové,
intragenově označené proteiny (translační fúze s fluorescenčními proteiny zvláště typu GFP). Takto budou
značeny zejména klíčové proteiny mikrotubulárního (tubulinového) a mikrofilamentárního (aktinového )
cytoskeletu, včetně některých proteinů asociovaných či interagujících. Etapa předpokládá mj. přípravu a
pozdější využití buněčných linií s volným GFP, GFP vázaným na tubulin, GFP – talin (asociující in vivo s
aktinem) a GFP –p21 – ARP 2/3 komplexem (také asociujícím s aktinovým CSK).
Získané buněčné linie budou základem pro další dílčí cíle a budou tvořit součást publikací v mezinárodních
recenzovaných impaktovaných publikací připravených na základě plnění těchto cílů.
Datum předpokládaného získání výsledků: 31.12.2007
Dílčí cíl V002: „Charakterizovat molekulární komponenty polárního transportu auxinů a jejich dynamiku na
plasmatické membráně.“
Přenašeče auxinů do buňky a z buňky a jejich kinetika budou studovány měřením akumulace radioaktivně
značených auxinů metodou podle Petrášek et al. 2003 (viz seznam publikací v části 2.7) a pomocí stanovení
hladin auxinů v buňkách pomocí dvourozměrné HPLC (Dobrev et al. 2005 – viz seznam publikací v části
2.7). V prvém a druhém roce řešení budou provedena základní kinetická měření a určena specifita
případných přenašečů na základě vytěsňování radioaktivně značených auxinů neradioaktivními strukturně
blízkými analogy auxinů u buněk modelových buněčných linií tabáku a A. thaliana. Současně bude s
využitím stejné metodiky popsána citlivost vůči specifickým inhibitorům přenašečů auxinů do buňky a z
buňky a bude charakterizováno působení těchto látek na struktury cytoskeletu a na regulační proteiny
transportu proteinů váčky. Lokalizace přenašečů auxinů na plasmatické membráně a jejich dynamika in vivo
bude charakterizována v návaznosti na dílčí cíl V001 – tedy na přípravu příslušných transgenních linií
(translační fúze s fluorscenčními proteiny či s „tagy“). Alternativně bude lokalizace těchto přenašečů určena
metodou nepřímé imunodetekce a jejich dynamika stanovena pomocí metod měření endocytózy pomocí
sond vypracované v rámci další části dílčího cíle V001. V dalších letech řešení projektu bude obdobným
způsobem charakterizována aktivita přenašečů auxinů u příslušných transgenních linií (PIN, PaLAX, MDR,
atd.) a jejich dynamika v relaci k interním hladinám auxinů. Kapacita transportních procesů bude korelována
s aktuálním fyziologickým stavem buněčné populace a vztažena k počátku či průběhu morfogenních
procesů.
Pro řešení tohoto dílčího cíle bude dále rozšířeno spektrum transgenních linií značených fluorescenčními
proteiny interagujícími zvláště s aktinovým cytoskeletem. Alternativně bude ověřena použitelnost viabilních
fluorescenčních sond, značících cytoskeletální struktury s potenciální transportní funkcí. Významnou
metodickou součástí řešení bude aplikace vybraných cytoskeletálních jedů, se schopností pulsní inaktivace
CSK struktur buď jejich reversibilním rozpadem nebo naopak nežádoucí stabilisací ( a tím blokádou
funkčního turn- overu).
Výsledky budou publikovány v mezinárodních recenzovaných imptaktovaných časopisech.
Dílčí cíl V003: „Charakterizovat proteiny, které u rostlin interagují s transportem buněčných váčků, a jejich
úlohu v řízení transportu buněčných váčků“
V počátcích řešení projektu budou charakterizovány vybrané podjednotky komplexu exocyst, isoenzymy
fosfolipázy D (PLD) a regulátory Rab GTPáz (inzerční mutanty A. thaliana, podrobná analýza fenotypu za
normálních i stresových podmínek, charakterizace odpovídajících cDNA a jejich klonování do vektorů pro
expresi v bakteriích, v rostlinách i pro expresi ve fuzi s GFP, apod.). Dále budou připraveny rekombinantní
proteiny a budou testovány protein-proteinové interakce. Budou připraveny modifikované antisenseoligonukleotidy odvozené od PLD exprimovaných v pylu (možnost specificky inhibovat jednotlivé typy PLD a
sledovat jejich vliv na buněčnou expanzi a cytoskelet). Budou též připraveny konstrukty pro snížení hladiny
specifické mRNA (RNAi).
V letech 2007-8 bude charakterizován komplex exocyst příp. komplexy obsahující PLD u vybraných mutantů
a transgenů jako celku ve vztahu k morfogenezi buňky. V závislosti na výsledcích bude u vytipovaných
bílkovin provedena proteomická analýza ve spolupráci s dalšími laboratořemi centra. Budou připraveny
transgenní buněčné linie exprimující geny pro možné efektory a interaktory GTPáz a bude provedena hlubší
analýza mutantních linií příp. jejich kříženců. U vybraných mutantů křížení s rostlinami Arabidopsis
exprimujícícimi „sekretorické“ GFP bude možno specificky identifikovat defekty v sekretorické dráze. Bude
provedena kvantitativní charakterizace procesu endocytózy. Budou eliminovány vybrané geny v organismu
Physcomitrella patens a bude provedena fenotypická charakterizace získaných transgenů.
2009: v závislosti na získaných výsledcích bude dokončena práce z let předchozích a perspektivní směry
výzkumu budou rozvíjeny tak, aby byly úkoly stanovené v dílčím cíli splněny co nejlépe.
Výsledky budou publikovány v mezinárodních recenzovaných impaktovaných časopisech.
Dílčí cíl V004: „Charakterizovat struktury cytoskeletu a jejich úlohu v dílčích morfogenních procesech.“
Bude popsána úloha cytoskeletu v dílčích morfogenních procesech, souvisejících s působením fytohormonů,
dynamika změn tubulinového a aktinového cytoskeletu během buněčného cyklu, procesy jeho přestaveb,
reorientace, de novo nukleace jeho stavebních složek.
Bude objasněna role Ran GTPáz v organizaci rostlinných mikrotubulů:
Budou charakterizovány Ran GTPázy a s nimi interagující proteiny u rostlin. Práce bude zaměřena
především na proteiny, které jsou u ostatních eukaryotických organismů nezbytné pro nukleaci a organizaci
mikrotubulů, jako RanBPM a RCC1. Budou prováděny imunolokalizační a kolokalizační studie a
biochemické analýzy. Spolu s technikami frakcionace, elektroforézami a následnými W. bloty bude
objasněna distribuce Ran GTPáz v buňkách, jejich vzájemné interakce a kolokalizace s cytoskeletem (r.
2006-2007).
Budou provedeny funkční nukleační eseje pro zjištění vlivu Ran GTPáz a interagujících proteinů na nukleaci
a organizaci mikrotubulů in vitro (r. 2006-2007).
Budou klonovány Ran GTPázy z Arabidopsis, budou exprimovány RNAi- a GFP-verze vybraných proteinů v
buněčných kulturách a rostlinách Arabidopsis a bude popsán fenotyp příslušných transgenních linií. Bude
získána At T-DNA mutantních linií (r. 2006-2007).
Charakterizace materiálu získaného v předchozích etapách: budou provedeny biochemické analýzy
interakce RanGTP proteinů, a funkční eseje k prověření role RanGTPáz v nukleaci a organizaci mikrotubulů.
Linie s membránovými kompartmenty a cytoskeletálními proteiny značenými GFP budou využity ke studiu
interakce RanGTPáz s membránami a cytoskeletem in vivo (FRET techniky). Funkční analýza těchto
vybraných signalizačních molekul po působení exogenních růstových regulátorů či jejich inhibitorů u
zvolených transformantů bude prováděna se zřetelem na polaritu růstu a dělení buněk (r. 2007-2009).
Dílčí cíl V005: „Charakterizovat úlohu vybraných signálních drah se zřetelem na regulaci morfogeneze
rostlinné buňky.“
V letech 2006-2009 budou připraveny a charakterizovány inzerční (T-DNA) mutanty A. thaliana s
nefunkčními geny kódujícími jednotlivé isoenzymy fosfolipázy D (PLD), fosfolipázy C (PLC) a
fosfatidylinositol-4-kinázy (PI-4 K). Příprava násobných mutantů a jejich komplexní analýza vzhledem k jejich
úloze v signálních drahách cytokininů a auxinů.
V letech 2006-2008 budou charakterizovány fosfolipázy účastnící se přenosů signálů cytokininů resp. auxinů
včetně měření aktivit fosfolipáz in vitro a in vivo (za použití fluorescenčně a radioaktivně značených
substrátů), bude popsán vliv inhibitorů jednotlivých fosfolipáz na přenos cytokinového signálu a bude
sledována exprese fosfolipáz po aplikaci cytokininů nebo auxinů.
V letech 2008-2010 budou sledovány a charakterizovány interakce fosfolipáz s cytoskeletálními proteiny
aktinem a tubulinem pomocí vazebných testů in vitro GST-PLX fragmentů s rostlinným aktinem či tubulinem.
Fosforylace resp. glykosylace vytypovaných PL bude sledována pomocí kombinace biochemických přístupů
(např. použití inhibitorů kináz, fosfatáz atd.) a hmotové spektrometrie MALDI-TOF. U kovalentně
modifikovaných PL bude zpětně testována fosfolipázová aktivita a interakce s cytoskeletem.
V prvním roce řešení bude připravena knihovna mutantů v M2 generaci za použití již existující transgenní
linie, nesoucí gen uidA pod kontrolou promotoru genu CKI1. K realizaci této části řešení bude využit nový
skleník s úplnou automatickou kontrolou klimatu (celkem 112 m2 kultivační plochy). V dalším roce bude
probíhat histochemická analýza mutantních linií (GUS barvení, příprava preparátů pro mikroskopii) a
vyhodnocování expresního vzorce pomocí semiautomatického systému virtuální digitální mikroskopie „.slide“
zakoupeného z prostředků projektu. Ve třetím roce řešení projektu budou nalezené mutantní linie mapovány
(fragmentační analýza, mapování pomocí molekulárních markerů s přesnou polohou na genetické mapě,
„map-based cloning“). K tomuto účelu budou použity automatické genetické analyzátory. Identifikované geny
pak budou v průběhu 4. a 5. roku projektu dále podrobněji charakterizovány (identifikace expresních vzorců,
izolace nezávislých mutantních linií pomocí vyhledávání v elektronických databázích, analýza mutantních
fenotypů a postulace modelů pro molekulární mechanizmus účinku regulace exprese genu CKI1). Tato část,
včetně mapování mutantů, bude doplňkově pokryta studenty (diplomanty i doktoranty) a bude tak důležitou
součástí vědecké výchovy na MU.
V prvním roce trvání projektu bude také dokončena práce na přípravě transgenních linií s konstitutivní a
regulovatelnou expresí genů podílejících se na biosyntéze a biodegradaci cytokininů a provedena
optimalizace podmínek pro izolaci a identifikaci fosforylovaných proteinů z rostlin. V dalších letech pak
budou analyzovány změny v proteomu transgenních linií na odpověd v manipulaci endogenních hladin
cytokininů. Obdobně budou zkoumány změny proteomu rostlin (zejména modelového organismu A. thaliana)
na exogenní stimulace prostřednictvím morfogenních faktorů (cytokininů i auxinů). Pomocí kapalinové
chromatografie bude provedena částečná frakcionace rostlinných proteinových lyzátů a následná analýza
pomocí 2D-elektroforézy nebo přímo MS. Analýza proteomu bude prováděna především se zřetelem na
identifikace změn v signálních procesech spojených s posttranslačními modifikacemi proteinů, především
fosforylací, které budou analyzovány pomocí specifických fluorescenčních barvení 2D-gelů a MS-analýzy. V
těchto experimentech bude pozornost soustředěna na analýzu přenosu fosfátu v dvoukomponentních
systémech, jejichž role v přenosu cytokininového signálu již byla genetickými metodami prokázána, nicméně
podrobná biochemická charakteristika stále chybí. Zároveň budou analýzou širší části proteomu
identifikovány nové proteiny zúčastňující se regulačních procesů v odpovědi na morfogenní hormonální
stimulaci.
Specifita cytokininových receptorů z A. thaliana, tedy histidinových kináz AHK2, AHK3 a CRE1/AHK4, bude
určena pomocí vazebných a vytěsňovacích studií s použitím různých derivátů cytokininů syntetizovaných
pracovníky Centra, a bude mapována jejich exprese a dimerizace. Budou studovány vztahy mezi strukturou
a aktivitou nových cytokininových derivátů a jejich antagonistů na receptorové úrovni. Krystalová struktura
receptorů bude studována pomocí rentgenostrukturní analýzy. Cestou afinitní chromatografie na bázi
imobilizovaných cytokininů budou izolovány a následně sekvenovány (Maldi, Q-Tof) další cytokinin-vázající
proteiny.
Dílčí cíl V006: „Zavést a optimalizovat optické metody lokální detekce fyzikálně-chemických veličin s velmi
jemným prostorovým rozložením pro studium buněčných struktur“
Pro studium morfogeneze rostlinných buněk a orgánů je důležité poznat a popsat tok auxinů přes
plasmatickou membránu buněk. Auxiny jsou slabé kyseliny, takže směr i intenzita jejich toku jsou závislé na
pH uvnitř (v organelách) a vně buňky. Protože buňky mají rozměry v rozmezí ~20-100 µm a pH je třeba
změřit lokálně v živé buňce, bude se výzkum v rámci tohoto dílčího cíle Centra zabývat metodologií pro
lokální optickou mikrodetekci pH v buněčných strukturách v podmínkách in vivo.
Systémy pro detekci pH dodavatelsky dostupné v současnosti obvykle nepracují na optických principech a
lze je charakterizovat detekcí relativně velkými rozměry detekčních prvků (v řádu desítek až stovek
mikrometrů, např. Diamond Electrodes aj.). Pro výzkum v rámci Centra byl proto zvolen přístup využívající
vláknově-optickou detekci, která nabízí detekci v oblastech o rozměrech na úrovni jednoho mikrometru,
popř. i menší. Pro realizaci tohoto přístupu je navrženo využití detekčních optických vláken, které mají ve
své určité části tvar válcového kónusu (taperu) s konečným rozměrem na požadované úrovni. Na konci
kónické části optického vlákna se nachází vlastní detekční místo senzoru, kde je zachycen opticko-chemický
převodník reagující vlastními optickými změnami (změna intenzity optické absorpce, fluorescence,
fluorescenční doby života) na změny pH v těsném okolí detekčního místa. Tyto optické změny jsou
detekovány s využitím světla, které se šíří v detekčním vlákně. Princip uvedeného přístupu včetně
modelových pokusů zejména v objemových vzorcích byl v několika málo literárních odkazech již popsán,
požadovaná taperovaná vlákna však nejsou komerčně dostupná a tedy využití této metodologie pro studium
buněk znamená synergickou kombinaci vlastních zkušeností s výzkumem speciálních senzorových vláken s
poznatky z literatury.
Z hlediska časového se v prvních dvou letech činnosti Centra plánuje implementace teoretických metod pro
popis šíření světla ve vláknových taperech, vypracování metod pro přípravu taperovaných vláken na základě
křemenných vláken, identifikace vhodných absorpčních převodníků pro měření v požadovaném rozsahu pH,
metody jejich imobilizace na konec kónické části vlákna (fotopolymerizace, sol-gel metoda), vývoj metod
měření změn optické absorpce v důsledku změn pH. Dílčím výsledkem výzkumu budou vzorky taperovaných
senzorových vláken, jejichž vlastnosti budou testovány v modelových pokusech v objemových vzorcích i na
buňkách.
V dalších dvou letech bude metodika měření pH s využitím absorpčních opticko-chemických převodníků
rozšířena na převodníky fluorescenční a výzkum bude zaměřen na faktory určující citlivost a časovou
odezvu detekce (teplota, iontová síla, způsob imobilizace převodníku). V této fázi řešení budou pro detekci
využívána spektrální měření, jejichž výsledky budou využity pro vývoj původní detekční sestavy využívající
laditelných barevných filtrů. Budou rovněž zkoumány možnosti dalšího snížení rozměru detekčního místa. U
dosažených výsledků se předpokládá zejména jejich publikace v časopisech, ochrana patentová bude
zvažována zejména za předpokladu změny podmínek patentové ochrany v ČR a EU.
V závěrečných letech plánované činnosti Centra bude uvedená metodologie dále zpřesňována na základě
výsledků měření na vzorcích rostlinných buněk a měla by tak vyústit do definované experimentální
laboratorní metodiky.
Dílčí cíl V007: „Poznat a charakterizovat mechanizmy homeostáze fytohormonů auxinového a
cytokininového typu ve vztahu k regulaci morfogeneze.“
Narušení a následné ustavování hormonální homeostáze bude sledováno na rostlinách Arabidopsis a
tabáku s konstitutivně či dočasně zvýšenou expresí genů pro biosyntézu (isopentenyltransferáza) a
metabolismus (cytokininoxidáza/dehydrogenáza, β-glukozidáza, zeatin-O-glukozyltransferáza) cytokininů. V
intaktních rostlinách, buněčných suspenzích a/nebo v izolovaných organelách bude sledována dynamika
změn hladin cytokininů a změny jejich poměru k auxinu, které jsou určující pro další směr vývoje buněk. Dále
bude stanoven vliv exprese vybraných genů na změny v hladinách cytokininů. Pro tyto účely jsou k disposici
vektory a transformované rostliny nesoucí příslušné geny pod silným konstitutivním promotorem (35S) a
promotory indukovatelnými alkoholem a glukokortikoidy. Ke stanovení cytokininů a auxinu bude použito
metod vyvinutých v ÚEB (Dobrev and Kamínek, J. Chromatog. A 950: 21, 2000; Dobrev et al. 2004 – viz
seznam publikací). Aktivita CKX bude stanovena metodou založenou na stanovení rychlosti degradace
radioaktivně značených cytokininů (Motyka et al. 2003 – viz seznam publikací) a na spektrofotometrickém
stanovení aldehydu odštěpeného postranního řetězce (Frébort et al. Anal. Biochem. 306:1-7, 2002). Aktivita
beta-glukosidázy bude stanovena spektrofotometricky pomocí fluorogenního substrátu. Bude zhodnocen vliv
navozených změn v hladinách cytokininů a jejich poměru k auxinu na změny fenotypu (kořenový systém
rostlin Arabidopsis kultivovaných na kolmých agarových mediích doplněných různými koncentracemi
sledovaných růstových látek).Výsledky budou integrovány do navrženého modelu regulace hladin cytokininů
ve vztahu k auxinu a jeho funkčního zapojení do řízení morfogenních procesů.
Mechanismus přenosu cytokininů z buňky a do buňky a jeho kinetika budou studovány měřením akumulace
radioaktivně značených cytokininů a jejich derivátů (včetně nových derivátů cytokininů připravených v ÚEB
AVČR) metodou podle Petrášek et al. 2003 (viz seznam publikací) a pomocí stanovení spektra cytokininů v
buňkách pomocí LC/MS (Dobrev and Kamínek, J. Chromatog. A 950, 21, 2000). V prvém a druhém roce
řešení budou provedena základní kinetická měření a určena specifita případných přenašečů na základě
vytěsňování radioaktivně značených preparátů „základních“ cytokininů (zeatin, isopentenyladenin a
benzyladenin) neradioaktivními deriváty dalších cytokininů u buněk modelových buněčných linií tabáku a A.
thaliana. Poté budou obdobným způsobem charakterizovány i linie transgenní se změněnými hladinami
interních cytokininů. Kapacita transportních procesů bude korelována s aktuálním fyziologickým stavem
buněčné populace a vztažena k počátku či průběhu morfogenních procesů.
V prvním roce projektu budou provedeny mikroskopické analýzy vlivu exogenních hormonů (především
cytokininů) na intracelulární distribuci auxinů v kořeni transgenních linií nesoucích konstrukt DR5rev::GFP
pomocí sledování expresního vzorce markerového genu (GFP) pod kontrolou auxinem indukovatelného
elementu (DR5rev) in vivo. Dále bude provedena analýza vlivu exogenních i endogenních cytokininů na
expresi genů zúčastňujících se transportu auxinu (vybraní členové genové rodiny PIN1-PIN8) a to jak na
úrovni sledování aktivity promotorů PIN genů, tak i pomocí sledování změn lokalizace PIN proteinů
(imunolokalizací). Tyto studie (vliv cytokininů na expresi genů PIN) budou prováděny ve spolupráci s Dr.
Jiřím Frimlem a Dr. Evou Benkovou z Universität Tübingen. Konečně vliv cytokininů na auxinový transport
bude kvantifikován pomocí analýzy akumulace radioaktivně značeného auxinu (NAA) v buňkách tkáňových
kultur tabáku (BY-2) a to jak u transgenních linií nesoucích genový konstrukt pro regulovatelnou expresi
vybraných členů genové rodiny PIN, tak u linií standardního typu. První publikovatelné výsledky lze očekávat
již během prvního roku řešení projektu.
Regulace distribuce auxinu endogenními cytokininy bude studována s využitím systému chemicky
regulovatelné exprese transgenů (Craft et al., Plant J. 41: 899; Šámalová et al. 2005 – viz seznam publikací
v části 2.7.) a reporterového konstruktu DR5rev-GFP (Benková et al., 2003 – viz seznam publikací v části
2.7.). Gradienty auxinu budou analyzovány v průběhu a po indukci exprese izopentenyltransferázy a
cytokininoxidázy/dehydrogenázy v různých vývojových stádiích kořene A. thaliana.
Interakce cytokininů s dalšími hormony (auxin, ethylen, ABA) na metabolické úrovni budou zkoumány s
využitím systému chemicky regulovatelné exprese transgenů (Craft et al., Plant J. 41: 899; Šámalová et al.
2005 – viz seznam publikací v části 2.7.) zejména u A. thaliana a částečně u Nicotiana tabacum. Hlavními
použitými transgeny budou geny kódující izopentenyltransferázu a cytokininoxidázu/dehydrogenázu. V
průběhu indukce a po jejím ukončení bude sledována dynamika změn metabolitů cytokininů, hladin IAA,
ABA a ACC pomocí LC/MS (Dobrev and Kamínek, J. Chromatog. A 950, 21). Obdobně bude studován vliv
ektopické exprese beta-glukozidáz, které hrají roli v regulaci hladin cytokininů mechanizmem reverzibilní
konjugace.
Jednotlivé beta-glukozidázy identifikované v genomu Arabidopsis tahaliana budou exprimovány v
heterologním expresním systému a bude stanovena jejich aktivita vůči cytokinin-O-glukozidům in vitro.
Analýza aktivních center rostlinných beta-glukozidáz schopných uvolňovat cytokininy z jejich O-glukozidů
povede k identifikaci aminokyselinových zbytků podílejících se na determinaci specificity vůči těmto
substrátům. Biologická funkce těchto enzymů bude studována s využitím inzerčních mutant a ektopické
exprese v transgenních rostlinách.
Dílčí cíl V008: „Integrovat všechny poznatky získané při řešení různých aspektů projektu a zkonstruovat
model regulace morfogeneze rostlinné buňky a orgánů.“
Data získání výsledků dílčích cílů V002-V007 jsou shodná. Neznamená to však, že po dobu dvou až tří let
řešení projektu nebudou získány dílčí výsledky jednotlivých dílčích cílů. Naopak, průběžně získávané dílčí
výsledky (nebo odvozené linie apod.) jednoho dílčího cíle budou okamžitě použity na řešení ostatních dílčích
cílů. Postupně získávané výsledky budou postupně integrovány a krok po kroku bude vytvářen model
morfogeneze rostlinné buňky. Poslední rok řešení je pak vyčleněn na integraci všech získaných výsledků a
na experimentální ověřování tohoto modelu.
Výsledky budou publikovány v mezinárodních recenzovaných vědeckých časopisech. Velká pozornost bude
rovněž věnována ochraně "know-how". Ta bude zajištěna cestou mezinárodně chráněných patentů
podávaných buď u nás, nebo i v zahraničí. Věříme, že se nám podaří jako doposud zajistit i odpovídající
licenční partnery.
4.2. Řešitelská pracoviště
4.2.- A) Seznam jednotlivých pracovišť centra
Ústav experimentální botaniky AV ČR (příjemce - koordinátor).
Univerzita Karlova v Praze (příjemce). Přírodovědecká fakulta: Katedra fyziologie rostlin, Katedra genetiky a
mikrobiologie.
Masarykova univerzita v Brně (příjemce). Přírodovědecká fakulta, Oddělení funkční genomiky a proteomiky.
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (příjemce). Fakulta potravinářské a biochemické technologie, Ústav
biochemie a mikrobiologie.
Mendelova zemědělská a lesnická univerzita (příjemce). Agronomická fakulta.
Ústav radiotechniky a elektroniky AVČR (příjemce). Sekce fotoniky.
4.2.- B) Zdůvodnění sdružení výše uvedených pracovišť do centra
Projekt propojuje špičková domácí pracoviště řešící vzájemně komplementární směry výzkumu regulace morfogeneze
rostlin a tento výzkum kombinuje s moderními analytickými přístupy rozvíjenými v progresivní oblasti fotoniky. Tato
pracoviště pokrývají výzkum v oblastech rostlinné cytologie (ÚEB, PřF UK), regulace vývoje rostlin látkami hormonálního
typu (ÚEB, MZLU, MU) a biochemie signálních drah (VŠCHT, ÚEB). Vzhledem k tomu, že biologický výzkum se
neobejde bez přesné analýzy fyzikálně chemického prostředí buňky, jsou řešitelská pracoviště doplněna o pracoviště
zabývající se vývojem senzorů,které budou využity k měření pH a dalších charakteristik buněčného prostředí (ÚRE).
Propojení těchto pracovišť v rámci Centra povede k úzké vzájemné komunikaci a tím i k lepšímu využití stávajícího
know-how i technického vybavení, což povede k vyšší efektivitě práce. Sdílení zahraničních kontaktů jednotlivých
subjektů se špičkovými zahraničními pracovišti dá lepší základ k užší spolupráci s nimi. Vzhledem k již existující bohaté
mezinárodní spolupráci jednotlivých pracovišť lze očekávat i zvýšení počtu řešených mezinárodních projektů a projektů
řešených společně se zahraničními partnery, další nárůst počtu výměn vědeckých pracovníků a studentů, účast na
mezinárodních projektech pro vzdělávání studentů, užší začlenění Centra jako celku do mezinárodních vědeckých
projektů a v neposlední řadě i zvýšení konkurenceschopnosti jednotlivých pracovišť i Centra jako celku v evropském i
světovém výzkumném prostoru. Výsledkem bude vyšší efektivita práce, vzájemná inspirace pro další pokračování
výzkumu, etablování nových mezioborových přístupů a zvýšení počtu publikovaných výsledků v mezinárodně
uznávaných (impaktovaných) časopisech či dalších odborných publikacích.
Partneři v centru se vzájemně doplňují a jejich sdružení v centru bude logickým pokračováním jejich dlouhodobé
spolupráce. Uzké a institucionálně zakotvené propojení partnerů jim umožní využívat intelektuální zázemí i přístrojové
vybavení, které by jinak bylo obtížně dostupné. Důkazem vzájemné komplementarity, ale i vzájemné závislosti partnerů
jsou mnohé publikace zahrnující pracovníky různých pracovišť sdružených v centru.
Centrum sdružuje tři vysokoškolská pracoviště se třemi pracovišti AVČR (akreditovanými pro postgraduální studium),
což povede k vyšší integraci i v oblasti výuky a k zapojení studentů do integrovaného základního výzkumu molekulární
biologie, biochemie, cytologie a fyziologie
4.2.- C) Působiště centra
Ústav experimentální botaniky AV ČR, Rozvojová 135, 16502 Praha 6 - Lysolaje
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (příjemce). Fakulta potravinářské a biochemické
technologie, Ústav biochemie a mikrobiologie.
4.2.1. - Popis pracoviště subjektu centra - Vysoká škola chemicko-technologická v
Praze
Název pracoviště
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (příjemce). Fakulta potravinářské a biochemické technologie, Ústav
biochemie a mikrobiologie.
Popis pracoviště podílejícího se na činnosti centra , jeho lokalizace a popis prostor
vymezených pro jeho činnost
Činnost centra bude realizována na Ústavu biochemie a mikrobiologie Fakulty potravinářské a biochemické technologie
VŠCHT Praha v laboratoři rostlinné enzymologie.
Centrum bude využívat 3 laboratoře (B207, B234 a S 91) a pomocné prostory (autoklávovnu, kultivační a očkovací boxy
vymezené pouze pro práci s rostlinným materiálem), kterými ústav disponuje
Vztah problematiky výzkumné činnosti Centra základního výzkumu k výzkumnému
zaměření pracoviště podílejícího se na činnosti Centra a jeho souvislost s jeho
dlouhodobým rozvojem
Uchazeč zaujímá jako vysoká škola významné místo v oblasti základního i aplikovaného výzkumu a řešitelské pracoviště
(ústav biochemie a mikrobiologie) se dlouhodobě věnuje studiu struktury a funkce biomolekul a s tím spojených
interakcí. Výzkumná problematika navrhovaného projektu je zcela v souladu se zaměřením výzkumné činnosti uchazeče
zakotvené v dlouhodobém záměru.
Dosavadní podíl pracoviště podílejícího se na činnosti centra na řešení
problematiky výzkumné činnosti Centra základního výzkumu v národním a
mezinárodním kontextu
Řešitelské pracoviště se řadu let zabývá studiem fyziologické funkce fosfolipáz a jejich regulace. Poprvé bylo u rostlin
prokázáno, že fosforylace je možným regulačním mechanismem tohoto enzymu.
Ve spolupráci s franc. laboratoří bylo zahájeno studium funkce jednotlivých isoforem (T-DNA mutantní linie). Byla
navázána spolupráce s pracovištěm S2 na problematice interakce jednotlových isoforem PLD s cytoskeletárními
proteiny.
V roce 2001 bylo pracoviště vybaveno hmotnostním spektrometrem pracujícím na principu MALDI-TOF, který je od té
doby využíván v několika směrech biochemického výzkumu:
a) Identifikace proteinů (proteomika) ve spolupráci s Ústavem hematologie a krevní transfuze hledání abnormálních
fibrinogenů, identifikace jednotlivých isoforem fosfolipázy D apod.,
b) Studium prostorového uspořádání proteinů pomocí chemických modifikací povrchových skupin,
c) Identifikace posttranslačních modifikací proteinů,
d) Zdokonalování metod hmotnostní spektrometrie. (Viz citace uvedené v části D)
Experimentální přístupy ad a - c mohou podstatným způsobem přispět k metodické základně navrhovaného projektu.
Vymezení předmětu výzkumné činnosti pracoviště podílejícího se na činnosti centra
a její předpokládané výsledky pro období 5 let
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze patří svou velikostí i rozsahem výzkumné činnosti k předním světovým
vědeckým institucím, které se zabývají chemií a příbuznými obory. Po celou dobu své existence těžila z úzké spolupráce
pracovníků základních chemických oborů s pracovníky aplikovaného výzkumu. Rozdělení školy na jednotlivé fakulty je
spíše administrativně-organizační povahy a dovoluje nejužší vědecké kontakty všech pracovníků školy.
Fakulta potravinářské a biochemické technologie (FPBT) je t.č. největší fakultou VŠCHT co do počtu studentů. Vědeckovýzkumná činnost je integrální součástí života fakulty. Probíhá v širokém spektru základního i aplikovaného výzkumu a
je zajišťována získáváním grantů ve veřejných soutěžích, zakázek od průmyslové sféry a v menší míře i vnitřním
grantovým systémem VŠCHT. Vysoká úroveň výzkumu může být dokladována vysokou úspěšností předních pracovníků
fakulty v získávání mezinárodních i tuzemských grantů. Fakulta byla a je zapojena do mezinárodních grantů (TempusPhare, Copernicus, COST, Česko-americký program), do projektů GA ČR a do programů jiných agentur (např.
Ministerstva hospodářství, Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy, Ministerstva zemědělství, Ministerstva životního
prostředí).
Ústav biochemie a mikrobiologie je největším ústavem FPBT. Každý rok je absolvuje přibližně 30 studentů
magisterského (inženýrského) studijního oboru Obecná a aplikovaná biochemie. V současné době zde studuje asi 50
doktorandů presenčního i distančního studia. Pracovníci ústavu spolu se studenty se podílejí na řešení řady problémů
základního i aplikovaného výzkumu, zaměřeného na biochemii a mikrobiologii, např.:
• Studium struktury a možností využití enzymů z psychrofilních mikroorganismů
• Využití moderních imunochemických technik pro stanovení buněčných patogenů a nízkomolekulárních polutantů
• Stanovení toxicity látek pomocí lidských epitheliálních buněk
• Využití metod hmotnostní spektrometrie pro studium prostorového uspořádání bílkovin
• Studium morfogeneze retrovirálních kapsid.
• Studium metabolismu PCB a PAH v rostlinných buňkách a v mikroorganismech
• Odstranění PCB a PAH ze životního prostředí biologickými systémy - konsorcii mikroorganismů a rostlin
Pracoviště řešitele se dlouhodobě zabývá studiem fosfolipidové signální dráhy u rostlin.
Předpokládaným výsledkem činnosti pracoviště v rámci navrhovaného centra bude identifikace a objasnění úlohy
fosfolipáz v regulaci morfogeneze rostlinné buňky, zejména ve vztahu k cytoskeletu.
Popis výzkumné činnosti pracoviště podílejícího se na činnosti centra v níž už
dosáhlo prokazatelné výsledky
Dosavadní výzkum pracoviště byl zaměřen na isolaci a charakterisaci fosfolipasy D v brukvovitých rostlinách (B.napus a
B. oleracea), in vitro byly identifikovány biochemicky odlišné isoformy této mnohočetné skupiny. Poprvé byla prokázána
u rostlin regulace aktivity jedné z isoforem fosforylačním mechanismem. Modifikace byla potvrzena hmotnostní
spektrometrií. Dále byla prokázána účast PLD a PLC v časné odezvě na působení induktorů resistence (SA, BTH,
MeJA), v buněčné kultuře A.thaliana pak účast PI4kinasy v tomto procesu.
V roce 2001 bylo pracoviště vybaveno hmotnostním spektrometrem pracujícím na principu MALDI-TOF, který je od té
doby využíván v několika směrech biochemického výzkumu:
a) Identifikace proteinů (proteomika) ve spolupráci s Ústavem hematologie a krevní transfuze hledání abnormálních
fibrinogenů, identifikace jednotlivých isoforem fosfolipázy D apod.,
b) Studium prostorového uspořádání proteinů pomocí chemických modifikací povrchových skupin,
c) Identifikace posttranslačních modifikací proteinů,
d) Zdokonalování metod hmotnostní spektrometrie.
Experimentální přístupy ad a - c mohou podstatným způsobem přispět k metodické základně navrhovaného projektu.
Strategie zapojování pracoviště podílejícího se na činnosti centra do sítí elitních
evropských výzkumných pracovišť v kontrolovatelných etapách
Dlouholetá spolupráce s francouzským pracovištěm Laboratoire de physiologie cellulaire et moleculaire, Univ. Jussieu
Paris 6, UMR 7632 by měla nejpozději do dvou let umožnit společné zapojení do programů EU (6. případně 7. RP).
Spolupráce s Institute für biotechnologie, Martin-Luther-Universität, Halle-Wittenberg je zatím založena na bilaterální
dohodě umožňující pouze krátkodobou jednorázovou stáž. V rámci centra předpokládáme prodloužení této smlouvy v
únoru 2005 na dobu trvání centra a tím vznikne prostor pro opakované pobyty zejména doktorandů na uvedeném
pracovišti.
Přehled dosavadní zahraniční spolupráce ve výzkumu a vývoji pracoviště
podílejícího se na činnosti centra
•A. Zachowski, J.-C. Kader (Laboratoire de physiologie cellulaire et moleculaire, Univ Jussieu Paris 6, UMR 7632)
Spolupráce na studiu funkce isoforem PLD, společné projekty Copernicus, Barrande
•L. Bezáková (Katedra bunkovej a molekulárnej biológie liečiv, Farmaceutická fakulta UK, Bratislava, isolace a
charakterisace PLD z Papaver somniferum
•R. Ulbrich Hoffmann (Institute für biotechnologie, Martin-Luther-Universität, Halle-Wittenberg), exprese proteinů
•G.A. Romanov (Ústav rostlinné fyziologie Ruské akademie věd, Laboratoř růstu a vývoje rostlin, Moskva), úloha PLD v
mechanismu účinku cytokininů
Stávající materiálně technické podmínky na pracovišti podílejícího se na činnosti
centra pro činnost Centra základního výzkumu
Laboratoře na Ústavu biochemie a mikrobiologie jsou kompletně vybaveny přístroji pro navrhovaný projekt. Kromě
základního vybavení pro molekulární biologii (včetně ultracentrifug, luminometru, fluorescenčního/luminiscenčního
analyzátoru) a biochemii jsou na ústavu k disposici HPLC, FPLC, automatický sekvenátor, hmotnostní spektrometr
MALDI-TOF, fluorescenční a elektronový mikroskop. Pracoviště je vybaveno pro práci s rostlinnými buněčnými kulturami
a fytotronem pro pěstování rostlin Arabidopsis thaliana s horním osvětlením.
Infrastruktura, přístrojové a technické vybavení, které je nutné pro realizaci cílů
Centra základního výzkumu pořídit (v členění podle jednotlivých let )
Pro zajištění činností v centru je požadován v prvním roce řešení orbitální kultivační box OTSILL.EU.1.C s osvětlením
pro pěstování suspenzních buněčných kultur Arabidopsis thaliana. Pracoviště je doposud vybaveno pouze jedním
kusem tohoto zařízení, což je při nezbytnosti kontinuálního pěstování buněk nedostatečné.
4.2.2. Řešitelský tým - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Novotná Zuzana Dr. Ing. 625404/1013 Česká republika
řešitel
Kodíček Milan Prof. RNDr. CSc. 480212/044 Česká republika
člen řešitelského týmu
Valentová Olga Prof. RNDr. CSc. 495729/246 Česká republika
Krinke Ondřej Ing. 790922/4730 Česká republika
člen řešitelského týmu splňující podmínku pro přiznání dotace na mzdové prostředky
Pejchar Přemysl Ing. 790710/2797 Česká republika
Šantrůček Jiří Ing. 790914/0395 Česká republika
Novotná Zuzana Dr. Ing. 625404/1013 Česká republika
řešitel
odborný asistent
220445102 604763210 220445167 [email protected]
Datum:
Podpis:
Stěžejní vykonávané činnosti v centru
koordinace výzkumné činnosti v rámci VŠCHT
Prokázání odborné způsobilosti (seznam publikací)
01 - NOVOTNÁ, Z., VALENTOVÁ, O., MARTINEC, J. Biochemical characteristics and subcellular distribution
of phospholipase D ?, ß and ? from Brassica napus. Chemistry and Physics of Lipids, 2000, vol.107, s.28
02 - NOVOTNA, Z.; VALENTOVA, O.; MARTINEC, J.; FELTL, T.; NOKHRINA, K. Study of phospholipases
D and C in maturing and germinating seeds of Brassica napus. Biochem. Soc. Trans., 2000, vol. 28, s.817818
03 - NOVOTNA, Z.; LINEK, J.; HYNEK, R.; MARTINEC, J.; POTOCKY, M.; VALENTOVA, O. Plant PIP2dependent phospholipase D activity is regulated by phosphorylation, FEBS Letters, 2003, vol. 554, s.50-54
05 - PINHERO, R.G., ALMQUIST, K.C., NOVOTNA, Z., PALIYATH, G. Developmental regulation of
phospholipase D in tomato fruits. Plant Physiol.Biochem. 2003, vol. 41, s.223–240
06 - POTOCKÝ, M., ELIÁŠ, M., PROFOTOVÁ, B., NOVOTNÁ, Z., VALENTOVÁ, O., ŽÁRSKÝ, V.
vol.217, s.122 – 130
07 - KRINKE, O.; NOVOTNA, Z.; VALENTOVA, O.; MARTINEC, J. Methods for measuring Ca2+
concentration applicable to study cell signaling, Chemicke listy, 2005, vol. 99, s.231-235
Kodíček Milan Prof. RNDr. CSc. 480212/044 Česká republika
profesor biochemie
220443836 220445167 [email protected]
organizace výzkumné činnosti laboratoře hmotnostní spektrometrie
- STROHALM, M.; KODÍČEK, M.; PECHAR, M. Tryptophan modification by 2-hydroxy-5-nitrobenzyl bromide
studied by MALDI-TOF mass spectrometry. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, vol. 312, s. 811-816
- KADLČÍK, V.; STROHALM, M.; KODÍČEK, M. Citraconylation - a simple method for high protein sequence
coverage in MALDI-TOF mass spectrometry. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2003, vol. 305, s. 10911093
- HYNEK, R.; KUČKOVÁ, S.; HRADILOVÁ, J.; KODÍČEK, M. Matrix-assisted laser desorption/ionization
time-of-flight mass spectrometry as a tool for fast identification of protein binders in color layers of paintings.
Rapid Commun. Mass Spectrom., 2004, vol. 18, s. 1896-1900
- KADLČÍK, V.; C. SICARD-ROSELLI, C.T.; MATTIOLI, A.; KODÍČEK M.; HOUÉE-LEVIN, C. One-electron
oxidation of ß-amyloid peptide: sequence modulation of reactivity. Free Radical Bio. Med., 2004, vol. 37, s.
881-891
- KNEJZLÍK, Z.; STROHALM, M.; SEDLÁČKOVÁ, L.; KODÍČEK, M.; SAKALIAN, M.; RUML, T. Isolation and
characterization of the Mason-Pfizer monkey virus p12 protein. Virology, 2004, vol. 324, s. 204-212
- STROHALM, M.; ŠANTRŮČEK, J.; HYNEK, R.; KODÍČEK, M. Analysis of tryptophan surface accessibility
in proteins by MALDI TOF mass spectrometry. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, vol. 323, s. 11331137
- ŠANTRŮČEK, J.; STROHALM, M.; KADLČÍK, V.; HYNEK, R.; KODÍČEK, M. Tyrosine residues
s. 1151-1156
Valentová Olga Prof. RNDr. CSc. 495729/246 Česká republika
profesor biochemie
220445102 602967896 220445167 [email protected]
stanovení aktivit in situ a in vitro, proteomika fosfolipas
01 - NOVOTNÁ, Z., VALENTOVÁ, O., MARTINEC, J. Biochemical characteristics and subcellular distribution
of phospholipase D ?, ß and ? from Brassica napus. Chemistry and Physics of Lipids, 2000, vol.107, s.28
02 - NOVOTNA, Z.; VALENTOVA, O.; MARTINEC, J.; FELTL, T.; NOKHRINA, K. Study of phospholipases
D and C in maturing and germinating seeds of Brassica napus. Biochem. Soc. Trans., 2000, vol. 28, s.817818
03 - NOVOTNA, Z.; LINEK, J.; HYNEK, R.; MARTINEC, J.; POTOCKY, M.; VALENTOVA, O. Plant PIP2dependent phospholipase D activity is regulated by phosphorylation, FEBS Letters, 2003, vol. 554, s.50-54
