Abstrakt

Komentáře

Transkript

Abstrakt
Elektronické tvarování AT2R ligandů s využitím metadynamiky
Mareška Vaclav1, Roeselová Alžběta2, Magnani Francesca3, Spiwok Vojtěch1, Králová Blanka1
1Ústav biochemie a mikrobiologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Technická 3, Praha 6, 166
28, Česká republika
2Gymnázium Jana Keplera, Parléřova 2, Praha 6, 169 00, Česká republika
3Department of Biology and Biotechnology, University of Pavia, Pavia 27 100, Itálie
E-mail: [email protected]
Jedním z důležitých regulátorů sekrece aldosteronu a efektorů kontrolujících krevní tlak je angiotensin II. Tato
molekula působí prostřednictvím dvou hlavních receptorů: AT1R (angiotensin II typ-1 receptor) a AT2R. Druhý
z nich, AT2R, představuje slibný cíl pro vývoj nových protinádorových léčiv. Magnani a další [1] prokázali, že
selektivita vůči AT2R (ve srovnání s AT1R) může být zvýšena v peptidech s velkou populací cis peptidové
vazby předcházející prolinu (Pro7 u angiotensinu II). Jinak řečeno, nahrazení His6 za aromatická residua s
různými vlastnostmi pak může tvořit CH/π interakce s Pro7. S cílem navrhnout nové AT2R ligandy odvozené
od angiotensinu II, jsme provedli molekulární simulace modelových peptidů Ace-Xxx-Pro-NME: s tyrosinem,
O-fosfotyrosinem, fenylalaninem a 4-nitrofenylalaninem na místě Xxx. Cis/trans isomerace probíhá v řádech
desítek až stovek milisekund, čímž může být těžko dosažitelná s pomocí klasických neurychlených simulací.
Proto jsme pro předpověď populací cis peptidové vazby použili metadynamiku [2] o čase 200 ns. Populace cis
peptidové vazby byly stanoveny jako: 19 ± 6% (experimentálně 40%) pro tyrosin, 27 ± 13% (experimentálně
25%) pro O-fosfotyrosin, 13 ± 6% (experimentálně 20%) pro fenylalanin a 13 ± 7% (experimentálně 5%) pro 4nitrofenylalanin, v daném pořadí (průměr ± SD) pro Xxx. V současné době se snažíme zvýšit přesnost výsledků
pomocí prodlužování simulačního času metadynamiky a kombinací s kvantově mechanickými výpočty.
1. Magnani F. et al.: ACS Chem. Biol. 2014, 9, 1420-1425.
2. Laio A., Parrinello M.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12562-12566.

Podobné dokumenty

CE-LIF fúzního proteinu AHP5-GFP v komplexních vzorcích

CE-LIF fúzního proteinu AHP5-GFP v komplexních vzorcích U prokaryot, v menší míře u eukaryot (hlenky, houby, kvasinky a rostliny) y Přenos fosfátu mezi histidinem a kyselinou asparagovou y His - Asp fosforylace y

Více

SUBARU Skadi Loppet 24 km CT - xc

SUBARU Skadi Loppet 24 km CT - xc SUBARU Skadi Loppet 24 km CT ERGEBNISLISTE Bodenmais Ort: Datum: 21/03/2010

Více

Abstrakt

Abstrakt Praktická aplikace biomolekulárních simulací je často komplikována výpočetní náročností používaných metod. Zatímco na dnešním hardwaru můžeme simulovat zpravidla nanosekundy či mikrosekundy ze živo...

Více

program

program PERFORMANCE OF EMPIRICAL FORCE FIELDS IN MODELLING OF PYRANOSE RING PUCKERING Vojtěch Spiwok, Igor Tvaroška, Blanka Králová

Více

MChV Luminiscence - Jan Preisler`s page

MChV Luminiscence - Jan Preisler`s page dochází postupně k přechodu na nižší vibrační hladiny téhož excitovaného stavu. Energie se rozptýlí v okolí (solvent).

Více

Uhlovodíky s více násobnými vazbami

Uhlovodíky s více násobnými vazbami Každá další konjugovaná vazba znamená posun asi o 40 nm k delším vlnovým délkám. Při dostatečném počtu konjugovaných násobných vazeb nastává absorpce ve viditelné oblasti spektra – barevné uhlovodí...

Více