05 - POTOCKÝ, M., ELIÁŠ, M., PROFOTOVÁ, B., NOVOTNÁ, Z., VALENTOVÁ, O., ŽÁRSKÝ, V.
vol.217, s.122 – 130
Krinke Ondřej Ing. 790922/4730 Česká republika
doktorand na ústavu biochemie a mikrobiologie
220443017 [email protected]
charakterizace AtT-DNA mutantních linií fosfolipas typu D a C a PI-kinas
studium úlohy těchto enzymů podílejících se na metabolismu fosfolipidů po působení hormonů
Pejchar Přemysl Ing. 790710/2797 Česká republika
doktorand
Analýza produktů fosfolipas (HPLC), fosfolipidový "pattern" (HP-TLC), měření aktivit fosfolipas
Šantrůček Jiří Ing. 790914/0395 Česká republika
doktorand na ústavu biochemie a mikrobiologie
měření hmotnostních spekter proteinů
323, s. 1133-1137
02 - ŠANTRŮČEK, J.; STROHALM, M.; KADLČÍK, V.; HYNEK, R.; KODÍČEK, M. Tyrosine residues
s. 1151-1156
4.2.3. - Uchazeč ( základní údaje uchazeče - právního subjektu příslušného
pracoviště Centra ) - "Vysoká škola chemicko-technologická v Praze "
Role uchazeče
IČ
Obchodní jméno - Název
Právní forma subjektu
Adresa sídla – Ulice
Adresa sídla – Číslo popisné/evideční
Adresa sídla – Číslo orientační
Adresa sídla – Místo
Adresa sídla – PSČ
Adresa sídla – Stát
Telefonické spojení
Bankovní spojení organizace
Kód banky
Název banky
Číslo účtu
Specifický symbol
DIČ
Zkratka názvu organizace
WWW adresa
Zápis v obchodním rejstříku
- vedený kde
- oddíl
- vložka
010 - příjemce
60461373
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
VVS
Technická
5
1905
Praha 6
16628
CZ
220441111
0300
ČSOB
130197294
CZ60461373
VŠCHT
www.vscht.cz
4.2.4. Statutární orgán uchazeče
Růžička Vlastimil Prof. Ing. CSc. - rektor 220441917 220445018 [email protected]
Moravcová Jitka Doc.Ing. CSc. - prorektor pro VaV 220443215 220440187 [email protected]
Razítko:
Datum:
Podpis
(y):
Moravcová Jitka Doc.Ing. CSc.
prorektor pro VaV
4.2.5. Prokázání způsobilosti uchazeče
Čestné prohlášení o způsobilosti uchazeče ve veřejné soutěži ve výzkumu a vývoji je uvedeno jako příloha
návrhu projektu.
4.2.6. Prohlášení uchazeče
Čestné prohlášení uchazeče ve veřejné soutěži ve výzkumu a vývoji je uvedeno jako příloha návrhu
projektu.
4.2.7. Vyjádření k duplicitě řešení - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Projekt bude navazovat na poznatky získané v rámci Výzkumného záměru: Teoretické základy
potravinářských a biochemických technologií (Identifikační kód výzkumného záměru: 6046137305 uchazeč:
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, vykonavatel: Fakulta potravinářské a biochemické
technologie, řešitel: Doc.Ing.Karel Melzoch, CSc.) a bude je doplňovat.
V rámci tohoto projektu pracoviště řeší problematiku stresu jako nástroje pochopení významných
fyziologických jevů s možností praktického využití.
Projekty v současnosti podporované:
GAČR 522/03/0353: Mechanismy podílející se na obranné reakci řepky (Brassica napus) vůči pathogenům a
vzniku indukované resistence. Odpovědný řešitel - prof. RNDr.Olga Valentová CSc., 2002-2005.
GAČR 203/05/0559: Úloha mnohočetných forem fosfolipas v obranných reakcích rostlin. Odpovědný řešitel prof. RNDr.Olga Valentová CSc., 2005-2007.
GAČR 522/05/0340: Úloha rostlinného fosfolipidového-cytoskeletálního signálního systému během
toxického působení hliníku. Odpovědný řešitel - Ing. Zuzana Novotná,PhD., 2005-2007.
Projekty v současnosti podané k podpoře:
Kontakt/Barrande: Úloha fosfolipidové signální dráhy v systémové získané resistenci u Arabidopsis thaliana.
(2006 - 2007).
Česko-slovenská mezivládní vědecko-technická spolupráce: Biochemické a molekulárně-biologické
charakteristiky lipoxygenasy z klíčních rostlin máku setého a řepky olejné.(2006 - 2007).
Univerzita Karlova v Praze (příjemce). Přírodovědecká fakulta: Katedra fyziologie rostlin,
Katedra genetiky a mikrobiologie.
4.2.1. - Popis pracoviště
Přírodovědecká fakulta
subjektu
centra
-
Univerzita
Karlova
v
Praze,
Název pracoviště
Univerzita Karlova v Praze (příjemce). Přírodovědecká fakulta: Katedra fyziologie rostlin, Katedra genetiky a
mikrobiologie.
Laboratoře na katedře fyziologie rostlin jsou velmi dobře technicky vybaveny a zařízeny jak pro práci s různorodým
experimentálním materiálem (rostliny, bakterie a kvasinky, tkáňové a orgánové kultury), tak pro jeho všestrannou –
molekulární, cytologickou, biochemickou – analytiku. K dispozici jsou kultivační boxy, kultivační místnosti a skleník.
Široce je využíván komplex zařízení pro mikroskopii s využitím fluorescence a DIC, včetně analýzy obrazu pro ukládání i
další zpracování dat. Laboratoře jsou vybavené pro molekulárně biologické manipulace (včetně přípravy vlastních
genových konstruktů a transgenních buněčných liniím i rostlin) a pro biochemii (PCR, DNA elektroforéza,
ultracentrifugace, 2D PAGE). Katedra je solidně vybavena počítači s přístupem do databází, umožňující komplexní
bioinformatické studie.
Laboratoře na katedře genetiky a mikrobiologie jsou velmi dobře vybaveny pro veškerou aseptickou práci s
mikroorganizmy a tkáňovými kulturami a pro biofyzikální studie. K dispozici jsou dva spektrofluorometry pro veškeré typy
fluorescenčních měření v režimu kontinuálního osvětlení a konfokální mikroskop. Měření časově rozlišené fluorescence
provádíme ve spolupráci s MFF UK, (Praha), kde je k dispozici zařízení pro měření v pulzním i fázově modulačním
režimu. Laboratoře jsou všestranně vybaveny pro molekulárně genetické studie (PCR, DNA a proteinová elektroforéza
včetně 2D elektroforézy) a dostatečným množstvím počítačů s přístupem k Internetu.
Projekt staví na výsledcích výzkumu, který se v posledních deseti letech úspěšně rozvinul v laboratořích Katedry
fyziologie rostlin a Katedry genetiky a mikrobiologie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze. Navazuje
zejména na tematiku řešenou v rámci předchozího Výzkumného centra SIDROS (MŠMT LN00A081), Výzkumného
záměru MŠMT č. 113100003 “Regulace a signalizace v živých systémech” a částečně též na dílčí problematiku jednoho
z pracovních týmů, které se ustavily a rozvinuly v rámci grantu MŠMT VS 96145 „Rostlinná buňka a stres“.
V perspektivě nejbližších let navrhovaný projekt představuje doplnění a rozšíření nyní navrhovaného Výzkumného
záměru MSM 0021620829, který zahrnuje řadu pracovišť Biologické sekce UKPřF, včetně obou jmenovaných kateder. V
rámci katedry fyziologie rostlin pak navazuje na probíhající granty a vhodně doplňuje další v současnosti navrhované
projekty.
Předkládaný projekt představuje konkretizaci jednoho z významných aspektů Dlouhodobého záměru Univerzity Karlovy,
jíž je PřF UK součástí – totiž vytvoření podmínek pro rozvoj vědecké činnosti v rámci experimentálních biologických
oborů.
Projekt bezprostředně vychází z vlastních výsledků dlouhodobého studia biologie rostlinné buňky a mechanizmů
hormonálně regulované buněčné morfogeneze, včetně tradičního využití buněčných linií jakožto unikátních pokusných
modelů. V tomto kontextu má řešitelské pracoviště UKPřF obecně přijímané prioritní postavení, jehož odrazem jsou
jednak mnohaleté spolupráce s týmy AVČR, jednak i smluvně podložené spolupráce mezinárodní, včetně společných
publikací. Originálních výsledků bylo dosaženo zejména v molekulárně – buněčném studiu morfogeneze buněčných linií,
výzkumu struktury a funkce CSK za fyziologických i stresových situací, výzkumu forminů ve vztahu k buněčné
morfogenezi, procesů buněčné polarity, role malých GTPáz v signálních procesech a p. Vědecké výsledky jsou nejen
publikovány, ale též bezprostředně začleňovány do modernizace výuky a výchovy postgraduálních studentů.
V rámci plánovaného CZV se pracoviště UKPřF soustředí zejména na výzkum funkcí a interakcí cytoskeletu a
endomembránových systémů v determinaci buněčné polarity a realizaci buněčné morfogeneze. Zaměří se zejména na:
- identifikaci a charakterizaci proteinů asociovaných s CSK a jejich úlohu ve funkci konkrétních signálních drah,
zprostředkovaných fytohormony
- úlohu aktinu a aktin-nukleujících proteinů v buněčné morfogenezi, s důrazem na výzkum propojení CSK s různými
strukturami endomembránového systému buňky
- objasnění interakcí CSK a membránových systémů v realizaci dějů endo- a exocytózy
- úlohu signálních drah spojených s aktin-nukleujícími proteiny z rodiny forminů a malými GTPázami v těchto procesech
charakterizaci změn v struktuře membrán a konformaci bílkovin v průběhu signálních dějů pomocí fluorescenčních
kvantitativních metod.
V průběhu minulých let se členové týmu garantů aktivně podíleli na výzkumu v oblasti molekulární a buněčné biologie
rostlin (zejména v oblasti studia struktury a funkce rostlinného cytoskeletu a endomembránového systému) i v oblasti
studia dynamiky biologických membrán (pracoviště katedry genetiky a mikrobiologie). Buněčně biologická témata jsou v
rámci pracoviště zařazena do kontextu širšího oboru.
Vzhledem k tomu, že náplní projektu je převážně základní, badatelský výzkum, hlavním výstupem jsou publikace v
mezinárodně uznávaných vědeckých časopisech a jejich ohlas. Fakulta jako celek v posledních letech každoročně
přispívá k celkové publikační aktivitě UK více než 900 publikacemi, z nichž významnou část představují původní vědecká
sdělení. Přitom v databázi ISI (Web of Science) je za posledních 5 (1999-2003) let evidováno celkem 565 prací, jejichž
autory či spoluautory jsou pracovníci fakulty. Pracovníci obou kateder zúčastněných na předkládaném záměru dle údajů
v databázi publikační aktivity PřF UK v posledních pěti letech zveřejnili více než 90 původních vědeckých sdělení.
Přímou souvislost s problematikou navrhovaného výzkumného centra má v posledních 5 letech celkem 20 prací členů
týmu garantů s úhrnným IF přesahujícím 32, které byly dle údajů Web of Science dosud 59 krát citovány
Pracoviště aktivně a průběžně využívá existující komplex dvoustranných i mnohostranných smluv UK příp.
Přírodovědecké fakulty UK s řadou zahraničních, zejména univerzitních pracovišť jednak pro informační kontakty
přednáškového typu (přednášky zahraničních expertů na obou katedrách, jejich zapojení do katedrových seminářů,
zvané přednášky pracovníků UKPřF v zahraničí), jednak pro různě dlouhé pracovní resp. studijní stáže. K těmto
kontaktům se řadí i pobyty v rámci programů SOCRATES/ERASMUS. Významné a intensivně využívané zázemí ve
„strategii zapojování do sítě elitních výzkumných pracovišt“ několika evropských zemí (UK, BRD, Itálie, Rakousko,
Lucembursko, Nizozemí, Belgie ) představují granty v rámci programů COST a KONTAKT. Neúspěšné, zejména s
ohledem na celkově inkompatibilní profil stávající akce, bylo úsilí začlenit se danou problematikou do struktury 6.
rámcového programu EU.
„Řešitel 2“ a „fakultní garant“ stávajícího projektu CZV je též zodpovědný za aktivity v rámci programů
ERASMUS/SOCRATES, dlouhodobě je zástupcem ČR v technických a řídících výborech různých akcí COST.
Každoroční veřejné oponentury zpráv o výsledcích řešení těchto grantů mají již samy o sobě charakter
„kontrolovatelných etap“. S ohledem na vlastní činnost Centra lze předpokládat obdobný systém, jenž však bude navíc
doplněn, zřejmě v dvouletých intervalech, konferencí s mezinárodní účastí, zaměřenou k dílčím okruhům řešení.
Dr. Zsofia Bánfalvi, Agricultural Biotechnology Center, Gödöllö, Maďarsko
FISCHER, L., LOVAS, A., OPATRNÝ, Z., BÁNFALVI, Z.: Structure and expression of a hybrid-rich protein gene in the
solanaceous species; Solanum bervidens, Solanum tuberosum, and Lycopersicum esculentum. Journal of Plant
Physiology, 2002, vol. 159, p. 1271-1275
Dr. Jean-Francois Hausmann - Centre de Recherche Public - Gabriel Lippmann (CREBS), Lucemburk, Lucembursko
FISCHER, L., LIPAVSKÁ, H., KONRÁDOVÁ, H., HAUSMAN, J.F., KŘÍŽKOVÁ, L., OPATRNÝ, Z. Study of carbohydrate
metabolism as a possible cause of altered tuberization ability of trangenic potato in context of protein changes in
photosystem II. In: 7th International Congress of Plant Molecular Biology, Book of Abstracts, Barcelona, Spain, June 2328 2003, p. 266
FISCHER, L., LIPAVSKÁ, H., KONRÁDOVÁ, H., HAUSMAN, J.F., HOLÁ, D., OPATRNÝ, Z. Analysis of potato
transgenic line exhibiting modified microtuberization ability and saccharide metabolism. In: COST Action 843 Meeting,
conference proceedings, Oviedo, Spain, January 29-31 2004
FISCHER, L., HOLÁ, D., KOČOVÁ, M., HAUSMAN, J.F., LIPAVSKÁ, H., OPATRNÝ, Z. Is posttranslational modification
of manganese stabilizing protein (MSP) involved in regulation of photosynthesis? In: COST Action 843 Meeting,
conference proceedings, Saanen, Switzerland, September 30 – October 2 2004
Prof. Peter Nick, Botanisches Institut, Lehrstuhl 1, University of Karlsruhe
1999-2001 Rostlinný cytoskelet a jeho rezistence vůči toxickému působení hliníku, KONTAKT ME 361, řešitel: Prof.
Zdeněk Opatrný,
SCHWARZEROVÁ, K.; ZELENKOVÁ, S.; NICK, P.; OPATRNÝ, Z. Aluminum-induced rapid changes in the microtubular
cytoskeleton of tobacco cell lines. Plant and Cell Physiology, 2002, vol. 43, no. 2, p. 207-216.
SCHWARZEROVÁ, K.; PETRÁŠEK, J.; PANIGRAHI K.C.S.; ZELENKOVÁ, S.; OPATRNÝ, Z.; NICK, P. Intranuclear
accumulation of plant tubulin in response to low temperature. Protoplasma, in press.
Faculty of Biotechnology, Jagiellonian University, Kraków, Polsko, prof. K. Strzalka – dynamika biologických membrán;
Konopásek I, Strzalka K, Svobodová J, Cold shock in Bacillus subtilis: different effect of benzyl alcohol and ethanol on
the membrane organization and cell adaptation. Biochim Biophys Acta (2000) 1464 18 - 26
Konopásek I., Jaroslav Večeř J, Strzalka, K., Amler E, Short-lived fluorescence component of DPH reports on lipid–water
interface of biological membranes, Chemistry and Physics of Lipids (2004) 130 135–144
Instituto de Biologia Molecular y Cellular de Rosario, Rosario, Argentina,prof. Diego de Mendoza – adaptace bakteriální
buňky ke stresu a syntéza mastných kyselin u bakterií
spolupráce zahájena 2005, podán projekt v rámci 6. Rámcového programu EU (STREP INCO projekt)
Laboratoire de Physicochimie Biomoleculaire et Cellulaire, Paris, Francie, prof. Michele Saint-Pierre-Chazalet –
membránová biochemie a biofyzika;
Saint-Pierre-Chazalet M, Plášek J, Konopásek I, A monolayer study of properties of isolated membrane phospholipids of
'Bacillus subtilis'. Colloids and Surfaces B-Biointerfaces (2002) 23 43-49
Unidad de Biofísica, and Departamento de Bioquímica, Universidad del País Vasco Bilbao, Spain. prof. F.M. Goni –
studium vlivu toxinu Bordetella pertussis na membrány.
Martín C, M.-Asuncion-Requero M, Mašín J, Konopásek I, Goni F M , Šebo P, and Ostolaza H, Membrane Restructuring
by Bordetella pertussis Adenylate Cyclase Toxin, a Member of the RTX Toxin Family J. Bacteriol (2004) 176 3760-3765
Výzkum bude probíhat ve stávajících laboratořích, kde byla a je zkoumána příbuzná tématika. Laboratoře jsou tedy pro
účely výzkumného projektu odpovídajícím způsobem zařízené. Základní přístrojové zázemí pro běžné metody buněčné
a molekulární biologie, pořízené zpravidla z prostředků VC LN, z grantových prostředků, z prostředků na posílení
výzkumu a z institucionálních prostředků po r. 1990, je plně k dispozici. Je možno konstatovat, že současné zázemí
umožnilo úspěšnou realizaci celé řady výzkumných projektů (viz relevantní publikační výstupy) a může, dle názoru
navrhovatelů, posloužit i pro tento projekt.
V rámci biologické sekce PřF UK lze využívat služby servisních pracovišť - laboratoře sekvenování DNA a Centra
optické a elektronové mikroskopie, které je vybaveno laserovým skanovacím konfokálním mikroskopem..
Pro realizaci cílů pracoviště UK není třeba rozšiřovat dosavadní přístrojové a technické vybavení. Předpokládá se nákup
malých přístrojů, tedy pouze neinvestiční položky, pro doplnění vybavení jednotlivých laboratoří.
4.2.2. Řešitelský tým - Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta
Opatrný Zdeněk Prof. RNDr. CSc. 410808/029 Česká republika
řešitel
Cvrčková Fatima RNDr., Dr. Dr.rer.nat. 665913/1083 Česká republika
Fišer Radovan Mgr.
800102/0082 Česká republika
Konopásek Ivo Doc. RNDr. CSc. 581009/0132 Česká republika
Schwarzerová Kateřina RNDr. 740210/0024 Česká republika
Beranová Jana Mgr. 805330/0255 Česká republika
Bezvoda Radek Mgr. 820129/3056 Česká republika
Boříková Petra Mgr. 776229/1977 Česká republika
Fischer Lukáš Mgr. PhD. (v době podání) 740210/0024 Česká republika
Fišerová Jindřiška Mgr. 785804/0421 Česká republika
Soukup Aleš Mgr. 721219/3186 Česká republika
Opatrný Zdeněk Prof. RNDr. CSc. 410808/029 Česká republika
řešitel
11310-Přírodovědecká fakulta UK profesor/zástupce vedoucího katedry
221 951 692 221 951 704 [email protected]
Datum:
Podpis:
řešitel projektu, garant, koordinace, cytologické aspekty studia cytoskeletu
- BOŘÍKOVÁ, P.; POKORNÁ, J.; OPATRNÝ Z. Is the lethal and malforming effect of the potential antigibberelline retardant ANC on the tobacco BY-2 cell line mediated by the cytoskeleton? Cell Biology
International, 2003, vol. 27, no. 3, p. 175-176.
- FISCHER, L.; LOVAS, A.; OPATRNÝ, Z.; BANFALVI, Z. Structure and expression of a hybrid proline-rich
protein gene in the solanaceous species, Solanum brevidens, Solanum tuberosum, and Lycopersicum
- FIŠEROVÁ J.; SCHWARZEROVÁ, K.; PETRÁŠEK, J.; OPATRNÝ, J. ARP2 and ARP3 are localized to
sites of actin filament nucleation in tobacco BY-2 cells, 2005, Protoplasma, in press.
- POKORNÁ, J.; SCHWARZEROVÁ, K.; ZELENKOVÁ, S.; PETRÁŠEK, J.; JANOTOVÁ, I.; ČAPKOVÁ, V.;
OPATRNÝ, Z. Sites of actin filament initiation and reorganization in cold-treated tobacco cells. Plant Cell and
Environment, 2004, vol. 27, no. 5, p. 641-653.
- SCHWARZEROVÁ, K.; PETRÁŠEK, J.; PANIGRAHI K.C.S.; ZELENKOVÁ, S.; OPATRNÝ, Z.; NICK, P.
Intranuclear accumulation of plant tubulin in response to low temperature. Protoplasma, in press.
- SCHWARZEROVÁ, K.; POKORNÁ, J.; PETRÁŠEK, J.; ZELENKOVÁ, S.; ČAPKOVÁ, V.; JANOTOVÁ, I.;
OPATRNÝ, Z. The structure of cortical cytoplasm in cold-treated tobacco cells: the role of the cytoskeleton
and the endomembrane system. Cell Biology International, 2003, vol. 27, no. 3, p. 263-265.
- SCHWARZEROVÁ, K.; ZELENKOVÁ, S.; NICK, P.; OPATRNÝ, Z. Aluminum-induced rapid changes in the
microtubular cytoskeleton of tobacco cell lines. Plant and Cell Physiology, 2002, vol. 43, no. 2, p. 207-216.
Cvrčková Fatima RNDr., Dr. Dr.rer.nat. 665913/1083 Česká republika
odborná asistentka
221 951685 [email protected]
bioinformatika, molekulární biologie (zejm. detekce protein-proteinových interakcí pomocí 2-hybridního
systému)
- CVRČKOVÁ, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. 1. vydání, Praha: Academia, 2005, v tisku.
- CVRČKOVÁ, Fatima, ELIÁŠ, Marek, HÁLA, Michal, OBERMEYER, Gerhard, and ŽÁRSKÝ, Viktor. Small
GTPases and conserved signalling pathways in plant cell morphogenesis: from exocytosis to the Exocyst. In:
GEITMANN, Anja, CRESTI, Mauro, HEATH, Brent (eds). Cell biology of plant and fungal tip growth.
Amsterdam: IOS Press, 2001, s. 105-122. ISBN 1-58603-083-3
- CVRČKOVÁ, F. Are plant formins integral membrane proteins? Genome Biology [on-line], 2000, vol. 1,
research
001-007
[cit.
2005-09-02].
Dostupný
na
WWW:
<http://genomebiology.com/2000/1/1/research/001>. ISSN 1465-6914
- BALUŠKA, F., CVRČKOVÁ, F., KENDRICK-JONES, J., a VOLKMANN, D.. Sink plasmodesmata as
gateways for phloem unloading: Myosin VIII and calreticulin as molecular determinants of sink strength?
Plant Physiology, 2001, sv. 126, s. 39-46.
- ELIÁŠ, M., CVRČKOVÁ, F., OBERMEYER, G., a ŽÁRSKÝ, V. Microinjection of guanine nucleotide
analogues into lily pollen tubes results in isodiametric tip expansion. Plant Biology, 2001, sv. 3, s. 489-492.
- ELIÁŠ, M., POTOCKÝ, M., CVRČKOVÁ, F., a ŽÁRSKÝ, V. Molecular diversity of phospholipase D in
angiosperms. BMC Genomics [on-line], 2002, vol. 3, no. 2 [cit. 2005-09-02]. Dostupný na WWW:
<http://www.biomedcentral.com/1471-2164/3/2>. ISSN 1471-2164
- ELIÁŠ, M., DRDOVÁ, E., ŽIAK, D., BAVLNKA, B., HÁLA, M., CVRČKOVÁ, F., SOUKUPOVÁ, H., a
ŽÁRSKÝ, V. The exocyst complex in plants. Cell Biology International, 2003, roč. 27 č. 3, s. 199-201.
- CVRČKOVÁ, F., NOVOTNÝ, M., PÍCKOVÁ, D. a ŽÁRSKÝ, V. Formin homology 2 domains occur in
multiple contexts in angiosperms. BMC Genomics [on-line], 2004, vol. 5, no. 44 [cit. 2005-09-02]. Dostupný
na WWW: <http://www.biomedcentral.com/1471-2164/5/44>. ISSN 1471-2164.
- CVRČKOVÁ, F., BAVLNKA, B., a RIVERO, F. Evolutionarily conserved modules in actin nucleation:
lessons from Dictyostelium discoideum and plants. Protoplasma, 2004, sv. 224, s.15-31.
- CVRČKOVÁ, F., a MARKOŠ,A. Beyond bioinformatics: can similarity be measured in the digital world?
Journal of Biosemiotics, v tisku.
Fišer Radovan Mgr.
student doktorského studia
221 951 711 [email protected]
fluorescenční měření na proteinech dodávaných partnery v centru, vývoj protokolů nových fluorescenčních
metod, vyhodnocování měření
- FIŠER, R.; KONIPÁSEK, I. Characterisation of Pores Made by Adenylate Cyclase Toxin of Bordetella
pertussis and other toxins on Large Unilamelar Vesicles by Fluorescent Requenching Method. Připraveno k
tisku
- BASKET, M.; MAŠÍN, J.; FIŠER, R.; KRŮŠEK, J.; KONOPÁSEK, I.; ŠEBO P. Deciphering the mechanism
of action and cytotoxicity of Bordetella adenylate cyclase toxin. The correlation of cAMP intoxication, AC
domain translocation, channel formation and calcium mobilization into cells with cytotoxicity to J774.1
macrophages. 11th European Conference on Bacterial Protein Toxins, June 28 - July 2, 2003, Čelákovice,
Czech Republic
- FIŠER, R.; MAŠÍN, J.; BASLER, M.; KRŮŠEK, J.; KONOPÁSEK, I.; ŠEBO,P. Bordetella adenylate cyclase
toxin induces entry of calcium ions into target cells through a novel type of calcium channel that is formed
during translocation of the catalytic AC domain. International Symposium “Threat of Infection” July, 25th28th, 2004, Würzburg, Germany
- FIŠER, R.; MAŠÍN, J.; BASLER, M.; KRŮŠEK, J.; KONOPÁSEK, I.; ŠEBO,P. Adenylate cyclase toxin of
Bordetella pertussis: toxin-dependent entry of calcium into J774 macrophage-like cells. 23. kongres
Československé společnosti mikrobiologické, 6.9. – 9. 9, 2004, Brno, Czech Republic
- FIŠER, R.; KONOPÁSEK, I. Characterisation of Pores Made by Adenylate Cyclase Toxin of Bordetella
pertussis on Large Unilamelar Vesicles by Fluorescent Requenching Method. Vth Workshop on PoreForming Toxins, October 10 – 13, 2004, Mainz, Germany,
- FIŠER, R.; MAŠÍN, J.; BASLER, M.; KRŮŠEK, J.; KONOPÁSEK, I.; ŠEBO,P. Bordetella adenylate cyclase
toxin induces entry of calcium ions into target cells through a novel type of calcium channel. Vth Workshop
on Pore-Forming Toxins, October 10 – 13, 2004, Mainz, Germany,
- BASLER, M.; MAŠÍN, J.; FIŠER, R.; OSIČKA, R.; KRŮŠEK, J.; KONOPÁSEK, I.; BENZ, R.; ŠEBO P.
Synergy between ATP-depleting, hemolytic and intracellular calcium-increasing capacities accounts for
cytotoxic activity of Bordetella adenylate cyclase toxin. 12th European Conference on Bacterial Protein
Toxins (ETOX), June 25 - 29, 2005, Canterbury, England
- FIŠER, R.; MAŠÍN, J.; BASLER, M.; KRŮŠEK, J.; ŠPULÁKOVÁ, V.; KONOPÁSEK, I.;, ŠEBO, P.,
Membrane translocation of Bordetella adenylate cyclase toxin promotes calcium entry into CD11b+ J774A.1
macrophage cells. 12th European Conference on Bacterial Protein Toxins (ETOX) , June 25 - 29, 2005,
Canterbury, England
Konopásek Ivo Doc. RNDr. CSc. 581009/0132 Česká republika
docent, vědecký pracovník
221 951 711 [email protected]
koordinace biofyzikálních studií
nové fluorescenční přístupy ke sledování proteinů,
koordinace se zahraničními pracovišti
garant projektu
- SMÝKAL, P.; MAŠÍN, J.; HRDÝ, I.; KONOPÁSEK, I.; ŽÁRSKÝ, V. Chaperone activity of tobacco HSP18, a
small heat-shock protein, is inhibited by ATP. Plant Journal 2000 , vol. 23 is. 6 703-713
- KONOPÁSEK, I.; STRZALKA, K.; SVOBODOVÁ, J. Cold shock in Bacillus subtilis: different effect of benzyl
alcohol and ethanol on the membrane organization and cell adaptation. Biochimica et Biophysica Acta
2000 , vol. 1464 is. 1 18 - 26
- SAINT-PIERRE-CHAZALET, M.; PLÁŠEK, J.; KONOPÁSEK, I. A monolayer study of properties of isolated
membrane phospholipids of `Bacillus subtilis`. Colloids and Surfaces B-Biointerfaces 2002 , vol. 23 is. 1 4349
- MAŠÍN, J.; IVO KONOPÁSEK, I.; JAROSLAVA SVOBODOVÁ; J. ŠEBO, P. Different Structural
Requirements for Adenylate Cyclase Toxin Interactions with Erythrocyte and Liposome Membranes,
Biochimica et Biophysica Acta 2004 , vol. 1660 is. 1-2 144-154
- KONOPÁSEK, I.; VEČEŘ, J.; STRZALKA, K.; AMLER, E. Short-lived fluorescence component of DPH
reports on lipid–water interface of biological membranes, Chemistry and Physics of Lipids 2004 , vol. 130 is.
2 135–144
- MARTÍN, C.; M.-ASUNCION-REQUERO, M.; MAŠÍN, J.; KONOPÁSEK, I. GONI, F. M. ; ŠEBO, P.;
OSTOLAZA, H.; Membrane Restructuring by Bordetella pertussis Adenylate Cyclase Toxin a Member of the
RTX Toxin Family Journal of Bacteriology 2004 , vol. 176 is. 12 3760-3765
- MAŠÍN, J.; BASLER, M.; KNAPP, O.; EL-AZAMI-EL-IDRISSI, M.; MAIER, E. KONOPÁSEK, I.; BENZ, R.;
LECLERC, C.; ŠEBO, P.; Acylaton of Lysine 860 Allows Tight Binding and Cytotoxicity of Bordetella
Adenylate Cyclase on CD11b-Expressing Cells. Biochemistry 2005, přijato k publikaci.
-
Schwarzerová Kateřina RNDr. 740210/0024 Česká republika
asistent
221 951 692 221 951 704 [email protected]
Interakce cytoskeletálních genů, transformace linií
- SCHWARZEROVÁ, K.; PETRÁŠEK, J.; PANIGRAHI K.C.S.; ZELENKOVÁ, S.; OPATRNÝ, Z.; NICK, P.
Intranuclear accumulation of plant tubulin in response to low temperature. Protoplasma, in press.
- SCHWARZEROVÁ, K.; ZELENKOVÁ, S.; NICK, P.; OPATRNÝ, Z. Aluminum-induced rapid changes in the
microtubular cytoskeleton of tobacco cell lines. Plant and Cell Physiology, 2002, vol. 43, no. 2, p. 207-216.
Beranová Jana Mgr. 805330/0255 Česká republika
fluorescenční měření na proteinech dodávaných partnery v centru,
konfokální mikroskopie
- BERANOVÁ, J.; JEMIOLA-RZEMINSKA, M.; KONOPÁSEK, I. Adaptation of Bacillus subtilis membrane to
the growth rate. 23 kongres ČSSM, 6-9.9, 2004, Brno
Bezvoda Radek Mgr. 820129/3056 Česká republika
doktorand
221951685 221951704 [email protected]
charakterizace a studium fosfolipázy D
Boříková Petra Mgr. 776229/1977 Česká republika
221 951 692 221 951 704 [email protected]
Studium exprese cytoskeletárních genů, charakterisace jejich isoforem
Fischer Lukáš Mgr. PhD. (v době podání) 740210/0024 Česká republika
asistent/tajemník katedry
221 951 688 221 951 704 [email protected]
Příprava genových konstruktů, sturium exprese cytoskeletálních genů.
- FISCHER, L.; LOVAS, A.; OPATRNÝ, Z.; BANFALVI, Z. Structure and expression of a hybrid proline-rich
protein gene in the solanaceous species, Solanum brevidens, Solanum tuberosum, and Lycopersicum
- NAVRÁTIL, O., FISCHER, L., ČMEJLOVÁ, J., LINHART, M., VACEK, J.: Decreased amount of reducing
sugars in potato tubers and its influence on yield characteristics. (2005, submitted in Biologia Plantarum)
- FISCHER, L., BÁNFALVI, Z. (2000) Characterization of a proline-rich cell wall protein in Solanaceous
species. Plant Physiology and Biochemistry, 2000, vol. 38 (suppl.), p. 21.
Fišerová Jindřiška Mgr. 785804/0421 Česká republika
221 951 692 221 951 704 [email protected]
Studium úlohy ARP2/3 komplexu v rostlinných buňkách
Soukup Aleš Mgr. 721219/3186 Česká republika
221951697 221951704 [email protected]
morfologicko-anatomická analýza, techniky světelné a elektronové mikroskopie
- SOUKUP, A.; VOTRUBOVÁ, O.; ČÍŽKOVÁ, H. Internal segmentation of rhizomes of Phragmites australis:
protection of the internal aeration system against being flooded. New Phytologist, 2000, vol. 145, no. 1, p.
71-75. (IF 2.149, cited 5x)
- SEAGO, J.L., MARSH L.C., STEVENS K.J., SOUKUP A., VOTRUBOVA O., ENSTONE D.: Reexamination of the root cortex in wetland flowering plants with respect to aerenchyma.- Annals of Botany,
2005, vol. 96, s. 565 - 579.(IF 2,262)
- SOUKUP, A.; MALA, J.; HRUBCOVA, M.; KALAL, J.; VOTRUBOVA, O.; CVIKROVA, M. Differences in
anatomical structure and lignin content of roots of pedunculate oak and wild cherry-tree plantlets during
acclimation. Biologia Plantarum, 2004, vol. 48, no. 4, s. 481-489.(IF 0,744)
- SOUKUP, A.; SEAGO, J. L.; VOTRUBOVA, O. Developmental anatomy of the root cortex of the basal
monocotyledon, Acorus calamus (Acorales, Acoraceae). Annals of Botany, 2005, vol. 96, no. 3, s. 379-385.
(IF 2,262)
- SOUKUP, A.;VOTRUBOVA, O. Wound-induced vascular occlusions in tissues of the reed Phragmites
australis: their development and chemical nature. New Phytologist, 2005, vol. 167, no. 2, s. 415-424. (IF
3.355)
- SOUKUP, A.; VOTRUBOVA, O.; CIZKOVA, H. Development of anatomical structure of roots of Phragmites
australis. New Phytologist, 2002, vol. 153, no. 2, s. 277-287. (IF 2.945, cited 11x)
- STEINBACHOVÁ-VOJTÍŠKOVÁ, L.; TYLOVÁ, E.; NOVICKÁ, H.; SOUKUP, A.; VOTRUBOVÁ, O.;
LIPAVSKÁ, H.; ČÍŽKOVÁ, H. Influence of nutrient supply on growth, carbohydrate and nitrogen metabolic
relations in Typha angustifolia.. Environmental and Experimental Botany, in press.(IF 1.653)
pracoviště Centra ) - "Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta"
Role uchazeče
IČ
Kód banky
Název banky
Číslo účtu
Specifický symbol
DIČ
WWW adresa
- vedený kde
- oddíl
- vložka
010 - příjemce
00216208
Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta
VVS
Ovocný trh
560
Praha 1
11636
CZ
224491289
0100
Komerční banka
3064490217
CZ00216208
UK
www.cuni.cz
Wilhelm Ivan Prof. Ing. CSc. - rektor 224491312-4 [email protected]
Razítko:
Datum:
Podpis
(y):
Wilhelm Ivan Prof. Ing. CSc.
rektor
návrhu projektu.
projektu.
4.2.7. Vyjádření k duplicitě řešení - Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká
fakulta
V současnosti je pracovištěm řešeno několik grantových projektů s různou mírou návaznosti na řešenou
problematiku. Žádný z nich nepředstavuje plnou duplicitu ani obsahovou, ani ekonomickou předkládaného
projektu Centra.
Projekty s obdobnou /návaznou tématikou:
2005 – 2007 projekt GAČR 522/05/0340 „Úloha rostlinného fosfolipidového – cytoskeletálního signalizačního
systému v toxicitě Al „ , řešitel Ing. Z. Novotná (VŠCHT), spoluřešitel Mgr. K. Schwarzerová.
2005 – 2007 projekt GAUK 165/2005/B-BioPrF „Identifikace rostlinných proteinů asociovaných s aktinem“
řešitel Mgr. J. Pokorná.
V obou případech je řešena problematika struktury a funkce cytoskeletu rostlinných buněk, ve vztahu k
různým regulačním a signálním faktorům vnější a vnitřní povahy.
K MŠMT je souběžně s tímto projektem CZV podáván ještě alternativní projekt CENTRA s názvem „
Rostlinná buňka a stres „ v němž úlohu uchazeče – koordinátora zastává Přírodovědecká fakulta UK.
Výzkumná zaměření a cíle obou projektů jsou zásadně rozdílné – používají však obdobné pokusné objekty a
základní metodické postupy při studiu biologické role cytoskeletálních struktur. Dotace na mzdy a platy, které
jsou v předkládaných návrzích žádány částečně duplicitně, budou v případě úspěchu obou projektů čerpány
pouze v rámci jednoho z nich.
Masarykova univerzita v Brně (příjemce). Přírodovědecká fakulta, Oddělení funkční genomiky a
proteomiky.
4.2.1. - Popis pracoviště subjektu centra - Masarykova univerzita v Brně
Název pracoviště
Masarykova univerzita v Brně (příjemce). Přírodovědecká fakulta, Oddělení funkční genomiky a proteomiky.
Pracoviště přírodovědecké fakulty MU, Oddělení funkční genomiky a proteomiky (OFGP) se dlouhodobě zabývá
základním výzkumem molekulární biologie rostlin. Oddělení funkční genomiky a proteomiky je v současnosti členěno do
tří pracovišť (výzkumných týmů) jejichž aktivity se nicméně doplňují: Analýza biologicky významných molekulárních
komplexů (ABVMK), Laboratoř molekulární fyziologie rostlin (LMFR) a Centrální laboratoř speciálních technik (CL). V
současnosti tato pracoviště tvoří jedno ze základních pracovišť komplexu Integrovaných laboratoří biomedicínských
technologií (ILBIT), první a již dokončené části nově budovaného kampusu MU v Brně-Bohunicích. Vybudování nového
pavilonu pro účely OFGP významně přispělo ke znásobení synergistických efektů vyplývajících ze sdílení jak společné
instrumentace, tak i intelektuálního zázemí, které je nezbytnou podmínkou úspěšného řešení tak komplexních problémů,
jaké představují cíle předkládaného Centra základního výzkumu (LC).
Laboratoř molekulární fyziologie rostlin má k dispozici špičkové vybavení pro kultivaci rostlin (nově vybudovaný,
pylotěsný experimentální skleník s úplnou automatickou kontrolou klimatu, umožňující práci s GMO a kultivační boxy pro
kultivaci rostlin za přísně kontrolovaných podmínek jak v zemině tak in vitro), vybavení pro mikroskopické analýzy (plně
motorizovaný a počítačem řízený mikroskop pro práci s fluorescencí i DIC a automatickou analýzou obrazu) a
laboratorní vybavení pro základní i pokročilé molekulární techniky: klonování a příprava rekombinantních molekul DNA,
in situ hybridizace mRNA i proteinů, exprese a purifikace rekombinantních proteinů v heterologních systémech
(bakteriálních i kvasinkových), místně řízená metageneze, příprava transgenních rostlin a identifikace sekvenčně
specifických mutant, zejména u modelového organismu Arabidopsis thaliana.
Centrální laboratoř speciálních technik úzce spolupracuje s oběma laboratořemi OFGP (LMFR a ABVMK) a poskytuje
servis instrumentálně náročných technik, které překračují možnosti jednotlivých laboratoří. Hlavním cílem CL je cílená
spolupráce v rámci OFGP, vedoucí k vytvoření technologického zázemí pro řešení cílů OFGP a dosažení prioritního
postavení v rámci řešené problematiky. CL rozvíjí proteomické techniky (2D gelová elektroforéza, 2D LC MALDI-MS, LCMSMS, purifikace proteinů), současně zajišťuje i syntézu oligonukleotidů a analýzu DNA (sekvenace, fragmentační
analýza).
Spolupráce LMFR a CL v rámci navrhovaného Centra základního výzkumu je cíleně zaměřena na řešení specifických
dílčích cílů projektu a umožní využití výše uvedených technik v rámci celého řešitelského týmu jednotlivých subjektů LC.
Laboratoř molekulární fyziologie rostlin se dlouhodobě zabývá problematikou regulace hormonálních regulací u rostlin.
Dílčí cíle navrhovaného projektu tematicky navazují na problematiku řešenou v rámci předchozího Výzkumného centra
SIDROS (MŠMT LN00A081), Výzkumného záměru MŠMT č. 143100008 „Genomy a jejich funkce“ a řešené cíle jsou
zejména komplementární k problematice řešené pracovištěm v rámci probíhajícího Výzkumného záměru MŠMT č.
0021622415 „Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací“. Předkládaný projekt je také v souladu s celkovou
koncepcí laboratoře a vhodně doplňuje některé další projekty, např. v současnosti již podané projekty spolupráce s
dalšími evropskými partnery v rámci specifických programů 6. RP (projekt „Lateral Root development in Arabidopsis
thaliana, LARA” a projekt ”Plant Signalling Networks, PLANET” v rámci programu Lidské zdroje a mobilita, Marie Curie
Research Training Network, Call: FP6-2005-Mobility-1).
Oblast regulace morfogeneze, především postembryonální de novo organogeneze včetně regulace tvorby laterálních
kořenů a identifikace molekulární podstaty regulačních mechanizmů především hormonální povahy, představují pro naše
pracoviště zásadní priority ve středně i dlouhodobém strategickém směřování našeho výzkumu. Dílčí cíle navrhovaného
projektu směřují k naplnění tohoto směřování, jehož součástí je jak koncentrace špičkových technologií, tak i dlouhodobá
personální politika pro tvorbu jádra výzkumného týmu, zaměřená na výchovu vlastních mladých pracovníků i na zajištění
podmínek pro návrat mladých spolupracovníků ze zahraničí.
Laboratoř molekulární fyziologie rostlin (LMFR) se na řešení problematiky příbuzné problematice výzkumné činnosti
Centra základního výzkumu podílí od počátku svého založení v roce 1996. Od té doby publikovali pracovníci LMFR
množství odborných publikací, bezprostředně související s problematikou navrhovaného projektu (viz bod 2.7). V rámci
předchozích projektů docházelo také ke spolupráci s některými ze současných spolunavrhovatelů, především doc.
RNDr. Evou Zažímalovou, CSc., koordinátorkou navrhovaného projektu a některými dalšími spolupracovníky Ústavu
experimentální botaniky AV ČR i ze zahraničí. V současné době probíhá konkrétní spolupráce s Ing. Miroslavem
Kamínkem, CSc. v rámci společného projektu A600380507 Grantová agentura AV ČR. „Mechanizmy udržující
hormonální homeostáze v rostlinných buňkách“. Naše laboratoř také úzce spolupracuje s dalšími pracovníky Ústavu
experimentální botaniky AV ČR (ing. Jiří Malbeck, CSc., ing. Petre Ivanov Dobrev, CSc.), a to především při identifikaci
změn hladin hormonů (cytokininů, auxinů a ABA). Zmíněné spolupráce se ukázaly být velmi plodné a bylo by velmi
žádoucí v nich pokračovat. Z mezinárodních spoluprací v této oblasti je to v minulosti spolupráce s prof. Klausem Palme,
MPI fuer Züchtungsforschung, Köln na problematice genu CKI1 nebo Dr. Ianem Moorem, Oxford University,
problematika regulovatelné exprese genu pro biosyntézu cytokininů a Dr. Klausem Harterem, Universität Tübingen,
problematika dvoukomponentních signálních systémů. V současné době je to především spolupráce s Universität
Tübingen, konkrétně s Dr. Jiřím Frimlem a Dr. Evou Benkovou. Zejména spolupráce s Dr. Jiřím Frimlem je v současnosti
velmi úzká. Dr. Jiří Friml je v současnosti členem LMFR (formou částečného úvazku) a podílí se aktivně na řešení
problematiky probíhajícího Výzkumného záměru MŠMT č. 0021622415 „Molekulární podstata buněčných a tkáňových
regulací“ a je také členem řešitelského týmu a jedním z garantů navrhovaného projektu LC.
Při definování specifických cílů, které bude LMFR plnit v navrhovaném projektu, jsme vycházeli především z výhod, které
poskytne sdružení několika pracovišť do jednoho celku.
1. Jedná se především o spolupráci s doc. RNDr. Evou Zažímalovou, CSc. a Mgr. Jiřím Frimlem, Ph.D., na problematice
vzájemných interakcí mezi cytokininy a proteiny podílejícími se na transportu auxinů. Při analýze těchto interakcí bude
využito analýzy vlivu jak exogenních tak i endogenních cytokininů na změny v intracelulární, tkáňově specifické distribuci
auxinu v transgenních liniích Arabidopsis thaliana pomocí sledování změn exprese markerového genu pod kontrolou
auxinem inducibilního elementu (DR5rev::GFP). Kvantifikace předpokládaných změn v efektivitě auxinového transportu
za přítomnosti cytokininů bude sledována pomocí analýzy akumulace radioaktivně značených auxinů v tabákových
buněčných kulturách BY2 (s doc. RNDr. Evou Zažímalovou, CSc.). Ke sledování vlivů změn endogenních koncentrací
cytokininů na intracelulární koncentraci auxinů budou použity transgenní rostliny Arabidopsis thaliana s ektopickou
expresí genů pro biosyntézu a biodegradaci cytokininů (geny pro isopentenyltransferázu a cytokininoxidázu, geny IPT,
resp. CKX). Předpokládanými výsledky je ověření hypotézy o interakci dvou nejdůležitějších rostlinných morfogenních
faktorů cytokininů a auxinů na úrovni regulace auxinového transportu a pokus o identifikaci molekulárních mechanizmů
této interakce.
2. Dále se naše pracoviště bude zabývat identifikací genetických i environmentálních faktorů zúčastňujících se regulace
distribuce morfogenních faktorů (cytokininů) a přenosu a regulace cytokininového signálu (především prostřednictvím
receptorové histidinkinázy CKI1, ale i dalších, dosud identifikovaných receptorů). Pro tento účel budou využity již
existující transgenní linie Arabidopsis thaliana s expresí markeroveho genu ("genu-zpravodaje")pod kontrolou
promotorové oblasti genu CKI1 (pCKI1::uidA), a dále budou připraveny nové markerové linie s expresí markerového
genu (uidA, GFP) pod kontrolou promotorů genů již identifikovaných cytokinin-responzivních genů a vybraných genů
zúčastňujících se regulace cytokininového metabolizmu. Tyto markerové linie budou mutovány pomocí chemických
mutagenů (např. EMS) a bude připravena knihovna mutantních M2 linií. Jednotlivé M2 linie pak budou analyzovány na
přítomnost odchylek od standardního expresního profilu pomocí systému pro semi-automatickou mikroskopickou
analýzu (systém pro virtuální digitální mikroskopii ".slide" firmy Olympus). Identifikovaní mutanti pak budou pomocí
fragmentační analýzy a molekulárních markerů zmapováni („map-based cloning“) a dále podrobně charakterizováni
(analýza expresního profilu, identifikace sekvenčně specifických mutantů a jejich fenotypu a identifikace těchto genů v
regulaci přenosu cytokininového signálu a morfogenezi rostlin).
3. Třetím okruhem problémů, bude analýza změn vybrané části proteomu v odpověď na změny jak exogenních, tak
endogenních cytokininů. Bude se jednat především o sledování posttranslačních modifikací (zejména fosforylací)
vybraných proteinů, jejichž role v regulaci morfogeneze rostlin již byly identifikovány (PIN proteiny, proteiny
dvoukomponentních signálních systémů u Arabidopsis), ale pokusíme se identifikovat i další předpokládané cíle přenosu
fosfátu v odpověď na morfogenní stimuly. Jako nástroj pro sledování změn ve fosforylaci proteinů budou použity
transgenní linie exprimující rekombinantní proteiny ve fůzi s molekulárními markery, umožňujícími jejich snadnou
identifikaci ve směsi proteinů pomocí fluorescenčního detektoru a kapalinové chromatografie (např. PIN1-GFP, viz dále).
V kombinaci s MALDI-MS a LC-MSMS pak budou analyzovány změny ve fosforylaci těchto proteinů v různých
mutantních pozadích (např. mutace v genu pid, kódujícím kinázu a vykazujícím fenotypové změny podobné fenotypu
mutantů v genu pro protein zúčastňující se transportu auxinů pin1, který je potenciálním a velmi pravděpodobným cílem
jeho kinázové aktivity). Proteomické metody (2D elektroforeza, 2D LC, MALDI-MS, LC-MSMS) budou využity i ke studiu
posttranslačních modifikací (fosforylací) u vybraných členů dvoukomponentních systémů, kteří se účastní přenosu
cytokininového signálu a to zejména na odpověď ve změnách exogenních i endogenních hladin cytokininů (transgenní
rostliny se změnou exprese genů pro biosyntézu a biodegradaci cytokininů IPT a CKX, viz bod 1).
Originálních výsledků bylo dosaženo např. při identifikaci role předpokládaného cytokininového receptoru ve vývoji
samičího gametofytu a v současnosti probíhá dokončování rukopisu s korejským partnerem (Dr. Ildoo Hwang) na téma
expresní a funkční analýzy CKI1 a identifikace jeho role v přenosu cytokininového signálu. Dále byla v Laboratoři
molekulární fyziologie rostlin pomocí metod místně řízené metageneze studována struktura aktivního centra kukuřičné βglukosidasy Zm-p60.1 a role tohoto enzymu v procesech podílejících se na regulaci intracelulární koncentrace biologicky
aktivních forem cytokininů. V naší laboratoři (LMFR) byly sledovány fenotypové odpovědi na zvýšené endogenní hladiny
cytokininů pomocí transgenních linií Arabidopsis nesoucích genové konstrukty umožňující konstitutivní i steroidně
regulované změny v expresi genu pro biosyntézu cytokininů (gen pro bakteriální isopentenyltransferázu, IPT). Úspěšně
byly identifikovány změny proteomu během vývoje rostlin bez přístupu světla (skotomorfogeneze) u linií se zvýšenými
endogenními hladinami cytokininů (odborné publikace viz. bod 2.7).
Kromě současné a velmi intenzivní spolupráce s již zmíněnou skupinou Dr. Jiřího Frimla (Universität Tübingen) jsme v
současném roce podali 2 grantové přihlášky do specifického programu 6. RP, projekt „Lateral Root development in
Arabidopsis thaliana, LARA”, a projekt ”Plant Signalling Networks, PLANET” v rámci programu Lidské zdroje a mobilita,
Marie Curie Research Training Network, Call: FP6-2005-Mobility-1. V rámci těchto projektů bychom chtěli navázat
spolupráci s dalšími evropskými laboratořemi (v projektu je zapojeno celkem 18 evropských partnerů). V současné době
jsme již v kontaktu s našimi potenciálními partnery z tohoto projektu a snažíme se o zavedení dalších pokročilých
technologií, ve kterých mají tito naši partneři evropskou prioritu (analýza biologicky významných moleku (RNA, hormonů
a v našem případě proteinů) na buněčné a tkáňově specifické úrovni). V této souvislosti by bylo výstupem navrhovaného
projektu (Centra základního výzkumu, LC) především zajištění technologických priorit jak v metodice vyhledávání
mutantů se změnami v expresních profilech markerových genů (evropská priorita v nákupu zcela nového systému pro
virtuální digitální mikroskopii .slide firmy Olympus), tak i priorita v analýze změn fosforylačních profilů v odpověď na
specifické morfogenní stimuly u rostlin. Získání těchto priorit podstatně zvýší naši kompetitivnost na poli evropské vědy a
zvýší naši atraktivitu i pro ostatní potenciální spolupracující laboratoře. V případě úspěchu ve výše uvedených
evropských projektech bude vykazováno plnění našich závazků podle harmonogramu těchto projektů, které tedy budou
kontrolovatelnými etapami (plánovaný počátek obou podaných projektů je leden 2007).
1. prof. Klaus Palme, Max-Delbrueck-Laboratorium, Max-Planck-Institute fur Zuechtungsforschung, Koeln,
Bundesrepublik Deutschland
.
Jan Hejátko září 1997 - červen 1998 a říjen 1999 - únor 2002 studijní pobyt v rámci řešení projektu PL966135 Evropská
komise, DG XII, program INCO-COPERNICUS.
Palme, K. (řešitel): The role of phytohormones in control of plant development and architecture. V současné době
připravován společný rukopis k publikaci.
Společné publikace a aktivity:
HEJÁTKO, J., PERNISOVÁ, M., ENEVA, T., PALME, K., BRZOBOHATÝ, B.. The putative sensor histidine kinase CKI1
is involved in female gametophyte development in Arabidopsis. Molecular Genetics and Genomics, 2003, vol. 269, No.
4, s. 443-453. ISSN 1617-4615. ( IF =2,727)
KRISTOFFERSEN P, BRZOBOHATY B, HOHFELD I, BAKO L, MELKONIAN M, PALME K Developmental regulation of
the maize Zm-g60.1 gene encoding a beta-glucosidase located to plastids. Planta 2000, vol.. 210, No.3, s. 407-415,
ISSN 0032-0935. ( IF = 3,199)
ROTREKL V, NEJEDLA E, KUCERA I, ABDALLAH, F., PALME, K., BRZOBOHATY, B. The role of cysteine residues in
structure and enzyme activity of a maize beta-glucosidase, Eur J Biochem.,1999, vol..266, No. 3, s.1056-1065. ISSN
0014-2956. ( IF=3,307 )
HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ Petra, PERNISOVÁ, Markéta, SOUČEK, Přemysl, ŠIŠKOVÁ, Helena, PERNISOVÁ,
Markéta, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Expressional regulation of CKI1provides molecular evidence for
hormone interplay during Arabidopsis root development. In :Auxins and Cytokinins in Plant Development, 2nd
International Symposium, Praha 7.-12.7.2005. Biologia Plantarum, 2005, Vol. 49 (Suppl), S27. , ISSN 0006 3134.
HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ Petra, PERNISOVÁ, Markéta, SOUČEK, Přemysl, ŠIŠKOVÁ, Helena, PERNISOVÁ,
Markéta, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav.Expressional regulation of CKI1provides molecular evidence for
hormone interplay during Arabidopsis root development. In :Auxins and Cytokinins in Plant Development, 2nd
International Symposium, Praha 7.-12.7.2005. Biologia Plantarum, 2005, Vol. 49 (Suppl), S27. , ISSN 0006 3134.
HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta , ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Investigating the role
of sensor histidine kinase CKI1 in Arabidopsis using a reverse genetics approach. In Book of Abstracts, Plant
GEMs/GARNet, Plant Genomic European Meetings, York, U.K. York , 3.-6-10. 2003, s. 179.
HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta , ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. The putative sensor
histidine kinase CKI1 is involved in Arabidopsis female gametophyte development. In Book of Abstracts, Plant Biology
2003, Hawai, U.S.A., 25.-30.7. 2003, s. 121.
HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ Petra, PERNISOVÁ, Markéta, TAENZLER Petra., PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Mutations in CKI1 block female gametophyte development in Arabidopsis thaliana. in Book of Abstracts, 13-th
Congress of the Federation of European Societies of Plant Physiology, 1.-6.9. 2002, Crete, s. 303.
2. Dr. Jiří Friml a Dr. Eva Benková, Universität Tübingen, Zentrum für Molekularbiologie der Pflanzen, Bundesrepublik
Deutschland
V současné době se jedná o velmi intenzivní spolupráci na úrovni sdílení pracovního úvazku Dr. Frimla v LMFR, který se
tak podílí na řešení cílů VZ PřF a je plánován i jeho podíl jako garanta a člena řešitelského týmu navrhovaného projektu
LC . Konkrétně se jedná o spolupráci na problematice regulace auxinového transportu, vliv cytokininů na auxinový
transport a role posttranslačních modifikací v regulaci transportu auxinů a morfogenezi rostlin.
DUBOVÁ, J., HEJÁTKO, J., FRIML, J. Reproduction, Plants. In: Meyers R.A. (Ed.): Encyclopedia of Molecular Cell
Biology and Molecular Medicine, Vol. 12, 2nd. Ed., Wiley - VCH Verlag GmbH & Co, KGaA Weinheim, 2005. , s. 249 295. ISBN-13: 978-3-527-30649-7, ISBN-10: 3-527-30649-8.
V současné době připravujeme materiál pro další společnou publikaci.
3. Dr. Ildoo Hwang, POSTECH Biotech Center (PBC), Department of Life Sciences, Pohang University of Science and
Technology, Pohang 790-784, KOREA
V současné době připravujeme společný rukopis pro publikaci.
4. Dr. Ian Moore, Oxford University, U.K.
SAMALOVA M, BRZOBOHATY B, MOORE I . pOp6/LhGR: a stringently regulated and highly responsive
dexamethasone-inducible gene expression system for tobacco Plant J. 2005, vol. 41. No. 6, s. 919-935. ISSN 09607412.
5. Prof. Dr. Klaus Harter, Universität Tübingen, ZMBP, Pflanzenphysiologie, Bundesrepublik Deutschland.
Spolupráce v oblasti výzkumu ARR genů. Byly uskutečněny výměnné pobyty pracovníků (Prof. Klaus Harter – Ing. Matej
Lexa a Jakub Horák). Mgr. Jakub Horák vypracovává v současné době svou doktorskou dizertační práci v laboratoři
prof. Hartera. Jeho návrat a zapojení do plnění cílů projektu je plánovaný od roku 2008. Společná prezentace na
konferenci.:
MIRA-RODADO, V, SWEERE, U., LEXA, M., HORÁK, J., FEJES, E., NAGY, F.,SCHAFER, E., HARTER, K. A His-toAsp phosphorelay modifies the activity of ARR4 on phytochrome signaling. In. XIII International Conference on
Arabidopsis research, Sevilla, Spain.
Mateřské pracoviště Laboratoře molekulární fyziologie rostlin, Oddělení funkční genomiky a proteomiky PřF MU je
vybaveno na velmi dobré úrovni pro většinu prací nutných pro řešení dílčích cílů navrhovaného projektu. Jedná se
zejména o zázemí nutné pro kultivaci rostlin (nově vybudovaný, pylotěsný experimentální skleník s úplnou automatickou
kontrolou klimatu, umožňující práci s GMO a kultivační boxy pro kultivaci rostlin za přísně kontrolovaných podmínek jak v
zemině tak in vitro), vybavení pro mikroskopické analýzy (plně motorizovaný a počítačem řízený mikroskop pro práci s
fluorescencí i DIC a automatickou analýzou obrazu) a laboratorní vybavení pro základní i pokročilé molekulární techniky:
Klonování a příprava rekombinantních molekul DNA, in situ hybridizace mRNA i proteinů, exprese a purifikace
rekombinantních proteinů v heterologních systémech (bakteriálních i kvasinkových), místně řízená metageneze, příprava
transgenních rostlin a identifikace sekvenčně specifických mutant, zejména u modelového organismu Arabidopsis
thaliana. Centrální laboratoř speciálních technik pak disponuje vybavením nutným pro analýzu rostlinného proteomu (2D
elektroforeza, 2D LC, MALDI-MS, LC-MSMS) a současně disponuje i vybavením pro syntézu oligonukleotidů a analýzu
DNA (sekvence, fragmentační analýza).
V 1. roce řešení projektu je pro analýzu velkého množství rostlinných linií (v řádu tisíců) nutné zakoupit vybavení pro
semi-automatickou mikroskopickou analýzu, virtuální digitální mikroskopii, systém „.slide“ firmy Olympus. Uvedený
systém je novinkou firmy na trhu a v případě realizace projektu bychom získali evropskou prioritu pro mikroskopickou
analýzu velkého množství markerových linií. Vzhledem k nízké očekávané frekvenci mutací s efektem na změnu
expresního profilu bude nutné prohledat řádově tisíce linií z M2 generace. Kultivace těchto linií bude probíhat v nově
vybudovaném, pylotěsném skleníku s automatickou kontrolou klimatu, který má pracoviště OFGP k dispozici. Ze semen
M2 generace pak budou in vitro vypěstovány semenáčky, u kterých bude pomocí histochemických metod (kultivace v
detekčním pufru obsahujícím substrát pro markerový gen uidA) provedena detekce expresního profilu daného promotoru
a budou připraveny mikroskopické preparáty pro následující mikroskopickou analýzu. Systém pro virtuální digitální
mikroskopii umožňuje automatickou dokumentaci preparátů na klasických mikroskopických sklíčkách, které jsou
umístěny v zásobníku pro 50 sklíček. Systém umožňuje automatické podávání sklíček ze zásobníku, vkládá je do
motorizovaného stolku a je schopen samostatně vyhledat objekty na sklíčku a zdokumentovat je v požadovaném
zvětšení pomocí rastrování a autofokusu. Takto vytvořený obraz je zpracován pomocí speciálního programu, který
umožní vytvoření celkového obrazu preparátů (skládání jednotlivých částí po rastrování a kompresi obrazu pro snížení
paměťové náročnosti) a uložen do databáze. Obsluha pak provádí vyhodnocování vizuálně, porovnáváním jednotlivých
virtuálních objektů (proto tedy virtuální digitální mikroskopie) na obrazovce počítače ve zvoleném zvětšení. Tento systém
je plně kompatibilní se software pro automatickou analýzu obrazu, který již máme v LMFR k dispozici a umožňuje tedy i
kvalitativní a kvantitativní analýzu vybraných objektů. Navíc tento systém umožňuje sdílení výsledkových databází např.
prostřednictvim internetu a je tedy vynikajícím nástrojem pro projekty zahrnující několik účastníků, kteří jsou geograficky
vzdáleni, jako je tomu právě v případě navrhovaného projektu LC.
Dále je nutno pořídit v druhém roce řešení projektu fluorimetrický detektor ke stávajícímu kapalinovému chromatografu
včetně příslušenství. Fluorimetrický detektor je základním předpokladem detekce fůzních proteinů s molekulárními
markery (GFP) při studiu změn ve fosforylaci proteinů.
4.2.2. Řešitelský tým - Masarykova univerzita v Brně
Hejátko Jan RNDr. Ph.D. 740405/4537 Česká republika
řešitel
Nejedlá Eliška RNDr. CSc. 535114/124 Česká republika
Friml Jiří Mgr. Dr. rer. nat., Ph.D. 730624/4616 Česká republika
Paděrová Eva Mgr. 775610/3751 Česká republika
Zdráhal Zbyněk RNDr. Dr. 650312/0052 Česká republika
Articov Gulnara M.Sc. Ph.D. Moldavská republika
Fohlerová Radka Mgr. 785517/5878 Česká republika
Horák Jakub Mgr. 790216/5678 Česká republika
Lochmanová Gabriela Mgr. 795425/3791 Česká republika
Možná Milana 535515/075 Česká republika
Pernisová Markéta Mgr. 775415/4375 Česká republika
Šedo Ondrej Mgr. Ph..D. 790706/3868 Česká republika
Hejátko Jan RNDr. Ph.D. 740405/4537 Česká republika
řešitel
vědeckovýzkumný pracovník, vedoucí Laboratoře molekulární fyziologie rostlin
549494165 721857913 549492640 [email protected]
Datum:
Podpis:
řešitel a garant, koordinace projektu za MU, interakce cytokininu a auxinoveho transportu, genetické
vyhledávání mutantů
- DUBOVÁ, J., HEJÁTKO, J., FRIML, J. Reproduction, Plants. In: Meyers R.A. (Ed.): Encyclopedia of
Weinheim, 2005, s. 249-295, ISBN-13: 978-3-527-30649-7, ISBN-10: 3-527-30649-8.
- HEJÁTKO, J., PERNISOVÁ, M., ENEVA, T., PALME, K., BRZOBOHATÝ, B. The putative sensor histidine
Genomics, 2003, vol. 269, no. 4, s. 443-453, ISSN 1617-4615. (IF=2,240)
- HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ Petra, PERNISOVÁ, Markéta, SOUČEK, Přemysl, ŠIŠKOVÁ, Helena,
PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Expressional regulation of CKI1 provides molecular evidence for
hormone interplay during Arabidopsis root development. In: Auxins and Cytokinins in Plant Development,
2nd International Symposium, Praha 7.-12.7.2005. Biologia Plantarum, 2005, Vol. 49 (Suppl), s.27, ISSN
0006 3134.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. CKI1, a
putative sensor histidine kinase is essential for proper female gametophyte formation in Arabidopsis thaliana.
In Boook of Abstracts, Cytokinematics 2004, Microscopy of Live Cells in the Post Genomics Era. The 8th
Symposium on Light Microscopy & Live Cells in Hradec Kralove. Ed.: RNDr. F. Skopec, CSc., NUCLEUS
HK, 2004, s. 22, ISBN 80-86225.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Book of Abstracts, Plant GEMs/GARNet, Plant Genomic European Meetings, York, U.K. York, 3.-6-10. 2003,
s. 179.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. The
- HEJÁTKO, J., PERNISOVÁ, M., ENEVA, T., PALME, K., BRZOBOHATÝ, B. The gametophytic expression
of the gene for sensor histidine kinase CKI1 is essential for embryo sac formation in Arabidopsis. In Book of
Abstracts, Plant reproduction: from Mendel to molecular biology, 2003, s. 67.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, PERNISOVÁ, Markéta, HORÁK, Jakub, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Inzerční mutageneze ve funkční genomice Arabidopsis thaliana. In Kniha abstrakt, 3. metodické dny,
Žďárské vrchy, Milovy. Praha: Česká společnost experimentální biologie rostlin, Ústav experimentální
botaniky AV ČR, 2003, s. 23.
gametophytic expression of the gene for sensor histidine kinase CKI1 is essential for embryo sac formation
in Arabidopsis. In Book of Abstracts, Plant reproduction: from Mendel to molecular biology. Brno: MU Brno,
2003, s. 67, ISBN 80-210-3194-8.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. A
putative sensor histidine kinase CKI1 is involved in Arabidopsis female gametophyte development. In
Sborník příspěvků, VII. pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, Brno, 29.1.2003, s.24.
- HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ Petra, PERNISOVÁ, Markéta, TAENZLER, Petra, PALME, Klaus,
thaliana. In Progress in basic, applied and diagnostic histochemistry. The 39-th Symposium with
International Participation. Brno, Česká republika: Masarykova univerzita v Brně, Czech Society for Histoand Cytochemistry, Kamenice 3, Brno, 2002, s. 20.
- HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ, Petra, PERNISOVÁ, Markéta, TAENZLER, Petra, PALME, Klaus,
thaliana. In Book of Abstracts, 13-th Congress of the Federation of European Societies of Plant Physiology,
1.-6.9. 2002, Crete, s. 303.
- BORKOVCOVÁ, Petra, ZOUHAR, Jan, HEJÁTKO, Jan, BRZOBOHATÝ, Břetislav. A receiver domain of
CKI1 sensor kinase: expression, purification and antibody production. In 17th International Conference on
Plant Growth Substances, Brno, Czech Republic, July 1-6, 2001, Mendel University of Agriculture and
Forestry, Brno, 2001, s. 151, ISBN 80-7157-518-6.
- BORKOVCOVÁ, Petra, ZOUHAR, Jan, HEJÁTKO, Jan, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Expression and singlestep purification of the signal receiver domain of CKI1, a putative cytokinin receptor from Arabidopsis
thaliana. in V. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, Sborník příspěvků, Masarykova
univerzita v Brně, 2001, s. 30, ISBN 80-210-2538-7.
Nejedlá Eliška RNDr. CSc. 535114/124 Česká republika
odborný pracovník
559496088 549492640 [email protected]
klonování, fragmentační analýza DNA, mapovani a identifikace mutantů
- KONEČNÁ, Hana , NEJEDLÁ, Eliška, PADĚROVÁ, Eva, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Centrální laboratoř speciálních technik na Masarykově univerzitě. In VIII. pracovní setkání biochemiků a
molekulárních biologů. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, s. 12, ISBN 80-210-3321-5.
- GENKOV, Todor Nikolaev, DUBOVÁ, Jaroslava, GUO, Jianchun, REKOVÁ, Alena, NEJEDLÁ, Eliška,
LEXA, Matej, NEJEDLÍK, Jan, MALBECK, Jiří, VÁGNER, Martin, MOORE, Ian, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Distinct responses to activation of a cytokinin biosynthesis gene, ipt, in tobacco and Arabidopsis seedling
development. In 13th Congress of the Federation of European Societies of Plant Physiology, Hersonissos,
Heraklion, Crete, Greece, 2-6 September 2002, Book of Abstracts. Hersonissos, Greece : FESPP, 2002, s.
130.
- BRZOBOHATÝ, Břetislav, GENKOV, Todor Nikolaev, NEJEDLÁ, Eliška, NEJEDLÍK, Jan, DUBOVÁ,
Jaroslava, MALBECK, Jiří, VÁGNER, Martin, MOORE, Ian. Phenotype alterations accompanying activation
of a cytokinin biosynthesis gene, ipt, during germination and early seedling development in tobacco. In Plant
Biology 2002 Final Program, Denver, Colorado, USA, August 3-7, 2002. Denver, USA : ASPB, 2002, s. 118.
- GENKOV, Todor Nikolaev, DUBOVÁ, Jaroslava, GUO, Jianchun, REKOVÁ, Alena, NEJEDLÁ, Eliška,
LEXA, Matej, NEJEDLÍK, Jan, MALBECK, Jiří, VÁGNER, Martin, MOORE, Ian, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Tobacco and Arabidopsis seedling development upon activation of ipt, a cytokinin biosynthesis gene.
European Journal of Biochemistry, 2002, vol. 269, Supp. s. 39, ISSN 0014-2956.
- DUBOVÁ, Jaroslava, HÁJKOVÁ, Martina, NEJEDLÁ, Eliška, GENKOV, Todor Nikolaev, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Anatomical Study of ipt Transgenic Tobacco Embryo and Seedling Meristem Development. In
From Gametes to Embryos, 10th International Conference on Plant Embryology, Book of Abstracts. Nitra:
Institute of Plant Genetics and Biotechnology, Slovak Academy of Sciences, 2001, s. 60.
- BRZOBOHATÝ, Břetislav, GENKOV, Todor Nikolaev, MOORE, Ian, DUBOVÁ, Jaroslava, NEJEDLÁ,
Eliška, MALBECK, Jiří, VÁGNER, Martin. Developmental Consequences of ipt Activation in Germinating
Tobacco Seedlings. In 17th International Conference on Plant Growth Substances, Brno, Czech Republic,
July 1-6, 2001, Abstracts. Mendel University of Agriculture and Forestry, Brno, 2001, s. 57, ISBN 80-7157518-6.
Friml Jiří Mgr. Dr. rer. nat., Ph.D. 730624/4616 Česká republika
vědeckovýzkumný pracovník
+49-7071-2978889 +49-7071-295797 [email protected]
garant, role cytokininu a posttranslačních modifikací v regulaci auxinového transportu
- FRIML, J., BENFEY, P., BENKOVÁ, E., BENNETT, M., BERLETH, T., GELDNER, N., GREBE, M.,
JÜRGENS, G., LAUX, T., LINDSEY, K., LUKOWITZ, W., LUSCHNIG, C., OFFRINGA, R., SCHERES, B.,
SWARUP, R., TORRES RUIZ, R., WEIJERS, D., ZAŽÍMALOVÁ, E. Apical/basal polarity: Why plant cells do
not stand on their heads., TIPS, 2005, accepted.
- SAUER, M., FRIML, J. In vitro culture of Arabidopsis embryos in `Somatic embryogenesis: new
approaches`, 2005, Springer Verlag, in press.
- GELDNER, N., FRIML, J., STIERHOF, Y.-D., JÜRGENS, G., PALME, K. Polar auxin transport inhibitors
block PIN1 cycling and vesicle trafficking. Nature, 2001, vol. 413, s. 425-428, ISSN 0028-0836. (IF=27,955)
- GIL, P., DEWEY, E., FRIML, J., ZHAO, Y., SNOWDEN, K.C., PUTTERILL, J., PALME, K., ESTELLE, M.,
CHORY, J. BIG: a calossin-like protein required for polar auxin transport in Arabidopsis. Genes & Dev. 2001,
vol. 15, s. 1985-1997, ISSN 0890-9369. (IF=20,880)
- MOLENDIJK, A., BISCHOFF, F., RAJENDRAKUMAR, C., FRIML, J., BRAUN, M., GILROY, S., PALME, K.
Arabidopsis thaliana Rop GTPases are localized to tips of root hairs and control polar growth. EMBO J.,
2001, vol. 20, s. 2779-2788, ISSN 0261-4189. (IF=12,459)
- TRNKOVÁ, L., FRIML, J., DRACKA, O. Elimination voltammetry of adenine and cytosine mixtures.
Bioelectrochemistry, 2001, vol. 54, s. 131-136, ISSN 0302-4598. (IF=1,096)
- DUBOVÁ, J., HEJÁTKO, J., FRIML, J. Reproduction, Plants. In: Meyers R.A. (Ed.): Encyclopedia of
Weinheim, 2005, s. 249-295, ISBN-13: 978-3-527-30649-7, ISBN-10: 3-527-30649-8.
- DHONUKSHE, P., KLEINE-VEHN, J., FRIML, J. Cell polarity, auxin transport and cytoskeleton mediated
division planes: who comes first? Protoplasma, 2005, in press. ISSN 0033 183X.
- FRIML, J., WISNIEWSKA, J. Auxin as an Intercellular Signal in “Intercellular Communication in Plants”,
2005, Blackwell Publishing, Ed. Andrew Fleming, s. 1-26, ISBN 1405120681.
- MORRIS, D., FRIML, J., ZAŽÍMALOVÁ, E. The Transport of Auxins in “Plant Hormones: Biosynthesis,
Signal Transduction, Action”, 2004, Kluwer Academic Publishers, Ed. Davies, Peter. J, s. 437-470, ISBN 14020-2685-4.
- SAUER, M., FRIML, J. The Matryoshka Dolls of Plant Polarity. Development, 2004, vol. 131, s. 5774-5775,
ISSN 0950-1991. (IF=7,149)
- FRIML, J. Auxin transport - shaping the plant. Curr Opin Plant Biol., 2003, vol. 6, s.7-12, ISSN 1369-5266.
(IF=8,945)
- FRIML, J., PALME, K. Polar auxin transport - old questions and new concepts? Plant Mol Biol., 2002, vol.
49, s. 273-284, ISSN 0167-4412. (IF=4,529)
- VIETEN, A., VANNESTE, S., WIŚNIEWSKA, J., BENKOVÁ, E., BENJAMINS, E., BEECKMAN, E.,
LUSCHNIG, C., FRIML, J. Functional redundancy of PIN proteins is accompanied by auxin-dependent
cross-regulation of PIN expression. Development, 2005, vol. 132, s. 4521-4531, ISSN 0950-1991.
- WEIJERS, D., SAUER, M., MEURETTE, O., FRIML, J., LJUNG, K., SANDBERG, G., HOOYKAAS, P.,
OFFRINGA, R. Maintenance of Embryonic Auxin Distribution for Apical-Basal Patterning by PIN-FORMEDDependent Auxin Transport in Arabidopsis. Plant Cell, 2005, vol. 17, s. 2517-2526, ISSN 1040-4651.
- PACIOREK, T., ZAŽÍMALOVÁ, E., RUTHARDT, N., PETRÁŠEK, J., STIERHOF, Y.-D., KLEINE-VEHN, J.,
MORRIS, D.A., EMANS, N., JÜRGENS, G., GELDNER, N., FRIML, J. Auxin inhibits endocytosis and
promotes its own efflux from cells. Nature, 2005, vol. 435, s. 1251-1256, ISSN 0028-0836.
- BLILOU, I., XU, J., WILDWATER, M., WILLEMSEN, V., PAPONOV, I., FRIML, J., HEIDSTRA, R., AIDA,
M., PALME, K., SCHERES, B. The PIN auxin efflux facilitator network controls growth and patterning in
Arabidopsis roots. Nature, 2005, vol. 433, s. 39-44, ISSN 0028-0836.
- DUROUX, M., HOUBEN, A., RŮŽIČKA, K., FRIML, J., GRASSER, K. The chromatin-remodelling complex
FACT associates with actively transcribed regions of the Arabidopsis genome. Plant J., 2004, vol. 40, s.
660–671, ISSN 0960-7412. (IF=6,367)
- SAUER, M., FRIML, J. In vitro Culture of Arabidopsis Embryos within their Ovules. Plant J., 2004, vol. 40,
s. 835–843, ISSN 0960-7412. (IF=6,367)
- FRIML, J., YANG, X., MICHNIEWICZ, M., WEIJERS, D., QUINT, A., TIETZ, O., BENJAMINS, R., LJUNG,
K., SANDBERG, G., HOOYKAAS, P., PALME, K., OFFRINGA, R. A PINOID-dependent binary switch in
apical-basal PIN polar targeting directs auxin efflux. Science, 2004, vol. 306, s. 862-865, ISSN 0036-8075.
(IF=31,853)
- REINHARDT, D., PESCE, E., STIEGER, P., MANDEL, T., BALTENSPERGER, K., BENNETT, M., TRAAS,
J., FRIML, J., KUHLEMEIER, C. Regulation of phyllotaxis by polar auxin transport. Nature, 2003, vol. 426, s.
256-260, ISSN 0028-0836. (IF=30,979)
- BENKOVÁ, E., MICHNIEWICZ, M., SAUER, M., TEICHMANN, T., SEIFERTOVÁ, D., JÜRGENS, G.,
FRIML, J. Local, efflux-dependent auxin gradients as a common module for plant organ formation. Cell,
2003, vol. 115, s. 591-602, ISSN 0092-8674. (IF=26,626)
- FRIML, J., VIETEN, A., SAUER, M., WEIJERS, D., SCHWARZ, H., HAMANN, T., OFFRINGA, R.,
JÜRGENS, G. Efflux-dependent auxin gradients establish the apical-basal axis of Arabidopsis. Nature, 2003,
vol. 426, s. 147-153, ISSN 0028-0836. (IF=30,979)
- FRIML, J., BENKOVA, E., MAYER, U., PALME, K., MUSTER, G. Automated whole-mount localisation
techniques for plants. Plant J., 2003, vol. 34, s. 115-124, ISSN 0960-7412. (IF=5,914)
- WILLEMSEN, V., FRIML, J., GREBE, M., VAN DEN TOORN, A., PALME, K. , SCHERES. B. Cell polarity
and PIN protein positioning in Arabidopsis require STEROL METHYLTRANSFERASE1 function. Plant Cell,
2003, vol.15, s. 612-625, ISSN 1040 4651. (IF=10,679)
- FRIML, J., BENKOVÁ, E., BLILOU, I., WISNIEWSKA, J., HAMANN, T., LJUNG, K., WOODY, S.,
SANDBERG, G., SCHERES, B., JÜRGENS, G., PALME, K. AtPIN4 mediates sink driven auxin gradients
and patterning in Arabidopsis roots. Cell, 2002, vol. 108, s. 661-673, ISSN 0092-8674. (IF=27,254)
- FRIML, J., WISNIEWSKA, J., BENKOVÁ, E., MENDGEN, K., PALME, K. Lateral relocation of auxin efflux
regulator AtPIN3 mediates tropism in Arabidopsis. Nature, 2002, vol. 415, s. 806-809, ISSN 0028-0836.
(IF=30,432)
- GREBE, M., FRIML, J., SWARUP, R., LJUNG, K., SANDBERG, G., TERLOU, M., PALME, K., BENNETT,
M. SCHERES, B. Cell Polarity Signaling in Arabidopsis Involves a BFA-Sensitive Auxin Influx Pathway. Curr.
Biol. 2002, vol. 12, s. 329-334, ISSN 0960-9822. (IF=7,007)
- SOUTER, M., TOPPING, J., PULLEN, M., FRIML, J., PALME, K., HACKETT, R., GRIERSON, D.,
LINDSEY, K. Hydra mutants of Arabidopsis are defective in sterol profiles and auxin and ethylene signaling.
Plant Cell, 2002, vol. 14, s. 1017-1031, ISSN 1040-4651. (IF=10,751)
- SWARUP, R., FRIML, J., MARCHANT, A., LJUNG, K., SANDBERG, G., PALME, K., BENNETT, M.
Localization of the auxin permease AUX1 suggests two functionally distinct hormone transport pathways
operate in the Arabidopsis root apex. Genes & Dev. 2001, vol. 15, s. 2648-2653, ISSN 0890-9369.
(IF=18,772)
Paděrová Eva Mgr. 775610/3751 Česká republika
odborný pracovník
549496341 549494640 [email protected]
fragmentační analýza a sekvenace DNA
- KONEČNÁ, Hana , NEJEDLÁ, Eliška, PADĚROVÁ, Eva, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Centrální laboratoř speciálních technik na Masarykově univerzitě. In VIII. pracovní setkání biochemiků a
Zdráhal Zbyněk RNDr. Dr. 650312/0052 Česká republika
vědeckovýzkumný pracovník, vedoucí Centrální laboratoře speciálních technik
549498258 549492640 [email protected]
garant, separace a charakterizace proteinů a jejich modifikací, MS techniky
- EYER, Luděk, PANTŮČEK, Roman, RŮŽIČKOVÁ, Vladislava, KAŠPÁREK, Petr, KONEČNÁ, Hana,
ZDRÁHAL, Zbyněk, PREISLER, Jan, DOŠKAŘ, Jiří. Analýza genomu a proteomu polyvalentního
stafylokokového bakteriofága 812. In. Informační listy Česko-Slovenské genetické společnosti Gregora
Mendela, Brno: 2005, MU Přírodovědecká fakulta, s. 7, ISSN 1210-6267.
- EYER, Luděk, ZDRÁHAL, Zbyněk, KONEČNÁ, Hana, PANTŮČEK, Roman, RŮŽIČKOVÁ, Vladislava,
PREISLER, Jan, HERNYCHOVÁ, L., DOŠKAŘ, Jiří. Analýza proteomu polyvalentního fága. In Študentská
vedecká konferencia. KARTPRINT Bratislava: Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave,
2005, s. 25, ISBN 80-88870-46-1.
- VÁŇOVÁ, Pavlína, BÖHMOVÁ, Gabriela, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Two-dimensional Electrophoresis in Analysis of Arabidopsis thaliana Proteome: A Beginning of a
Long Story. In VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Přírodovědecká fakulta MU:
Masarykova univerzita v Brně, 2003, s. 37-38, ISBN 80-210-3053-4.
- ŠMARDA, Jan, ZAHRADNÍČKOVÁ, Eva, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, ŠMARDOVÁ, Jana. Zrání
monoblastů BM2 je doprovázeno zvýšenou expresí vimentinu. In VII. Pracovní setkání biochemiků a
molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2003, s. 68-68, ISBN 80-210-3053-4.
- BÖHMOVÁ, Gabriela, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, KOUKALOVÁ, Šárka, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Identification of cytokinin responsive proteins in Arabidopsis thaliana seedling using a protemic
approach. In: Sborník abstrakt, 5. mezioborové setkání mladých biologů, biochemiků a chemiků, Milovy,
Česká Republika, 15.-18.6.2005, Chem. Listy, Prague, 2005, roč. 99, 351-355, ISSN 0009-2770.
- BOUCHAL, Pavel, ZDRÁHAL, Zbyněk, JANICZEK, Oldřich, HELÁNOVÁ, Šárka, HALLBERG, Kevin B.,
MANDL, Martin. Proteomic analysis of iron and sulfur oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using
immobilized pH gradients and mass spectrometry. In Molecular & Cellular Proteomics 4, 8 (Suppl. 1).
Birmingham, USA: American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2005, s. 234, ISBN 1535-9476.
- VÁŇA, Petr, ZAHRADNÍČKOVÁ, Eva, POVOLNÁ, Karolína, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk,
ŠMARDA, Jan. Versatility of proteome during terminal differentiation of v-myb-transformed monoblasts. In
Sborník příspěvků IX. pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita
v Brně, 2005, s. 32-33, ISBN 80-210-3635-4.
- VÁŇA, Petr, ZAHRADNÍČKOVÁ, Eva, POVOLNÁ, Karolína, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk,
ŠMARDA, Jan. Versatility of proteome during terminal differentiation of v-myb-transformed monoblasts. In
Študentská vedecká konferencia, Bratislava: Univerzita Komenského v Bratislave, 2005, s. 148, ISBN 8088870-46-1.
- ZDRÁHAL, Zbyněk, KONEČNÁ, Hana, EYER, Luděk, PANTŮČEK, Roman, DOŠKAŘ, Jiří, PREISLER,
Jan. Analysis of the polyvalent bacteriophage 812 proteome. In Book of abstracts. Tokaj (Maďarsko): Mass
Spectrometry Department of the Chemical Research Centrer of the Hungarian Academy of Sciences, 2004,
s. 47, ISBN 9637067108.
- EYER, Luděk, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, PREISLER, Jan, PANTŮČEK, Roman, DOŠKAŘ,
Jiří. Analýza proteomu polyvalentního bakteriofága 812. In VIII. Pracovní setkání biochemiků a
molekulárních biologů. Sborník abstraktů. 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, s. 45, ISBN
80-210-3321-5.
- BÖHMOVÁ, Gabriela, VÁŇOVÁ, Pavlína, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Arabidopsis thaliana proteome influenced by plant hormones cytokinins. In VIII.Pracovní setkání
biochemiků a molekulárních biologů. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, s. 23, ISBN 80-2103321-5.
- KOTOUČKOVÁ, L., SCHUMANN, P., DURNOVÁ, E., SPRÖER, C., SEDLÁČEK, I., NEČA, J., ZDRÁHAL,
Z., NĚMEC, M.: Arthrobacter nitroguajacolicus sp. nov., a novel 4-nitroguaiacol degrading actinobacterium.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, UK: Society for General Microbiology,
2004, vol. 54, No. 3, os. 773-777, ISSN 1466-5026.
- PREISLER, Jan, VRÁBEL, Patrik, NOVÁKOVÁ, Jaromíra, SPĚŠNÝ, Michal, ZDRÁHAL, Zbyněk,
KONEČNÁ, Hana, KRÁSENSKÝ, Pavel, EYER, Luděk, DOŠKAŘ, Jiří, PANTŮČEK, Roman, FORET,
František, KLEPÁRNÍK, Karel. Capillary Electrophoresis of Bacteriophage 812 Proteins Combined with
MALDI Mass Spectrometry. In Final Program and Book of Abstracts of 17th International Symposium on
Microscale Separations and Capillary Electrophoresis. Salzburg, Austria: HPCE, 2004, s. 83-84.
- KONEČNÁ, Hana, NEJEDLÁ, Eliška, PADĚROVÁ, Eva, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Centrální laboratoř speciálních technik na Masarykově univerzitě. In VIII. Pracovní setkání biochemiků a
- VÁŇOVÁ, Pavlína, CHEVALIER, Francois, BÖHMOVÁ, Gabriela, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk,
Böhmová, Gabriela, ROSSIGNOL, Michel, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Effect of endogenous cytokinin levels
on the Arabidopsis thaliana proteome.
- In Chemica 43S Supplement (Collected Reports of the Natural Science Faculty Palacký University
Olomouc Czech Republic). Olomouc: Palacký University, 2004, s. 24-24, ISBN 80-244-0882-1.
- DOŠKAŘ, Jiří, PANTŮČEK, Roman, RŮŽIČKOVÁ, Vladislava, KAŠPÁREK, Petr, EYER, Luděk,
KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, PREISLER, Jan. Genomic and proteomic characterization of the
polyvalent staphylophage 812. In 11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal
Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts. Charleston, South Carolina, USA: Medical University of
South Carolina, 2004, s. 201.
- BOUCHAL, P., PŘECECHTĚLOVÁ, P., ZDRÁHAL, Z., KUČERA, I.. Protein composition of Paracoccus
denitrificans cells grown on various electron acceptors and in the presence of azide. Proteomics, 2004, vol.
4, No. 9, s. 2662-2671, ISSN 1615-9853.
- BOUCHAL, Pavel, PŘECECHTĚLOVÁ, Petra, ZDRÁHAL, Zbyněk, KUČERA, Igor. Proteomová analýza
bakterie Paracoccus denitrificans a konstrukce 2-DE databáze bílkovin. In VIII. Pracovní setkání biochemiků
a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, s. 5, ISBN 80-2103321-5.
- DOŠKAŘ, Jiří, PANTŮČEK, Roman, RŮŽIČKOVÁ, Vladislava, KAŠPÁREK, Petr, EYER, Luděk
KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, PREISLER, Jan. Srovnávací analýza genomu a proteomu
polyvalentních stafylofágů. Bulletin Československé společnosti mikrobiologické, Praha: ČSSM, 2004, roč.
45, Suppl. 3A, s. 152, ISSN 0009-0646.
Böhmová, Gabriela, ROSSIGNOL, Michel, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Struktura proteinových profilů rostlin
Arabidopsis thaliana s rozdílnými hladinami endogenních cytokininů. In Česko-slovenská studentská
vědecká konference 1.5.2004. Sborník abstraktů. Brno, Česká republika : Masarykova univerzita v Brně,
2004, s. 90, ISBN 80-210-3376-2.
- BOUCHAL, P., PŘECECHTĚLOVÁ, P., ZDRÁHAL, Z., KUČERA, I.. The effects of terminal electron
acceptor and sodium azide on the Paracoccus denitrificans protein composition. In Acta Universitatis
Palackianae Olomucensis - Chemica 43S. Olomouc: Palackého univerzita Olomouc, 2004, s. 28-29, ISBN
80-244-0882-1.
- BÖHMOVÁ, Gabriela, KONEČNÁ, Hana, VÁŇOVÁ, Pavlína, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Změny proteinových spekter A. thaliana vyvolané zvýšením hladin endogenních cytokininů. In 1.
Česká proteomická konference. Liběchov: Ústav živočisné fyziologie a genetiky AVČR, 2004, s. 20-20.
- BENEŠ, Petr, ZAHRADNÍČKOVÁ, Eva, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, ŠMARDA, Jan. Zvýšená
koncentrace vimentinu jako marker diferenciace monoblastů Ů BM2. In VIII. Pracovní setkání biochemiků a
molekulárních biologů. Sborník abstraktů. 1. vyd. Brno : Masarykova univerzita v Brně, 2004. s. 3.. ISBN 80210-3321-5.
- BOUCHAL, Pavel, PŘECECHTĚLOVÁ, Petra, ZDRÁHAL, Zbyněk, KUČERA, Igor. Analýza proteomu
bakterie Paracoccus denitrificans. In VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník
příspěvků. Brno: Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně, 2003, s. 17-18, ISBN 80-210-3053-4.
- PREISLER, Jan, ZDRÁHAL, Zbyněk, KLEPÁRNÍK, Karel, FORET, František, VRÁBEL, Patrik, MALÁ,
Zdena, DOŠKAŘ, Jiří, PANTŮČEK, Roman, RŮŽIČKOVÁ, Vladislava, KONEČNÁ, Hana, KRÁSENSKÝ,
Pavel. Proteomic Analysis of Therapeutically Important Bacteriophage 812 by Combination of
Electrophoresis and Mass Spectrometry. In 51st Annual Conference on Mass Spectrometry and Allied
Topics - Abstract book. Montreal: American Society for Mass Spectrometry, 2003, s. 1152-1152.
- BORKOVCOVÁ, Petra, ZDRÁHAL, Zbyněk, KONEČNÁ, Hana, BRZOBOHATÝ, Břetislav. The Receiver
Domain: Attempts at Biochemical Characterization. In VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních
biologů. Přírodovědecká fakulta MU v Brně: Masarykova univerzita v Brně, 2003, s. 17, ISBN 80-210-30534.
- BOUCHAL, Pavel, PŘECECHTĚLOVÁ, Petra, ZDRÁHAL, Zbyněk, KUČERA, Igor. Towards the
Paracoccus denitrificans 2-DE protein database. In Proteomic Forum, München 2003. International Meeting
on Proteome Analysis. September 14-17, 2003. München, Germany: Technische Universität München,
2003, s. 283-283, ISBN 3-936175-01-2.
Articov Gulnara M.Sc. Ph.D. Moldavská republika
Lab. of Genome Instability and Gene Engineering, Institute of Genetics of Academy of Sciences of Moldova
odborný pracovník
+37322780434 +37322556180 [email protected], [email protected]
analýza posttranslačních modifikací proteinů (fosforylace), identifikace a analýza proteinových interakcí
- BOORTSEVA, S.A., REVA, V.A., ARTICOV, G.S., TOFILAT, S.D., RASTIMESHINA, I.O. The JasmonateInduced Synthesis of Protein de novo by Streptomyces canosus 71 var.6, obtained after ?-Irradiation.
Electrical precision treatment of materials. 2001, vol. 3, s.47-54.
- ARTICOV, G. Modification of the solubility of native sunflower protein by limited proteolyses. Scientific
Annals USM, Series „Chemical and Biological Science”, Chisinau: CE USM, 2002, s.137-139.
- ARTICOV, G. Proteolyses of sunflower 11S storage globulin. Scientific Annals USM, Series „Chemical and
Biological Science”, Chisinau: CE USM, 2003, s. 102-106.
- ARTICOV, G., LAPTEVA, N. Sunflower proteins isolate: obtainment, limited trypsinolyses and functional
properties. Scientific Annals USM, Series „Chemical and Biological Science”, Chisinau: CE USM, 2003,
s.106-110.
- ZAKHAROV, A., ARTICOV, G., SHUTOV, A. Peculiarity of sunflower 11S seed storage globulin. Scientific
Annals USM, Series „Chemical and Biological Science”, Chisinau: CE USM, 2003, p.204-207.
- LAPTEVA, N., ARTICOV, G., DOXASTAXIS, G., VAINTRAUB, I. Functional properties of sunflower protein
isolates from industrial solvent cake Scientific Annals USM,Series „Chemical and Biological Science”,
Chisinau: CE USM.
- ARTICOV, G., REVA, V., VAINTRAUB, I. Role of thioredoxin isoforms in storage protein mobilization. The
III-rd National Symposium with the international participation Genetic Engineering and modern
Biotechnologies ( in press).
- BRAUDO, E.E., DANILENKO, A.N., GUSLYANNIKOV, P.V., KOZHEVNIKOV, G.O., ARTIKOV, G.S.,
LAPTEVA, N.A., VAINTRAUB, I.A., SIRONI, E., DURANTI M. Comparative effects of limited tryptic
hydrolysis on the physicochemical and structural features of seed 11S globulins. International J. of Biological
Macromolecules (submitted).
- ARTICOV, G.S. The kinetics of trypsinolyses of sunflower 11S globulin. 7th School-Conference of Young
Scientists “Biology –Science of 21st century”, Puschino, Russia, 14-16 April, 2003, p. 284.
- GUSLYANNIKOV, P., VARFOLOMEEVA, E., DIANOVA, V., DANILENKO, A., BRAUDO,, E., ARTICOV G.,
VAINTRAUB, I., KROKHA, N. Protein Conversion In The Course Of The Induced Autolysis Of Pea Meal. 5-th
European Conference on Food Proteins, Dijon, France, 17-21 November, 2003.
Fohlerová Radka Mgr.
549493231 549492640 [email protected]
analýza přenosu fosfátu u vybraných členů cytokininových signálních drah, exprese, purifikace a
biochemická analýza proteinů
- FOHLEROVÁ, Radka, MAZURA, Pavel, JANDA, Lubomír, CHALOUPKOVÁ, Radka,
JEŘÁBEK, Petr, DAMBORSKÝ, Jiří, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Functional analysisof the active site of the
maize beta–glucosidase Zm-p60.1. In: Auxins and Cytokinins in Plant Development, 2nd International
Symposium, Praha 7.-12.7.2005. Biologia Plantarum, 2005, Vol. 49 (Suppl), s. 3, ISSN 0006 3134.
Horák Jakub Mgr. 790216/5678 Česká republika
++49-707129-78802 ++49-707129-3287 [email protected]
chrakterizace role signálních drah, především dvoukomponentních systémů, v morfogenezi rostlin
- HORAK, J., BRZOBOHATY, B., LEXA, M. Molecular and physiological characterisation of an insertion
mutant in the ARR21 putative response regulator gene from Arabidopsis thaliana. Plant Biology, 2003, vol.5,
No. 3, s. 245-254. ISSN 1435-8603.
(IF=1,420)
- HORÁK, J., LEXA, M.: Dvoukomponentní systémy: regulátory odpovědi a přenos signálu u Arabidopsis
thaliana.
Biologické listy, 2003, roč. 67, č. 4, 297 - 317.
- MIRA-RODADO, Virtudes, SWEERE, Uta., LEXA, Matej, HORÁK, Jakub, FEJES, Erzsebet, NAGY,
Ferenc, SCHAFER, Eberhard, HARTER, Klaus.: A His-to-Asp phosphorelay modifies the activity of ARR4 on
phytochrome signaling. In XIII International Conference on Arabidopsis Research , Abstract number 9-6,
2002, Sevilla, Spain.
- LEXA, M., HORÁK, J., BRZOBOHATÝ, B. Virtual PCR. Bioinformatics, 2001, vol. 17, No. 2, s. 192-193.
ISSN 1367-4803. (IF=3,421)
- LEXA, Matej, HORÁK, Jakub, ROTKOVSKÁ, Julia Olegivna, BRZOBOHATÝ, Břetislav: Insertional Mutants
in Arabidopsis Response Regulator Genes. In 17th International Conference on Plant Growth Substances,
Brno, Czech Republic, July 1-6, 2001, Abstract 148
Lochmanová Gabriela Mgr. 795425/3791 Česká republika
5494954721 549492640 [email protected]
analýza rostlinného proteomu, 2D elektroforetické techniky
- BÖHMOVÁ, Gabriela, ZDRÁHAL, Zbyněk, KONEČNÁ, Hana, VÁLKOVÁ, Martina, KOUKALOVÁ, Šárka,
ŠIŠKOVÁ, Helena, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Cytokinin induced photomorphogenesis in dark-grown
Arabidopsis: a proteome analysis. In: Book of Abstracts, 2nd International Symposium, Auxins and
Cytokinins in Plant Development. Prague, Czech Republic, 7.-12.July, 2005. Biologia Plantarum, 2005, Vol.
49 (Suppl), S34., ISSN 0006 3134.
- BÖHMOVÁ, Gabriela, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, KOUKALOVÁ, Šárka, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Identification of cytokinin responsive proteins in Arabidopsis thaliana seedling using a protemic
approach. In: Sborník abstrakt, 5. mezioborové setkání mladých biologů, biochemiků a chemiků, Milovy,
Česká Republika, 15.-18.6.2005, Chem. Listy, Prague, 2005, roč. 99, 351-355, ISSN 0009-2770.
- BÖHMOVÁ, Gabriela, ZDRÁHAL, Zbyněk, KONEČNÁ, Hana, KOUKALOVÁ, Šárka, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Proteomic strategy for investigation of cytokinin action in Arabidopsis thaliana. In Book of
Abstracts, HUPO 2005, Munich, Germany, 29.8.-1.9.2005. Molecular and cellular proteomics. Irvine:
American society for biochemistry and molecular biology, 2005, s. 256-256, ISSN 1535-9476. Supplement to
Molecular and Cellular Proteomics: Volume 4, Numer 8 (Supp. 1), August 2005.
- BÖHMOVÁ, Gabriela, VÁŇOVÁ, Pavlína, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Arabidopsis thaliana proteome influenced by plant hormones cytokinins. In VIII.Pracovní setkání
biochemiků a molekulárních biologů. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, s. 23, ISBN 80-2103321-5.
ROSSIGNOL, Michel, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Effect of endogenous cytokinin levels on the Arabidopsis
thaliana proteome. In Chemica 43S Supplement (Collected Reports of the Natural Science Faculty Palacký
University Olomouc Czech Republic). Olomouc : Palacký University, 2004, s. 24-24, ISBN 80-244-0882-1.
ROSSIGNOL, Michel, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Struktura proteinových profilů rostlin Arabidopsis thaliana s
rozdílnými hladinami endogenních cytokininů. In Česko-slovenská studentská vědecká konference 1.5.2004.
Sborník abstraktů. Brno, Česká republika: Masarykova univerzita v Brně, 2004, s. 90, ISBN 80-210-3376-2.
- BÖHMOVÁ, Gabriela, KONEČNÁ, Hana, VÁŇOVÁ, Pavlína, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Změny proteinových spekter A. thaliana vyvolané zvýšením hladin endogenních cytokininů. In 1.
Česká proteomická konference. Liběchov: Ústav živočisné fyziologie a genetiky AVČR, 2004, s. 20.
- VÁŇOVÁ, Pavlína, BÖHMOVÁ, Gabriela, KONEČNÁ, Hana, ZDRÁHAL, Zbyněk, BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Two-dimensional electrophoresis in analysis of Arabidopsis thaliana proteome: A beginning of a
long story. In VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Přírodovědecká fakulta MU:
Masarykova univerzita v Brně, 2003, s. 37-38, ISBN 80-210-3053-4.
Možná Milana
laborant
genetické vyhledávání, obsluha digitálního virtuálního mikroskopu pro semi-automatickou analýzu
expresních vzorců vybraných genů a jejich vyhodnocování
Pernisová Markéta Mgr. 775415/4375 Česká republika
student doktoského studia
549496470 549492640 [email protected]
identifikace a analýza specificých vývojových odpovědí na exogenní aplikaci morfogenních faktorů
(cytokininů a auxinů), analýza role genu CKI1 v těchto procesech
- HEJÁTKO, J., PERNISOVÁ, M., ENEVA, T., PALME, K., BRZOBOHATÝ, B. The putative sensor histidine
Genomics, 2003, vol. 269, No. 4, s. 443-453, ISSN 1617-4615.
- HEJÁTKO, Jan, BORKOVCOVÁ, Petra, PERNISOVÁ, Markéta, SOUČEK, Přemysl, ŠIŠKOVÁ, Helena,
PERNISOVÁ, Markéta, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Expressional regulation of CKI1 provides
molecular evidence for hormone interplay during Arabidopsis root development. In: Auxins and Cytokinins in
Plant Development, 2nd International Symposium, Praha 7.-12.7.2005. Biologia Plantarum, 2005, Vol. 49
(Suppl), s. 27, ISSN 0006 3134.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. CKI1, a
putative sensor histidine kinase is essential for proper female gametophyte formation in Arabidopsis thaliana.
In Boook of Abstracts, Cytokinematics 2004, Microscopy of Live Cells in the Post Genomics Era. The 8th
Symposium on Light Microscopy & Live Cells in Hradec Kralove. Ed.: RNDr. F. Skopec, CSc., NUCLEUS
HK, 2004, s. 22, ISBN 80-86225.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Book of Abstracts, Plant GEMs/GARNet, Plant Genomic European Meetings, York, U.K. York, 3.-6.10. 2003,
s. 179.
- HEJÁTKO, J., PERNISOVÁ, M., ENEVA, T., PALME, K., BRZOBOHATÝ, B. The gametophytic expression
of the gene for sensor histidine kinase CKI1 is essential for embryo sac formation in Arabidopsis. in Book of
Abstracts, Plant reproduction: from Mendel to molecular biology, 2003, s. 67.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, HORÁK, Jakub, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Inzerční mutageneze
ve funkční genomice Arabidopsis thaliana. In Kniha abstrakt, 3. metodické dny, Žďárské vrchy, Milovy.
Praha: Česká společnost experimentální biologie rostlin, Ústav experimentální botaniky AV ČR, 2003, s. 23.
gametophytic expression of the gene for sensor histidine kinase CKI1 is essential for embryo sac formation
in Arabidopsis. In Book of Abstracts, Plant reproduction: from Mendel to molecular biology. Brno: MU Brno,
2003, s. 67, ISBN 80-210-3194-8.
- HEJÁTKO, Jan, PERNISOVÁ, Markéta, ENEVA, Tinka, PALME, Klaus, BRZOBOHATÝ, Břetislav. A
putative sensor histidine kinase CKI1 is involved in Arabidopsis female gametophyte development. In
Sborník příspěvků, VII. pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, Brno, 29.1.2003, s.24.
thaliana. In Progress in basic, applied and diagnostic histochemistry. The 39-th Symposium with
International Participation. Brno, Česká republika: Masarykova univerzita v Brně, Czech Society for Histoand Cytochemistry, Kamenice 3, Brno, 2002, s. 20.
thaliana. In Book of Abstracts, 13-th Congress of the Federation of European Societies of Plant Physiology,
1.-6.9. 2002, Crete, s. 303.
Šedo Ondrej Mgr. Ph..D. 790706/3868 Česká republika
odborný pracovník
549497304 549492640 [email protected]
MS techniky, analýza proteinových modifikací a interakcí pomocí kapalinové chromatografie
- ŠEDO, Ondrej, NOVOTNÁ, Klára, HAVEL, Josef. Use of osmium tetroxide-bipyridine reagent in MALDITOF MS analysis of peptides including [Gly14]-humanin derivatives. In Biologicky aktivní peptidy VIII. Praha:
ÚOCHB AV ČR, 2003, s. 45, ISBN 80-86241-18-1.
- ŠEDO, Ondrej, NOVOTNÁ, Klára, HAVEL, Josef. Use of osmium tetroxide-bipyridine reagent for MALDITOF MS analysis of peptides including [Gly14]-humanin derivatives. Collection Symposium Series, Prague:
Institute of Organic Chemistry and Bioch, 2003, vol.6, s. 102-104, ISSN 80-86241-20-3.
- NOVOTNÁ, Klára, ŠEDO, Ondrej, HAVEL, Josef. Matrix assisted laser desorption-ionisation time of flight
mass spectrometry analysis of humanin-like peptides. In Biologicky aktivní peptidy VIII. Praha: ÚOCHB AV
ČR, 2003, s. 36-36, ISBN 80-86241-18-1.
- NOVOTNÁ, Klára, ŠEDO, Ondrej, HAVEL, Josef. Matrix Assisted Laser Desorption-Ionisation-Time of
Flight Mass Spectrometry analysis of humanin-like peptides. Collection Symposium Series, Praha: Institute
of Organic Chemistry and Bioch, 2003, vol. 6, s. 65-68, ISSN 80-86241-20-3.
- ALBERTI, Milan, ŠEDO, Ondrej, HAVEL, Josef. Laser ablation synthesis and TOF mass spectrometric
identification of tellurium, sulfur and mixed tellurium-sulfur clusters. Polyhedron, Oxford: Pergamon-Elsevier
Science, 2003, vol. 22, No.18, s. 2601-2605, ISSN 0277-5387. (IF=1,584)
- TÁBORSKÝ, Petr, ŠEDO, Ondrej, HAVEL, Josef. Complexation of copper(II) ions with [Gly14] modified
humanin. Collection Symposium Series, Praha: Institute of Organic Chemistry and Bioch, 2003, vol. 6, s.
109-111, ISSN 80-86241-20-3.
- TÁBORSKÝ, Petr, ŠEDO, Ondrej, HAVEL, Josef. Complexation of copper (II) ions with [Gly14]-modified
humanin. In Biologicky aktivní peptidy VIII. Praha: ÚOCHB AVČR PRAHA, 2003, s. 47-47, ISBN 80-8624118-1.
- ŠEDO, O., HAVEL, J. Analýza peptidů hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF. Chemické Listy, 2003, roč.
97, č. 2, s. 101-108, ISSN 0009-2770. (IF=0,345)
- NOVOTNÁ, K., ŠEDO, O., HAVEL, J. MALDI-TOF mass spectrometric properties of humanin-like peptides.
Journal of Applied Biomedicine, 2004, vol 2, No.2, s. 113-117, ISSN 1214-021X.
- VORÁČ, Z., ALBERTI, M., ŠEDO, O., HAVEL, J. Laser Desorption-Ionisation Time of Flight Mass
Spectrometry of hexachlorocyclotriphosphazene and octachlorocyclotetraphosphazene. Chemické Listy,
Praha, 2004, roč. 98, 639-639, ISSN 0009-2770. (IF=0,348)
- ŠEDO, O., VORÁČ, Z., ALBERTI, M., HAVEL, J. Laser ablation synthesis of new phosphorus-sulfur
clusters and their TOF mass spectrometric identification. Polyhedron, 2004, vol. 23, No.7, s. 1199-1206,
ISSN 0277-5387. (IF=1,586)
- ŠEDO, O., ALBERTI, M., HAVEL, J. Laser Ablation Synthesis: From Selenium Clusters to Selenium-Sulfur
Heterocycles. Chemické Listy, 2004, roč. 98, s. 639-639, ISSN 0009-2770. (IF=0,348)
- HAVEL, Josef, ŠEDO, Ondrej, ALBERTI, Milan. Laser Ablation Synthesis and Simultaneous Mass
Spectrometric Analysis of Inorganic Clusters. Shimadzu News, 2004, vol. 3, s. 2-5.
- ŠEDO, O., BILLOVÁ, S., PENA, M., ELADIA, M., PALEČEK, E., HAVEL, J. Derivatisation of peptides with
osmium tetroxide, 2,2-bipyridine: capillary electrophoretic and MALDITOF mass spectrometric study.
Analytica Chimica Acta, Amsterdam: Elsevier Science Publishers, 2004, vol. 515, No.2, s. 261-269, ISSN
0003-2670. (IF=0,353)
- ŠEDO, O., NOVOTNÁ, K., HAVEL, J. Advantages of derivatization by osmium tetroxide and 2,2`-bipyridine
for matrix-assisted laser desorption/ionization post-source decay fragment ion analysis of peptides. Rapid
Communications in Mass Spectrometry, 2004, vol. 18, No. 3, s. 339-344, ISSN 0951-4198. (IF=2,750)
- ALBERTI, M., ŠEDO, O., HAVEL, J. Laser ablation generation of cluster ions from concentrated sulfuric
and selenic acids. Rapid Communications in Mass Spectrometry, Hoboken, USA: Wiley InterScience, 2005,
vol. 19, No. 10, 1339-1342, ISSN 0951-4198. (IF=2,750)
pracoviště Centra ) - "Masarykova univerzita v Brně"
Role uchazeče
IČ
Kód banky
Název banky
Číslo účtu
Specifický symbol
DIČ
WWW adresa
- vedený kde
- oddíl
- vložka
010 - příjemce
00216224
Masarykova univerzita v Brně
VVS
Žerotínovo nám.
617
9
Brno
60177
CZ
549491000
0100
KB Brno - město
85636621
2135
CZ00216224
MU
http://www.muni.cz
Fiala Petr prof. PhDr. Ph.D. - rektor 549491001 549491060 [email protected]
Razítko:
Datum:
Podpis
(y):
Fiala Petr prof. PhDr. Ph.D.
rektor
návrhu projektu.
projektu.
4.2.7. Vyjádření k duplicitě řešení - Masarykova univerzita v Brně
Navrhovaný projekt navazuje na problematiku řešenou v rámci předchozího Výzkumného centra SIDROS
(MŠMT LN00A081), Výzkumného záměru MŠMT č. 143100008 „Genomy a jejich funkce“ a řešené cíle jsou
zejména komplementární k problematice řešené pracovištěm v rámci probíhajícího Výzkumného záměru
MŠMT č. 0021622415 „Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací“. Předkládaný projekt je také v
souladu s celkovou koncepcí laboratoře a vhodně doplňuje některé další projekty, např. v současnosti
podané projekty spolupráce s dalšími evropskými partnery v rámci specifických programů 6. RP (projekt
„Lateral Root development in Arabidopsis thaliana, LARA” a projekt ”Plant Signalling Networks, PLANET” v
rámci programu Lidské zdroje a mobilita (Marie Curie Research Training Network, Call: FP6-2005-Mobility-1)
a doplňuje také projekt podaný řešitelem ke Grantové agentuře AVČR, reg. č. B601630607, "Identifikace
signálu rozpoznávaného receptorovou histidinkinázou CKI1 u Arabidopsis thaliana.". Cíle navrhovaného
projektu LC jsou dále komplementární k projektu, na jehož řešení se spolupodílí řešitel navrhovaného LC
(Jan Hejátko), Grantová agentura AV ČR č. A600380507 „Mechanizmy udržující hormonální homeostáze v
rostlinných buňkách" a členkou řešitelského týmu (Gabrielou Lochmanovou), projekt FRVŠ č. 804/2005
"Změny proteomu Arabidopsis thaliana vyvolané zvýšením hladin endogenních cytokininů", který v roce
2005 končí. Některé ze zmíněných projektů (zejména v současnosti řešený Výzkumný záměr MŠMT č.
0021622415 „Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací“)jsou s touto problematikou částečně
duplicitní. V případě navrhovanmého projektu LC se ovšem jedná o další rozvíjení problematiky těchto
projektů, jak je i patrné z požadovaného objemu investičních prostředků a z požadavků na vytvoření nových
pracovních míst pro nově příchozí mladé spolupracovníky a částečně pro návrat mladých spolupracovníků
ze zahraničí. Nejedná se tedy v žádném případě o plnou duplicitu řešení.
4.2.1. - Popis pracoviště subjektu centra - Mendelova zemědělská a lesnická
univerzita v Brně
Název pracoviště
Pro činnost centra budou vyčleněny prostory v areálu Mendelovy zemědělské a lesnické univerzity v Brně, Zemědělská
1, 613 00 Brno. Jedná se o laboratoře a kultivační místnosti Ústavu molekulární biologie a radiobiologie a skleníky
Ústavu biologie rostlin. Pracovny: P1059, P1079, P1080. Laboratoře P1040, P1041, P1048, P1057, P1059, P1081,
P1084, P1085, P1086. Skleníky pro GMO, pavilon F. Část laboratoří je v kontrolovaném pásmu pro práci s radioizotopy
a pro práci s geneticky modifikovanými organizmy.
Rámec výzkumné a vývojové činnosti Mendelovy zemědělské a lesnické univerzity v Brně (MZLU) a její Agronomické
fakulty (AF) je popsán v Dlouhodobém záměru vzdělávací, vědecké, výzkumné, vývojové, umělecké a další tvůrčí
činnosti MZLU v Brně a podrobněji zpracován ve stejnojmenném dokumentu AF MZLU v Brně. V oblasti molekulárněbiologických věd byla vědecko-výzkumná činnost AF MZLU do roku 2004 především soustředěna ve VZ „Regulace
biologických a technologických procesů pro konkurenceschopné zemědělství“ (MSM 432100001, řešitel prof. J. Dvořák),
zvláště v etapách VE 01 „Molekulární mechanismy regulující vývoj rostlin a zvířat – teoretický základ pro jejich citlivé
využití člověkem“ (Prof. Ing. Stanislav Procházka, DrSc.) a VE 02 „Látkové vztahy mezi organismy a jejich interakce s
biosférou“ (Prof. RNDr. Vlastimil Kubáň, DrSc.) na jejichž řešení se podílely kolektivy Ústavu biologie rostlin a Ústavu
chemie a biochemie vytvořené v rámci programu „Posílení výzkumu na VŠ“. V rámci navrhovaného VC vznikne na AF
MZLU nový výzkumný tým (doc. Brzobohatý a kol.) zaměřený na výzkum hormonálních regulací u rostlin s využitím
genomických a proteomických nástrojů. Tým je vytvořen zejména z pracovníků, kteří v předchozích letech spolupracovali
společně s pracovníky Ústavu biologie rostlin AF MZLU na řešení VC „Signální dráhy u rostlin“ (řešitelka prof. RNDr.
Ivana Macháčková, CSc.) a působili na PřF MU, kde participovali na VZ PřF MU „Genomy a jejich funkce“ (řešitelka prof.
RNDr. Jiřina Relichová, CSc.). Vytvoření tohoto týmu umožní etablovat na AF MZLU nové přístupy funkční genomiky pro
studium vývojových a adaptačních procesů u rostlin.
Tým doc. Brzobohatého patří mezi významné skupiny v ČR zabývající se analýzou hormonálních regulací u rostlin s
využitím nástrojů funkční genomiky. Tým vznikl na PřF MU v rámci programu Posílení výzkumu na VŠ (projekt
„Laboratoř molekulární fyziologie rostlin“) a dále rozvíjel výzkumnou problematiku v rámci VZ PřF MU „Genomy a jejich
funkce“. V tomto období byly dosaženy ve spolupráci s domácími (zejména Ústavem experimentální botaniky AV ČR a
Národním centrem pro výzkum biomolekul PřF MU a) i zahraničními pracovišti (Max-Planck-Institute for Plant Breeding,
Cologne, Germany; Dept. of Molecular Biophysics, Lund University, Sweden; Dept. of Plant Sciences, University of
Oxford, UK; MSU-DOE Plant Research Laboratory, Michigan State University, USA) významné výsledky v oblasti vztahu
mezi metabolizmem a funkcí rostlinných hormonů cytokininů a rozpoznáním a přenosem signálů u rostlin. Byly vytvořeny
nezbytné metodické předpoklady pro studium molekulární determinace katalytického působení beta-glukosidasy, která
se může podílet na regulaci buněčného dělení uvolňováním biologicky aktivních forem cytokininů z jejich neaktivních
glukosidů (Kuderová et al., 1999, Zouhar et al., 1999, Vévodová et al., 2001) a byly získány první poznatky o molekulární
architektuře jejího katalytického centra (Rotrekl et al., 1999, Zouhar et al., 2001). Vzhledem ke zjištěné lokalizaci této
beta-glukosidasy v plastidech a chloroplastech je pravděpodobné, že se může podílet na regulaci objevených
cirkadiánních změn v hladinách glukosidů cytokininů v chloroplastech celistvých rostlin (Benková et al., 1999,
Kristoffersen et al., 2000). Byly vypracovány bioinformatické nástroje a postupy regulovatelné exprese transgenů v
rostlinách jako jedny ze základů aplikace funkční genomiky (Lexa et al., 2001, Lexa et al., 2002, Šámalová et al., 2005).
K nejvýznamnějším výsledkům získaným přístupy funkční genomiky patří objev role senzorové histidinkinasy CKI1 ve
vývoji samičího gametofytu (Hejátko et al., 2003). Byla započata systematická analýza funkce genů kódujících regulátory
odpovědi (Horák et al., 2003). V oblasti studia vztahů mezi metabolizmem a působením rostlinných hormonů na úrovni
celistvých rostlin byl vypracován a validován matematický model simulující metabolizmus cytokininů a byla započata
analýza interakcí regulačních obvodů jednotlivých tříd hormonů (Lexa et al., 2003, Genkov et al., 2003). Byly zveřejněny
první výsledky práce směřující k detailnímu studiu dynamiky proteomu Arabidopsis thaliana v odpovědi na řízené
zvyšování hladin endogenních cytokininů (Váňová et al., 2005, Böhmová et al., 2005).
Uznání přínosu působení týmu v národním a mezinárodním kontextu se odrazilo v jeho úspěšném zapojení v národních
a mezinárodních spolupracích a v oceněních udělených členům týmu, např. udělení ceny Biologické sekce PřF MU a
Ceny rektora MU mladým pracovníkům týmu za vynikající výsledky dosažené v rámci diplomových a disertačních prací a
ceny za nejlepší studentský poster na prestižní konferenci 13th Congress of Federation of European Societies of Plant
Physiology, 2002, Řecko.
Pracoviště se orientuje na genomickou a proteomickou analýzu regulačních procesů u rostlin s hlavním zaměřením na
roli cytokininů v těchto procesech. Participace v navrhovaném výzkumném centru (zejména na úkolech specifikovaných
v dílčím cíli V007) bude představovat zásadní stimul pro činnost pracoviště v oblasti studia vztahů mezi metabolizmem a
účinky cytokininů v nejbližších pěti letech. Budou popsány změny v hladinách auxinu, ABA a ACC v důsledku řízených
modulací hladin endogenních cytokininů s využitím systému chemicky regulovatelné exprese transgenů. Bude zjištěn
vztah mezi hladinami endogenních cytokininů a transportem auxinu v regulaci vývoje kořene. Budou identifikovány betaglukozidázy podílející se na metabolizmu cytokininů mechanizmem reverzibilní glukozylace, bude studována molekulární
determinace jejich substrátové specificity a bude analyzována jejich role v regulaci vývoje rostlin. Při řešení těchto úkolů
bude pracoviště spolupracovat s dalšími týmy centra a bude rozvíjet zahraniční kontakty v uvedených oblastech
výzkumu.
V přehledu jsou uvedeny nejvýznamnější oblasti dosavadního výzkumu týmu doc. Brzobohatého, které se vztahují k
činnosti centra, a u každé z nich nejvýznamnější publikace:
1. Strukturně-funkční vztahy u beta-glukosidasy Zm-p60.1 podílející se na metabolismu cytokininů a studium funkcí
glukosidů cytokininů:
- Rotrekl, V., Nejedlá, E., Kučera, I., Abdallah, F., Palme, K., and Brzobohatý, B.: The role of cysteine residues in
structure and enzyme activity of a maize beta-glucosidase. European Journal of Biochemistry, 266, 1056-1065, 1999.
- Zouhar, J., Nanak, E., and Brzobohatý, B.: Expression, single-step purification, and matrix-assisted refolding of a maize
cytokinin glucoside-specific beta-glucosidase. Protein Expression and Purification, 17, 153-162, 1999.
- Kuderová, A., Nanak, E., Truksa, M., and Brzobohatý, B.: Use of rifampicin in T7 RNA polymerase-driven expression of
a plant enzyme: Rifampicin improves yield and assembly. Protein Expression and Purification, 16, 405-409, 1999.
- Benková, E., Witters, E., Van Dongen, W., Kolář, J., Motyka, V., Brzobohatý, B., Van Onckelen, H.A., and Macháčková,
I.: Cytokinins in tobacco and wheat chloroplasts: Occurrence and changes due to light/dark treatment. Plant Physiology,
121, 245-251, 1999.
- Kristoffersen, P., Brzobohatý, B., Höhfeld, I., Bako, L., Melkonian, M., and Palme, K.: Developmental regulation of the
maize Zm-p60.1 gene encoding a beta-glucosidase located to plastids. Planta, 210, 407-415, 2000.
- Vévodová, J., Marek, J., Zouhar, J., Brzobohatý, B., and Su, X.-D.: Purification, crystallization and preliminary X-ray
analysis of a maize cytokinin glucoside specific beta-glucosidase. Acta Crystallographica Section D, D57, 140-142, 2001.
- Zouhar, J., Vévodová, J., Marek, J., Damborský, J., Su, X.-D., and Brzobohatý, B.: Insights into functional architecture
of the catalytic center of a maize beta-glucosidase Zm-p60.1. Plant Physiology, 127, 973-985, 2001.
2. Vztah mezi metabolismem a účinky cytokininů v regulaci vývoje rostlin
- Lexa M., Genkov, T. N., and Brzobohatý, B.: Inhibitory effects of elevated endogenous cytokinins on nitrate reductase
in ipt-expressing tobacco are eliminated by short-term exposure to benzyladenine. Physiologia Plantarum, 115 (2), 284290, 2002.
- Lexa, M., Genkov, T.N., Malbeck, J., Macháčková, I., and Brzobohatý, B.: Dynamics of endogenous cytokinin pools in
tobacco seedlings: A modeling approach. Annals of Botany, 91(5), 585-597, 2003.
- Šámalová, M., Brzobohatý, B., and Moore, I.: pOp6/LhGR: a stringently regulated and highly responsive
dexamethasone-inducible gene expression system for tobacco. The Plant Journal, 41, 919-935, 2005.
3. Signální dráhy u rostlin
- Lexa M., Horák, J., and Brzobohatý, B.: Virtual PCR. Bioinformatics, 17 (2), 192-193, 2001
- Horák, J., Brzobohatý, B., and Lexa, M.: Molecular and physiological characterization of an insertion mutant in the
ARR21 putative response regulator gene from Arabidopsis thaliana. Plant Biology, 5, 245-254, 2003.
- Hejátko, J., Pernisová, M., Eneva, T., Palme, K., and Brzobohatý, B.: The putative sensor histidine kinase CKI1 is
involved in female gametophyte development in Arabidopsis. Molecular Genetics and Genomics, 269, 443-453, 2003.
Agronomická fakulta Mendelovy zemědělské a lesnické univerzity se postupně zapojovala od poloviny 90. let do
smluvních mezinárodních spoluprací v rámci (smlouvy/rok):
EU RÁMCOVÝ PROGRAM: 2/2000, 2/2001, 6/2002, 6/2003
EUREKA: 1/2002, 1/2003
EU COMMISSION: 1/2001
TEMPUS-PHARE: 1/1999, 1/2000, 1/2001
1. Aktivní spolupráce: tým má dlouholetou aktivní spolupráci s níže uvedenými zahraničními pracovišti, která je
dokumentována uvedenými nejdůležitějšími publikacemi:
a) Max Planck Institute for Plant Breeding Research, Cologne, Germany
- Moore, I., Feldwish, J., Campos, N., Zettl, R., Brzobohatý, B., Bako, L., Schell, J., and Palme, K.: Auxin-binding
proteins of Zea mays identified by photoaffinity labelling. Biochemical Society Transactions 20 (1) : 70-73, 1992.
- Hesse, T., Garbers, C., Brzobohatý, B., Kreimer, G., Söll, D., Melkonian, M., Schell, J., and Palme, K.: Two members of
the ERabp gene family are expressed differentially in reproductive organs but to similar levels in coleoptile of maize.
Plant Molecular Biology 23: 57-66, 1993.
- Brzobohatý, B., Moore, I., Kristoffersen, P., Bako, L., Campos, N., Schell, J., and Palme, K.: Release of active cytokinin
by a beta-glucosidase localized to the maize root meristem. Science 262: 1051-1054, 1993.
- Brzobohatý, B., Moore, I., and Palme, K.: Cytokinin metabolism: implications for regulation of plant growth and
development. Plant Molecular Biology 26: 1483-1497, 1994.
- Gazdová, B., Široký, J., Fajkus, J., Brzobohatý, B., Kenton, J., Heslop-Harrison, J. S., Palme, K., and Bezděk, B.:
Characterization of a new family of highly repetitive DNA, GRS, specific for the N. tomentosiformis genomic component.
Chromosome Research 3(3): 245-254, 1995.
- Suter-Crazzolara, C., Brzobohatý, B., Gazdová, B., Shell, J., and Reiss, B.: T-DNA integrations in a new family of
repetitive elements of Nicotiana tabacum. Journal of Molecular Evolution 41: 498-504, 1995.
- Rotrekl, V., Nejedlá, E., Kučera, I., Abdallah, F., Palme, K., and Brzobohatý, B.: The role of cysteine residues in
structure and enzyme activity of a maize beta-glucosidase. European Journal of Biochemistry, 266, 1056-1065, 1999.
- Kristoffersen, P., Brzobohatý, B., Höhfeld, I., Bako, L., Melkonian, M., and Palme, K.: Developmental regulation of the
maize Zm-p60.1 gene encoding a beta-glucosidase located to plastids. Planta, 210, 407-415, 2000.
- Hejátko, J., Pernisová, M., Eneva, T., Palme, K., and Brzobohatý, B.: The putative sensor histidine kinase CKI1 is
involved in female gametophyte development in Arabidopsis. Molecular Genetics and Genomics, 269, 443-453, 2003.
b) Department of Molecular Biophysics, Lund University, Sweden
- Zouhar, J., Vévodová, J., Marek, J., Damborský, J., Su, X.-D., and Brzobohatý, B.: Insights into functional architecture
of the catalytic center of a maize beta-glucosidase Zm-p60.1. Plant Physiology, 127, 973-985, 2001.
- Vévodová, J., Marek, J., Zouhar, J., Brzobohatý, B., and Su, X.-D.: Purification, crystallization and preliminary X-ray
analysis of a maize cytokinin glucoside specific beta-glucosidase. Acta Crystallographica Section D, D57, 140-142, 2001.
c) Department of Plant Sciences, University of Oxford, UK
- Šámalová, M., Brzobohatý, B., and Moore, I.: pOp6/LhGR: a stringently regulated and highly responsive
dexamethasone-inducible gene expression system for tobacco. The Plant Journal, 41, 919-935, 2005.
d) Department of Biology, University of Antwerpen, Belgium
- Benková, E., Witters, E., Van Dongen, W., Kolář, J., Motyka, V., Brzobohatý, B., Van Onckelen, H.A., and Macháčková,
I.: Cytokinins in tobacco and wheat chloroplasts: Occurrence and changes due to light/dark treatment. Plant Physiology,
121, 245-251, 1999
e) Department of Proteomics, INRA, Montpellier, France
- Chevalier, F.; Rofidal, V.; Váňová, P.; Bergoin, A.; Rossignol, M. Proteomic capacity of recent fluorescent dyes for
protein staining. Phytochemistry, June 2004, vol. 65, no. 11, s. 1499-1506.
2. Řešené mezinárodní projekty:
a) Mezinárodní projekty zaměřené na vědecko-výzkumnou činnost
1993 "Molecular and functional analysis of maize Zm-p60.1 beta-glucosidase" Alexander von Humboldt-Stiftung, SRN,
ve spolupráci s Max-Planck-Institut für Züchtungsforschung, Kolín n. R., SRN, Prof. J. Schell, Dr. K. Palme
1996-1999 "U.S. - Czech plant research on subcellular compartmentation of phytohormone conjugation", National
Science Foundation, grant No. INT-9600462
1997-2000 "The role of phytohormones in control of plant development and architecture" EU, INCO-Copernicus, grant
No. PL966135
1999-2001 "The role of cytokinin metabolism in plant growth and development" společný projekt s Dept. of Plant
Sciences, University of Oxford, UK, Royal Society, grant č. rc/jp/jun98
3. Perspektiva, další rozvoj a prohlubování mezinárodní spolupráce:
Nejdůležitější spolupráce, které budou pokračovat nebo budou nově navázány a jsou významným faktorem při plánování
rozvoje pracoviště jsou tyto:
a) vývoj a aplikace systémů regulovatelné exprese transgenů pro studium vztahů mezi metabolizmem a účinky
cytokininů v regulaci vývoje rostlin – Department of Plant Science, University of Oxford, UK, Dr. Ian Moore
b) proteomika – Department of Biology, University of Antwerpen, Belgium, Prof. H. van Onckelen, Department of
Proteomics, INRA, Montpellier, France, Dr. M. Rossignol a University of Kalifornia, Riverside, USA, Prof. N.V. Raikhel
c) funkční genomika a proteomika beta-glukosidas a biologické funkce reverzibilní konjugace cytokininů – Virginia
Polytechnic Institute and State University,USA, Prof. A. Esen, Oregon State University, Prof. M.C. Mok a Iowa State
University, Prof. S.H. Howell
d) funkční genomika hormonálních regulací u rostlin – Max Planck Institute for Plant Breeding Research, Cologne,
Germany, Prof. C. Koncz
e) stresové reakce rostlin se změněnými hladinami endogenních cytokininů – Prof. R. Mittler, University of Nevada, USA,
Prof. L. Popova, Acad, M. Popov Institute of Plant Physiology, Bulharsko.
Dostupné vybavení zahrnuje (tis. Kč): HPLC-MS Finnigan Aqua, (4 500), HPLC ECOM s UV detekcí (500), PCR (200),
centrifuga Jouan MR22 (300), fluorescenční mikroskop Olympus Provis (1.500), fluorescenční inverzní mikroskop
Olympus s CCD kamerou a ImagePro SW (1.500), konfokální laserový mikroskop Olympus (3.200), vybavená laboratoř
pro explantátové kultury (700), laboratoře pro práci s radioizotopy (400), klimaboxy pro pěstování rostlinného materiálu
za řízených teplotních a světelných podmínek (500). HPLC-MS Hewlett Packard (4 000), HPLC DAD (1 300), HPLC s
ED (2 500), chlazená centrifuga Eppendorf a Hettich (200), AUTOLAB univerzální analyzátor (1 200), klimatizovaná
kultivační skříň (400), flow boxy (1.000).
Nezbytné rozšíření přístrojového vybavení se uskuteční v prvním roce řešení v zájmu dosažení adekvátní kapacity pro
výzkumnou činnost centra. Jedná se o následující přístroje:
2006
- Vytvoření kapacity pro molekulárně-biologické a biochemické experimenty bude vyžadovat pořízení vysokoobrátkové
centrifugy (Avanti J-30I Beckman s rotory, BIOTECH a.s.), která je nezbytná pro celé plánované spektrum prací v oblasti
biochemie a molekulární a buněčné biologie.
- Vytvoření kapacity pro analýzu fenotypových změn vyvolaných změněnými hladinami endogenních cytokininů bude
představovat pořízení růstové komory pro kultivaci rostlin (AR36L Percival, BIOTECH a.s.) za přesně regulovatelných
podmínek vnějšího prostředí.
- Vytvoření kapacity pro purifikaci beta-glukozidáz a jejich rekombinnatních derivátů bude představovat pořízení systému
pro vysokoúčinnou chromatografii proteinů (AKTAfplc with Frac-950 Amersham Biosciences, AP Czech).
- Obnovení kapacity pro mikroskopickou analýzu si vyžádá pořízení nové CCD kamery (DP70 včetně řídící jednotky,
Olympus). Nahradí stávající, která je již několik let za hranicí doby upotřebitelnosti.
4.2.2. Řešitelský tým - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně
Brzobohatý Břetislav doc. RNDr. CSc. 570927/1909 Česká republika
řešitel
Janda Lubomír RNDr. Ph.D. 660930/0775 Česká republika
Kiran Nagavalli S. M.Sc. 720524/9953 Indická republika
Mazura Pavel Mgr. 780319/4685 Česká republika
Mlčochová Lada Ing. Ph.D. 756026/3964 Česká republika
Reková Alena Mgr. 775120/4681 Česká republika
Ryšavá Hana Mgr. 805316/4834 Česká republika
Brzobohatý Břetislav doc. RNDr. CSc. 570927/1909 Česká republika
řešitel
docent molekulární biologie a genetiky, vedoucí skupiny genomiky a proteomiky
541517184 541211293 [email protected]
Datum:
Podpis:
řešitel projektu, garant, funkční genomika beta-glukozidáz, interakce cytokininů a auxinu
01 - KRISTOFFERSEN, P.; BRZOBOHATÝ, B.; HÖHFELD, I.; BAKO, L.; MELKONIAN, M.; PALME, K.
Developmental regulation of the maize Zm-p60.1 gene encoding a beta-glucosidase located to plastids.
Planta, February 2000, vol. 210, no. 3, s. 407-415.
02 - VÉVODOVÁ, J.; MAREK, J.; ZOUHAR, J.; BRZOBOHATÝ, B.; SU, X.-D. Purification, crystallization and
preliminary X-ray analysis of a maize cytokinin glucoside specific beta-glucosidase. Acta Crystallographica
Section D-Biological Crystallography, January 2001, vol. 57, no. 1, 140-142.
03 - LEXA M.; HORÁK, J.; BRZOBOHATÝ, B. Virtual PCR. Bioinformatics, February 2001, vol. 17, no. 2, s.
192-193.
04 - ZOUHAR, J.; VÉVODOVÁ, J.; MAREK, J.; DAMBORSKÝ, J.; SU, X.-D.; BRZOBOHATÝ, B. Insights into
functional architecture of the catalytic center of a maize beta-glucosidase Zm-p60.1. Plant Physiology,
November 2001, vol. 127, no. 3, s. 973-985.
05 - LEXA M.; GENKOV, T. N.; BRZOBOHATÝ, B. Inhibitory effects of elevated endogenous cytokinins on
nitrate reductase in ipt-expressing tobacco are eliminated by short-term exposure to benzyladenine.
Physiologia Plantarum, June 2002, vol. 115, no. 2, s. 284-290.
06 - LEXA, M.; GENKOV, T.N.; MALBECK, J.; MACHÁČKOVÁ, I.; BRZOBOHATÝ, B. Dynamics of
endogenous cytokinin pools in tobacco seedlings: A modeling approach. Annals of Botany, April 2003, vol.
91, no. 5, s. 585-597.
07 - HORÁK, J.; BRZOBOHATÝ, B.; LEXA, M. Molecular and physiological characterization of an insertion
mutant in the ARR21 putative response regulator gene from Arabidopsis thaliana. Plant Biology, May 2003,
vol. 5, no. 3, s. 245-254.
08 - GENKOV, Todor; VÁGNER, Martin; DUBOVÁ, Jaroslava; MALBECK, Jiří; MOORE, Ian;
BRZOBOHATÝ, Břetislav. Increased ethylene production can account for some of the phenotype alterations
accompanying activation of a cytokinin biosynthesis gene, during germination and early seedling
development in tobacco. In: VENDRELL, Miguel; KLEE, Harry; PECH, Jean Claude; ROMOJARO, Felix
(eds.). Proceedings of the NATO Advanced Research Workshop on Biology and Biotechnology of the Plant
Hormone Ethylene, Murcia, Spain, 23-27 April 2002, Amsterdam: IOS Press, 2003, s. 142-146. ISBN 158603-346-8.
09 - HEJÁTKO, J.; PERNISOVÁ, M.; ENEVA, T.; PALME, K.; BRZOBOHATÝ, B. The putative sensor
and Genomics, July 2003, vol. 269, no. 4, s. 443-453.
10 - ŠÁMALOVÁ, M.; BRZOBOHATÝ, B.; MOORE, I. pOp6/LhGR: a stringently regulated and highly
responsive dexamethasone-inducible gene expression system for tobacco. The Plant Journal, March 2005,
vol. 41, no. 6, s. 919-935.
Janda Lubomír RNDr. Ph.D. 660930/0775 Česká republika
vědecký pracovník
541517184 541211293 [email protected]
Studium vztahů mezi strukturou a funkcí beta-glukozidáz.
01 - JANDA, L.; DAMBORSKÝ, J.; PETRICEK, M.; SPIZEK, J.; TICHÝ P. Molecular characterization of the
Thermomonospora curvata aglA gene encoding a thermotolerant alpha-1,4-glucosidase. Journal of Applied
Microbiology, May 2000, vol. 88, no.5, 773-783.
02 - JOSHI, B.; JANDA, L.; STOYTCHEVA, Z.; TICHÝ P. PkwA, a WD-repeat protein, is expressed in sporederived mycelium of Thermomonospora curvata and phosphorylation of its WD domain could act as a
molecular switch. Microbiology. December 2000, vol. 146, Pt 12, 3259-3267.
03 - JANDA, L.; DAMBORSKÝ, J.; REZNICZEK, G.A.; WICHE G. Plectin repeats and modules: strategic
cysteines and their presumed impact on cytolinker functions. Bioessays. November 2001, vol. 23, no. 11,
s.1064-1069.
04 - URBANÍKOVÁ, L.; JANDA, L.; POPOV, A.; WICHE, G.; ŠEVČÍK J. Purification, crystallization and
preliminary X-ray analysis of the plectin actin-binding domain. Acta Crystallographica Section D-Biological
Crystallography, August 2002, vol. 58 (Pt 8):1368-1370.
05 - SPAZIERER, D.; FUCHS, P.; PROLL, V.; JANDA, L.; OEHLER, S.; FISCHER, I.; HAUPTMANN R;
WICHE G. Epiplakin gene analysis in mouse reveals a single exon encoding a 725-kDa protein with
expression restricted to epithelial tissues. Journal of Biological Chemistry August 2003, vol. 278, no. 34, s.
31657-31666.
06 - SEVCIK, J.; URBANIKOVA, L.; KOST'AN, J.; JANDA, L.; WICHE, G. Actin-binding domain of mouse
plectin. Crystal structure and binding to vimentin. European Journal of Biochemistry. May 2004, vol. 271, no.
10: 1873-1884.
07 - REZNICZEK, G.A.; JANDA L.; WICHE G. Plectin. Methods Cell Biol. 2004, vol. 78, s. 721-755.
Kiran Nagavalli S. M.Sc. 720524/9953 Indická republika
549494843 549492640 [email protected]
Biologická funkce beta-glukozidáz v metabolizmu cytokininů a reverzibilní glykozylace cytokininů.
01 - KIRAN, Nagavalli Subbanna; REKOVÁ, Alena; VÁLKOVÁ, Martina; MALBECK, Jiří; BRZOBOHATÝ,
Břetislav. Ectopic Overexpression of a Maize beta-glucosidase may Disrupt Cytokinin Homeostasis in
Transgenic Tobacco. In Sborník Příspěvků VII. Pracovní Setkání Biochemiků a Molekulárních Biologů.
Brno : Katedra Biochemie Masarykovy Univerzity, 2003. s. 23-23. ISBN 80-210-3053-4.
Břetislav. Ectopic overexpression of a Maize beta-glucosidase Disrupts Cytokinin Metabolism in Transgenic
Tobacco. In Book of Abstracts, Plant Physiology Conference of Ph.D. Students and Young Scientists 2003.
Brno : Katedra anatomie a Fyziologie Rostlin, Masarykovy Univerzity, 2003. s. 133-135. ISBN 80-7157-676X.
Břetislav. Overexpression of a Maize beta-glucosidase Disrupts Cytokinin Metabolism in Transgenic
Tobacco. In Acta Physiologiae Plantarum - Supplement 14th FESPB Congress Book of Abstracts. Krakow :
Polish Academy of Sciences, 2004. od s. 51-52, 2 s. ISBN 0137-5881.
Tobacco. In X. Days of Plant Physiology, Book of Abstracts. Bratislava : Department of Plant Physiology,
Comenius University, Bratislava, 2004. s. 47-47.
Břetislav. Ectopic overexpression of a Maize beta-glucosidase Interferes with Cytokinin Homeostasis in
Transgenic Tobacco. In 18th IPGSA Conference, Book of Abstracts. Canberra, Australia : The Australian
National University, Canberra, Australia, 2004. s. 115-115.
06 - KIRAN, Nagavalli Subbanna ; REKOVÁ, Alena; VÁLKOVÁ, Martina; MALBECK, Jiří; BRZOBOHATÝ,
Tobacco. In Book of Abstracts, Plant Biology 2004. Florida, USA : Neuveden, 2004. s. 121-121.
07 - KIRAN, Nagavalli Subbanna; BENKOVÁ-FRIMLOVÁ, Eva; REKOVÁ, Alena; DUBOVÁ, Jaroslava;
MALBECK, Jiří; RAIKHEL, V. Natasha; BRZOBOHATÝ, Břetislav. Retargetting a maize -glucosidase:
Mazura Pavel Mgr. 780319/4685 Česká republika
549496470 549492640 [email protected]
Studium vztahů mezi strukturou a funkcí beta-glukozidáz.
01 - MAZURA, Pavel, FOHLEROVÁ, Radka, BRZOBOHATÝ, Břetislav, JANDA, Luboš.
New, sensitive method for enzyme kinetic study of rare glucosides. In Book of Abstracts, 2nd International
Symposium Auxins and Cytokinins in Plant Development, Prague, Czech Republic, 7 – 12 July, 2005,
Biologia Plantarum 49 (Suppl.), 2005, s. S35-35. ISBN 0006-3134.
02 - FOHLEROVÁ, Radka, MAZURA, Pavel, JANDA, Luboš, CHALOUPKOVÁ, Radka, JEŘÁBEK, Pavel,
DAMBORSKÝ, Jiří, BRZOBOHATÝ, Břetislav. Functional analysis of the active site of the maize glucosidase Zm-p60.1. In Book of Abstracts, 2nd International Symposium Auxins and Cytokinins in Plant
Development, Prague, Czech Republic, 7 – 12 July, 2005, Biologia Plantarum 49 (Suppl.), 2005, s. S3-3.
ISBN 0006-3134.
Mlčochová Lada Ing. Ph.D. 756026/3964 Česká republika
541517184 541211293 [email protected]
Chemicky regulovatelná exprese transgenů.
01 - MLČOCHOVÁ, L.; CHLOUPEK, O.; UPTMOOR, R.; ORDON, F.; FRIEDT, W. Molecular analysis of
barley cv. ´Valticky` and its X-ray derived semi-dwarf mutant ´Diamant`. Plant Breeding October 2004, vol.
123, no. 5, s. 421-427.
Reková Alena Mgr. 775120/4681 Česká republika
541517153 541211293 [email protected]
Interakce cytokininů s dalšími hormony (auxin, ethylen, ABA) na metabolické úrovni, analýza fenotypových
projevů změn hladin cytokininů.
01 - GENKOV, Todor Nikolaev; DUBOVÁ, Jaroslava; GUO, Jianchun; REKOVÁ, Alena; NEJEDLÁ, Eliška;
LEXA, Matej; NEJEDLÍK, Jan; MALBECK, Jiří; VÁGNER, Martin; MOORE, Ian; BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Tobacco and Arabidopsis seedling development upon activation of ipt, a cytokinin biosynthesis gene.
European Journal of Biochemistry, Oxford, 2002 : Blackwell Science, 269, Supp. 1s. 39-39. ISSN 00142956.
02 - DUBOVÁ, Jaroslava; ROTKOVSKÁ, Julie Olegivna; REKOVÁ, Alena; BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Optimisation of immunohistochemical detection of cytokinins in transgenic Arabidopsis seedlings expressing
activated ipt, a cytokinn biosynthesis gene. In Progress in Basic, Applied and Diagnostic Histochemistry.
Brno : Masarykova univerzita v Brně, 2002. s. 15-15. ISBN 80-210-2998-6.
03 - GENKOV, Todor Nikolaev; DUBOVÁ, Jaroslava; GUO, Jianchun; REKOVÁ, Alena; NEJEDLÁ, Eliška;
LEXA, Matej; NEJEDLÍK, Jan; MALBECK, Jiří; VÁGNER, Martin; MOORE, Ian; BRZOBOHATÝ, Břetislav.
Distinct responses to activation of a cytokinin biosynthesis gene, ipt, in tobacco and Arabidopsis seedling
development. In 13th Congress of the Federation of European Societies of Plant Physiology, Hersonissos,
Heraklion, Crete, Greece, 2-6 September 2002, Book of Abstracts. Hersonissos, Greece : FESPP, s. 130130.
Břetislav. Ectopic Overexpression of a Maize beta-glucosidase may Disrupt Cytokinin Homeostasis in
Transgenic Tobacco. In Sborník Příspěvků VII. Pracovní Setkání Biochemiků a Molekulárních Biologů.
Brno : Katedra Biochemie Masarykovy Univerzity, 2003. s. 23-23. ISBN 80-210-3053-4.
Tobacco. In Book of Abstracts, Plant Physiology Conference of Ph.D. Students and Young Scientists 2003.
Brno : Katedra anatomie a Fyziologie Rostlin, Masarykovy Univerzity, 2003. s. 133-135. ISBN 80-7157-676X.
06 - SOUČEK, Přemysl; KLÍMA, Petr; REKOVÁ, Alena; BRZOBOHATÝ,Břetislav. The role of the
Arabidopsis homeobox gene KNAT1 in shoot development. In VIII.Pracovní setkání biochemiků a
molekulárních biologů. 1. vyd. Brno : Masarykova univerzita v Brně, 2004. od s. 36-37, 2 s. ISBN 80-2103321-5.
Tobacco. In Acta Physiologiae Plantarum - Supplement 14th FESPB Congress Book of Abstracts. Krakow :
Polish Academy of Sciences, 2004. od s. 51-52, 2 s. ISBN 0137-5881.
Tobacco. In X. Days of Plant Physiology, Book of Abstracts. Bratislava : Department of Plant Physiology,
Comenius University, Bratislava, 2004. s. 47-47.
Břetislav. Ectopic overexpression of a Maize beta-glucosidase Interferes with Cytokinin Homeostasis in
Transgenic Tobacco. In 18th IPGSA Conference, Book of Abstracts. Canberra, Australia : The Australian
National University, Canberra, Australia, 2004. s. 115-115.
10 - KIRAN, Nagavalli Subbanna ; REKOVÁ, Alena; VÁLKOVÁ, Martina; MALBECK, Jiří; BRZOBOHATÝ,
Tobacco. In Book of Abstracts, Plant Biology 2004. Florida, USA : Neuveden, 2004. s. 121-121.
11 - DUBOVÁ, Jaroslava; RYŠAVÁ, Hana; REKOVÁ, Alena; BRZOBOHATÝ, Břetislav. Arabidopsis shoot
apical meristem development after ipt transcriptional activation in pOp/LhG4 system. In Book of Abstracts,
2nd International Symposium Auxins and Cytokinins in Plant Development, Prague, Czech Republic, 7 – 12
July, 2005, Biologia Plantarum, vol. 49, no. Suppl., 2005, s. P4-4. ISSN 0006-3134.
12 - KIRAN, Nagavalli Subbanna; BENKOVÁ-FRIMLOVÁ, Eva; REKOVÁ, Alena; DUBOVÁ, Jaroslava;
MALBECK, Jiří; RAIKHEL, V. Natasha; BRZOBOHATÝ, Břetislav. Retargetting a maize -glucosidase:
Ryšavá Hana Mgr. 805316/4834 Česká republika
541517153 541211293 [email protected]
Regulace distribuce auxinu endogenními cytokininy a analýza její fenotypové manifestace.
01 - DUBOVÁ, Jaroslava; RYŠAVÁ, Hana; REKOVÁ, Alena; BRZOBOHATÝ, Břetislav. Arabidopsis shoot
apical meristem development after ipt transcriptional activation in pOp/LhG4 system. In Book of Abstracts,
2nd International Symposium Auxins and Cytokinins in Plant Development, Prague, Czech Republic, 7 – 12
July, 2005, Biologia Plantarum, vol. 49, no. Suppl., 2005, s. P4-4. ISSN 0006-3134.
pracoviště Centra ) - "Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně"
Role uchazeče
IČ
Kód banky
Název banky
Číslo účtu
Specifický symbol
DIČ
WWW adresa
- vedený kde
- oddíl
- vložka
010 - příjemce
62156489
Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně
VVS
Zemědělská
1665
1
Brno
61300
CZ
545131111
0100
Komerční banka, a.s.
7200300237
CZ62156489
MZLU
www.mendelu.cz
Procházka Stanislav prof. Ing. DrSc. - rektor 545135004 545133025 [email protected]
Razítko:
Datum:
Podpis
(y):
Procházka Stanislav prof.
Ing. DrSc.
rektor
návrhu projektu.
projektu.
4.2.7. Vyjádření k duplicitě řešení - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v
Brně
Projekty výzkumu v současné době řešené:
MZLU v současné době neřeší žádný projekt tematicky se překrývající s navrhovanou výzkumnou činností
Centra.
V současné době navrhované projekty:
MŠMT – veřejná soutěž Výzkumná centra – 1M: Funkční genomika a proteomika ve šlechtění rostlin
(navrhovatel Břetislav Brzobohatý)
Výzkum v rámci tohoto projektu bude zaměřen na zvyšování (i) kvality zrna pšenice a ječmene, semen
hrachu a hlíz bramboru, (ii) rezistence bramboru a hrachu vůči škůdcům a chorobám a (iii) příjmu těžkých
kovů a rezistence k nim u lnu pro fytoremediační procesy. V rámci okruhu (i) je zkoumán vliv exprese genu
ipt pod kontrolou promotoru aktivovaného nástupem stárnutí na kvalitu a výnosy zrna u pšenice. Návrh tudíž
není duplicitní s problematikou navrhovanou pro MZLU v rámci tohoto centra.
MŠMT – veřejná soutěž Výzkumná centra – 1M: Centrum transgenoze rostlin (navrhovatel Ivo Frébort, UP,
spolunavrhovatel Břetislav Brzobohatý)
Návrh projektu zahrnuje možnost využití modulace metabolismu rostlinných hormonů pro zlepšení
zemědělských vlastností obilovin, zejména ječmene. Plánovaný výzkum využívá manipulace genové
exprese přirozeně se vyskytujících genů, které kódují klíčové enzymy metabolismu hormonů cytokininů a
polyaminů s cílem indukovat využitelné fenotypové změny. Současně s tím budou cíleně připravovány a
testovány chemické látky, které budou schopny ovlivňovat aktivity těchto enzymů a navodit odpovídající
fenotypové změny bez nutnosti genetické transformace rostlin. Dlouhodobým cílem projektu je vytvořit
podmínky pro vývoj zemědělských aplikací zaměřených na zvyšování výnosu a odolnosti obilovin. Návrh
tudíž není duplicitní s problematikou navrhovanou pro MZLU v rámci tohoto centra.
4.2.1. - Popis pracoviště subjektu centra - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
Název pracoviště
Na činnosti Centra se v rámci ÚRE budou podílet laboratoře sekce fotoniky, tj. oddělení technologie optických vláken,
dále oddělení optických sensorů a oddělení vlnovodné fotoniky.
Oddělení technologie optických vláken, kde bude soustředěno těžiště výzkumné činnosti pro Centrum, sídlí na
odloučeném pracovišti ÚRE v Praze 6, Lysolajích, Rozvojová 135 (Areál ústavů AV ČR). Pro činnost Centra bude
využívána hala tažení optických vláken (0 a 1 patro), laboratoř technologie sol-gel a magnetronového naprašování
(0.patro, č. 10), laboratoř charakterizace detekčních vláken (-1 patro, č.12), optická laboratoř (-1 patro, č. 13), laboratoř
optické mikroskopie a spektrometrie (-1 patro, č. 19), všeobecná chemická laboratoř (0 patro, č. 9), brusírna a
mechanická dílna.
Další oddělení sídlí v hlavním objektu ústavu na Praze 8, Chaberská 57. Pro činnost Centra bude využívána optická
laboratoř se zařízením na přípravu taperů (3 patro, č.9), laboratoř elektronové mikroskopie (0.patro, č.22), laboratoře
vakuového napařování (3.patro č.5, 0.patro č.4a), laboratoř elipsometrie a profilometrie (2.patro, č.6) a laboratoř AFM (-2
patro, č.6).
Problematika výzkumné činnosti Centra zapadá ve vymezeném segmentu do nosných směrů výzkumu ÚRE,
soustředěných v sekci fotoniky, a stává se jejich významným inspiračním prvkem. Tyto směry jsou plně podporovány
vědeckou, personální a investiční politikou ústavu. V sekci fotoniky je soustředěn základní výzkum v oblasti optických
sensorů, vlnovodné optiky a materiálově-technologický výzkum optických vláken. Činnost Centra zasahuje do všech tří
oblastí se společným jmenovatelem vláknově-optické detekce chemických látek, která je součástí schváleného
výzkumného záměru ÚRE (Z20670512).
Vláknově-optická detekce chemických látek je v současnosti systematicky a dlouhodobě rozvíjena v měřítku ČR pouze
na pracovištích v ÚRE.
Oddělení technologie optických vláken, kde bude soustředěna převážná část výzkumné činnosti pro Centrum, soustavně
rozvíjí mezinárodní spolupráce se špičkovými evropskými pracovišti, např. Ecole Centrale de Lyon (Francie), UMIST
Manchester (Velká Británie), University of Pecs (Maďarsko) - viz dále Přehled dosavadních spoluprací - a podílí se na
řešení řady mezinárodních projektů. Pracovníci jsou pravidelnými vyučujícími jak na vysokých školách v ČR tak na
evropských letních školách. Výsledky jsou pravidelně publikovány v mezinárodních časopisech s nejvyšším impact
faktorem v daném oboru a na mezinárodních konferencích (viz seznam publikací).
Pro studium morfogeneze rostlinných buněk a orgánů je důležité charakterizovat také fyzikálně chemické parametry
vnitřního prostředí buňky (mj. pH). Protože buňky jsou malé (o rozměrech ~20-100 µm) a pH je třeba změřit lokálně,
budou se výzkumné činnosti rozvíjené na řešitelském pracovišti ÚRE v rámci Centra zabývat lokální optickou
mikrodetekcí pH in-vivo v buněčných strukturách.
Systémy pro lokální detekci pH dostupné v současnosti obvykle pracují na jiných než optických principech, avšak s
poměrně velkým prostorovým rozlišením v řádu desítek až stovek mikrometrů (např. Diamond Electrodes aj.). Proto je
zapotřebí navrhnout, realizovat a optimalizovat vláknově optický systém a vypracovat metodiku měření s prostorovým
rozlišením měření pH ve stovkách nanometrů, což je však v dimenzích srovnatelných s vlnovou délkou použitého záření.
Vláknová optika v tomto směru otevírá nové možnosti; z literatury a provedených pilotních experimentů přípravy taperů
je zřejmé, že tento přístup je při využití jisté tvůrčí invence schůdný.
Očekávaným výsledkem projektu je metodika lokálního měření pH umožňující sledování dějů v buňkách, včetně
unikátního zařízení na její realizaci.
V souladu s Výzkumným záměrem pracoviště pro leta 1999-2004 ÚRE vybudovalo jedinečné laboratoře pro přípravu a
charakterizaci optických vláken. Experimentálně a teoreticky byly zkoumány fyzikálně-chemické základy metod pro
přípravu preforem křemenných optických vláken. Získané poznatky materiálového a technologického výzkumu byly
využity pro přípravu sensorových optických vláken s invertovaným gradientním profilem indexu lomu (inverted-graded
index - IGI) [1]. Oblast jejich maximální citlivosti ke změnám indexu lomu okolí byla rozšířena na rozpětí indexů lomu
okolních látek od 1.41 do 1.47 [2]. Na základě těchto vláken byla vyvinuta nová třída mnohavidových optických senzorů
s vysokou citlivostí ke změnám indexu lomu [3-8].
IGI vlákna byla též testována pro nové senzory na principu povrchově plazmonové rezonance (SPR - surface plasmon
resonance) [5], které jsou obvykle aplikovány pro měření znečištění živostního prostředí a k detekci potravinových
toxinů.
Optická vlákna pokrytá tenkou vrstvou polysiloxanu [9-16] byla úspěšně použita pro lokální nebo distribuovanou detekci
uhlovodíků v roztocích; v případě detekce toluenu ve vodě byla dosažena citlivost v řádu mg/l, jenž odpovídá
ekologickým limitům pro odpadní vody [3-8] .
Byl též prováděn technologický výzkum procesu tažení vláken ze specielních preforem, jehož výstupy byly využity pro
monitorování vytvrzování epoxidů a staly se základem „smart structures“ na bázi polymerů [17-19].
V oblasti vláknových sensorů se Oddělení technologie optických vláken v současnosti podílí na projektu MATINOES,
financovaném Evropskou komisí, pro vývoj nových optických biosenzorů založených na enzymatických reakcích. [8, 13,
15] a projekt GA ČR 102/05/0948 s mezinárodní účastí “Novel approaches to reversible opto-electrochemical fibre
sensing of chlorine in water.
Publikace
(* publikace vzniklé na základě mezinárodních spoluprací)
[1] KAŠÍK,I., MATĚJEC,V., CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., KUNCOVÁ,G.: Sensitivity of an IGI fiber with the germanium
oxide-doped silica core to refractive-index changes of the optical cladding. – Proceedings of SPIE 2003, Vol.5036, 123128.
[2] KAŠÍK,I., MATĚJEC,M., CHOMÁT,M., HAYER,M., BERKOVÁ,D., MRÁZEK,J., SKOKÁNKOVÁ,J.: Silica-based
optical fibres with tailored refractive-index profiles in the region of 1.46-1.52 for evanescent-wave chemical detection. –
*[3] CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,M., ČTYROKÝ,J., KAŠÍK,I., GAGNAIRE,H., TROUILLET,A., BARDIN,F.:
The detection of refractive-index changes by using a sensing fiber with an inverted parabolic index profile. – Proceedings
of SPIE 1999, Vol.3860, 179-189.
*[4] CHOMÁT,M., MATĚJEC,V., ČTYROKÝ,J., KAŠÍK,I., BERKOVÁ,D., HAYER,M., BERKA,Z., GAGNAIRE,H.,
TROUILLET,A.: Modified graded-index fibers for chemical sensing. – Proceedings of SPIE 2000, Vol.4016, 118-123.
*[5] BARDIN,F., KAŠÍK,I., TROUILLET,A., MATĚJEC,V., GAGNAIRE,H., CHOMÁT,M.: Surface plasmon resonance
sensor using an optical fiber with an inverted graded-index profile. – Applied Optics 2001, Vol.41, 2514-2520.
[6] CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G., HAYER,M.: Optical detection of toluene in water
using an IGI optical fiber with a short sensing region. – Sensors and Actuators B-chemical 2002, Vol.87, 258-267.
[7] CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,M., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G.: The effect of hydrodynamic conditions on the
detection of aqueous solutions of toluene by means of an inverted graded-index fiber. – Sensors and Actuators Bchemical 2003, Vol.90, 151-156.
*[8] CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G., GAGNAIRE,H., TROUILLET,A., BARDIN,F.:
Optical detection of toluene in water by using IGI fibers. – Materials Science and Engineering C-Biomimetic and
Supramolecular Systems 2002, Vol.21, 211-215.
*[9] BERKOVÁ,D., SEDLÁŘ,M., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I., CHOMÁT,M., ABDELGHANI,A., JAFFREZIC-RENAULT,N.,
LACROIX,M.: Fabrication and properties of doped porous polysiloxane sol-gel layers on optical fibers. – Journal of SolGel Science Technology 1998, Vol.13, 569-573.
[10] MATĚJEC,V., BERKOVÁ,D., CHOMÁT,M., KUNCOVÁ,G., POSPÍŠILOVÁ,M.: Effect of doping silica gel layers with
TiOTi-chains and Cu 2+ -ephedrine on the sensitivity of the layers to gases. – Journal of Sol-Gel Science and
Technology 2000, Vol.19, 197-200.
*[11] ABDELMALEK,F., LACROIX,M., CHOVELON,J.M., JAFFREZIC-RENAULT,N., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,V.,
KAŠÍK,I., CHOMÁT,M., GAGNAIRE,H.: Consequences of TiO2 doping on the optical properties of pourous silica layers
coated on silica optical fibers. – Thin Solid Films 1999, Vol.340, 280-287.
*[12] ABDELMALEK,F., CHOVELON,J.M., LACROIX,M., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,V.: Optical fiber sensors
sensitized by phenyl-modified porous silica prepared by sol-gel. – Sensors and Actuators B-chemical 1999, Vol.56, 234242.
*[13] CHERIF,K., MRÁZEK,J., HLELI,S., MATĚJEC,V., ABDELGHANI,A., CHOMÁT,M., JAFFREZIC-REANULT,N.,
KAŠÍK,I.: Detection of aromatic hyrocarbons in air and in water by using xerogel layers coated on PCS fibers excited by
[14] MATĚJEC,V., BERKOVÁ,D., CHOMÁT,M., ZÁBRODSKÝ,M.: Detection of toluene by using specially coated PCS
fibers excited by an inclined collimated beam. – Materials Science and Enineering C-Biomimetic and Supramolecular
Systems 2002, Vol.21, 217-221.
*[15] CHERIF,K., ABDELGHANI,A., HLELI,S., PONSONNET,L., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,M.: Contact
angle measurement on xerogel sensitive layer for optical fibre sensor. – Materials Science and Engineering CBiomimetic and Supramolecular Systems 2003, Vol.23, 571-577.
[16] MATĚJEC,V., CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MRÁZEK,J., ARDELEANU,R., HARABAGIU,V., PINTEALA,M.,
SIMIONESCU,B.C.: Detection of toluene dissolved in water by using PCS fibers excited by an inclined collimated beam.
– Sensors and Actuators B-chemical 2003, Vol.90, 204-210.
*[17] CHAILLEUX,E., SALVIA,M., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I.: A fiber optic sensor for monitoring
the polymer cure process. – Proceedings of SPIE 2000, Vol.4016, 136-142.
*[18] CHAILLEUX,E., SALVIA,M., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I.: In situ study of the epoxy cure
process using a fiber-optic sensor. – Smart Material Science and Structures 2001, Vol.10, 194-202.
*[19] CHAILLEUX,E., SALVIA,M., JAFFREZIC-RENAULT,N., JAYET,Y., MAAZOUZ,A., KAŠÍK,I.: Process monitoring of
composites using multidetection techniques. – Proceedings of SPIE 2001, Vol.4336, 204-210.
V současnosti řešený mezinárodní projekt MATINOEs v roce 2005 končí a účastníci konsorcia již projevili závazný
souhlas s vyvinutím maximálního úsilí pro podání dalšího projektu s tématikou optických sensorů. Minimálně jeden
takový projekt tedy bude podán prostřednictvím nástrojů 6 RP (7 RP) v nejbližším termínu otevření výzvy.
V návaznosti na mezinárodní spolupráci s LPMC Universite de Nice prošel prvním kolem podávaný projekt v rámci
programu INTAS a účastníci konsorcia projevili závazný souhlas s podáním přihlášky do druhého kola v roce bude 2006.
Pracoviště je připraveno podílet se na budoucích projektech ostatních členů konsorcia, od jejichž sdružení do Centra se
očekává větší atraktivita pro mezinárodní spolupráce.
Oddělení technologie optických vláken se podílí (nebo podílelo) v posledních 10 letech na následujících spolupracích v
oblasti vláknově-optických sensorů :
Ecole Centrale de Lyon, Laboratoire Ingenierie et Fonctionnalisation des Surfaces, UMR 5621, (Francie) :
projekt "Novel organic-inorganic materials in optoelectronics systems for the monitoring and control of bioprocesses" (MATINOES), 6 RP - G5RD-CT-2002-0075, 2003-2005, spoluřešitelé
projekt "Suivi in situ du cycle de vie de composite a hautes performances par fibre optique", CNRS-AVČR , 1999-2001,
spoluřešitelé
Fraunhofer Institut Silicatforschung, Wurzburg (Německo)
projekt "Development of fibre optic chemical sensors", EU COPERNICUS, No. CIPA-CT94-0140, 1995-1998,
spoluřešitelé
Department of Instrumentation and Analytical Science (UMIST), University of Manchester, (Velká Británie) a
Fraunhofer Institut Silicatforschung, Wurzburg (Německo) a
Laboratoire Ingenierie et Fonctionnalisation des Surfaces (IFoS), UMR 5621, Ecole Centrale de Lyon et CNRS, (Francie)
a
Laboratory of Enzyme Technology of the CSIC, Campus UAM, (Španělsko),
projekt "Novel organic-inorganic materials in optoelectronics systems for the monitoring and control of bioprocesses" (MATINOES), 6 RP - G5RD-CT-2002-0075, 2003-2005, spoluřešitelé
University of Pecs, Dept. General and Physical Chemistry, (Maďarsko)
projekt "Novel approaches to reversible opto-electrochemical fibre sensing of chlorine in water", GA ČR joint project
102/05/0948, 2005-2007, řešitelé
Laboratoře sekce fotoniky jsou pro splnění úkolů vyplývajících s činnosti Centra vybaveny :
dvěma tažičkami optických vláken (Heatway a Special Gas Controls, Velká Británie), přístrojem pro měření profilu indexu
lomu vláken (S14 – York Technology-PK, USA), zařízením pro dip-coating (ID Lab, ČR), zařízením pro přípravu taperů
plamenem (ÚRE AVČR), zařízením pro vakuové napařování (UHV BA350 U Balzers, Rakousko) a naprašování (BAS
450 PM, Balzers, Rakousko), optickými mikroskopy (Olympus a Karl Zeiss, Německo), elektronovým mikroskopem
(Philips XL 30 ESEM TMP, Holandsko), elipsometrem (Sentech SE 850, Německo), profilometrem (Alpha-step 500,
Tencor, USA), UV-VIS spektrometrem (Lambda LZ 210, Perkin Elmer, USA), zařízením pro měření spektrálního útlumu
optických vláken (Safibra, ČR), vláknovým fluorescenčním spektrometrem (PC2000-1500, Ocean Optics) a AFM (v
současné době v procesu výběrového řízení).
Pro splnění vytčených úkolů je zapotřebí doplnění následujícího vybavení (HIM):
2006 : Vysocecitlivý vláknový spektrometr 200-1100nm QE 65000
2006 : Modul zdroje červeného a modrého laseru
2007 : Vláknový spektrometr 900-2100 nm NIR 256-2.1
4.2.2. Řešitelský tým - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
Kašík Ivan Dr.Ing. 630219/1170 Česká republika
řešitel
Dymák Pavel Ing. 760928/3143 Česká republika
Chocholáčová Petra Ing. 785506/4789 Česká republika
Martan Tomáš Ing. 760324/0029 Česká republika
Matějec Vlastimil Ing. CSc. 520929/166 Česká republika
Mrázek Jan Ing. 770615/0474 Česká republika
Podrazký Ondřej Ing. Ph.D. 750628/0639 Česká republika
Pospíšilová Marie Ing. CSc. 495304/213 Česká republika
Skokánková Jana Mgr. 795417/0114 Česká republika
Tobiška Petr RNDr. Ph.D. 721203/3070 Česká republika
Česká republika
student
Kašík Ivan Dr.Ing. 630219/1170 Česká republika
řešitel
vedoucí oddělení
Datum:
Podpis:
Koordinace činností, metody zpracování taperů pro vývoj sondy.
- *- CHAILLEUX,E., SALVIA,M., JAFFREZIC-RENAULT,N., JAYET,Y., MAAZOUZ,A., KAŠÍK,I.: Process
monitoring of composites using multidetection techniques. – Proceedings of SPIE 2001, Vol.4336, 204-210.
- *- CHAILLEUX,E., SALVIA,M., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I.: In situ study of the
epoxy cure process using a fiber-optic sensor. – Smart Material Science and Structures 2001, Vol.10, 194202.
- *- CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G., GAGNAIRE,H., TROUILLET,A.,
BARDIN,F.: Optical detection of toluene in water by using IGI fibers. – Materials Science and Engineering CBiomimetic and Supramolecular Systems 2002, Vol.21, 211-215.
- - CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G., HAYER,M.: Optical detection of
toluene in water using an IGI optical fiber with a short sensing region. – Sensors and Actuators B-chemical
2002, Vol.87, 258-267.
- - KAŠÍK,I., MATĚJEC,V., CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., KUNCOVÁ,G.: Sensitivity of an IGI fiber with the
germanium oxide-doped silica core to refractive-index changes of the optical cladding. – Proceedings of
SPIE 2003, Vol.5036, 123-128.
- *- CHERIF,K., MRÁZEK,J., HLELI,S., MATĚJEC,V., ABDELGHANI,A., CHOMÁT,M., JAFFREZICREANULT,N., KAŠÍK,I.: Detection of aromatic hyrocarbons in air and in water by using xerogel layers coated
on PCS fibers excited by an inclined collimated beam. – Sensors and Actuators B-chemical 2003, Vol.95,
97-106.
- - CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MATĚJEC,M., KAŠÍK,I., KUNCOVÁ,G.: The effect of hydrodynamic
conditions on the detection of aqueous solutions of toluene by means of an inverted graded-index fiber. –
- - KAŠÍK,I., MATĚJEC,V., CHOMÁT,M., HAYER,M., BERKOVÁ,D.: Optical Fibres for Optical Sensing. –
NATO ASI Series Proceedings, 2005, accepted.
- - KAŠÍK,I., MATĚJEC,M., CHOMÁT,M., HAYER,M., BERKOVÁ,D., MRÁZEK,J., SKOKÁNKOVÁ,J.: Silicabased optical fibres with tailored refractive-index profiles in the region of 1.46-1.52 for evanescent-wave
chemical detection. – Sensors and Actuators B-chemical 2005, Vol.107, 93-97.
Dymák Pavel Ing. 760928/3143 Česká republika
Odborný pracovník
Vývoj experimentálního zařízení
Chocholáčová Petra Ing. 785506/4789 Česká republika
odborný pracovník
266773476 284680222 [email protected]
Vakuové napařování vrstev.
Martan Tomáš Ing. 760324/0029 Česká republika
PGS student
266773531 284680222 [email protected]
Příprava taperů plamenem.
Matějec Vlastimil Ing. CSc. 520929/166 Česká republika
ředitel
266773404 284680222 [email protected]
Rozvoj metod charakterizace detekčních vláken
- - MATĚJEC,V., BERKOVÁ,D., CHOMÁT,M., KUNCOVÁ,G.: Modification of the selectivity of thin porous
layers coated by the sol-gel method on silica optical fibers to gases. – Proceedings of SPIE 2000, Vol.4016,
112-117.
- - BARDIN,F., KAŠÍK,I., TROUILLET,A., MATĚJEC,V., GAGNAIRE,H., CHOMÁT,M.: Surface plasmon
resonance sensor using an optical fiber with an inverted graded-index profile. – Applied Optics 2001, Vol.41,
2514-2520.
- - CHOMÁT,M., MRÁZEK,J., MATĚJEC,V., KAŠÍK,I., SKOKÁNKOVÁ,J.: Investigation of the sensitivity of
PCS fibers to changes of light absorption coefficient of the cladding. – Proceedings of SPIE 2002, Vol.5036,
72-77.
- *- CHERIF,K., HLELI,S., ABDELGHANI,A., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,V.: Chemical detection
of liquid media with a refractrometric sensor based a multimode optical fibre. – Sensors 2002, Vol.2, 195204.
- - MATĚJEC,V., BERKOVÁ,D., CHOMÁT,M., ZÁBRODSKÝ,M.: Detection of toluene by using specially
coated PCS fibers excited by an inclined collimated beam. – Materials Science and Enineering C-Biomimetic
and Supramolecular Systems 2002, Vol.21, 217-221.
- *- CHERIF,K., ABDELGHANI,A., HLELI,S., PONSONNET,L., JAFFREZIC-RENAULT,N., MATĚJEC,M.:
Contact angle measurement on xerogel sensitive layer for optical fibre sensor. – Materials Science and
Engineering C-Biomimetic and Supramolecular Systems 2003, Vol.23, 571-577.
- - MATĚJEC,V., CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D., MRÁZEK,J., ARDELEANU,R., HARABAGIU,V.,
PINTEALA,M., SIMIONESCU,B.C.: Detection of toluene dissolved in water by using PCS fibers excited by
- - ČTYROKÝ,J., CHOMÁT,M., MATĚJEC,M.: Analysis of long-period gratings inscribed in the core of a fiber
with inverse parabolic index cladding. – Materials Science and Engineering C-Biomimetic and
Supramolecular Systems, 2005, submitted.
- - MATĚJEC,V., HAYER,M., KAŠÍK,I., MRÁZEK,J., PETERKA,P., KAŇKA,J., HONZÁTKO,P.:
Microstructure fibers for the development of fiber lasers. – Proceedings of SPIE, 2005, submitted.
- - MATĚJEC,V., MRÁZEK,J., HAYER,M., BERKOVÁ,D., KAŇKA,J., KAŠÍK,I.: Preparation and
characterisation of xerogel detection layers applied in capillary or microstructure optical fibers. – Journal of
Sol-Gel Science and Technology, 2005, submitted.
Mrázek Jan Ing. 770615/0474 Česká republika
PGS student
220922391 284680222 [email protected]
Imobilizace převodníků na čelo taperu
- - MRÁZEK,J., MATĚJEC,V., HAYER,M., KAŠÍK,I., BERKOVÁ,D.: Application of the sol-gel method at the
fabrication of microstructure fibers. – Journal of Sol-Gel Science and Technology 2004, Vol.31, 175-178.
- - MRÁZEK,J., MATĚJEC,V., CHOMÁT,M.: Comparison of evanescent-wave and leaky-wave fiber optic
sensing structures for gas detection. – Materials Science and Engineering C-Biomimetic and Supramolecular
Systems, 2005, submitted.
- - MRÁZEK,J., MATĚJEC,V.: Preparation and optical properties of xerogel layers doped by silver
nanoparticles for fiber-optic sensors. – Journal of Sol-Gel Science and Technology, 2005, submitted.
Podrazký Ondřej Ing. Ph.D. 750628/0639 Česká republika
Metody přípravy speciálních optických vláken, rozvoj metod charakterizace převodníků
- - KUNCOVÁ,G., TŘÍSKA,J., VRCHOTOVÁ,N., PODRAZKÝ,O.: The influence of immobilization of
pseudomonas sp. 2 on optical detection of polychlorinated biphenyls. – Materials Science and Engineering
C-Biomimetic and Supramolecular Systems 2002, Vol.21, 195-201.
- - PODRAZKÝ,O., KUNCOVÁ,G., KRASOWSKA,A., SIGLER,K.: Monitoring the growth and stress
responses of yeast cells by two-dimensional fluorescence spectroscopy: First results. – Folia Microbiologica
2003, Vol.48, 189-192.
- - VAŇKOVÁ,R., KUNCOVÁ,G., PODRAZKÝ,O., GAUDINOVÁ,A., VANĚK,T.: Use of two-dimensional
fluorescence spectroscopy for monitoring of the effect of dimethyl sulfoxide on the growth and viability of
immobilized plant cells. – Chemical Industry 2003, Vol.57, 632-635.
- - BRANYIK,T., VICENTE,A.A., KUNCOVÁ,G., PODRAZKÝ,O., DOSTÁLEK,P., TEIXEIRA,J.A.: Growth
model and metabolic activity of brewing yeast biofilm on the surface of spent grains: A biocatalyst for
continuous beer fermentation. – Biotechnology Progress 2004, Vol.6, 1733-1740.
- - KUNCOVÁ,G., PODRAZKÝ,O., RIPP,S., TRÖGL,J., SAYLER,G.S., DEMNEROVÁ,K., VAŇKOVÁ,R.:
Monitoring of the viability of cells immobilized by Sol-gel process. – Journal of Sol-Gel Science and
Technology 2004, Vol.31, 335-342.
- - BETANCOR,L., LOPEZ-GALLEGO,F., HIDALGO,A., FUENTES,M., PODRAZKÝ,O., KUNCOVÁ,G.,
GUISAN,J.M., FERNANDEZ-LAFUENTE,R.: Advantages of the pre-immobilization of enzymes on porous
supports for their entrapment in Sol-gels. – Biomacromolecules 2005, Vol.6, 1027-1030.
- - PODRAZKÝ,O., KUNCOVÁ,G.: Determination of concentration of living immobilized yeast cells by
fluorescence spectroscopy. – Sensors and Actuators B-chemical 2005, Vol.107, 126-134.
Pospíšilová Marie Ing. CSc. 495304/213 Česká republika
vědecká pracovnice
Rozvoj metod charakterizace detekčních vláken, vývoj experimentálního zařízení.
- - MATĚJEC,V., BERKOVÁ,D., CHOMÁT,M., KUNCOVÁ,G., POSPÍŠILOVÁ,M.: Effect of doping silica gel
layers with TiOTI-chains and Cu2+-ephedrine on the sensitivity of the layers to gases. – Journal of Sol-Gel
Science and Technology 2000, Vol.19, 197-200.
Skokánková Jana Mgr. 795417/0114 Česká republika
PGS student
220922391 684680222 [email protected]
Příprava taperů odleptáváním .
- - SKOKÁNKOVÁ,J., MRÁZEK,J., MATĚJEC,V., HAYER,M., KAŠÍK,I., CHOMÁT,M., BERKOVÁ,D.:
Properties of xerogel layers for detection of toluene in water. – Materials Science and Engineering CBiomimetic and Supramolecular Systems, 2005, submitted.
Tobiška Petr RNDr. Ph.D. 721203/3070 Česká republika
Vědecký pracovník
Teoretické modelování taperů a metod charakterizace detekčních vláken.
- - TOBIŠKA,P., HOMOLA,J.: Advanced data processing for SPR biosensors. – Sensors and Actuators Bchemical 2005, Vol.107, 162-169.
- - DYR,J.E., RYŠAVÁ,J., SUTTNAR,J., HOMOLA,J., TOBIŠKA,P.: Optical sensing of the initial stages in the
growth and development of fibrin clot. – Sensors and Actuators B-chemical 2001, Vol.74, 69-73.
- - KOUBOVÁ,V., BRYNDA,E., KARASOVÁ,L., ŠKVOR,J., HOMOLA,J., DOSTÁLEK,J., TOBIŠKA,P.,
ROŠICKÝ,J.: Detection of foodborne pathogens using surface plasmon resonance biosensors. – Sensors
and Actuators B-chemical 2001, Vol.74, 100-105.
- - NENNINGER,G.G., TOBIŠKA,P., HOMOLA,J., YEE,S.S.: Long-range surface plasmons for highresolution surface plasmon resonance sensors. – Sensors and Actuators B-chemical 2001, Vol.74, 145-151.
- - TOBIŠKA,P., HUGON,O., TROUILLET,A., GAGNAIRE,H.: An integrated optic hydrogen sensor based on
SPR on palladium. – Sensors and Actuators B-chemical 2001, Vol.74, 168-172.
- - HOMOLA,J., BRYNDA,E., TOBIŠKA,P., TICHÝ,I.: Optical biosensors using surface plasmon resonance.
– Proceedings of SPIE 2000, Vol.4016, 130-135.
Česká republika
student
Odborný pracovník - technik
Charakterizace převodníků
pracoviště Centra ) - "Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR"
Role uchazeče
IČ
Kód banky
Název banky
Číslo účtu
Specifický symbol
DIČ
WWW adresa
- vedený kde
- oddíl
- vložka
010 - příjemce
67985882
Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
SPO
Chaberská
1014
57
Praha 8, Kobylisy
18251
CZ
266776404
0300
ČSOB, Praha 8, Stírka
131417340/0300
CZ67985882
ÚRE
www.ure.cas.cz
Matějec Vlastimil Ing. CSc. - ředitel 266773404 603461874 284680222 [email protected]
Razítko:
Datum:
Podpis
(y):
Matějec Vlastimil Ing. CSc.
ředitel
návrhu projektu.
projektu.
4.2.7. Vyjádření k duplicitě řešení - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
Na pracovišti ÚRE jsou v současné době podporovány následující projekty s tématikou vláknových optických
sensorů:
* Výzkumný záměr Z20670512 - Materiály, struktury, systémy a signály v elektronice, optoelektronice a
fotonice, 2005-2009.
* Mezinárodní projekt 6 RP : G5RD-CT-2002-0075 „MATINOES-Novel organic-inorganic materials in optoelectronic systems for the monitoring and control of bio-processes”, 2002 - 2005.
* Projekt GAČR s mezinárodní účastí 102/05/0948 „Novel approaches to reversible opto-electrochemical
fibre sensing of chlorine in water“, 2005-2007.
4.2.1. - Popis pracoviště subjektu centra - Ústav experimentální botaniky AV ČR
Název pracoviště
Na činnosti Centra se v rámci ÚEB budou podílet Laboratoř hormonálních regulací u rostlin, Laboratoř biologie buňky,
Laboratoř morfogeneze rostlin, Laboratoř buněčného cyklu a cytoskeletu rostlin, a Laboratoř přenosu signálů se sídlem v
Praze 6, Rozvojová 135. Pro práci budou využívány místnosti č. 101, 104-105, 111-114, 117, 120, , 201-207, 210, 212215, 217-223, 305, 309, 311-312, 316 a 320 a obslužné prostory v přízemí. Laboratoře mj. zahrnují i místnosti
specializované pro fluorescenční mikroskopii, ultracentrifugaci a práci s transgenním i radioaktivním materiálem. Ústav
má platná povolení pro práci s GMO a s radioaktiovními materiály (viz přílohy). Pracovníkům ÚEB jsou k dispozici i
společné prostory areálu, zejména skleníky, kultivační místnosti s kontrolovanými podmínkami, laboratoř pro přípravu
kultivačních médií, umývárna laboratorního nádobí a chladové komory. Na práci Centra se bude podílet také Izotopová
laboratoř ÚEB AV ČR se sídlem v Praze 4 - Krči, Vídeňská 1083, se všemi svými prostorami vybavenými pro práci s
vysokými dávkami ionizujícího záření a Laboratoř růstových regulátorů se sídlem areálu Univerzity Palackého v
Olomouci - Holicích, se všemi svými prostorami a vybavením pro kultivaci rostlinných tkáňových kultur a pro analytiku
růstových látek rostlin. Dále Laboratoř buněčného cyklu a cytoskeletu rostlin se sídlem v Olomouci Sokolovská 6. Pro
práci v Centru budou využívány i společné prostory vybavené pro práci in vitro a mikroskopii, včetně kultivačních
místností a skleníku.
Problematika výzkumné činnosti Centra se kryje s částí výzkumného záměru ÚEB (viz část 4.2.7. – Vyjádření k duplicitě
řešení). Zahrnuje nosné směry výzkumu všech Laboratoří ÚEB, které jsou v něm sdruženy. Sledování dynamiky změn
hladin jednotlivých fytohormonů (především auxinů a cytokininů) při iniciaci a v průběhu různých morfogenních procesů
na úrovni buněčné, pletivové a orgánové je nedílnou součástí dlouhodobého studia těchto biologicky aktivních látek,
které zahrnuje jak jejich metabolismus, transport, a signální dráhy, tak i objasnění jejich úlohy při regulaci ontogeneze a
interakce s prostředím. Dlouhodobým předmětem studia přenosu signálů je objasnění úlohy fosfolipáz a molekulárního
mechanismu jejich působení při různých morfogenních procesech. a dlouhodobě jsou rozvněž studovány signální a
regulační dráhy. Nezastupitelnou roli při iniciaci a v průběhu různých morfogenních procesů hraje také transport proteinů
váčky a struktury cytoskeletu, jejichž studium je další tradiční oblastí výzkumu ÚEB (ve spolupráci s dalšími partnerskými
organizacemi sdruženými v centru). Všechny výše uvedené směry výzkumu zahrnují nosnou a biologicky významnou
problematiku, která bude základním předmětem výzkumné práce ÚEB i do budoucna.
Problematika výzkumné činnosti Centra tedy zahrnuje nejnosnější směry výzkumu všech Laboratoří ÚEB podílejících se
na činnosti Centra, a dále rozvíjí v současné době řešené výzkumné směry. Snazší komunikace mezi jednotlivými
subjekty Centra a propojení se zahraničními partnery jednotlivých uchazečů přispěje podstatně k rozšíření
experimentálních možností, přinese další inspiraci a v dlouhodobé perspektivě přinese vyšší efektivitu a kvalitu
výzkumné práce.
ÚEB AV ČR je v rámci České republiky špičkovým pracovištěm zabývajícím se molekulárním, biochemickým a
fyziologickým výzkumem rostlin. Zejména v oblasti výzkumu růstových látek (především regulace metabolismu,
transportu a fyziologického působení cytokininů a auxinů) dosáhli pracovníci tohoto ústavu (abecedně: Kamínek,
Macháčková, Motyka, Strnad, Vaňková, Zažímalová, a další) mnoha výrazných úspěchů také v kontextu mezinárodním.
Dalšími mezinárodně uznávanými oblastmi výzkumu na ÚEB jsou výzkum signálních drah (Martinec), mechanismů
regulace transportu proteinů váčky se zvláštním ztřetelem na malé GTPázy a komplex exocyst (Žárský) a úlohy
cytoskeletálních struktur v regualci vývoje buňky (Binarová, Cenklová). Četné mezinárodní spolupráce doložené
společnými publikacemi s evropskými i mimoevropskými vědci tuto skutečnost dosvědčují (viz části 2.6. a 2.7.).
Pracovníci laboratoří sdružených v Centru jsou navíc aktivními účastníky i organizátory mezinárodních symposií v
zahraničí i u nás. V letošním roce ÚEB organizoval symposium „Auxins and Cytokinins in Plant Development 2005“, kde
se sešlo 180 účastníků z 28 zemí a kterého se zúčastnili prakticky všichni pracovníci, kteří v oboru auxinů a cytokininů
představují absolutní světovou špičku. Pracovníci, kteří se budou podílet na výzkumné činnosti Centra, jsou též zváni k
přednáškám na jiných domácích institucích a k psaní kapitol v monografiích ve svém oboru.
ÚEB provádí základní i orientovaný výzkum v oblastech rostlinné fyziologie, biochemie, cytologie, genetiky, molekulární
biologie a biotechnologií. Výsledky výzkumu publikuje ve vědeckých časopisech, vydává vědecké časopisy, pořádá
konference a další vědecká setkání. Provádí konzultační a poradenskou činnost. Ve spolupráci s vysokými školami se
podílí na výuce studentů, uskutečňuje doktorské studium a vychovává vědecké pracovníky.
Zřizovací listina ÚEB AVČR stanoví následující účel a předmět hlavní činnosti:
(1) Účelem zřízení pracoviště je uskutečňování vědeckého výzkumu v oblasti experimentální botaniky a vyhledávání
možností využití jeho výsledků.
(2) Předmětem hlavní činnosti ÚEB je vědecký výzkum v oblastech rostlinné fyziologie, genetiky, rostlinných
biotechnologií, biochemie a molekulární biologie se zaměřením zejména na regulaci růstu a vývoje, fyziologii
fotosyntézy, adaptační mechanismy ke stresům vyvolaným prostředím a patogenními činiteli, na molekulární genetiku
pylové a somatické buňky a mechanismy mutageneze a syntézu značených bioaktivních látek. Ústav se dále podílí na
programech rozvoje rostlinné fyziologie, genetiky a biotechnologií zaměřených na tvorbu nových genetických zdrojů,
šlechtění nových genotypů odolných k biotickým a abiotickým faktorům, na množení rostlinného materiálu in vitro a na
jeho využití ve šlechtění, jakož i na vývoji nových pěstebních technologií v zemědělství a zahradnictví. Ústav přispívá ke
zvyšování úrovně poznání a vzdělanosti a využití výsledků vědeckého výzkumu v praxi. Získává, zpracovává a rozšiřuje
vědecké informace, vydává vědecké publikace, časopisy, sborníky apod., poskytuje vědecké posudky, stanoviska a
doporučení a provádí konzultační a poradenskou činnost. Ve spolupráci s vysokými školami uskutečňuje doktorské
studium a vychovává vědecké pracovníky. V rámci předmětu své činnosti rozvíjí mezinárodní spolupráci, včetně
organizování společných výzkumů se zahraničními partnery, přijímání a vysílání stážistů, výměny vědeckých poznatků a
přípravy společných publikací. Ústav pořádá vědecká setkání, konference a semináře, včetně mezinárodních. Úkoly
realizuje samostatně i ve spolupráci s vysokými školami a dalšími vědeckými a odbornými institucemi veřejného i
soukromého sektoru. Ústav dále vykonává správu práv ke svým patentům a licencím.
Práce Centra bude zaměřena na hlubší pochopení mechanismů regulace morfogeneze u rostlin, především na úrovni
mechanismu působení látek hormonálního typu (auxiny, cytokininy) a funkce subcelulárních struktur (plasmatická
membrána, endomembrány a cytoskelet). Bližší detaily viz v části 3. Rámec projektu. Novou kvalitou bude koordinace
práce a dílčích výsledků získaných jednotlivými spolupracovníky na limitovaném počtu experimentálních modelů a jejich
integrace do ucelených hypotéz navrhujících regulační principy morfogeneze rostlinné buňky.
V rámci studia fytohormonů bude pozornost pracovníků ÚEB zaměřena na regulaci hladin auxinů a cytokininů
metabolickými a transportními procesy, na mechanismus polárního transportu auxinu a na jeho úlohu ve vztahu k
jednotlivým morfogenním procesům, a na objasnění signální dráhy cytokininů zprostředkované receptory typu AHK.
Studium cytoskeletu na ÚEB bude zaměřeno na objasnění role Ran GTPáz v organizaci rostlinných mikrotubulů. V rámci
studia vnitrobuněčného transportu váčků a jeho vztahu k regulaci morfogeneze bude pozornost věnována především
proteinům, které u rostlin potenciálně interagují s malými GTPázami nebo jsou jimi regulované, a podílejí se na
ustavování a udržování buněčné a orgánové polarity. Studium komponent signálních drah bude zaměřeno především na
zapojení různých typů fosfolipáz do signálních kaskád a na mechanismus jejich funkce. Předpokládané výsledky
výzkumné činnosti ÚEB v rámci Centra jsou uvedeny pod hlavičkou dílčích cílů V001 (částečně), V002, V003, V004
(částečně), V005 (částečně), V007 (částečně) a V008.
V rámci Centra se tedy jednotlivé laboratoře ÚEB zaměří na studium oblastí, které jsou předmětem jejich dlouhodobého
výzkumu, ve kterých mají potřebné teoretické i metodické znalosti a v neposlední řadě i nezbytné základní přístrojové
vybavení. Spolupráce s dalšími pracovišti sdruženými v Centru jim pak umožní komplexnější přístup ke studiu regulace
morfogeneze založený na integraci jednotlivých experimentálních přístupů.
Ústav experimentální botaniky (ÚEB) plnil v letech 1999 - 2003 výzkumný záměr „Fyziologické a genetické základy
vývoje rostlin, buněčného cyklu, morfogeneze, reakcí na stresové podmínky a biotechnologií. Organizace a funkce
genomu (AV0Z5038910)“. Laboratoře ÚEB podílející se na navrhovaném Centru již dříve spolupracovaly také v rámci
Výzkumného centra Signální dráhy u rostlin (LN00A081). Úkolem v problematice týkající se navrhovaného Centra bylo
objasnit na modelových objektech základní molekulární a buněčné mechanismy v:
• integrovaném působení hormonů a růstových regulátorů v řízení vývoje rostlin
• regulaci morfogeneze rostlinné buňky, propojení cytoskeletu a signálních drah
• regulaci buněčného cyklu a využití syntetických analogů fytohormonů k jeho inhibici či modulaci.
V oblasti regulace růstu a vývoje se hlavní pozornost soustředila na růstové regulátory, především na fytohormony
(auxiny a cytokininy) a regulaci jejich hladin. Bylo dosaženo úspěchů při studiu přenašečů auxinu a jejich regulace, a ve
studiu úlohy cytokininoxidasy v regulaci hladiny aktivních cytokininů. Probíhaly také vývoj a testování derivátů N6substituovaného adeninu jako inhibitorů klíčových reakcí buněčného cyklu a jako potenciálních léků proti závažným
onemocněním. V této oblasti bylo velkým úspěchem, že jedna z námi vyvinutých, syntetizovaných a charakterizovaných
látek je v několika zemích Evropy ve druhé fázi klinických testů jako lék proti rakovině a glomerulonefritidě. Velká
pozornost byla věnována studiu signálních drah a jejich propojení s buněčnými strukturami (cytoskeletem), a regulaci
buněčného cyklu. Úspěchem je nalezení nového typu rostlinné fosfolipázy C štěpící fosfatidylcholin a částečný popis
komplexu Exocyst, u rostlin dosud neznámého. Byla též popsána distribuce gama-tubulinu a F-aktinu při mitose, kdy
nedochází k tvorbě centriol, a exprese cyklinu B2 v průběhu buněčného dělení. Pracovníci ÚEB se též ve spolupráci s
Univerzitou v Tübingen podíleli na publikaci s prioritními informacemi o inhibici endocytosy auxiny (viz publikace
uvedené v části 2.7.)
Většina pracovníků ÚEB navrhovaného Centra je zapojena do řady mezinárodních spoluprací (viz část 2.6.), často v
rámci programu KONTAKT. Jeden z řešitelů je zástupcem ČR v dvou projektech celoevropské spolupráce COST - Akce
858 „Viticulture: biotic and abiotic stress – grapevine defence mechanism and grape development“ a 863 „Euroberry
Research: From Genomics to Sustainable Production, Quality and Health”. V současné době probíhá příprava 7.
rámcového programu EU. ÚEB je zástupcem ČR v organizaci EPSO (European Plant Science Organization), která se
aktivně přípravy 7. RP účastní. Této možnosti bude využito i k ovlivnění jeho zaměření. Samozřejmě se uchazeči
zúčastní soutěže o projekty v rámci tohoto programu (v rámci 6. RP to bylo velmi obtížné, protože vypsaná tématika se
nezahrnovala oblasti, které jsou předmětem výzkumné činnosti Centra). Pokud to bude možné, pracovníci ÚEB také se
účastní grantové soutěže organizované European Research Council (evropská grantová agentura, financující projekty ze
všech oblastí výzkumu). Rozvoj a průběh mezinárodních spoluprací bude hodnocen a korigován každoročně při
zasedáních (minisymposiích) pořádaných v souvislosti s podáváním dílčích zpráv za jednotlivé roky projektu V rámci
centra budou samozřejmě rozvíjeny stávající mezinárodní spolupráce (doložené publikační aktivitou a uvedené v bodě
2.6.).
V současnosti dobíhá projekt podporovaný EU HPRN-CT-2002-00265 Research Training Network TIPNET, jehož se
účastnilo vedle předních evropských laboratoří i naše pracoviště a který výrazně podpořil rozvoj mezinárodní spolupráce.
Vzhledem k dobrým výsledkům (uspořádané workshopy, dobře využitá postdoktorská stipendia, společné publikace atp.)
je připravován návrh na pokračování tohoto projektu pod vedením Dr. Malho (Faculdade de Ciências de Lisboa,
Portugalsko). Tento nový návrh si klade za cíl ještě zintenzivnit mezinárodní spolupráci na stávajících základech.
Kontrolovatelná etapa I. (konec roku 2007): uzavření smlouvy o spolupráci mezi ÚEB (nebo AVČR) a Universitou v
Tübingen, Německo, podání projektů v rámci bilaterálních dohod a podání návrhů do programů v rámci FP6.
Vyhodnocení úspěšnosti bude provedeno na podzim 2007 – spolu s obhajobou výroční zprávy - formou minisymposia.
Kontrolovatelná etapa II. (konec roku 2009): podání návrhů projektů v rámci EU, Marie Curie network, FP7. Vyhodnocení
úspěšnosti bude provedeno na podzim 2009 – spolu s obhajobou výroční zprávy - formou minisymposia.
Kontrolovatelná etapa III. (konec roku 2010): bude postupně upřesňována ve výročních zprávách podle aktuální situace
a příležitostí.
V současné době je již pracovníky ÚEB podáno několik návrhů projektů k akcím EU (viz část 2.6.). Dále je plánována (a
předjednána) spolupráce další, s University of London, School of Biological Sciences, Royal Holloway, Dr. R. Anthony.
- Universität Hannover, Institut fűr Zierpflanzenbau, Baumschule und Pflanzenzűchtung, Německo; Prof. Gűnther
Scherer; problematika regulace buněčného dělení a buněčného růstu auxiny a cytokininy, společný projekt EU, INCOCOPERNICUS, č. ERBIC15 CT98 0118. Spolupráce pokračuje i po ukončení projektu, připravuje se návrh projektu
dalšího.
- Horticulture Research International/University of Warwick, Wellesbourne, Velká Británie; Prof. Richard M. Napier;
problematika receptorů pro auxiny a transportu auxinů, zčásti řešeno v rámci projektu EU, INCO-COPERNICUS, č.
ERBIC15 CT98 0118 (viz výše). Společné publikace (viz 2.7.).
- University of Southampton, Division of Cell Sciences, School of Biological Sciences, Velká Británie; Dr. David A. Morris;
problematika mechanismu polárního transportu auxinů na buněčné úrovni, řešeno v ÚEB v rámci grantů GAČR, MŠMT a
„UK Royal Society and the Academy of Sciences of the Czech Republic cooperation under the European Science
Exchange Scheme”; společné publikace (viz 2.7.).
- University of Tűbingen, Centre for Cell and Molecular Biology of Plants, Laboratory of Developmental Genetics; Dr. Jiří
Friml; tematika polárního transportu auxinu; probíhá vzájemná výměna experimentálního materiálu, společné publikace
(viz 2.7.).
- University of Kwazulu-Natal, Research Centre for Plant Growth and Development, Jižní Afrika; Prof. Johannes Van
Staden; nové růstové látky rostlin izolované z kouře rostlinného původu a jejich interakce s auxiny a cytokininy; podán
návrh projektu “Exploring smoke technology for sustainable land use” (2005, akronym: „Smoke“; EU: call FP6-2004INCO-DEV-3, proposal reference number: FP6-032030), společné publikace (viz 2.7.).
- Royal Veterinary and Agricultural University, Frederiksberg, Dánsko; Dr. Barbara Halkier; homeostáze auxinů v
rostlinách; podán návrh projektu (2005, akronym: „AuxSyn“; EU Marie Curie Actions, RTN: call FP6-2005-Mobility-1, ref.
number 035903-1) (viz 2.6.).
- PCM - Department of Plant Cytology and Morphology, Wageningen Agricultural University, The Netherlands (A. A. M.
Van Lammeren), and CPRO-DLO - Centrum for Plant Breading and reproduction, Wageningen, The Netherlands
(Cordewener J. H. G.) – problematika distribuce cytoskeletu v průběhu embryogeneze řepky. Společná publikace (viz
2.7.).
- Vienna University – Institute of Microbiology and Genetics – Vienna Biocenter (L. Bögre, I. Meskiene), problematika
distribuce a funkce gamma-tubulinu u rostlin a cytoskelet ve vztahu k mitogeny aktivovaným kinázám, zčásti řešeno v
rámci projektů MŠMT Kontakt ME125.
Společná publikace (2.7.). Podán návrh projektu (2005, EU Marie Curie Actions, RTN: call FP6-2005-Mobility-1). (viz
2.6.).
- Swiss Federal Institute of Technology, Zurich, Švýcarsko; Prof. Wilhelm Gruissem. Spolupráce zaměřená na cílení
isopentenyltransferázy v Arabidopsis. Projekt je součástí grantu GA AV ČR č. A600380707.
- Universita de Barcelona, Department de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Farmácia, Barcelona, Španělsko;
Prof. Albert Ferrer. Studium regulace exprese isopentenyltranferázy změnami hladin isoprenoidů jako prekursorů
cytokininů v rostlinách Arabidopsis.
- Dept. Biol. Sci., University of Central Lancashire, Preston, Velká Británie; Dr. P.J. Lumsden. Dlouhodobá spolupráce studium fosfoinositidové signální dráhy, zejména receptoru pro inositol - 1,4,5-trisfosfát. Stáž 6 měsíců v letech 19931995. Společné publikace.
- Eotvos University, Department of Plant Anatomy, Maďarsko, Prof. Karoly Boka. Studium signálních přenosů u rostlin
během abiotického a biotického stresu. Od roku 2003, stále trvá.
- Universität Tűbingen, Centre for Plant Molecular Biology (ZMBP), nyní Free University of Brlin, Německo; Prof. Thomas
Schműlling; problematika metabolismu a molekulárních mechanismů účinku cytokininů, řešeno v rámci projektu
Volkswagen Stiftung. Společné publikace (viz 2.7.).
- University of Connecticut, College of Agriculture and Natural Resources, USA; Dr. Carol Auer; problematika regulace
metabolických drah cytokininů, řešeno v ÚEB v rámci projektu MŠMT Kontakt. Společné publikace(viz 2.7.).
- University of Antwerp, Department of Biology, Belgie; Prof. Harry Van Onckelen,Dr. Els Prinsen; problematika regulace
metabolismu a úlohy fytohormonů v rostlinách; řešeno v ÚEB v rámci grantů GA ČR a GA AV ČR. Společné publikace
(viz 2.7.).
- Universität Greifswald, Institute of Botany, Německo; Prof. Klaus Conrad; problematika regulace metabolismu
fytohormonů ve vztahu k senescenci rostlin, řešeno v ÚEB v rámci grantů GA ČR a GA AV ČR. Společná publikace (viz
2.7.).
- Universität Hamburg, Institute of Applied Botany, Německo; Prof. Klaus von Schwartzenberg; problematika
metabolismu fytohormonů u mechu Physcomitrella patens, řešeno v ÚEB v rámci grantů GA ČR a GA AV ČR. Společná
publikace (viz 2.7.).
- Horticulture Department, Oregon State University, Corvallis, OR USA, prof. Machteld Mok a prof. David Mok;
problematika: úloha O-glukosylace při regulaci hladin cytokininů, z části řešeno v rámci projektu KONTAKT. Stáže R.
Vaňkové na pracovišti v USA. Společné publikace: (viz 2.7.).
- Agricultural Biotechnology Lab , University of Connecticut, Storrs, CT, USA prof. Carol Auer, zčásti řešeno v rámci
projektu KONTAKT (ME505 Studium N-glukosyltransferázové metabolické dráhy, která snižuje hladinu aktivních
cytokininů v rostlinách, a možností její regulace“) problematika úlohy N-glukosylace při regulaci hladin cytokininů při
reakci rostlin na stres. Stáž doktorandky M. Novákové na pracovišti v USA: 2004 (1 měsíc)
- Plant Science Department, University of Connecticut, Storrs, CT, USA; Prof. Richard McAvoy. Problematika: vliv
nízkých teplot na hladiny cytokininů. Společná publikace (viz 2.7.).
- Od r. 2002 spolupráce s prof. H. Hirtem (University of Vienna, Rakousko) v rámci projektu EU-RTN TIPNET – úloha
ROS v polaritě rostlinné buňky (publikace byla odeslána k recenzi).
- Od r. 1996 spolupráce (spojená s několika měsíčními pobyty) s prof. G. Obermeyerem na universitě v Salzburku na
studiu apikálního růstu pylových láček v rámci projektu česko-rakouské spolupráce AKTION, který skončil v r.2000, od té
doby spolupráce pokračuje na neformální bázi (dvě společné publikace viz 2.7. – Cvrčková et al., 2001 a Eliáš et al.
2001).
- Od r. 2003 spolupráce s dr. M-T. Hauserovou a následně také dr. Ch. Luschnigem ze Zemědělské university ve Vídni
na charakterizaci mutantů Arabidopsis thaliana a regulaci lokalizace Pin2 (publikace bude vbrzku odeslána k recenzi).
- V r. 2003 půlroční sabbatical v laboratoři prof. P. Husseyho, (University of Durham, UK)zaměřený na studium
rostlinných forminů, spolupráce na dále pokračuje v rámci projektu EU-RTN TIPNET.
- Od r. 2000 spolupráce s dr. F. Baluškou (Universita v Bonnu, SRN), později také v rámci projektu EU-RTN TIPNET na
studiu regulace buněčné polarity.
- Od r. 2002 spolupráce s prof. I. Lichtsheidl (universita ve Vídni, Katedra ekofysiologie, Rakousko), v rámci projektu EURTN TIPNET na studiu regulace buněčné polarity.
- Od r. 2002 spolupráce s prof. L. Dolanem (JIC Norwich, UK) na charakterizaci regulátorů Rop GTPáz v rámci projektu
EU-RTN TIPNET (publikace byla odeslána k recenzi).
- Od r. 2004 spolupráce s dr. M. Jonesem (University of Exeter, UK) na charakterizaci úlohy ROS v polaritě rostlinných
buněk. Pracovní pobyt M.J. v laboratoři ÚEB AVČR podporovaný cestovním grantem SEB.
- Od r.2004 spolupráce s dr. J. Fowlerem (Oregon State University, USA) nyní podpořená grantem NSF (National
Science Foundation). Společná publikace Cole et al., 2005 (viz.2.7.).
- Od r.1999 spolupráce s Prof. Peter M. Fischer, Chair in Medicinal Chemistry, School of Pharmacy Centre for
Biomolecular Science, University of Nottingham, University Park, Nottingham NG7 2RD, Velká Británie; již dlouhodobá
spolupráce, která existuje z období působnosti Dr.Fischera ve firmě Cyclacel.
- Od r.1993 spolupráce s Dr. Laurent Meijer, CNRS, Station Biologique, Roscoff, Francie; zejména spolupráce na vývoji
inhibitorů CDK, vedla ke společným patentům a řadě publikací.
- Od r.1990 spolupráce s Prof. E. Beckem, Universita v Bayreuthu, Germany, identifikace nových cytokininů. Stáže
Strnad, Doležal
- Od r.1993 spolupráce s Prof. G. Sandbergem, Swedish Univ. of Agric. Sciences, Umea, Sweden, dlouhodobá
spolupráce s mnoha vynikajícími publikacemi, dlouhodobé stáže K.Doležal, D.Tarkovská,P. Tarkovsky, E. Hauserová
- Od r.1994 spolupráce s Prof. E. Walker, University of Saskatchewan, Canada, dlouhodobá stáž M. Fellner
- Od r.1993 spolupráce s Prof. D. Lane , University of Dundee, Scotland,spolupráce na vývoji inhibitorů CDK
- Od r.1992 spolupráce s Prof. Dirkem Inzé, Gent University, Belgium, buněčný cyklus a mechanismy jeho regulace +
produkce cytokininů v C. fascians, O. Bahoušek - dlouhodobá stáž, publikace v přípravě.
- Od r.1995 spolupráce s Dr. W. Jordi, PCL International, Wageningen, The Netherlands, 3-letá stáž Alena Šulcová
- Od r.1992 spolupráce s Dr. David Hanke a Dr. Laurence H. Jones, Dept. Plant Sciences, University of Cambridge, UK,
dlouhodobá stáž Karel Doležal, Jan Holub, Libor Halvíček, Miroslav Strnad - řada společných publikací (viz 2.7.)
K práci budou využívány laboratoře uvedené v bodě 4.2.1.2., lokalizované v budově ÚEB Rozvojová 135. Vybavení
obsahuje: zařízení pro elektroforetickou separaci nukleových kyselin a bílkovin (BioRad, Biometra, Hoefer, Cole Parmer),
zařízení pro afinitní chromatografii (Dynal, Promega), PCR (Biometra), centrifugy (Beckman, Sigma, Eppendorf, Jouan
MR 23i), ultracentrifuga Beckman (L8-70M), kvantitativní PCR light cycler (Roche), světelné i fluorescenční mikroskopy
(Olympus a Nikon), scintilační počítač Packard 2500 TRI-CARB, FPLC AKTA, Amersham-Pharmacie, PCR MyCycler
Bio-Rad, Linomat IV pro práci s TLC, Camag, 2 kultivační boxy MLR –350H, HPLC Perkin Elmer with DAD,
fluorimetrickým a radiodetektorem, LCQ-(MS)n Finnigan, PolarisQ-(MS)n Finnigan, vakuové koncentrátory (Heto,
Savant, Christ Alpha-RVC). Dále jsou k dispozici skleníky a kultivační místnosti s kontrolovanými podmínkami určené
pro práci s GMO, laboratoř pro přípravu kultivačních médií, umývárna laboratorního nádobí a 3 chladové komory.
K práci budou využívány rovněž prostory Laboratoře růstových regulátroů (LRR). Pracoviště je vybaveno většinou
novými přístroji a zařízeními. Mimo základní laboratorní vybavení (včetně jednoduchých přístrojů – rotační odparky,
termostatů, minicentrifug, vortexů, elektromagnetických míchaček a třepaček) jsou k dispozici chlazené preparativní
centrifugy; čtyři vysokoúčinné kapalinové chromatografy (BioRad, Spectra Physics, Beckman a Waters); zařízení pro
elektroforézu (BioRad, 1999). Používána je řada zařízení na horizontální i vertikální 1D elektroforézu, systém pro
snímání gelů a blotovacích membrán pomocí digitální kamery Kodak s PC software na vyhodnocování (1D a 2D) modely 1998-99, dva spektrofotometry pro UV/VIS (Shimadzu), dále Bioimager pro měření radioaktivity el. gelech (Fuji).
Pro analýzu nově syntetizovaných látek i identifikaci nových přírodních látek je Laboratoř vybavena NMR (300 MHz),
CHON analyzátorem (Finnigan), IČ spektrometrem (Perkin Elmer), rentgenem pro analýzu krystalů (Oxford Diffraction),
UV spektrofotometry (Perkin Elmer), atd. LRR zajišťuje servis pro všechna ostatní chemická pracoviště UP. Má rovněž
velmi dokonalé vybavení a technologie pro analýzu femto a atomolárních koncentrací přirozeně se vyskytujících látek
(EI-HPLC/MS, Waters) a v poslední době rozvíjí intenzivně proteomické analýzy (CapLC-Q-Tof, Waters/Micromas). Pro
histochemické, imunohistochemické a buněčné experimenty jsou k dispozici špičkové světelné mikroskopy Olympus. Má
kompletní vybavení pro kultivaci hybridomů a nádorových buněčných linií (horizontální flow-boxy, CO2 inkubátory,
inverzní mikroskopy, fluorscenční reader pro hodnocení cytotoxicit (Fluorescent Ascent, Flow Laboratories) a
hlubokomrazící boxy. K zařízení Laboratoře patří i skleníky a fytotron pro pěstování rostlin za kontrolovaných světelných
a tepelných podmínek. Dále se LRR stará a provozuje zvířetník PřF UP. Pro rutinní testování je pracoviště vybaveno
robotem Beckman.
Izotopová laboratoř Ústavu experimentální botaniky se nachází v krčském areálu ústavů AVČR v Praze. Laboratoř má
snad jako jediná v ČR povolení výroby a přípravy radioaktivně značených látek a má laboratoře 3.kategorie. Celkem má
6 laboratoří pro syntézu a značení látek a může ad hoc připravovat originální značené látky pro farmakologické studie.
Pracoviště je rovněž velmi dobře vybaveno (spektrofotometr, HPLC Beckman a Waters, HPTLC, beta a gama counter,
analytické centrifugy, zařízení na tritiaci, k dispozici jsou chemické laboratoře s GC, GC-MS, Micro MS (Waters), IČ a UV
spektrofotometr, atd.).
V prvním roce řešení je pro ÚEB pro práci Centra plánován nákup:
1. špičkového laserového konfokálního mikroskopu s mikromanipulátorem.
Přístroj umožní pozorování vnitřní struktury rostlinných buněk a pletiv a jejich dynamiku a řízeně do nich zasahovat
během pozorování pomocí mikromanipulace či perfuze kultivačních médií. Celý systém pokrývá plně celé spektrum
současných metod fluorescenčního zobrazování v živých systémech zahrnující jak možnost kvalitně zobrazit vniřní
strukturu fixovaných preparátů. tak sledovat děje probíhající v buňkách in vivo. Předpokládá se využívání spektrální
analýzy fluorochromů, metod FRAP, FRET a FLIM a multikanálového snímání v reálném čase.
2. zařízení pro motorizaci fluorescenčního mikroskopu Olympus Provis AX70 a nového ovládacího software.
Pro mikroskopickou analýzu živých buněk s exprimovaným GFP je nutné dovybavit starý mikroskop Olympus Provis
AX70, nezbytná je motorizace mikroskopu a nový software.
4.2.2. Řešitelský tým - Ústav experimentální botaniky AV ČR
Zažímalová Eva Doc. RNDr. CSc. 555218/1195 Česká republika
řešitel koordinátor
Cenklová Věra RNDr. Ph.D. 715710/5329 Česká republika
Hála Michal Mgr. Ph.D. 740131/0015 Česká republika
Havlíček Libor Doc. Ing. CSc. 550723/0553 Česká republika
Kamínek Miroslav Ing. CSc. 331111/124 Česká republika
Martinec Jan RNDr. CSc. 620821/1867 Česká republika
Motyka Václav Ing. CSc. 580302/2258 Česká republika
Petrášek Jan RNDr. 720801/0546 Česká republika
Soukupová Hana Mgr. 695923/1983 Česká republika
Strnad Miroslav Prof. Ing. CSc. 580109/1175 Česká republika
Vaňková Radomíra RNDr. CSc. 585221/1024 Česká republika
Žárský Viktor RNDr. CSc. 580216/0617 Česká republika
Černá Adriana Mgr. 745625/0813 Česká republika
Čovanová Milada Ing. 796208/0159 Česká republika
Dobrá Jana Mgr. 806227/2031 Česká republika
Drdová Edita Mgr. 786103/1717 Česká republika
Hoyerová Klára Ing. 746219/0186 Česká republika
Kakešová Hana Mgr. 796104/1121 Česká republika
Klíma Petr Mgr. 790106/1575 Česká republika
Křeček Pavel Mgr. 740716/0486 Česká republika
Kubeš Martin Mgr. 781008/3490 Česká republika
Laňková Martina RNDr. 786231/2656 Česká republika
Nováková Marie Mgr. 795112/0991 Česká republika
Pochylová Žaneta Mgr. 795531/5357 Česká republika
Potocký Martin Ing. 770110/4774 Česká republika
Seifertová Daniela Mgr. 776224/0266 Česká republika
Skůpa Petr Ing.
Synek Lukáš Mgr. 790822/1123 Česká republika
Vrlík Martin Mgr. 790423/5075 Česká republika
Zažímalová Eva Doc. RNDr. CSc. 555218/1195 Česká republika
vědecká pracovnice; zástupkyně ředitelky
220390429 723249879 220390474 [email protected]
Datum:
Podpis:
koordinátorka projektu; experimentální práce v oblasti transportu auxinů a cytokininů; školitelka studentů
podílejících se na práci Centra
- PETRÁŠEK, J.; BŘEZINOVÁ, A.; HOLÍK, J.; ZAŽÍMALOVÁ, E. Excretion of cytokinins to the cultivation
medium by the suspension-cultured tobacco cells. Plant Cell Reports, 2002, roč. 21. č. 1, s. 97-104.
- PETRÁŠEK, J.; ELČKNER, M.; MORRIS, D. A.; ZAŽÍMALOVÁ, E. Auxin efflux carrier activity and auxin
accumulation regulate cell division and polarity in tobacco cells. Planta, 2002, roč. 216. č. 2, s. 302-308.
- PETRÁŠEK, J.; ČERNÁ, A.; SCHWARZEROVÁ, K.; ELČKNER, M.; MORRIS, D.A.; ZAŽÍMALOVÁ, E. Do
- ZAZIMALOVA, E.; NAPIER, R. Points of regulation for auxin action. Plant Cell Reports, 2003, roč. 21. č. 7,
s. 625-634.
- MORRIS, David A.; ZAŽÍMALOVÁ, Eva: Physiological and molecular genetic aspects of auxin transport:
recent developments. In MACHÁČKOVÁ, I., ROMANOV, G. A. (eds.). Phytohormones in Plant
Biotechnology and Agriculture. Dordrecht, The Netherlands: Kluwer Acad. Publ., 2003, s. 143-155. ISBN 14020-1723-5.
- ZAŽÍMALOVÁ, E., PETRÁŠEK, J.; MORRIS, D. A. The dynamics of auxin transport in tobacco cells.
Bulgarian Journal of Plant Physiology, 2003, Special Issue, s. 207-224.
- MORRIS, David A.; FRIML, Jiří; ZAŽÍMALOVÁ, Eva: The transport of auxins. In DAVIES, Peter J. (ed.).
1-4020-2684-6.
- PACIOREK, T.; ZAŽÍMALOVÁ, E.; RUTHARDT, N.; PETRÁŠEK, J.; STIERHOF, Y.-D.; KLEINE-VEHN, J.;
- PETRÁŠEK, Jan; ZAŽÍMALOVÁ, Eva. The BY-2 Cell Line as a Tool to Study Auxin Transport. In NAGATA,
Toshiuki, MATSUOKA, Ken, INZÉ, Dirk (eds). Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol. XX , `Tobacco
BY-2 Cells: A New Treatise`, Springer-Verlag, Berlin Heidelberg, 2005, in press
Cenklová Věra RNDr. Ph.D. 715710/5329 Česká republika
vědecká pracovnice
585205862 585205853 [email protected]
Koordinace výzkumu v oblasti funkce cytoskeletu, regulačních proteinů jako jsou malé GTPázy - Ran, (které
mají úlohu v organizaci mikrotubulárního cytoskeletu) a jejich vzájemných interakcí u acentrozomálních
buněk rostlin.
Školitelka studentů podílejících se na práci centra.
- CENKLOVÁ, V.; BINAROVÁ, P.; HAVEL L.: Actin distribution in mitotic apparatus of somatic embryo cells
of Norway spruce (Picea abies (L.) Karst.). Biol Plant, 2003, roč. 46 č.2, s. 167-174. ISSN 0006-3134
(IF=0,583)
- DRYKOVÁ, D.; CENKLOVÁ, V.; SULIMENKO, V.; VOLC, J.; DRÁBER, P.; BINAROVÁ, P.: Plant gamma
tubulin interact with alfa- beta-tubulin dimers and forms membrane associated complexes. Plant Cell, 2003,
roč. 15 č.2, s. 465–480. ISSN 1040-4651 (IF=10,751)
- BINAROVÁ, P.; CENKLOVÁ, V.; SULIMENKO, V.; DRYKOVÁ, D.; VOLC, J.,; DRÁBER, P.: Distribution of
gamma-tubulin in cellular compartmens of higher plant cells. Cell Biol. Int., 2003, roč. 27 č.3, s. 167169.ISSN 1065-6995 (IF=1,017)
- CVIKROVÁ, M.; BINAROVÁ, P.; CENKLOVÁ, V.; EDER, J.; DOLEŽEL, J.; MACHÁČKOVÁ, I.: Effect of 2
aminoindan-2-phosphonic acid on cell cycle progression in synchronous meristematic cells of Vicia faba
roots. Plant Sci., 2003, roč. 164 č.1, s. 823-832. ISSN 0168-9452 (IF=1,556)
- BINAROVÁ, P.; CENKLOVÁ, V.; DRÁBEROVÁ, E.; DRÁBER, P.: Gamma tubulins and their functions in
plant cells. In: The PlantCytoskeleton: Functional Diversity and Biotechnological Implications (NATO
Monograph), Eds:Y. Blume, A. Yemets, C.Lloyd, IOS Press, Amsterdam, The Netherlands, in press, 2005.
- BINAROVÁ, P.; CENKLOVÁ, V.; PROCHÁZKOVÁ, J.; DOSKOČILOVÁ, A.; VOLC, J.; VRLÍK, M.; BÖGRE,
L.: Gamma-tubulin is essential for microtubule nucleation in acentrosomal plants. Plant Cell, submitted,
2005.
Hála Michal Mgr. Ph.D. 740131/0015 Česká republika
odborný pracovník
220390458 220390461 [email protected]
Charakterizace komplexu exocyst a jeho interakce s malými GTPázami.
- CVRČKOVÁ, Fatima, ELIÁŠ, Marek, HÁLA, Michal, OBERMEYER, Gerhard, a ŽÁRSKÝ, Viktor. Small
- ELIÁŠ, M.; DRDOVÁ, E.; ŽIAK, D.; BAVLNKA, B.; HÁLA, M.; CVRČKOVÁ, F.; SOUKUPOVÁ, H.;
- ŽÁRSKÝ, V.; ELIÁŠ, M.; DRDOVÁ, E.; SYNEK, L.; QUENTIN, M.; KAKESOVA, H.; ŽIAK, D.; HÁLA, M.;
SOUKUPOVÁ, H. Do exocyst subunits in plants form a complex? Acta Physiol. Plant., 2004, roč. 26, s.146.
- HÁLA, M.; ELIÁŠ, M.; ŽÁRSKÝ, V. A specific feature of the angiosperm Rab escort protein (REP) and
Havlíček Libor Doc. Ing. CSc. 550723/0553 Česká republika
241062381 731074204 241062150 [email protected]
- příprava nových regulátorů buněčného cyklu, zejména pak inhibitorů cyklin-dependentních kinas a dále
látek, které modulují dynamiku mikrotubulů, studium jejich molekulárních mechanismů účinku
- FRANĚK, F.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; SIGLEROVÁ, V.; ECKSCHLAGER, T. Concentration- and timedependent activities of bohemine, a novel cytostatic agent. Cytotechnology, 2001, č. 36, s. 117-123.
- CHMELA, Z.; VESELÝ, J.; LEMER, K.; RYPKA, M.; HANUŠ, J.; HAVLÍČEK, L.; KRYŠTOF, V.;
MICHNOVÁ, L.; FUKSOVÁ, K. In vivo metabolism of 2,6,9-trisubstituted purine-derived cyclin-dependent
kinase inhibitor bohemine in mice: glukosidation as the principal metabolic route. Drug Metabolism and
Disposition, 2001, č. 29, s. 326-334.
- RYPKA, M.; VESELÝ, J.; CHMELA, Z.; RIEGROVÁ, D.; ČERVENKOVÁ, K.; HAVLÍČEK, L.; LEMER, K.;
HANUŠ, J.; ČERNÝ, B.; LUKEŠ, J.; MICHALÍKOVÁ, K. In vitro biotransformation of 2,6,9-trisubstituted
purine-derived cyclin-dependent kinase inhibitor bohemine by mouse liver microsomes. Xenobiotica, 2002, č.
32, s. 1017-1031.
- FRANĚK, F.; SIGLEROVÁ, V.; HAVLÍČEK, L.; STRAND, M.; ECKSCHLAGER, T.; WEIGL, E. Effect of
purine derivative myoseverin and of its analogies on cultured hybridoma cells. Collection of Czechoslovak
Chemical Communications, 2002, č. 67, s. 257-266.
- KRYŠTOF, V.; LENOBEL, R.; HAVLÍČEK, L.; KUZMA, M.; STRNAD, M. Synthesis and biological activity of
olomoucine II. Bioorganic and Medicinal Chemical Letters, 2002, č. 12, s. 3283-3286.
- VERMEULEN, K.; STRNAD, M.; KRYŠTOF, V.; HAVLÍČEK, L.; VAN DER AA, A.; LENJOU, M.; NIJS, G.;
Leukemia, 2002, č. 16, s. 299-305.
- VERMEULEN, K.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; VAN ONCKELEN, H.; LENJOU, M.; NIJS, G.; VAN
30, s. 1107-1114.
- MORAVEC, J.; KRYŠTOF, V.; HANUŠ, J.; HAVLÍČEK, L.; MORAVCOVÁ, D.; FUKSOVÁ, K.; KUZMA, M.;
LENOBEL, R.; OTYEPKA, M.; STRNAD, M. 2,6,8,9-Tetrasubstituted purines as new CDK1 inhibitors.
Bioorganic and Medicinal Chemical Letters, 2003, č. 13, s. 2989-2992.
- MORAVCOVÁ, D.; KRYŠTOF, V.; HAVLÍČEK, L.; MORAVEC, J.; LENOBEL, R.; OTYEPKA, M.; STRNAD,
M. Pyrazolo[4,3-d]pyrimidines as new generation of cyclin-dependent kinase inhibitors. Bioorganic and
Medicinal Chemical Letters, 2003, č. 13, s. 2993-2996.
- TYKVA, R.; VLASÁKOVÁ, V.; NOVÁK, J.; HAVLÍČEK, L. Radio-high-performance liquid chromatography
for ecotoxycity assesment of insect growth regulators. Journal of Chromatography, 2004, č. 1032, s. 59-63.
- POSPÍŠIL, S.; SEDMERA, P.; HALADA, P.; HAVLÍČEK, L.; SPÍŽEK, J. Access to lincomycin N-oxide
isomers controlled by reaction conditions. Tetrahedron Letters, 2004, č. 45, s. 2943-2945.
- HAVLÍČEK, L.; FUKSOVÁ, K.; KRYŠTOF, V.; ORSÁG, M.; VOJTĚŠEK, B.; STRNAD, M. 8-Azapurines as
new inhibitors of cyclin-dependent kinases. Bioorganic and Medicinal Chemical Letters, 2005, č. 13, s. 53995407.
- KRYŠTOF, V.; MCNAE, I.W.; WALKINSHAW, M.D.; FISCHER, P.M.; MULLER, P.; VOJTEŠEK, B.;
1763-1771.
- FRANĚK, F.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; SIGLEROVÁ, V. Antiproliferative and growth-stimulating
activities of synthetic cytokinin analogues. In: SHIRATA, S., et al. (eds.) Animal Cell Technology: Basic and
Applied Aspects. Vol. 12., Kluwer Acad. Publ., The Netherlands, 2002, s. 315-319.
- TYKVA, R.; WIMMER, Z.; VLASÁKOVÁ, V.; NOVÁK, J.; HAVLÍČEK, L. Biodegradation of juvenoid
diastereoisomers: Radio-HPLC and MS analysis. Chromosphere, 2005, č. 60, s. 1197-1202.
Kamínek Miroslav Ing. CSc. 331111/124 Česká republika
220390445 220390446 [email protected]
Specifikace mechanizmů hormonální homeostáze při jejím narušení zvýšenou expresí genů zapojených do
biosyntézy a metabolismu cytokininů
- DOBREV, I.P., KAMÍNEK, M. Fast and efficient separation of cytokinins from auxin and abscisic acid and
their purification using mixed-mode solid-phase extraction. J. Chromatography A,2002,roč. 950 č.1-2,s.2129.
- DOBREV, P., MOTYKA, V., GAUDINOVÁ, A. MALBECK, J., TRÁVNÍČKOVÁ, A., KAMÍNEK, M.,
oxidase activity during cell cycle of synchronized tobacco BY-2 cells. - Plant Physiol. Biochem.,2002, roč. 40
č. 4, s.333-337.
- KAMÍNEK, M. Plant hormones and their practical applications. (In Czech). Živa,2002,roč. 88 č.5,s.201-203.
- MOTYKA, V., VAŇKOVÁ, R., ČAPKOVÁ, V., PETRÁŠEK, J., KAMÍNEK, M., SCHMűLLING, T. Cytokinininduced upregulation of cytokinin oxidase activity in tobacco includes changes in enzyme glucosylation and
secretion. Physiol. Plant.,2003,roč. 117 č.1,s.11-21.
- KAMÍNEK, M. TRČKOVÁ, M., FOX, E., GAUDINOVÁ, A. Comparison of cytokinin-binding proteins from
wheat and oat grains. Physiol. Plant.,2003,roč. 117 č.4,s.453-458.
- ANANIEVA, K., MALBECK, J., KAMÍNEK, M., VAN STADEN J. Changes in edogenous cytokinin levels of
Cucurbita pepo (zucchinin) during natural and dark-induced senescence. Physiol. Plant.,2004,roč. 122
č.1,s.133-142.
- ANANIEVA, K., MALBECK, J., KAMÍNEK, M., VAN STADEN J. Methyl jasmonate down-regulates
122 č.4,s.496-503.
- DOBREV, P.I., HAVLÍČEK, L., VÁGNER, M., MALBECK, J, KAMÍNEK, M.: Purification and determination
of plant hormones auxin and abscisic acid using solid phase extraction and two-dimensional high
performance liquid chromatography. J. Chromatography A,2005,roč.1075 č.1-2,s.159-166.
- ANANIEVA K., STIRK, W.A., KAMÍNEK, M., VAN STADEN, H.: Some biochemical properties of cytokinin
oxidase in Cucurbita pepo L. (zucchini) leaves. South African J. Bot., (in press).
- KAMÍNEK, Miroslav; TRČKOVÁ, Marie; MOTYKA, Vaclav; DASKALOVA, Sasha; ELLIOTT, Malcolm C:
Cereal improvement by exploitation of the mechanisms regulating cytokinin levels. In MACHÁČKOVÁ, I.,
ROMANOV, G.A. (eds). Phytohormones in Plant Biotechnology and Agriculture.Dordrecht, The Netherlands:
Kluwer Acad. Publ., 2003, s. 109-128. ISBN 1-4020-1723-5.
Martinec Jan RNDr. CSc. 620821/1867 Česká republika
vedoucí laboratoře
220390416 776629209 220390419 [email protected]
Metabolismus fosfolipas, analýza fosfolipidů, molekularní biologie a proteomika fosfolipas
concentration applicable to study cell signaling, Chemicke listy, 2005, roč. 99 č. 4, s.231-235
2 - NOVOTNA, Z. LINEK, J.; HYNEK, R.; MARTINEC, J.; POTOCKY, M.; VALENTOVA, O. Plant PIP2dependent phospholipase D activity is regulated by phosphorylation, FEBS Letters, 2003, roč. 554 č. 1-2,
s.50-54
3 - NOVOTNA, Z.; MARTINEC, J.; PROFOTOVA, B.; ZDAROVA, S.; KADER, J.C.; VALENTOVA, O. In vitro
distribution and characterization of membrane-associated PLD and PI-PLC in Brassica napus. Journal of
Experimental Botany, 2003, roč.54 č. 383, s.691-698
4 - SCHERER, G.F.E.; PAUL, R.U.; HOLK, A.; MARTINEC, J. Down-regulation by elicitors of
phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase C and up-regulation of phospholipase A in plant cells.
Biochem. Biophys. Res. Comm., 2002, roč. 293 č. 2, s.766-770
5 - NOVOTNA, Z.; VALENTOVA, O.; MARTINEC, J.; FELTL, T.; NOKHRINA, K. Study of phospholipases D
and C in maturing and germinating seeds of Brassica napus. Biochem. Soc. Trans., 2000, roč. 28 č.6, s.817818
6 - MARTINEC, J.; FELTL, T.; SCANLON, C.H.; LUMSDEN, P.J.; MACHACKOVA, I. Subcellular localization
of a high affinity binding site for D-myo-inositol 1,4,5-trisphosphate from Chenopodium rubrum. Plant
Physiology, 2000, roč. 124 č. 1, s.475-483
Motyka Václav Ing. CSc. 580302/2258 Česká republika
samostatný vědecký pracovník
220390437 607660919 220390446 [email protected]
Studium metabolismu cytokininů - stanovení aktivity enzymu cytokininoxidázy/dehydrogenázy katalyzujícího
degradaci cytokininů v rostlinách a možností její regulace
- WERNER,T.; MOTYKA, V.; STRNAD, M.; SCHMÜLLING, T. Regulation of plant growth by cytokinin.
Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2001, roč. 98. č.18, s. 10487-10492.
- DOBREV, P.; MOTYKA, V.; GAUDINOVÁ, A.; MALBECK, J.; TRÁVNÍČKOVÁ, A.; KAMÍNEK, M.;
2002, roč. 40. č. 4, s. 333-337.
- MOTYKA, V.; VAŇKOVÁ, R.; ČAPKOVÁ, V.; PETRÁŠEK, J.; KAMÍNEK, M.; SCHMÜLLING, T. Cytokinininduced upregulation of cytokinin oxidase activity in tobacco includes changes in enzyme glycosylation and
secretion. Physiologia Plantarum, 2003, roč. 117. č. 1, s. 11-21.
- WERNER, T.; MOTYKA, V.; LAUCOU, V.; SMETS, R.; VAN ONCKELEN, H.; SCHMÜLLING, T. Cytokinindeficient transgenic Arabidopsis plants show multiple developmental alterations indicating opposite functions
of cytokinins in the regulation of shoot and root meristem activity. Plant Cell, 2003, roč. 15 č. 11, s. 25322550.
- KAMÍNEK, Miroslav; ŠOLCOVÁ, Blanka; TRČKOVÁ, Marie; MOTYKA, Václav; DASKALOVA, Sasha;
ELLIOTT, Malcolm C.: Exploitation of mechanisms regulating cytokinin levels to improve cereals. – In:
MACHÁČKOVÁ, I., ROMANOV, G.A. (eds.), Phytohormones in Plant Biotechnology and Agriculture.
Dordrecht, The Netherlands: Kluwer Acad. Publ., 2003, s. 109-128. ISBN 1-4020-1723-5.
- BLAGOEVA, E.; DOBREV, P.; MALBECK, J.; MOTYKA, V.; GAUDINOVÁ, A.; VAŇKOVÁ, R. Effect of
exogenous cytokinins, auxins and adenine on cytokinin N-glucosylation and cytokinin
oxidase/dehydrogenase activity in de-rooted radish seedlings. Plant Growth Regulation, 2004, roč. 44 č. 1, s.
15-23.
- BLAGOEVA, E.; DOBREV, P.; MALBECK, J.; MOTYKA, V.; STRNAD, M.; HANUŠ, J.; VAŇKOVÁ, R.
Cytokinin N-glucosylation inhibitors suppress deactivation of exogenous cytokinins in radish, but their effect
on active endogenous cytokinins is counteracted by other regulatory mechanisms. Physiologia Plantarum,
2004, roč. 121 č. 2, s. 215-222.
- NOVÁKOVÁ, M.; MOTYKA, V.; DOBREV, P.I.; MALBECK, J.; GAUDINOVÁ, A.; VAŇKOVÁ, R. Diurnal
variation of cytokinin, auxin and abscisic acid levels in tobacco leaves. Journal of Experimental Botany,
2005, in press.
- GAUDINOVÁ, A.; DOBREV, P.; ŠOLCOVÁ, B.; NOVÁK, O.; STRNAD, M.; FRIEDECKÝ, D.; MOTYKA, V.
The involvement of cytokinin oxidase/dehydrogenase and zeatin reductase in regulation of cytokinin levels in
pea (Pisum sativum L.) leaves. Journal of Plant Growth Regulation, 2005, in press.
- SRISKANDARAJAH, S.; PRINSEN, E.; MOTYKA, V.; DOBREV, P.I.; SEREK,M. Regenerative capacity of
cacti Schlumbergera and Rhipsalidopsis in relation to endogenous phytohormones, cytokinin
oxidase/dehydrogenase and peroxidase activities. Journal of Plant Growth Regulation, 2005, in press.
Petrášek Jan RNDr. 720801/0546 Česká republika
odborný pracovník
220390425 220390446 [email protected]
měření transportu auxinů v buněčných liniích rostlin
in vivo konfokální mikroskopie
imunofluorescenční techniky
- PETRÁŠEK, J. BŘEZINOVÁ, A., HOLÍK, J., ZAŽÍMALOVÁ E. Excretion of cytokinins into the cultivation
medium by suspension-cultured tobacco cells. Plant Cell Reports, 2002, roč. 21, s.p. 97-104.
- PETRÁŠEK, J., ELČKNER M., MORRIS, DA., ZAŽÍMALOVÁ, E. Auxin efflux carrier activity and auxin
accumulation regulate cell division and polarity in tobacco cells. Planta, 2002, roč. 216, s. 302-308.
- - PETRÁŠEK, J., ČERNÁ, A., SCHWARZEROVÁ, K., ELČKNER M., MORRIS, DA., ZAŽÍMALOVÁ, E. Do
Phytotropins Inhibit Auxin Efflux by Impairing Vesicle Traffic? Plant Physiology, 2003, roč. 131, s. 254-263
- - MOTYKA, V., VAŇKOVÁ, R., ČAPKOVÁ, V., PETRÁŠEK, J., KAMÍNEK, M., SCHMULLING, T. Cytokinininduced upregulation of cytokinin oxidase activity in tobacco includes changes in enzyme glycosylation and
secretion. Physiologia Plantarum, 2003, roč. 117, s. 11-21.
- - SCHWARZEROVÁ, K., POKORNÁ, J., PETRÁŠEK, J., ZELENKOVÁ, S., ČAPKOVÁ, V., JANOTOVÁ, I.,
and the endomembrane system. Cell Biology International, 2003, roč. 27, s. 263-265.
- - POKORNÁ, J., SCHWARZEROVÁ, K., ZELENKOVÁ, S., PETRÁŠEK, J., JANOTOVÁ, I., ČAPKOVÁ, V.,
OPATRNÝ, Z. Sites of actin filament initiation and re-organization in cold-treated tobacco cells. Plant Cell
and Environment, 2004, roč. 27, s. 641-653.
- - PACIOREK, T., ZAŽÍMALOVÁ, E., RUTHHARDT, N., PETRÁŠEK, J., STIERHOF YD., KLEINE-VEHN,
J., MORRIS, DA., EMANS, N., JURGENS, G., GELDNER, N., FRIML, J. Auxin inhibits endocytosis and
promotes its own efflux from cells. Nature, 2005, roč. 435, s. 1251-1256.
- - SCHWARZEROVÁ, K., PETRÁŠEK, J., ZELENKOVÁ, S., PANIGRAHI, K., OPATRNÝ, Z., NICK, P.
Intranuclear accumulation of plant tubulin in response to low temperature. Protoplasma, 2005, v tisku.
- - FIŠEROVÁ, J., SCHWARZEROVÁ, K., PETRÁŠEK, J., OPATRNÝ, Z. ARP2 and ARP3 proteins are
located to the sites of actin filament nucleation in tobacco BY-2 cells. Protoplasma, 2005, v tisku.
- - PETRÁŠEK, J., ZAŽÍMALOVÁ, E. The BY-2 Cell Line as a Tool to Study Auxin Transport. In:
Biotechnology in Agriculture and Forestry `Tobacco BY-2 Cells: A New Treatise`, NAGATA, T., MATSUOKA,
K., INZÉ, D. (eds), Springer-Verlag, Berlin Heidelberg, 2005, v tisku.
Soukupová Hana Mgr. 695923/1983 Česká republika
doktorand
220390449 220390461 [email protected]
Studium regulátorů Rab GTPáz, fenotypová analýza transgenních rostlin.
- BARINOVA, I.; CLÉMENT, C.; MARTINY, L.; BAILLIEUL, F.; SOUKUPOVÁ, H.; HEBERLE-BORS, E.;
TOURAEV, A. Regulation of developmental pathways in cultured microspores of tobacco and snapdragon by
medium pH. Planta, 2004, roč.219 č.1, s.141-146.
Strnad Miroslav Prof. Ing. CSc. 580109/1175 Česká republika
vedoucí Laboratoře růstových regulátorů
585634850 724774453 585634870 [email protected]
Studium biosyntézy a metabolismu endogenních cytokininů a auxinů v normální a transgenní rostlinné
buňce, jejich signaling prostřednictvím receptorů a studium jejich úlohy při regulaci buněčného cyklu
- WERNER, T.; MOTYKA, V.; STRNAD, M.; SCHMÜLLING, T. Regulation of plant growth by cytokinin.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2001, č. 98, s. 1048710492.
- MALOŇ, M.; TRÁVNÍČEK, Z.; MARYŠKO, M.; ZBOŘIL, R.; MAŠLÁŇ, M.; MAREK, J.; DALEŽAL, K.,
ROLČÍK, J., KRYŠTOF, V., STRNAD, M. Metal complexes as anticancer agents. Iron(III) and copper(II) bioactive complexes with 6-benzylaminopurine derivatives. - Inorganica Chimica Acta, 2001, č. 323, s. 119-129.
- TRÁVNÍČEK, Z.; MALOŇ, M.; ŠINDELÁŘ, Z.; DOLEŽAL, K.; ROLČÍK, J.; KRYŠTOF, V.; STRNAD, M.;
MAREK, J. Preparation, physicochemical properties and biological activity of copper(II) complexes with 6-(2chlorobenzylamino)purine (HL1) or 6-(3-chlorobenzylamino)purine (HL2). The single-crystal X-ray strucutre
of /Cu(H+L2)Cl3/Cl.H2O. Journal of Inorganic Biochemistry, 2001, č. 84, s. 23-32.
- BAROJA-FERNANDEZ, E.; AGUIRREOLEA, J.; MARTÍNKOVÁ, H.; HANUŠ, J.; STRNAD, M. Aromatic
cytokinins in micropropagated potato plants. Plant Physiology and Biochemistry, 2002, č. 40, s. 217-224.
- DOLEŽAL, K.; ASTOT, C.; HANUŠ, J.; HOLUB, J.; PETERS, W.; BECK, E.; SANDBERG, G.; STRNAD, M.
Identification of aromatic cytokinins in suspension cultured photoautotrophic cells of Chenopodium rubrum by
capillary liquid - chromatography/frit - fast atom bombardment mass spectrometry. Plant Growth Regulation,
2002, č. 36, s. 181-189.
- MALOŇ, M.; TRÁVNÍČEK, Z.; MARYŠKO, M.; MAREK, J.; DOLEŽAL, K.; ROLČÍK, J.; STRNAD, M.
Synthesis, characterisation and antitumour activity of copper(II) 6-(4-chlorobenzylamino)purine complexes.
X-ray structure of 6-(4-chloro-benzylamino)purinium perchlorate. Transition Metal Chemistry, 2002, č. 27, s.
580-586.
- ROLČÍK, J.; LENOBEL, R.; SIGLEROVÁ, V.; STRNAD, M. Isolation of melatonin by immunoaffinity
chromatography. Journal of Chromatography B, 2002, č. 775, s. 9-15.
- TRÁVNÍČEK, Z.; MALOŇ, M.; POPA, I.; DOLEŽAL, K.; STRNAD, M. Preparation and cytotoxic activity of
nickel (II) complexes with 6-benzylaminopurine derivatives. Transition Metal Chemistry, 2002, č. 27, s. 918923.
- TARKOWSKÁ, D.; DOLEŽAL, K.; TARKOWSKI, P.; ASTOT, C.; SCHMÜLLING, T.; HOLUB, J.;
FUKSOVÁ, K.; SANDBERG, G.; STRNAD, M. Identification of new aromatic cytokinins in Arabidopsis
thaliana, poplar leaves and Agrobacterium tumefaciens strains by LC-(+)ESI-MS and capillary liquid
chromatography/frit - fast atom bombardment mass spectrometry. Physiologia Plantarum, 2003, č. 117, s.
579-590.
- LAUKENS, K.; LENOBEL, R.; STRNAD, M.; VAN ONCKELEN, H.; WITTERS, E. Cytokinin affinity
purification and identification of a tobacco adenosine BY-2 kinase. FEBS Letters, 2003 č. 533, s. 63-66.
- NOVÁK, O.; TARKOWSKI, P.; TARKOWSKÁ, D.; DOLEŽAL, K.; LENOBEL, R.; STRNAD, M. Quantitative
analysis of cytokinins in plants by liquid chromatography–single-quadrupole mass spectrometry. Analitica
Chimica Acta, 2003, č. 480, s. 207-218.
- SÁENZ, L.; JONES, L.H.; OROPEZA, VLÁČIL, D.; STRNAD, M. Endogenous isoprenoid and aromatic
cytokinins in different plant parts of Cocos nucifera (L.). Plant Growth Regulation, 2003, č. 39, s. 205-215.
- WERNER, T.; HANUŠ, J.; HOLUB, J.; SCHMULLING, T.; VAN ONCKELEN, H.; STRNAD, M. New
cytokinin metabolites in IPT transgenic Arabidopsis thaliana plants. Physiologia Plantarum, 2003, č. 118, s.
127-137.
- TRÁVNÍČEK, Z.; MALOŇ, M.; ZATLOUKAL, M.; DOLEŽAL, K.; STRNAD, M.; MAREK J Mixed ligand
complexes of platinum(II) and palladium(II) with cytokinin-derived compounds Bohemine and Olomoucine: Xray structure of [Pt(BohH+-N7)Cl3] • 9/5 H2O {Boh = 6-(benzylamino)-2-[(3-(hydroxypropyl) amino]-9isopropylpurine, Bohemine}. Journal of Inorganic Biochemistry, 2003, č. 94, s. 307-316.
- KOTALA, V.; ULDRIJAN, S.; HORKÝ, M.; TRBUSEK, M.; STRNAD, M.; VOJTĚŠEK, B. Potent induction of
wild-type p53-dependent transcription in tumour cells by a synthetic inhibitor of cyclin-dependent kinases.
Cellular and Molecular Life Sciences, 2001, č. 58, s. 1333-1339.
- FRANĚK, F.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; SIGLEROVÁ, V.; FISMOLOVÁ, I.; ECKSCHLAGER, T. Diverse
effects of the cyclin-dependent kinase inhibitor bohemine: Concentration- and time-dependent suppression
or stimulation of hybridoma culture. Cytotechnology, 2001, č. 36, s. 115-122.
- KRYŠTOF, V.; STRNAD, M. Inhibitors of cyclin-dependent kinases. Chemické Listy, 2001, č. 95, s. 295300.
- FRANĚK, F.; SIGLEROVÁ, V.; HAVLÍČEK, L.; STRAND, M.; ECKSCHLAGER, T.; WEIGL, E. Effect of
purine derivative myoseverin and of its analogies on cultured hybridoma cells. Collection of Czechoclovak
Chemical Communications, 2002, č. 67, s. 257-266.
- KOLÁŘ, Z.; MURRAY, P.G.; MAĎAROVÁ, J.; LUKEŠOVÁ, M.; HLOBILKOVÁ, A.; ŘIHÁKOVÁ, P.;
FLAVELL, J.R.; STRNAD, M.; STUDENT, V.; VOJTĚŠEK, B. Nuclear receptors in early hormone refractory
prostate cancer and their relationship to apoptosis-related proteins. Neoplasma, 2002, č. 49, s. 172-177.
- KRYŠTOF, V.; LENOBEL, R.; HAVLÍČEK, L.; KUZMA, M.; STRNAD, M. Synthesis and biological activity of
olomoucine II. Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2002, č. 12, s. 3283-3286.
- MAĎAROVÁ, J.; LUKEŠOVÁ, M.; HLOBILKOVÁ, A.; STRNAD, M.; VOJTĚŠEK, B.; LENOBEL, R.;
HAJDÚCH, M.; MURRAY, P.G.; PERERA, S.; KOLÁŘ, Z. Synthetic inhibitors of CDKs induce different
responses in androgen sensitive and androgen insensitive prostatic cancer cell lines. Molecular Patholology,
2002, č. 55, s. 227-234.
- VERMEULEN, K.; STRNAD, M.; KRYŠTOF, V.; HAVLÍČEK, L.; VAN DER AA, A.; LENJOU, M.; NIJS, G.;
Leukemia2002, č. 16, s. 299-305.
- VERMEULEN, K.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; VAN ONCKELEN, H.; LENJOU, M.; NIJS, G.; VAN
30, s. 1107-1114, 2002.
- LINK, V.L.; HOFMANN, M.G.; SINHA, A.K.; EHNESS, R.; STRNAD, M.; ROITSCH, T. Biochemical
evidence for the activation of distinct subsets of mitogen-activated protein kinases by voltage and defenserelated stimuli. Plant Physiology, 2002, č. 128, s. 271-281.
- MORAVEC, J.; KRYŠTOF, V.; HANUŠ, J.; HAVLÍČEK, L.; MORAVCOVÁ, D.; FUKSOVÁ, K.; KUZMA, M.;
LENOBEL, R.; OTYEPKA, M.; STRNAD, M. 2,6,8,9-Tetrasubstituted purines as new CDK1 inhibitors.
Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 2003, č. 13, s. 2993-2996.
- MORAVCOVÁ, D.; KRYŠTOF, V.; HAVLÍČEK, L.; MORAVEC, J.; LENOBEL, R.; OTYEPKA, M.; STRNAD,
M. Pyrazolo?4,3-d?pyrimidines as new generation of cyclin-dependent kinase inhibitors. Bioorganic and
Medicinal Chemistry Letters, 2003, č. 13, s. 2989-2992.
- BLAGOEVOVA, E.; DOBREV, P.I.; MALBECK, J.; MOTYKA, V.; STRNAD, M.; HANUŠ, J.; VAŇKOVÁ, R.
2004, č. 121(2), s. 215-222.
- GALUSZKA, P.; FRÉBORTOVÁ, J.; WERNER, T.; YAMADA, M., STRNAD, M., SCHMULLING, T.,
FRÉBORT, I. Cytokinin oxidase/dehydrogenase genes in barley and wheat. European Journal of
Biochemistry 2004 Oct;271(20):3990-4002
- KNILLOVÁ, J.; BOUCHAL, J.; HLOBILKOVÁ, A.; STRNAD, M.; KOLÁŘ, Z. Synergic effects of the cyclindependent kinase (CDK) inhibitor olomoucine and androgen-antagonist bicalutamide on prostatic cancer cell
lines. Neoplasma, 2004, č. 5(51), s. 358-367.
- ORDOG, V.; STIRK, W.A.; VAN STADEN, J.; NOVÁK, O.; STRNAD, M. Endogenous cytokinins in three
genera of microalgae from the chlorophyta. Journal of Phycology, 2004, č. 40(1), s. 88-95.
- SPÍCHAL, L.; RAKOVA, N.Y.; RIEFLER, M.; MIZUNO, T.; ROMANOV, G.A.; STRNAD, M.; SCHMULLING,
T. Two Cytokinin Receptors of Arabidopsis thaliana, CRE1/AHK4 and AHK3, Differ in their Ligand Specificity
in a Bacterial Assay. Plant Cell Physiology, 2004, č. 45(9), s. 1299-305.
- STIRK, W.A.; ARTHUR, G.D.; LOURENS, A.F.; NOVÁK, O.; STRNAD, M.; VAN STADEN, J. Changes in
cytokinin and auxin concentrations in seaweed concentrates when stored at an elevated temperature.
Journal of Applied Phycology, 2004, č. 16(1), s. 31-39.
- TARKOWSKI, P.; DOLEŽAL, K.; STRNAD, M. Analytické metody studia cytokininů. Chemické Listy, 2004,
č. 9(98), s. 834-841-357.
- HAUSEROVÁ, E.; SWACZYNOVÁ, J.; DOLEŽAL, K.; LENOBEL, R.; POPA, I.; HAJDÚCH, M.; VYDRA, D.;
FUKSOVÁ, K.; STRNAD, M. Batch immunoextraction method for efficient purification of aromatic cytokinins.
Journal of Chromatography A, 2005, in Press, Available online 26 September
- HAVLÍČEK, L.; FUKSOVÁ, K.; KRYŠTOF, V.; ORSÁG, M.; VOJTĚŠEK, B.; STRNAD, M. 8-Azapurines as
new inhibitors of cyclin-dependent kinases. Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2005, č. 13, s. 5399-5407.
- KOLÁŘOVÁ, H.; MACEČEK, J.; NEVRELOVÁ, P.; HUF, M.; TOMEČKA, M.; BAJGAR, R.; MOSINGER, J.;
STRNAD, M. Photodynamic therapy with zinc-tetra(p-sulfophenyl)porphyrin bound to cyclodextrin induces
single strand breaks of cellular DNA in G361 melanoma cells. Toxicology In Vitro, 2005, in press
- KRYŠTOF, V.; MCNAE; I.W.; WALKINSHAW, M.D.; FISCHER, P.M.; MULLER, P.;, VOJTEŠEK, B.;
ORSÁG, M.; HAVLÍČEK, L.; STRNAD, M. Antiproliferative activity of olomoucine II, a novel 2,6,9trisubstituted purine cyclin-dependent kinase inhibitor. Cellular and Molecular Life Sciences, 2005, č. 62(15),
s. 1763-71.
- MALOŇ, M.; TRAVNÍČEK, Z.; MAREK, R.; STRNAD, M. Synthesis, spectral study and cytotoxicity of
platinum(II) complexes with 2,9-disubstituted-6-benzylaminopurines. Journal of Inorganic Biochemistry,
2005, in press.
- ROLČÍK, J.; ŘEČINSKÁ, J.; BARTÁK, P.; STRNAD, M.; PRINSEN, E. Purification of 3-indolylacetic acid by
solid phase extraction. Journal of Separation Science, 2005, č. 28(12), s. 1370-1374.
- ROMANOV, G.A.; SPÍCHAL, L.; LOMIN, S.N.; STRNAD, M.; SCHMÜLLING, T. A live cell hormone-binding
assay on transgenic bacteria expressing a eukaryotic receptor protein. Analytical Biochemistry, 2005, in
Press, Available online 30 September
- FRANĚK, F.; STRNAD, M.; HAVLÍČEK, L.; SIGLEROVÁ, V. Antiproliferative and growth-stimulating
activities of synthetic cytokinin analogues. In: SHIRATA, S., et al. (eds.) Animal Cell Technology: Basic and
Applied Aspects. Vol. 12., Kluwer Acad. Publ., The Netherlands, 2002, s. 315-319.
Vaňková Radomíra RNDr. CSc. 585221/1024 Česká republika
220 390 427 220 390 446 [email protected]
studium metabolismu cytokininů a auxinů;
školitelka studentů podílejících se na práci Centra
- NOVÁKOVÁ, M.; MOTYKA, V.; DOBREV, P.I.; MALBECK, J.; GAUDINOVÁ, A.; VAŇKOVÁ, R. Diurnal
2005, in press. ISSN: 0022-0957.
- KHODAKOVSKAYA, M.; Li, Y.; Li J., VAŇKOVÁ, R.; MALBECK, J.; MCAVOY, R. Effects of cor15a-IPT
gene expression on leaf senescence in transgenic Petuniaxhybrida and Dendranthemaxgrandiflorum.
Journal of Experimental Botany, 2005, roč. 56, č. 414, s.1165-1175. ISSN: 0022-0957.
- MOK, M.C.; MARTIN, R.C.; DOBREV, P.I.; VAŇKOVÁ, R.; SHING HO, P.; YONEKURA-SAKAKIBARA, K.;
SAKAKIBARA, H.; MOK, D.W.S. Topolins and Hydroxylated Thidiazuron Derivatives Are Substrates of
Cytokinin O-Glucosyltransferase with Position Specificity Related to Receptor Recognition. Plant Physiology,
2005, roč. 137 č.3, s. 1057-1066. ISSN: 0032-0889.
- POLANSKÁ, L.; VIČÁNKOVÁ, A.; DOBREV, P.I.; MACHÁČKOVÁ, I.; VAŇKOVÁ, R. Viability, ultrastructure
and cytokinin metabolism of free and immobilized tobacco chloroplasts. Biotechnology Letters, 2004, roč. 26
č.20, s. 1549-1555. ISSN: 0141-5492.
- BLAGOEVA, E.; DOBREV, P.I.; MALBECK, J.; MOTYKA, V.; GAUDINOVÁ, A.; VAŇKOVÁ, R. Effect of
exogenous cytokinins, auxins and adenine on cytokinin N-glucosylation and cytokinin
oxidase/dehydrogenase activity in de-rooted radish seedlings. Plant Growth Regulation, 2004, roč. 44 č.1, s.
15-23. ISSN: 0167-6903.
- BLAGOEVA, E.; DOBREV, P.I.; MALBECK, J.; MOTYKA, V.; STRNAD, M.; HANUŠ, J.; VAŇKOVÁ, R.
2004, roč. 121 č.2, s. 215-222. ISSN: 0031-9317.
- VEACH, Y.; MARTIN, R.C.; MOK, D.W.S.; MALBECK, J.; VAŇKOVÁ, R.; MOK, M.C. O-glucosylation of
cis-zeatin in maize: characterization of genes, enzymes, and endogenous cytokinins. Plant Physiology,
2003, roč. 131 č.3, s. 1374-1380. ISSN: 0032-0889.
- BLAGOEVA, E.; MALBECK, J.; GAUDINOVÁ, A.; VANĚK, T.; VAŇKOVÁ, R. Cyclin-dependent kinase
inhibitor roscovitine in combination with exogenous cytokinin N6-benzyladenine causes increase of the level
of cis-cytokinins in immobilized tobacco cells. Biotechnology Letters, 2003, roč. 25 č.6, s. 469-472. ISSN:
0141-5492.
- MOTYKA, V.; VAŇKOVÁ, R.; ČAPKOVÁ, V.; PETRÁŠEK, J.; KAMÍNEK, M.; SCHMÜLLING, T. Cytokinininduced upregulation of cytokinin oxidase activity in tobacco includes changes in enzyme glycosylation and
secretion. Physiologia Plantarum, 2003, roč. 117 č.1, s. 11-21. ISSN: 0031-9317.
- DOBREV, P.; MOTYKA, V.; GAUDINOVÁ, A.; MALBECK, J.; TRÁVNÍČKOVÁ, A.; KAMÍNEK, M.;
2002, roč. 40 č.4, s. 333-337. ISSN: 0981-9428.
- VAŇKOVÁ, R.; KUNCOVÁ, G.; OPATRNÁ, J.; SÜSSENBEKOVÁ, H.; GAUDINOVÁ, A.; VANĚK, T. Twodimensional fluorescence spectroscopy – a new tool for the determination of plant cell viability. Plant Cell
Reports, 2001, roč. 20 č.1, s. 41-47. ISSN: 0721-7714.
Žárský Viktor RNDr. CSc. 580216/0617 Česká republika
220390457 220390461 [email protected]
Koordinace řešení dílčího cíle V003, buněčná biologie, školení doktorandů a diplomantů
- CVRČKOVÁ, Fatima, ELIÁŠ, Marek, HÁLA, Michal, OBERMEYER, Gerhard, a ŽÁRSKÝ, Viktor. Small
- ELIÁŠ, M.; CVRČKOVÁ, F.; OBERMEYER, G.; ŽÁRSKÝ, V. Microinjection of guanine nucleotide
analogues into lily pollen tubes results in isodiametric tip expansion. Plant Biology, 2001, roč. 3 č.5, s. 489492.
- ELIÁŠ, M.; POTOCKÝ, M.; CVRČKOVÁ, F.; ŽÁRSKÝ, V. Molecular diversity of phospholipase D in
angiosperms.
BMC
Genomics
[on-line],
2002,
roč.3
č.2.
Dostupný
na
WWW:
- POTOCKÝ, M.; ELIÁŠ, M.; PROFOTOVÁ, B.; NOVOTNÁ, Z.; VALENTOVÁ, O.; ŽÁRSKÝ, V. Phosphatidic
acid produced by phospholipase D is required for tobacco pollen tube growth. Planta, 2003, roč. 217 č.1, s.
122-130.
- CVRČKOVÁ, F.; NOVOTNÝ, M.; PÍCKOVÁ, D.; ŽÁRSKÝ, V. Formin homology 2 domains occur in multiple
contexts in angiosperms. BMC Genomics [on-line], 2004, roč. 5 č. 44. Dostupný na WWW:
- HÁLA, M.; ELIÁŠ, M.; ŽÁRSKÝ, V. A specific feature of the angiosperm Rab escort protein (REP) and
- COLE, R.A.; SYNEK, L.; ŽÁRSKÝ, V.; FOWLER, J.R. SEC8, a subunit of the putative Arabidopsis Exocyst
complex, facilitates pollen germination and competitive pollen tube growth. Plant Physiology, 2005, roč. 138
č.4, s. 2005-2018.
Černá Adriana Mgr. 745625/0813 Česká republika
doktorand
220390425 220390446 [email protected]
dynamika přenašečů auxinu typu PIN na plazmatické membráně
- PETRÁŠEK, J.; ČERNÁ, A.; SCHWARZEROVÁ, K.; ELČKNER, M.; MORRIS, D.A.; ZAŽÍMALOVÁ, E. Do
- ČERNÁ, A., CUADRADO, A., JOUVE, N., MORENO DÍAZ DE LA ESPINA S., DE LA TORRE, C. Z-DNA, a
new in situ marker for transcription. European Journal of Histochemistry, 2004, roč. 48, s. 49-56.
Čovanová Milada Ing. 796208/0159 Česká republika
doktorand
220390431 220390446 [email protected]
studium funkce proteinu ABP1 na plazmatické membráně
Dobrá Jana Mgr. 806227/2031 Česká republika
doktorand
220390426 220390446 [email protected]
kvantifikace exprese vybraných genů pomocí real-time RT PCR
Drdová Edita Mgr. 786103/1717 Česká republika
doktorand
220390449 220390461 [email protected]
Charakterizace podjednotek komplexu exocyst
SOUKUPOVÁ, H. Do exocyst subunits in plants form a complex? Acta Physiol. Plant., 2004, sv. 26, s.146.
Hoyerová Klára Ing. 746219/0186 Česká republika
doktorand
220390436 220390446 [email protected]
studium přenašečů auxinu typu PaLAX na transformovaných liniích Arabidopsis,
detekce hladin endogenních hormonů (IAA, ABA, cytokininy), molekulární metodiky (DNA izolace, klonování,
PCR, RT PCR)
Kakešová Hana Mgr. 796104/1121 Česká republika
doktorand
Charakterizace podjednotek komplexu exocyst, interakce s malými GTPázami
SOUKUPOVÁ, H. Do exocyst subunits in plants form a complex? Acta Physiol. Plant., 2004, sv. 26, s.146.
Klíma Petr Mgr. 790106/1575 Česká republika
doktorand
220390431 220390446 [email protected]
studium mechanismů akumulace cytokininů
Křeček Pavel Mgr. 740716/0486 Česká republika
220390431
[email protected]
studium regulačních komponent transportu auxinu
Kubeš Martin Mgr. 781008/3490 Česká republika
doktorand
220390431 220390446 [email protected]
studium přenašečů auxinu typu MDR/PGP
Laňková Martina RNDr. 786231/2656 Česká republika
doktorand
220390431 220390446 [email protected]
studium přenašečů auxinu typu PaLAX
Nováková Marie Mgr. 795112/0991 Česká republika
doktorand
220390426 220390446 [email protected]
izolace chloroplastů a mitochondrií
analýza rostlinných hormonů
- NOVÁKOVÁ, M.; MOTYKA, V.; DOBREV, PI.; MALBECK, J.; GAUDINOVÁ, A.; VAŇKOVÁ, R. Diurnal
2005, in press.
Pochylová Žaneta Mgr. 795531/5357 Česká republika
doktorandka
585205864 585205853 [email protected]
studium malých GTPáz - Ran a jejich role v organizaci mikrotubulárního cytoskeletu
Potocký Martin Ing. 770110/4774 Česká republika
doktorand
220390457 220390461 [email protected]
Studium a charakterizace fosfolipázy D, zaměřené na pylové láčky tabáku; podíl na charakterizaci komplexu
exocyst
- ELIÁŠ, M.; POTOCKÝ, M.; CVRČKOVÁ, F.; ŽÁRSKÝ, V. Molecular diversity of phospholipase D in
angiosperms.
BMC
Genomics
[on-line],
2002,
roč.3
č.1.
Dostupný
na
WWW:
- BREDHOLT, H.; BRUHEIM, P.; POTOCKÝ, M.; EIMHJELLEN, K. Hydrophobicity development, alkane
oxidation, and crude-oil emulsification in a Rhodococcus species. Can J Microbiol., 2002, roč.48 č.4, s.295304.
- POTOCKÝ, M.; ELIÁŠ, M.; PROFOTOVÁ, B.; NOVOTNÁ, Z.; VALENTOVÁ, O.; ŽÁRSKÝ, V. Phosphatidic
acid produced by phospholipase D is required for tobacco pollen tube growth. Planta, 2003, roč. 217 č.1, s.
122-130.
- NOVOTNA, Z.; LINEK, J.; HYNEK, R.; MARTINEC, J.; POTOCKY, M.; VALENTOVA, O. Plant PIP2dependent phospholipase D activity is regulated by phosphorylation. FEBS Lett., 2003, roč.554 č.1-2, s.5054.
- STIBOR, M.; POTOCKÝ, M.; PÍCKOVÁ, A.; KARASOVÁ, P.; RUSSELL, N.J.; KRÁLOVÁ, B.
Characterization of cold-active dehydrogenases for secondary alcohols and glycerol in psychrotolerant
bacteria isolated from Antarctic soil. Enzyme Microb Technol., 2003, roč.32 č.5, s.532-538.
- PICKOVA, A.; POTOCKY, M.; HOUSTEK, J. Assembly factors of F1FO-ATP synthase across genomes.
Proteins, 2005, roč.59 č.3, s.393-402.
Seifertová Daniela Mgr.
doktorand
220390425 220390446 [email protected]
odvození buněčných linií Arabidopsis thaliana a jejich transformace geny pro přenašeče auxinu
- BENKOVÁ, E.; MICHNIEWICZ, M.; SAUER, M.; TEICHMANN, T.; SEIFERTOVÁ, D.; JURGENS, G.;
FRIML J. Local, efflux-dependent auxin gradients as a common module for plant organ formation. Cell, 2003,
roč. 115, s. 591-602.
Skůpa Petr Ing.
doktorand
220390431 220390446 [email protected]
příprava a charakterizace transgenních linií nesoucích geny typu PIN
Synek Lukáš Mgr. 790822/1123 Česká republika
doktorand
220390458 220390461 [email protected]
Charakterizace komplexu exocyst, fenotypová analýza transgenních rostlin.
- COLE, R.A.; SYNEK, L.; ŽÁRSKÝ, V.; FOWLER, J.R. SEC8, a subunit of the putative Arabidopsis Exocyst
complex, facilitates pollen germination and competitive pollen tube growth. Plant Physiology, 2005, roč. 138
č.4, s. 2005-2018.
Vrlík Martin Mgr. 790423/5075 Česká republika
doktorand
585205862 585205853 [email protected]
V Centru připraví transformanty exprimující RNAi a GFP verze genů pro Ran GTPázy a bude se podílet na
charakterizaci role Ran GTPáz.
- BINAROVÁ, P.; CENKLOVÁ, V.; PROCHÁZKOVÁ, J.; DOSKOČILOVÁ, A.; VOLC, J.; VRLÍK, M.; BÖGRE,
L.: Gamma-tubulin is essential for microtubule nucleation in acentrosomal plants. Plant Cell, submitted,
2005.
pracoviště Centra ) - "Ústav experimentální botaniky AV ČR"
Role uchazeče
IČ
Kód banky
Název banky
Číslo účtu
Specifický symbol
DIČ
WWW adresa
- vedený kde
- oddíl
- vložka
000 - příjemce - koordinátor
61389030
Ústav experimentální botaniky AV ČR
SPO
Rozvojová
135
2
Praha 6 - Lysolaje
16502
CZ
220390455
0710
ČNB Praha 1
11231031
CZ61389030
ÚEB
www.ueb.cas.cz
Macháčková Ivana RNDr. CSc. - ředitelka 220390453 602746433 220390456 [email protected]
Razítko:
Datum:
Podpis
(y):
Macháčková Ivana RNDr. CSc.
ředitelka
návrhu projektu.
projektu.
4.2.7. Vyjádření k duplicitě řešení - Ústav experimentální botaniky AV ČR
Z hlediska obsahového je návrh Centra duplicitní s výzkumným záměrem UEB AV ČR č. AV0Z50380511:
"Mechanismy regulace růstu a vývoje rostlin na úrovni buněk, orgánů a celých organismů: fyziologické,
genetické a molekulárně biologické základy".
Navrhovaný projekt navazuje na několik grantových projektů v současné době na pracovišti řešených a
význačným způsobem je doplňuje a rozvíjí. Žádný z těchto grantových projektů však nepředstavuje plnou
duplicitu (ani obsahovou, ani ekonomickou) předkládaného projektu Centra.
Projekty s obdobnou /návaznou tématikou:
Grantová agentura ČR (206/03/0369): Metabolismus cytokininů v chloroplastech tabáku a jeho regulace.
(Řešitelka: R. Vaňková, 2003-2005).
Grantová agentura ČR (206/03/0313): Metabolické dráhy a enzymy zapojené do snižování hladin aktivity
cytokininů v rostlinách. (Řešitel: V. Motyka, 2003-2005).
Grantová agentura ČR (522/04/0549): Vliv exprese genu pro zeatin O-glukosyltransferázu z fazolu na
toleranci vůči vodnímu stresu u rostlin tabáku. (Řešitelka: R. Vaňková, 2004-2006).
Grantová agentura AV ČR (A60338303): Transmembránový transport růstových látek v rostlinných buňkách.
(Řešitelka: E. Zažímalová, 2003-2006).
Grantová agentura AV ČR (A600380507): Mechanizmy udržující hormonální homeostáze v rostlinných
buňkách. (Řešitel: M. Kamínek, 2005-2007).
Grantová agentura AV ČR (IAA6038410): Charakterizace rodiny podjednotek Exo70 poutacího komplexu
exocyst u Arabidopsis. (Řešitel: V.Žárský, 2004-2007).
Grantová agentura ČR (203/02/0247): Studium metabolismu přírodních oostatických peptidů hmyzu a jejich
syntetických analogů pro optimalizaci biologické aktivity. (Odp.řešitel R. Tykva 2002-2005 Účast na řešení:
L. Havlíček)
Grantová agentura ČR (301/02/0475): Protinádorové a antimitotické látky na bázi purinových inhibitorů
cyklin-dependentních kinas. (Řešitel: M. Strnad, 2002-2005)
Grantová agentura ČR (301/05/0418): Nové generace inhibitorů cyklin-dependentních kinas s významnými
protinádorovými účinky. (Řešitel: M. Strnad, 2005-2008)
Grantová agentura ČR (204/02/D068) – Studium role gama-tubulinových komplexů u acentrozomálních
buněk vyšších rostlin. (Řešitelka: V. Cenklová, 2002-2005).
V současnosti jsou podány další návrhy s komplementární nebo částečně duplicitní problematikou:
Grantová agentura AV ČR(A600380615): Mechanismus transportu auxinu přes plasmatickou membránu u
rostlinných buněk. (Navrhovatelka: E. Zažímalová).
Grantová agentura AV ČR (B600380604): Mechanismy vnitrobuněčné translokace a polárního umísťování
proteinů zajišťujících přenos auxinu z buňky. (Navrhovatel: J. Petrášek).
KONTAKT: Úloha O-glukosylace cytokininů při růstu a vývoji jednoděložných a dvouděložných rostlin
(Navrhovatelka: R. Vaňková)
Grantová agentura AV ČR(B600380603): Studium interakce malých GTPáz rodiny Rab s jejich efektorovým
komplexem exocystem u Arabidopsis thaliana. (Navrhovatel:M.Hála).
Grantová agentura ČR (204/06/P467): Prenylační komplex Rab GTPáz u Arabidopsis thaliana a jeho úloha v
buněčné morfogenezi. (Navrhovatel:M.Hála).
INTAS (Ref. Nr. 05-96-4758): The role of phospholipases in the mechanism of cytokinin action, Part 2
(Navrhovatel: Jan Martinec)
Grantová agentura ČR (204/06/1625): Úloha Ran GTPáz v nukleaci mikrotubulů a organizaci mitotického
vřeténka v acentrozomálních buňkách vyšších rostlin. (Navrhovatelka: V. Cenklová).
4.3. FINANČNÍ PLÁN
4.3.1. Uznané náklady souhrnně za projekt
NÁKLADY
2006
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
2007
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
2008
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
2009
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
2010
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
CELKEM
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE ze
SRU
tis. Kč
Podíl
SRU
%
Osobní
F1
Osobní náklady nebo výdaje na zaměstnance,
kteří se podílejí na řešení projektu a jim
odpovídající povinné zákonné odvody a případné
příděly do FKSP
a platy
F1.1 Mzdy
Mzdy a platy
F1.2
F1.3
F2
F3
F4
F5
F6
F7
Dohody
Úhrada dohod o pracích konaných mimo pracovní
poměr
Povinné zákonné odvody
Povinné zákonné odvody včetně případného
přídělu do FKSP
Pořízení majetku
Náklady nebo výdaje na pořízení hmotného a
nehmotného majetku (investice, kapitálové)
Provoz a údržba
Náklady nebo výdaje na provoz a údržbu
hmotného majetku používaného při řešení projektu
Další provozní
Další provozní náklady vzniklé v přímé souvislosti
s řešením projektu
Služby
Náklady nebo výdaje na služby využívané v přímé
souvislosti s řešením projektu
Výsledky
Náklady nebo výdaje na zveřejnění výsledků
projektu včetně nákladů nebo výdajů na zajištění
práv k výsledkům výzkumu
Cestovné
Cestovní náhrady vzniklé v přímé souvislosti s
řešením projektu
8980
8980 14483 14483 16933 16933 17377 17377 17520 17520
75293
75293
100
6606
6606
6606
6606
100
0
0
0
0
100
2374
2374
2374
2374
100
25722
100
24281 24281
1441
1441
0
0
0
0
0
0
25722
702
557
715
545
750
570
765
575
765
575
3697
2822 76,33
6350
6350
6742
6742
6984
6984
7122
7122
7267
7267
34465
34465
100
395
365
550
520
560
525
565
525
575
525
2645
2460
93
220
220
300
300
320
320
340
340
360
360
1540
1540
100
1000
1000
1210
1210
1240
1240
1240
1240
1240
1240
5930
5930
100
3252
2913
3786
3508
3843
3570
3901
3630
3968
3692
18750
Doplňkové
F8
F9
Doplňkové (režijní) náklady nebo výdaje vzniklé v
přímé souvislosti s řešením projektu, např.
administrativní náklady, náklady na pomocný
personál a infrastrukturu, enegii a služby
neuvedené výše
NÁKLADY CELKEM
NÁKLADY CELKEM
toho běžné náklady
F9A zz toho
běžné náklady
ZDROJE
17313 92,33
45180 44666 29227 28749 30630 30142 31310 30809 31695 31179 168042 165545 98,51
20899 20385 27786 27308 30630 30142 31310 30809 31695 31179 142320 139823 98,24
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
44666
28749
30142
30809
31179
165545
ZD
Dotace
ZO
Ostatní veřejné zdroje
284
296
308
322
337
1547
ZN
Neveřejné zdroje
230
182
180
179
179
950
ZC
ZDROJE CELKEM
45180
29227
30630
31310
31695
168042
Z dotace na projekt
Neveřejné zdroje
ZDROJE CELKEM
4.3.2. Nákladové tabulky uchazeče
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
4.3.2.1. Náklady na pořízení majetku - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Idč
1.
Název
Orbitální inkubátor OTSILLEU1.C
SOUČET ZA ROK
Dodavatel
Schoeller.Instruments
Rok
pořízení
2006
2006
z toho
Pořizovací UZNANÉ
NÁKLADY DOTACE
Cena
z SRU
tis. Kč
435
tis. Kč
tis. Kč
435
435
435
435
4.3.2.2. Náklady na mzdy a platy - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Jméno
Rodné
číslo
1. Rok
řešení
měsíční
výše platu
Roční
z toho
UZNANÉ
%
nebo mzdy počet výše
DOTACE
NÁKLADY
pracovního
včetně
měsíců odměny
z SRU
úvazku nadtarifních
tis. Kč
tis. Kč
tis. Kč
složek
tis. Kč
řešitel
Novotná Zuzana Dr. Ing.
625404/1013
2006
5
10
50
50
Krinke Ondřej Ing.
790922/4730
2006
100
24
4
0
96
96
Pejchar Přemysl Ing.
790710/2797
2006
100
24
10
0
240
240
Šantrůček Jiří Ing.
790914/0395
2006
100
24
4
0
96
96
SOUČET
2006
482
482
4.3.2.3. Náklady na dohody - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Idč
Popis činností zajišťovaných v přímé souvislosti s
řešením projektu formou dohod o pracích konaných
mimo pracovní poměr
1.Rok
řešení
Počet
hodin
z toho
UZNANÉ
NÁKLADY DOTACE
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
4.3.2.4. Tabulka uznaných nákladů - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
NÁKLADY
F1
Osobní
Osobní náklady nebo výdaje na zaměstnance, kteří se
podílejí na řešení projektu a jim odpovídající povinné
zákonné odvody a případné příděly do FKSP
a platy
F1.1 Mzdy
Mzdy a platy
F1.2
F1.3
F2
F3
F4
F5
F6
F7
Dohody
poměr
Povinné zákonné odvody včetně případného přídělu do
FKSP
Pořízení majetku
Provoz a údržba
Náklady nebo výdaje na provoz a údržbu hmotného
majetku používaného při řešení projektu
Další provozní
Další provozní náklady vzniklé v přímé souvislosti s
řešením projektu
Služby
Výsledky
Náklady nebo výdaje na zveřejnění výsledků projektu
včetně nákladů nebo výdajů na zajištění práv k
výsledkům výzkumu
Cestovné
Cestovní náhrady vzniklé v přímé souvislosti s řešením
projektu
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
651
651
1247
1247
1247
1247
1247
1247
1247
1247
5639
5639
100
482
482
482
482
100
0
0
0
0
0
169
169
169
169
100
435
435
0
0
0
0
0
0
0
0
435
435
100
117
42
140
50
145
55
150
60
150
60
702
267 38,03
175
175
210
210
320
320
320
320
320
320
1345
1345
100
10
10
25
25
30
30
30
30
30
30
125
125
100
10
10
20
20
20
20
20
20
20
20
90
90
100
50
50
50
50
80
80
80
80
80
80
340
340
100
358
203
430
338
430
340
430
341
430
341
2078
1563 75,21
1806
1576
2122
1940
2272
2092
2277
2098
2277
2098 10754
9804 91,16
1371
1141
2122
1940
2272
2092
2277
2098
2277
2098 10319
9369 90,79
Podíl
SRU
%
Doplňkové
F8
Doplňkové (režijní) náklady nebo výdaje vzniklé v přímé
souvislosti s řešením projektu, např. administrativní
náklady, náklady na pomocný personál a infrastrukturu,
enegii a služby neuvedené výše
F9
NÁKLADY CELKEM
F9A
z toho běžné náklady
NÁKLADY CELKEM
ZDROJE
ZD
Dotace
ZO
ZN
Neveřejné zdroje
ZC
ZDROJE CELKEM
Z dotace na projekt
Neveřejné zdroje
ZDROJE CELKEM
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
1576
1940
2092
2098
2098
9804
0
0
0
0
0
0
230
182
180
179
179
950
1806
2122
2272
2277
2277
10754
4.3.2.5. Komentář k uznaným nákladům - Vysoká škola chemicko-technologická v
Praze
1. Osobní náklady:
tato položka zahrnuje povolenou odměnu pro řešitele a dále mzdu pro tři pracovníky s úvazkem 1,0. Výše
mzdy odpovídá tarifům uvedeným ve mzdovém předpisu VŠCHT Praha pro odborné a výzkumné pracovníky
(15 400 Kč a zahrnuje částku na osobní ohodnocení do výše 60% a dále pak zákonné odvody ve výši 35%.
2006 - Požadována částka na mzdy pro dva pracovníky je pouze na poslední čtyři měsíce roku,
předcházejících 6 měsíců (tj. březen – srpen) budou tito dva pracovníci pobírat řádné doktorské stipendium.
2. Pořízení majetku:
V prvním roce řešení (2006) je plánováno pořízení orbitálního inkubátoru pro rostlinné buňky (s osvětlením)
OTSILL.EU1.C (výrobce Sanyo Gallenkamp, dodavatel Schoeller Instruments): SKP 29.56.25, odpisová
skupina II, doba odpisování 5 let. Toto zařízení doplní stávající vybavení pro zajištění kontinuálního
pěstování buněk suspenzní kultury Arabidopsis thaliana.
3. Provoz a údržba
částka je plánována především na pravidelnou údržbu nepřetržitě pracujících zařízení (fytotron, inkubátory)
a dalších jako jsou autoklávy a centrifugy.
Do této položky byly zahrnuty odpisy dlouhodobého majetku, který nebyl pořízen z veřejných prostředků a
bude pro řešení projektu užíván (hmotnostní spektrometr MALDI TOF Biflex IV a elektronový mikroskop Jeol
JEM 1010). Ze státního rozpočtu je požadována částka na údržbu hmotného majetku ve výši 702 tisíc Kč,
zbývající částka ve výši 435 tisíc Kč tvořící odpisy je vkladem VŠCHT Praha do tohoto projektu.
4. Další provozní náklady
v této položce jsou každoročně zahrnuty chemikálie a plasty pro pěstování buněčných suspenzí, kity pro
isolaci RNA, substráty a standardy pro stanovení aktivity fosfolipas (značené radioaktivně a fluorescenčně) a
chromatografická kolona Luna 18 (Phenomenex). Pro první dva roky jsou náklady na tuto položku nižší než
v letech 2008 - 2010, protože zbývající náklady budou hrazeny z jiných zdrojů (běžící granty). Nákup knih a
předplatné odborného časopisu.
5. Služby
6. Výsledky
Náklady spojené s výrobou posterů a pořádáním zasedání Rady centra.
7. Cestovné
2006
Plánováno pouze částečné financování účasti 2 osob s plným úvazkem na mezinárodní konferenci ,
zbývající náklady a účast dalších členů řešitelského kolektivu na konferencích budou hrazeny z jiných
zdrojů, dále na cestovní výlohy spojené s koordinací činnosti centra.
2007 - 2010
Náklady na účast dvou pracovníků s plným úvazkem na mezinárodním specializovaném symposiu dle
aktuální situace.
8. Doplňkové náklady
Doplňkové náklady (R) výzkumného centra byly vypočteny jako podíl nerozpočitatelných nákladů VŠCHT
Praha (mimo nákladů SÚZ) (N) připadající na počet přepočtených úvazků pracovníků podílejících se na
řešení úkolů výzkumného centra (V) vzhledem k celkovému počtu přepočtených pracovních úvazků všech
zaměstnanců VŠCHT Praha (mimo zaměstnance SÚZ) (C) ke dni 31.12.2004.
Do nerozpočitatelných nákladů byly zahrnuty následující položky:
• provozní náklady rektorátních pracovišť
• náklady na provoz ústřední knihovny
• náklady na provoz výpočetního centra
• náklady na úklid budov
• náklady na údržbu
• náklady na energie
• náklady na vodné a stočné
R = V*N/C
Tyto náklady byly v roce 2004 vyčísleny částkou 114 408 tis. Kč (N) při 797,95 přepočtených úvazcích (C).
Požadovaná dotace ze SRU představuje 20% mzdových a věcných nákladů na projekt, zbylá část
doplňkových nákladů je příspěvkem VŠCHT.
Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta
4.3.2.1. Náklady na pořízení majetku - Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká
fakulta
Idč
Název
Dodavatel
Rok
pořízení
z toho
DOTACE
NÁKLADY
Cena
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
tis. Kč
4.3.2.2. Náklady na mzdy a platy - Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká
fakulta
Jméno
Rodné
číslo
1. Rok
řešení
měsíční
výše platu
Roční
z toho
UZNANÉ
%
DOTACE
NÁKLADY
pracovního
včetně
měsíců odměny
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
tis.
Kč
složek
tis. Kč
řešitel
Opatrný Zdeněk Prof.
RNDr. CSc.
410808/029
2006
5
10
50
50
Beranová Jana Mgr.
805330/0255
2006
Bezvoda Radek Mgr.
820129/3056
2006
Boříková Petra Mgr.
100
19
10
10
200
200
776229/1977
2006
100
20
10
10
210
210
Fischer Lukáš Mgr. PhD.
740210/0024
(v době podání)
2006
100
30
10
20
320
320
Fišerová Jindřiška Mgr.
785804/0421
2006
100
25
10
15
265
265
Soukup Aleš Mgr.
721219/3186
2006
100
30
10
20
320
320
SOUČET
2006
1365
1365
4.3.2.3. Náklady na dohody - Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta
Idč
1.Rok
řešení
Počet
hodin
z toho
UZNANÉ
NÁKLADY DOTACE
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
4.3.2.4. Tabulka uznaných nákladů - Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká
fakulta
NÁKLADY
F1
Osobní
a platy
F1.1 Mzdy
Mzdy a platy
F1.2
F1.3
F2
F3
F4
F5
F6
F7
Dohody
poměr
FKSP
Pořízení majetku
Provoz a údržba
Další provozní
řešením projektu
Služby
Výsledky
Cestovné
projektu
2006
2007
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
1843
1843
1365
2008
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
2201
2201
2009
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
2201
2201
2010
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
2201
2201
2201
CELKEM
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
Podíl
SRU
%
2201 10647 10647
100
1365
1365
1365
100
0
0
0
0
0
478
478
478
478
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
60
60
60
60
60
60
60
60
60
60
300
300
100
1345
1345
977
977
977
977
977
977
977
977
5253
5253
100
55
55
55
55
55
55
55
55
55
55
275
275
100
25
25
35
35
35
35
35
35
35
35
165
165
100
150
150
150
150
150
150
150
150
150
150
750
750
100
624
524
624
524
624
524
624
524
624
524
3120
Doplňkové
F8
2620 83,97
F9
NÁKLADY CELKEM
4102
4002
4102
4002
4102
4002
4102
4002
4102
4002 20510 20010 97,56
F9A
4102
4002
4102
4002
4102
4002
4102
4002
4102
4002 20510 20010 97,56
NÁKLADY CELKEM
ZDROJE
ZD
Dotace
ZO
ZN
Neveřejné zdroje
ZC
ZDROJE CELKEM
Z dotace na projekt
Neveřejné zdroje
ZDROJE CELKEM
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
4002
4002
4002
4002
4002
20010
100
100
100
100
100
500
0
0
0
0
0
0
4102
4102
4102
4102
4102
20510
4.3.2.5. Komentář k uznaným
Přírodovědecká fakulta
nákladům
-
Univerzita
Karlova
v
Praze,
F1 – osobní náklady
Osobní náklady představují ve všech letech řešení výraznou položku finančního rozpočtu (1800-2200 tis. Kč.
ročně, tedy cca 50% požadované dotace). Program Center má za cíl v prvé řadě financovat vnitrostátní a
mezistátní spolupráci mezi existujícími týmy a podpořit zapojení mladých vědeckých pracovníků. V aktuální
situaci, kdy byla na pracovišti ukončena institucionární podpora výzkumu formou výzkumných záměrů,
představuje jednoznačnou prioritu stabilizace mladých schopných pracovníků, jimž končí pracovní smlouvy s
koncem tohoto roku. Stabilizace těchto pracovníků je podmínkou dlouhodobého udržení odborné kvality
nejen samotného výzkumu, ale i návazné výuky a výchovy studentů. Mzdy jsou určeny pro pět stávajících či
končících doktorandů, z nichž naprostá většina je již nyní platnými členy řešitelských týmů (viz. 4.2.2.).
Položka zahrnuje i náklady na povinné odvody ve výši 35% plánovaných mezd.
F2 – pořízení majetku
Pracoviště je adekvátně technicky zařízeno, mimořádné analýzy budou realizovány dle potřeby v
tuzemských či zahraničních laboratořích, v rámci projektu nejsou tedy tyto prostředky žádány.
F3 – provoz a údržba
Stabilní, relativně nízká částka cca 60 tis. ročně je žádána na opravy a údržbu přístrojového vybavení.
F4 - další provozní náklady
Částka ve výši zhruba 1 200 tis. Kč ročně představuje druhou zásadní položku rozpočtu. Je určena na
průběžné dovybavování laboratoří drobnými přístroji a nástroji. Zahrnuje i různé typy laboratorního materiálu
– spotřební materiál, složky kultivačních medií, detekční kity a sondy pro značení buněk, růstové regulátory,
běžné chemikálie a enzymy pro práci s DNA a proteiny, komerční protilátky. Vzhledem k širokému využití
analýzy obrazu a dalších PC technik je nezbytné hradit i nákup a upgrade legálně používaného software.
F5 – služby
Formou služeb budou částkou cca 55 tis. Kč ročně hrazeny náklady spojené se sekvenací DNA a analýzou
proteinů, a provozem elektronového mikroskopu.
F6 – výsledky
Částka cca 25 – 45 tis. Kč ročně je určena na hrazení nákladů spojených s publikacemi (zejména fotografií)
ve špičkových časopisech, právě tak jako s tiskem posterů.
F7 – cestovné
Plánované cestovní náklady, cca 150 tis. Kč ročně, představují s ohledem jak na rozsah řešitelského týmu,
tak na deklarované mezinárodní priority projektu, poměrně subtilní částku. Navrhovatelé však předpokládají,
že pro tyto účely bude možné získat prostředky z různých alternativních zdrojů – od subjektů typu „Fond
mobility“ UK přes cestovné z programů COST či Marie Curie, NATO, KONTAKT a p. Pracoviště má v tomto
ohledu již víceleté zkušenosti, právě tak jako s úhradou konferenčních poplatků pro mladé vědce ze strany
organizátorů (konference ECDO, konference FESPP aj.)
Pro nejbližší období jsou takto plánovány kupř. stáž doktorandky Mgr. J.Fišerové na University of Durham,
UK (struktura a funkce cytoskeletu, oddělení prof.Husseyho) – Fond mobility UK při spoluúčasti z jiných
zdrojů), dále pobyty členů týmu na pracovištích prof. Nicka (University Karlsruhe, BDR) a prof. Schmitové
(IBMP CNRS/Université L.Pascal Strasbourg, Francie ) – opět v souvislosti se studiem struktury a funkce
cytoskeletu, obojí v návaznosti na dřívější spolupráci i formální (KONTAKT – prof. Nick).
F8 – doplňkové náklady
Dotace je žádána na režii pracoviště, která činí 15% z celkových neinvestičních prostředků. Část uznaných
nákladů (100 tis.) bude hrazena jako podíl na spotřebě energií a vody pracovištěm (biologickou sekcí
Přírodovědecké fakulty UK).
Masarykova univerzita v Brně
4.3.2.1. Náklady na pořízení majetku - Masarykova univerzita v Brně
Idč
Název
Dodavatel
Rok
pořízení
1
.slide, systém pro digitální virtuální
mikroskopii
OLYMPUS C & S spol. s r.o.
2006
2
příslušenství ke kapalinovému
chromatografu
AMEDIS, Praha spol. s r.o.
2007
z toho
NÁKLADY DOTACE
Cena
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
tis. Kč
3700
3700
3700
800
800
800
SOUČET ZA ROK
2006
3700
3700
SOUČET ZA ROK
2007
800
800
4.3.2.2. Náklady na mzdy a platy - Masarykova univerzita v Brně
Jméno
Rodné
číslo
1. Rok
řešení
měsíční
výše platu
Roční
z toho
UZNANÉ
%
DOTACE
NÁKLADY
pracovního
včetně
měsíců odměny
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
tis. Kč
složek
tis. Kč
řešitel
Hejátko Jan RNDr. Ph.D.
740405/4537
2006
5
10
50
50
Articov Gulnara M.Sc. Ph.D.
2006
100
32
10
20
340
340
Fohlerová Radka Mgr.
785517/5878
2006
100
29
10
15
305
305
Horák Jakub Mgr.
790216/5678
2006
Lochmanová Gabriela Mgr.
795425/3791
2006
100
29
10
15
305
305
Možná Milana
535515/075
2006
100
24
10
6
246
246
Pernisová Markéta Mgr.
775415/4375
2006
100
29
4
10
126
126
Šedo Ondrej Mgr. Ph..D.
790706/3868
2006
100
32
10
20
340
340
SOUČET
2006
1712
1712
4.3.2.3. Náklady na dohody - Masarykova univerzita v Brně
Idč
1.Rok
řešení
Počet
hodin
z toho
UZNANÉ
NÁKLADY DOTACE
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
4.3.2.4. Tabulka uznaných nákladů - Masarykova univerzita v Brně
NÁKLADY
F1
Osobní
a platy
F1.1 Mzdy
Mzdy a platy
F1.2 Dohody
Úhrada dohod o pracích konaných mimo pracovní poměr
F1.3
F2
F3
F4
F5
F6
F7
FKSP
Pořízení majetku
Provoz a údržba
Další provozní
řešením projektu
Služby
Výsledky
Cestovné
projektu
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
2312
2312
2958
2958
3499
3499
3499
3499
3499
1712
1712
1712
0
0
0
600
600
600
600 100
3700
3700
800
800
0
0
0
0
0
0
4500
4500 100
60
60
60
60
60
60
60
60
60
60
300
300 100
900
900
1200
1200
1200
1200
1200
1200
1200
1200
5700
5700 100
50
50
150
150
150
150
150
150
150
150
650
650 100
30
30
50
50
50
50
50
50
50
50
230
230 100
100
100
200
200
200
200
200
200
200
200
900
900 100
690
690
924
924
924
924
924
924
924
924
4386
4386 100
7842
7842
6342
6342
6083
6083
6083
6083
6083
6083 32433 32433 100
4142
4142
5542
5542
6083
6083
6083
6083
6083
6083 27933 27933 100
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
Podíl
SRU
%
3499 15767 15767 100
1712 100
0
0
Doplňkové
F8
F9
NÁKLADY CELKEM
F9A
NÁKLADY CELKEM
ZDROJE
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
7842
6342
6083
6083
6083
32433
ZD
Dotace
ZO
0
0
0
0
0
0
ZN
Neveřejné zdroje
0
0
0
0
0
0
ZC
ZDROJE CELKEM
7842
6342
6083
6083
6083
32433
Z dotace na projekt
Neveřejné zdroje
ZDROJE CELKEM
4.3.2.5. Komentář k uznaným nákladům - Masarykova univerzita v Brně
F1 – osobní náklady - představují náklady na mzdy a platy mladých vědeckých pracovníků - studentů
vyšších ročníků doktorských studijních programů a mladých začínajících vědeckých pracovníků po skončení
doktorského studia.Zákonné odvody představují 35% z platů. Vzhledem k objemu práce na projektu je
plánováno přijetí zkušené laborantky. Nárůst v roce 2007 obráží plánované přijetí studentky DSP na celý rok
(v roce 2006 je plat plánován pouze 4 měsíce) Nárůst v roce 2008 představuje přijetí nového pracovníka - ze
zahraniční stáže plánuje návrat na naše pracoviště Mgr. Jakub Horák (r. č. 790216/5678)
F2- pořízení majetku - pro řešení projektu plánujeme v 1. roce řešení projektu nákup systému pro semiautomatickou mikroskopickou analýzu, virtuální digitální mikroskopie (.slide) firmy Olympus. Kód SKP
33.40.22, skupina 2, odpisová doba 5 let. V souladu s pravidly financování je nárokována celá částka.
Ve druhém roce řešení plánujeme nákup doplňků ke kapalinovému chromatografu (fluorescenční detektor a
další příslušenství), nutných pro práci s fluorescenčně značenými proteiny, které stávající, částečně
vybavené a modulární zařízení neumožňuje. Kód SKP 33.20.53, skupina 1, odpisová doba 3 roky. V souladu
s pravidly financování je nárokována celá částka.
F3 - provoz a opravy - na částečné pokrytí nákladů spojených s provozem a údržbou stávajícího zařizení
pracoviště používaného při řešení projektu je každý rok vyčleněno 60 tis. Kč.
F4 - další provozní náklady představují náklady spojené s nákupy spotřebního materiálu nezbytného pro
realizaci výzkumných úkolů skupiny řešitele - především fluoreccenčně značených kitů, sond a standardů,
chemikálií pro histochemickou analýzu markerových linií (X-glc), chemikálií pro proteomické analýzy a
detekci fosforylovaných proteinů atd.. Vyhodnocení výsledků a jejich příprava k prezentacím budou
vyžadovat aktualizování stávajících verzí programového vybavení a pořízení některých nových programů
(DNASTAR).
F5 - služby - položka představuje náklady na analýzy vzorků (obsah auxinů a cytokininů) především na
pracovištích sdružených v navrhovaném projektu.
F6 - publikační výstupy projektu budou vyžadovat zahrnutí barevných obrázků, jejichž publikace je nákladná.
F7 - cestovné představuje náklady na koordinační schůzky a společné semináře pracoviště. Každoročně se
předpokládá prezentace výsledků na mezinárodních konferencích (1-2 pracovníci).
F8 - Masarykova univerzita v Brně nárokuje příspěvek na režii ve výši 20% z celkových neinvestičních
prostředků projektu na krytí nákladů spojených s provozem pracoviště (náklady na pomocný personál,
administrativu, infrastrukturu, energie). Pracoviště je plně financováno z VZ a nedostává žádné prostředky z
veřejných zdrojů.
Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně
4.3.2.1. Náklady na pořízení majetku - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v
Brně
Idč
Název
Dodavatel
Rok
pořízení
tis. Kč
tis. Kč
1500
1500
1500
2006
1030
1030
1030
BIOTECH a.s.
2006
741
741
741
OLYMPUS
2006
350
350
350
3621
3621
01
Avanti J-30I (laboratorní
vysokootáčková chlazená centrifuga s
rotory)
BIOTECH a.s.
2006
02
AKTAfplc with Frac-950 (vysokoúčinná
chroamtografie proteinů)
AP Czech s.r.o.
03
Kultivační skříň AR36L
04
DP70 (CCD kamera)
SOUČET ZA ROK
z toho
DOTACE
NÁKLADY
Cena
z SRU
tis. Kč
2006
4.3.2.2. Náklady na mzdy a platy - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v
Brně
Jméno
Rodné
číslo
1. Rok
řešení
měsíční
výše platu
Roční
z toho
UZNANÉ
%
DOTACE
NÁKLADY
pracovního
včetně
měsíců odměny
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
tis.
Kč
složek
tis. Kč
řešitel
Brzobohatý Břetislav doc.
RNDr. CSc.
570927/1909
2006
5
10
50
50
Janda Lubomír RNDr. Ph.D. 660930/0775
2006
100
32
10
0
320
320
Kiran Nagavalli S. M.Sc.
720524/9953
2006
100
25
10
0
250
250
Mazura Pavel Mgr.
780319/4685
2006
100
25
10
0
250
250
Mlčochová Lada Ing. Ph.D.
756026/3964
2006
100
25
10
0
250
250
Reková Alena Mgr.
775120/4681
2006
100
20
10
0
200
200
Ryšavá Hana Mgr.
805316/4834
2006
100
20
10
0
200
200
SOUČET
2006
1520
1520
4.3.2.3. Náklady na dohody - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v Brně
Idč
1.Rok
řešení
Počet
hodin
z toho
UZNANÉ
NÁKLADY DOTACE
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
4.3.2.4. Tabulka uznaných nákladů - Mendelova zemědělská a lesnická univerzita v
Brně
NÁKLADY
F1
Osobní
a platy
F1.1 Mzdy
Mzdy a platy
F1.2 Dohody
F1.3
F2
F3
F4
F5
F6
F7
FKSP
Pořízení majetku
Provoz a údržba
Další provozní
řešením projektu
Služby
Výsledky
Cestovné
projektu
2006
2007
2008
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
2586
2586
2009
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
2715
2715
2010
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
2851
2851
2994
CELKEM
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
2082
2082
1520
1520
1520
0
0
0
562
562
562
562 100
3621
3621
0
0
0
0
0
0
0
0
3621
3621 100
80
80
80
80
100
100
100
100
100
100
460
460 100
1000
1000
1300
1300
1300
1300
1300
1300
1300
1300
6200
6200 100
60
60
120
120
120
120
120
120
120
120
540
540 100
20
20
40
40
40
40
40
40
40
40
180
180 100
100
100
200
200
200
200
200
200
200
200
900
900 100
662
662
865
865
895
895
922
922
951
951
4295
4295 100
7625
7625
5191
5191
5370
5370
5533
5533
5705
5705 29424 29424 100
4004
4004
5191
5191
5370
5370
5533
5533
5705
5705 25803 25803 100
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
Podíl
SRU
%
2994 13228 13228 100
1520 100
0
0
Doplňkové
F8
F9
NÁKLADY CELKEM
F9A
NÁKLADY CELKEM
ZDROJE
ZD
Dotace
ZO
ZN
Neveřejné zdroje
ZC
ZDROJE CELKEM
Z dotace na projekt
Neveřejné zdroje
ZDROJE CELKEM
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
7625
5191
5370
5533
5705
29424
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
7625
5191
5370
5533
5705
29424
4.3.2.5. Komentář k uznaným nákladům - Mendelova zemědělská a lesnická
univerzita v Brně
F1 – osobní náklady zahrnují pokrytí mzdových prostředků pro 6 nových pracovníků přijatých na plný úvazek
výhradně k plnění úkolů nezbytných k dosažení deklarovaných cílů VC. Jedná se o čtyři vysoce motivované
doktorandy, kteří obhájí své disertační práce v průběhu činnosti VC. Práce na úkolech VC jim umožní další
rychlý profesní růst. Další dvě místa jsou vytvářena pro pracovníky vracející se po postdoktorandských
pobytech v zahraničí do ČR. Zejména návrat Dr. Jandy je velkým přínosem pro etablování strukturní biologie
na MZLU v rámci řešení úkolů VC. Dále jsou náklady na odměnu pro řešitele a povinné zákonné odvody a
příděly do FKSP, které jsou vypočteny procentuálně (37%) z předpokládaných mzdových nákladů.
F2 – náklady na pořízení majetku zahrnují prostředky pro nákup vysokoobrátkové centrifugy (Avanti J-30I
Beckman s rotory, BIOTECH a.s.), systému pro vysokoúčinnou chromatografii proteinů (AKTAfplc with Frac950 Amersham Biosciences, AP Czech), růstové komory pro kultivaci rostlin (AR36L Percival, BIOTECH
a.s.) a CCD kamery pro obrazovou dokumentaci mikroskopických experimentů (DP70 včetně řídící jednotky,
Olympus) v roce 2006. (Nezbytnost pořízení těchto investičních celků je vysvětlena v bodě 4.2.1.) Doba
upotřebitelnosti těchto zařízení činí 5 let s výjimkou systému pro vysokoúčinnou chromatografii proteinů (3
roky). 100% kapacity uvedeného instrumentálního vybavení bude využíváno pro řešení úkolů projektu. Proto
požadovaná dotace z SRU činí 100% uznaných nákladů (a současně i pořizovací ceny). V souladu s
podmínkami zadavatele jsou ceny uváděny včetně DPH (19%).
F3 – náklady na provoz a údržbu zahrnují zejména poměrnou část nákladů na opravy závad vzniklých
opotřebováním a údržbu stávajícího vybavení, které bude využíváno částí kapacity pro plnění úkolů VC
(údržba skleníků včetně výměny osvětlovacích těles, výměna zářivek a regulačních prvků ve standardních
fytotronech, výměna lampy ve spektrofotometru, výměna filtrů ve flow-boxech, kalibrace automatických pipet
a analytických vah, čištění termocyklerů apod.).
F4 – další provozní náklady představují zejména pořízení drobného hmotného majetku (elektroforetické
jednotky MINI-PROTEAN 3 SYSTEM, plynový hořák do flow-boxu, automatické pipety apod.), nákup (i)
veškerých chemikálií pro přípravy laboratorních roztoků, (ii) komponent růstových médií pro bakterie,
rostlinné explantáty a rostliny, pevných substrátů pro kultivaci rostlin, selekčních antibiotik, (iii) reagencií a
souprav pro molekulární biologii (restrikční endonukleázy, DNA polymerázy, lipázy, soupravy pro izolaci a
purifikaci plazmidové i genomové DNA a RNA, sekundární protilátky pro Western blot analýzy, soupravy pro
radioaktivní i neradioaktivní hybridizace, radioizotopy apod., ceny těchto jednotlivých položek se pohybují
řádově v desítkách tisíc Kč), (iv) laboratorního skla, (v) jednorázového laboratorního plastu (Petriho misky,
zkumavky, mikrozkumavky, špičky pro automatické pipety atd.), (vi) spotřebního materiálu (membrány pro
hybridizaci, imunobloty, ultarfiltrační membrány, sterilizační filtry, nádoby na pěstování rostlin, patrony pro
přípravu neionizované vody apod.) a (vii) odborné literatury.
F5 – Služby zahrnuje sekvenční zakázkový servis (např. fa Genomac Praha), syntézy oligonukleotidů (např.
East-Port Praha) a náklady spojené s běžným provozem laboratoře – periodické zkoušky a revize autoklávu
a elektrických zařízení, aktualizace softwaru, poštovné, poplatky za přístup do databází, poplatky za odběr
technických plynů, poplatky za likvidaci nebezpečného odpadu.
F6 – Výsledky představují náklady spojené s publikací dosažených výsledků v mezinárodních vědeckých
časopisech a přípravou výsledků k prezentacím na konferencích. Nejvyššími položkami budou poplatky za
publikaci barevných obrázků (obvyklá výše poplatku se pohybuje v rozmezí 300 – 400 EURO).
F7 – Cestovné představuje zejména náklady spojené s prezentací dosažených výsledků na mezinárodních
konferencích (např. PlantBiology 2006, Boston, USA, práci budou prezentovat obvykle jeden až dva zástupci
týmu), krátkodobými cestami na spolupracující zahraniční pracoviště (např. regulovatelné systémy exprese
transgenů – Oxford, Velká Británie) a koordinačními schůzkami na řešitelském pracovišti v Praze.
F8 – Doplňkové (režijní) náklady představují náklady vzniklé v přímé souvislosti s řešením projektu –
zejména zajištění administrativy, úklidu, technického zabezpečení skleníkových pokusů, náklady na energie
a médií (voda, plyn), drobné opravy zajišťované technickým úsekem MZLU.
Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
4.3.2.1. Náklady na pořízení majetku - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
Idč
Název
Dodavatel
Rok
pořízení
1
Fibre optic spectrometer QE65000 +
řídící jednotka + modul červeného a
modrého laseru
Safibra
2006
2
Fibre optic spectrometer NIR256-2.1 +
řídící jednotka
Safibra
2007
z toho
NÁKLADY DOTACE
Cena
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
tis. Kč
550
550
550
641
641
641
SOUČET ZA ROK
2006
550
550
SOUČET ZA ROK
2007
641
641
4.3.2.2. Náklady na mzdy a platy - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
Jméno
Rodné
číslo
1. Rok
řešení
měsíční
výše platu
Roční
z toho
UZNANÉ
%
DOTACE
NÁKLADY
pracovního
včetně
měsíců odměny
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
tis. Kč
složek
tis. Kč
řešitel
Kašík Ivan Dr.Ing.
630219/1170
2006
5
10
50
50
132
132
student
SOUČET
2006
2006
100
22
6
0
182
182
4.3.2.3. Náklady na dohody - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
Idč
1.Rok
řešení
Počet
hodin
z toho
UZNANÉ
NÁKLADY DOTACE
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
4.3.2.4. Tabulka uznaných nákladů - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
NÁKLADY
2006
F1
Osobní
a platy
F1.1 Mzdy
Mzdy a platy
F1.2 Dohody
F1.3
F2
F3
F4
F5
F6
F7
FKSP
Pořízení majetku
Provoz a údržba
Další provozní
řešením projektu
Služby
Výsledky
Cestovné
projektu
2007
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
2008
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
444
444
2009
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
444
444
2010
CELKEM
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
444
444
444
444
2025
2025 100
182 100
Podíl
SRU
%
249
249
182
182
182
0
0
0
67
67
67
67 100
550
550
641
641
0
0
0
0
0
0
1191
1191 100
90
90
70
70
70
70
70
70
70
70
370
370 100
430
430
430
430
430
430
430
430
430
430
2150
2150 100
70
70
50
50
50
50
50
50
50
50
270
270 100
5
5
5
5
5
5
5
5
5
5
25
25 100
85
85
85
85
85
85
85
85
85
85
425
425 100
136
136
128
128
128
128
128
128
128
128
648
648 100
1615
1615
1853
1853
1212
1212
1212
1212
1212
1212
7104
7104 100
1065
1065
1212
1212
1212
1212
1212
1212
1212
1212
5913
5913 100
0
0
Doplňkové
F8
F9
NÁKLADY CELKEM
F9A
NÁKLADY CELKEM
ZDROJE
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
1615
1853
1212
1212
1212
7104
ZD
Dotace
ZO
0
0
0
0
0
0
ZN
Neveřejné zdroje
0
0
0
0
0
0
ZC
ZDROJE CELKEM
1615
1853
1212
1212
1212
7104
Z dotace na projekt
Neveřejné zdroje
ZDROJE CELKEM
4.3.2.5. Komentář k uznaným nákladům - Ústav radiotechniky a elektroniky AV ČR
F1 Osobní náklady:
Osobní náklady jsou navrhovány jako osobní příplatek pro řešitele, a mzda vyplývající z nově uzavřené
pracovní smlouvy (která je jedinou mzdou hrazenou z veřejných prostředků) pro jednoho pracovníka, který
bude přijat v případě zahájení činnosti Centra z řad studentů kombinovaného studia (označení „student“). V
prvním roce řešení byly kalkulovány osobní náklady v případě řešitele na dobu 10 měsíců, dále na dobu 6
měsíců. Náklady na mzdy vycházejí z aktuálního zařazení pracovníka v příslušné kvalifikaci v ústavu do
platové třídy a zahrnují osobní příplatek. Pro další léta jsou osobní náklady kalkulovány na dobu 12 měsíců.
Na základě uvedených částek byly stanoveny povinné zákonné odvody jako 37% z mezd a platů.
F2 Pořízení majetku – investice
Pro splnění stanovených úkolů je nezbytné rozšíření stávajícího vybavení pracoviště (4.2.1.) o zdroje záření
a detektory. Protože detekční místo, kde dochází k interakci záření s buňkami, je velmi malé – o rozměrech
stovek nanometrů, je nutné používat stabilní vysoce výkonné laserové zdroje a vysoce citlivé detektoryspektrometry pracující v širokém rozsahu vlnových délek. Protože takové přístroje jsou finančně nákladné, je
jejich pořízení rozloženo do dvou let na začátku projektu. Jako dodavatel byla navržena firma Safibra, která
byla schopna nabídnout cenu nižší než kterou deklarují zahraniční dodavatelé na svých webových stránkách
(např.Ocean Optics), a navíc zajišťuje servisní podporu. Kalkulace nákladů vychází z pořizovací ceny, doby
užívání pro řešení projektu (tj. 5 a 4 roky), odpisové doby (pro tento druh přístrojů 4 roky) a podílu užití
přístroje pro řešení projektu (100%). Podle vzorce uvedeného pro výpočet uznaných nákladů pokrývají tedy
uznané náklady celou částku pro nákup přístrojů.
F3 Provoz a údržba
Tato položka je plánována jako příspěvek na krytí nákladů spojených s opravami existujících
technologických a měřících aparatur (náhradní díly apod.) využívaných ke splnění projektu – ve výši 70 tis
Kč. ročně.
F4 Další provozní náklady
Tyto náklady jsou plánovány na nákup materiálu, drobného hmotného a nehmotného majetku. Přímý
materiál nutný ke splnění úkolů (chemikálie, indikátory, pokryvy vláken apod.) představuje částku přibližně
180 tis. ročně. Náklady na drobný hnotmý majetek (mikroposuvy a mechanické komponenty, optické
komponenty – hranoly apod.) představují částku přibližně 180 tis. ročně, náklady na drobný nehmotný
majetek (běžná aktualizace softwaru) představují přibližně 10 tis. Kč.
F5 Služby
Náklady na služby jsou plánovány pro běžné opravy měřící a výpočetní techniky v laboratořích (cca 30 tis Kč
ročně), úhradu telefonních poplatků (cca 15 tis Kč ročně) apod.
F6 Výsledky
Náklady jsou plánovány na zveřejňování výsledků (tisk posterů, kopírovací služby, poštovné apod.) ve výši 5
tis Kč ročně.
F7 Cestovné
Plánované náklady na cestovné umožní aktivní účast členů řešitelského kolektivu na konferencích,
workshopech a mezinárodních letních školách a jsou plánovány na úrovni nákladů na jednu mezinárodní
konferenci pro dvě osoby ročně (cca 75 tis Kč). Dále jsou určeny na cesty v ČR mezi jednotlivými účastníky
Centra (cca 10 tis Kč ročně).
F8 Doplňkové náklady
Tyto náklady jsou určené na pokrytí nákladů, které řešitelské pracoviště vynakládá v souladu se zněním
„Smlouvy“ na provoz Centra“ a jsou kalkulovány paušálně jako 20% z věcných nákladů (F3 až F7 včetně).
ZD odpovídá výši požadované dotace
ZO odpovídá nákladům, které řešitelské pracoviště vynakládá na základní mzdy pracovníků Centra, jejichž
mzda nevyplývá z pracovní smlouvy uzavřené v souvislosti s Centrem, úměrně jejich pracovní kapacitě
vyčleněné pro činnost Centra.
Ústav experimentální botaniky AV ČR
4.3.2.1. Náklady na pořízení majetku - Ústav experimentální botaniky AV ČR
Idč
Název
xxx
konfokální mikroskop
xxx
mikrocentrifuga
xxx
upgrade mikroskopu (včetně software)
SOUČET ZA ROK
Dodavatel
Leica
Olympus
Rok
pořízení
2006
z toho
NÁKLADY DOTACE
Cena
z SRU
tis. Kč
15000
tis. Kč
tis. Kč
15000
15000
2006
75
75
75
2006
900
900
900
15975
15975
2006
4.3.2.2. Náklady na mzdy a platy - Ústav experimentální botaniky AV ČR
Jméno
Rodné
číslo
1. Rok
řešení
měsíční
výše platu
Roční
z toho
UZNANÉ
%
DOTACE
NÁKLADY
pracovního
včetně
měsíců odměny
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
tis. Kč
složek
tis. Kč
Zažímalová Eva Doc.
RNDr. CSc.
555218/1195
2006
5
10
50
50
Černá Adriana Mgr.
745625/0813
2006
100
0
0
0
0
0
Čovanová Milada Ing.
796208/0159
2006
100
0
0
0
0
0
Dobrá Jana Mgr.
806227/2031
2006
100
0
0
0
0
0
Drdová Edita Mgr.
786103/1717
2006
100
25
3
0
75
75
0
Hoyerová Klára Ing.
746219/0186
2006
100
0
0
0
0
Kakešová Hana Mgr.
796104/1121
2006
100
0
0
0
0
0
Klíma Petr Mgr.
790106/1575
2006
100
25
3
0
75
75
75
Křeček Pavel Mgr.
740716/0486
2006
100
25
3
0
75
Kubeš Martin Mgr.
781008/3490
2006
100
0
0
0
0
0
Laňková Martina RNDr.
786231/2656
2006
100
25
3
0
75
75
75
Nováková Marie Mgr.
795112/0991
2006
100
25
3
0
75
Pochylová Žaneta Mgr.
795531/5357
2006
100
0
10
0
0
0
Potocký Martin Ing.
770110/4774
2006
100
27
10
0
270
270
Seifertová Daniela Mgr.
776224/0266
2006
100
25
10
0
250
250
Skůpa Petr Ing.
780516/1298
2006
100
25
3
0
75
75
Synek Lukáš Mgr.
790822/1123
2006
100
25
10
0
250
250
Vrlík Martin Mgr.
790423/5075
2006
100
25
3
0
75
75
1345
1345
SOUČET
2006
4.3.2.3. Náklady na dohody - Ústav experimentální botaniky AV ČR
Idč
1.Rok
řešení
Počet
hodin
z toho
UZNANÉ
NÁKLADY DOTACE
z SRU
tis. Kč
tis. Kč
4.3.2.4. Tabulka uznaných nákladů - Ústav experimentální botaniky AV ČR
NÁKLADY
F1
Osobní
a platy
F1.1 Mzdy
Mzdy a platy
F1.2
F1.3
F2
F3
F4
F5
F6
F7
Dohody
poměr
FKSP
Pořízení majetku
Provoz a údržba
Další provozní
řešením projektu
Služby
Výsledky
Cestovné
projektu
2006
2007
2008
2009
2010
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
1843
1843
5047
5047
6827
6827
7135
7135
7135
1345
CELKEM
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
UZNANÉ
NÁKLADY
tis. Kč
z toho
DOTACE
ze SRU
tis. Kč
Podíl
SRU
%
7135 27987 27987
100
1345
1345
1345
100
0
0
0
0
0
498
498
498
498
100
0 15975 15975
100
15975 15975
0
0
0
0
0
0
0
295
225
305
225
315
225
325
225
325
225
1565
1125 71,88
2500
2500
2625
2625
2757
2757
2895
2895
3040
150
120
150
120
155
120
160
120
170
120
785
600 76,43
130
130
150
150
170
170
190
190
210
210
850
850
100
515
515
525
525
525
525
525
525
525
525
2615
2615
100
782
698
815
729
842
759
873
791
911
824
4223
3801
90
22190 22006
9617
9421 11591 11383 12103 11881 12316 12079 67817 66770 98,45
9617
9421 11591 11383 12103 11881 12316 12079 51842 50795 97,98
3040 13817 13817
100
Doplňkové
F8
F9
NÁKLADY CELKEM
NÁKLADY CELKEM
toho běžné náklady
F9A zz toho
běžné náklady
ZDROJE
ZD
Dotace
ZO
ZN
Neveřejné zdroje
ZC
ZDROJE CELKEM
Z dotace na projekt
Neveřejné zdroje
ZDROJE CELKEM
6215
6031
2006
2007
2008
2009
2010
CELKEM
22006
9421
11383
11881
12079
66770
184
196
208
222
237
1047
0
0
0
0
0
0
22190
9617
11591
12103
12316
67817
4.3.2.5. Komentář k uznaným nákladům - Ústav experimentální botaniky AV ČR
F1 - Osobní náklady:
Mzdové prostředky budou použity na platy nadějných studentů postgraduálního studia, kteří se již v
současné době zabývají problematikou Centra. Mzdové prostředky jim (vždy po ukončení prezenční formy
postgraduálního studia po 3 letech) umožní pokračovat v práci a přispějí tak ke stabilizaci řešitelského
kolektivu Centra. Mzdové prostředky pro současné studenty jsou tedy plánovány tak, aby student PGS vždy
po ukončení 3. roku studia v září příslušného roku nastoupil do pracovního poměru a začal čerpat mzdové
prostředky z Centra od října téhož roku. Proto požadované mzdové prostředky v průběhu jednotlivých roků
řešení projektu stoupají.
Na celý první rok řešení (od března 2006) jsou požadovány mzdové prostředky pro studenty, kteří jsou nyní
ve 4., případně vyšším ročníku studia, jmenovitě pro:
Mgr. Martina Potockého
Mgr. Danielu Seifertovou
Mgr. Lukáše Synka
Od října roku 2006 jsou požadovány mzdové prostředky pro:
Mgr. Petra Klímu
Mgr. Pavla Křečka
RNDr. Martinu Laňkovou
Mgr. Marii Novákovou
Ing. Petra Skůpu
Mgr. Editu Drdovou
Mgr. Martina Vrlíka
Mgr. Adrianu Černou
Ing. Miladu Čovanovou
Mgr. Martina Kubeše
Mgr. Žanetu Pochylovou
Mgr. Hanu Kakešovou
Mgr. Janu Dobrou
Od začátku roku 2008 jsou požadovány mzdové prostředky pro postgraduální studentku Ing. Kláru
Hoyerovou, jejíž plat bude do konce roku 2007 hrazen z grantu GA AVČR.
Povinné zákonné odvody činí 37% z plánovaných mezd.
F2 - popřízení majetku:
Zarhnuje náklady nebo výdaje na stroje, přístroje, zařízení v přímé souvislosti s řešením projektu:
Pro účely centra je v prvém roce řešení plánován nákup špičkového laserového konfokálního mikroskopu s
mikromanipulátorem (odpisová skupina 2, SKP 33.40.22). Přístroj umožní pozorování vnitřní struktury
rostlinných buněk a pletiv a jejich dynamiku a řízeně do nich zasahovat během pozorování pomocí
mikromanipulace či perfuze kultivačních médií. Plánovaný systém pokrývá plně celé spektrum
nejmodernějších metod fluorescenčního zobrazování v živých systémech zahrnující jak možnost kvalitně
zobrazit vnitřní strukturu fixovaných preparátů, tak i sledovat děje probíhající v buňkách in vivo. Předpokládá
se využívání spektrální analýzy fluorochromů, metod FRAP, FRET a FLIM a multikanálového snímání v
reálném čase.
Tyto technické požadavky nesplňuje žádný konfokální mikroskop, který je v současnosti dostupný
pracovníkům Centra. Konfokální mikroskopy na Přírodovědecké fakultě UK ve Viničné ulici (Praha 2) a v
komplexu ústavů AV ČR v Krči (Praha 4) jsou navíc velmi časově vytíženy a vzdáleny od sídla Centra. Nelze
tedy na nich pracovat se živými buňkami v optimálním stavu a nelze ani plánovat déletrvající složitější
experimenty.
Odpisová doba plánovaného přístroje čini 5 let a podle vzorce uvedeného pro výpočet uznaných nákladů
pokrývají tedy uznané náklady celou částku pro nákup přístroje.
V prvém roce je též plánován nákup zařízení pro motorizaci a nový ovládací software (odpisová skupina 2,
SKP 33.40.22) pro fluorescenční mikroskop Olympus Provis AX70 pro pracoviště ÚEB v Olomouci, kde je
pro mikroskopickou analýzu živých buněk s exprimovaným GFP nutné provést „upgrade“ mikroskopu
starého.
Odpisová doba plánovaného přístroje čini 5 let a podle vzorce uvedeného pro výpočet uznaných nákladů
pokrývají tedy uznané náklady celou částku pro nákup přístroje.
F3 - Položka provoz a údržba je plánována na opravy a údržbu stávajícího přístrojového vybavení a na
povinné odpisy přístrojového vybavení.
F4 - Další provozní náklady (F4) budou použity na úhradu zejména materiálu: běžných chemikálií,
radiochemikálií, kitů a enzymů pro práci s DNA a RNA, scintilačních roztoků, složek kultivačních médií,
rozpouštědel pro HPLC, spotřebního plastového materiálu apod. Dále je plánován nákup drobného majetku
pro běžnou laboratorní práci (automatických pipet, kolon pro HPLC a iontoměničových kolon pro přípravu
vzorků, míchaček, třepaček, minicentrifug, apod.) a „upgrade“ softwarového vybavení.
F5 - V rámci položky služby budou hrazeny zejména náklady na syntézu primerů pro PCR, přípravu
protilátek, dovoz kapalného dusíku, suchého ledu apod., na tisk posterů, atd.
F6 - Výsledky: náklady na zveřejnění výsledků (F6) obsahují zejména příspěvek na publikování původních
prací s barevnou fotodokumentací v mezinárodních recenzovaných impaktovaných odborných časopisech a
náklady na tisk posterů na odborné konference.
F7 - Cestovní náklady budou použity na pokrytí nákladů pracovníků ÚEB na pravidelná setkání tuzemských
řešitelů projektu, na částečné krytí studijních pobytů pracovníků Centra v rámci pokračujících i nových
zahraničních spoluprací, na krátkodobé pobyty zahraničních spolupracovníků Centra v ÚEB a na hrazení
účasti členů řešitelského kolektivu na konferencích spojenou s presentací výsledků získaných v rámci řešení
Centra.
F8 - Doplňkové náklady:
Stanovení poměru (společných) režijních nákladů k veškerým ostatním provozním nákladům s výjimkou
mezd vychází z hodnot vedených v účetnictví ÚEB za období hospodářského roku 2004 v tis. Kč.
Společné (režijní) náklady vede pracoviště v účetnictví odděleně od ostatních nákladů pod článkem 8.
Článek 8 obsahuje doplňkové (režijní) náklady na administrativu, pomocný personál, elektřinu, vodu, páru,
plyn, úklid, ostrahu, údržbu, vědeckou literaturu, atd.
Článek 8 neobsahuje: sociální a zdravotní pojištění vztažené k přímých mzdám, daň z přidané hodnoty, daň
z příjmů, náklady na marketing, prodej a distribuci výrobků, finanční pronájem, pronájem s následnou koupí
najaté věci atd.
Hodnota doplňkových (režijních) nákladů vztažená k přímým nákladům je 75,43%, tj. na 1 Kč přímých
provozních nákladů připadá Kč 0,7543 doplňkových (režijních) nákladů.
V grantech a ostatních projektech uplatňuje pracoviště doplňkové náklady pouze ve výši 17% z
neinvestičních prostředků a bez mezd, zbytek takto kalkulovaných nákladů (58,43%) je pokládán za vklad
pracoviště pro řešení projektu.
5. DOPLŇUJÍCÍ ÚDAJE
Název projektu anglicky
Regulation of morphogenesis of plant cells and organs
Cíl předmětu řešení anglicky
The purpose of the Centre is to co-ordinate research focussed on understanding of mechanism(s) of
regulation of morphogenesis of plant cells and organs, to train postgraduate students and to develop
collaboration with laboratories abroad. The project is aimed to elucidate the molecular mechanisms involved
in the control of morphogenesis of plant cells and organs. Individual contributions of the processes of vesicle
trafficking, dynamics of cytoskeletal structures, endomembranes and plasma membrane proteins will be
interconnected with the action of phytohormones and control of components of signalling pathways.
Research will concentrate on morphogenic factors (mainly phytohormones of auxin and cytokinin types),
signal transduction and their interconnections with dynamics of various cell structures. Membrane dynamics
and its connection with cytoskeleton and signalling pathways, role of directed vesicle transport, and polar
transport of auxin will be studied in relation to processes controlling hormonal homeostasis at selected
morphogenic processes. The methodology for local optical micro-detection of pH in plant cell organelles in
vivo will be designed and optimized. The dynamic model of regulation of morphogenesis in plants will be
designed, based on and verified by quantitative experimental data.
Klíčová slova česky
Morfogeneze rostlin; rostlinná buňka; auxin; cytokininy; Arabidopsis; tabák
Klíčová slova anglicky
Plant morphogenesis; plant cell; auxin; cytokinins; Arabidopsis; tobacco
Klasifikace hlavního oboru řešení
ED
Klasifikace vedlejšího oboru řešení
EB
Klasifikace dalšího vedlejšího oboru řešení
CE
Stupeň důvěrnosti údajů
S
Kategorie výzkumu a vývoje
Základní výzkum
Vyjádření ke stanovení podílu účelové podpory
Předkládaný projekt je projektem základního výzkumu. Výše požadované podpory je v souladu s
podmínkami uvedenými v zadávací dokumentaci Programu výzkumu a vývoje MŠMT pro Centra základního
výzkumu (LC), kapitola 2.4., bod 17. Výše dotace požadované v tomto návrhu činí cca. 98% celkových
uznaných nákladů. Zdrojem dalších finančních prostředků potřebných k realizaci projektu budou
institucionální zdroje.
Z celkové částky uznaných nákladů představují osobní náklady 45% (vesměs platy pro pokročilé doktorandy
a studenty, kteří právě ukončili postgraduální studium), dalších 16% pak náklady spojené s pořízením
hmotného majetku. V prvním roce představují investiční náklady téměř 54% celkové požadované dotace.
5.1. Osoby, které by se mohly vyjádřit k návrhu
5.2. Osoby, kterým by se neměl předkládat návrh projektu k vyjádření
Frébort Ivo Doc. RNDr. CSc., Ph.D. 650812/0795 Česká republika
61989592 Univerzita Palackého v Olomouci
15310 Přírodovědecká fakulta
585634922 585634936 [email protected]

Centra základního výzkumu - LC Remorost Regulace morfogeneze

Transkript

Podobné dokumenty

Prˇednášky

PT2011 - Biologická olympiáda

Fosfolipáza A2

Teze - Akademie věd ČR - Akademie věd České republiky

zde

Výroční zpráva ÚEB AV ČR, v. v. i. za rok 2006

1 - Centrum regionu Haná

Posouzení výsledků stanovení fosfolipázy A2 asociované

INTERAKCE INHIBITORŮ CYKLIN- DEPENDENTNÍCH KINÁZ S

Standardy péče o diabetes mellitus 2.typu

Protinádorové látky odvozené od rostlinných hormonů cytokininů

I rostliny mají hormony

Školení o práci s GMO - NCBR

Plánované rodičovství